As primeiras universidades com feição moderna surgiram com o fim do feudalismo e o nascimento dos estados nacionais. A universidade medieval, com seu rígido arcabouço escolástico, se tornou incompatível com o impulso renovador da época. Enfrentou críticas baseadas no espírito do humanismo, como as do filósofo Erasmo de Roterdan, que preparou, em Cambridge, uma versão do Novo Testamento para proporcionar aos estudantes um texto isento dos erros da Vulgata, e recebeu ataques mais incisivos do Iluminismo.
A Reforma e a Contra-Reforma religiosas do século XVI afetaram as universidades da Europa de formas diferentes. Nos estados alemães, os protestantes dominaram as antigas escolas e fundaram novas, enquanto muitas universidades católicas se tornaram defensoras intransigentes do ensino tradicional associado à Igreja Católica. No século XVII, as universidades protestantes e católicas tinham se tornado centros devotados à defesa de suas doutrinas religiosas e, portanto resistentes ao interesse pela ciência que tinha começado a dominar a Europa. O novo ensino foi desencorajado e assim muitas universidades passaram por um período de relativo declínio. Apesar disso, continuaram a surgir novas universidades, como as de Edimburgo, Leiden e Estrasburgo.
Embora a tradição de transmitir ensinamentos na antiga Grécia coubesse a Sócrates, que reunia em torno de si inúmeros discípulos, foi Platão quem, ao criar a Academia, propiciou oportunidade de aprendizado em ambiente mais adequado à prática de transmissão de conhecimentos. A Aristóteles coube retomar a iniciativa de Platão, dando à Academia maior perfeição dialética e sistemática ao campo abrangente de conhecimento em que atuava, iniciando o desenvolvimento de várias
ciências por intermédio de pesquisas empíricas. Isto era feito através do Liceu, que se constituiu em ponto de convergência para discussões entre mestres e discípulos.
Contudo, o termo universidade, foi adotado na Idade Média, tendo se originado da palavra latina universitas.
A tradição grega de educação, incorporada pela civilização latina e interrompida na Europa Ocidental durante a invasão dos Bárbaros, mas mantida no Império Romano do Oriente e enriquecida pela tradição maometana, voltou a florescer na Idade Média européia sob a forma de universitas, palavra que no latim jurídico da época significava comunidade, totalidade, corporação de um grupo. Paris, Bologna e Oxford foram as progenitoras das universidades no mundo ocidental (RESENDE, 1978).
A universidade moderna originou-se das escolas medievais conhecidas como
studia generalia (no singular, studium generale), organismos de ensino criados para
suprir as deficiências das escolas catedrais e monásticas, que só preparavam os alunos para a carreira religiosa. Abertos a estudantes de todas as partes da Europa, que depois de formados podiam exercer o magistério em qualquer lugar, os studia
generalia funcionavam por autorização de autoridades civis e eclesiásticas. As
primeiras, do século XI, foram a de Salerno, que se celebrizou como escola de medicina, e a de Bolonha, famoso centro de estudos jurídicos.
Os estudantes e professores estrangeiros que freqüentavam os studia
generalia formaram, para proteção mútua, sociedades que receberam o nome de universitas. Ofereciam moradia e alimentação baratas e eram presididas por uma
autoridade comum, o rector scholariorum, eleito pelos alunos e mestres. No século XIV, a palavra universidade passou a designar uma comunidade de mestres e alunos reconhecida pela autoridade civil ou eclesiástica.
As universidades tinham liberdade de atuação desde que não pregassem o ateísmo ou heresias. O ensino era totalmente financiado pelos alunos, que pagavam taxas aos professores e podiam transferir-se para outras escolas se ficassem insatisfeitos. As primeiras universidades não tinham edifícios permanentes e possuíam poucas propriedades corporativas.
A partir de 1210, a universidade funcionava com estrutura que se aproximava às hoje vigentes na América latina, embora sem regimes contratuais nem
sistemáticos burocráticos rígidos como as existentes hoje em dia, e com maior autonomia tanto administrativa quanto pedagógica. Os docentes a elas dedicavam a maior parte de seu tempo e os alunos participavam com mais efetividade nas decisões das mesmas. De certa forma, isso era possível face ao caráter elitista do ensino, só tendo acesso aos estudos pessoas de elevado nível financeiro, político e intelectual.
Considerado apenas o aspecto estrutural da conjuntura universitária como influenciador nas metas e objetivos de seus rumos, chega-se ao ano de 1803, quando Napoleão III, imperador da França, determina a adoção de um modelo único de universidade para toda França, tendo por paradigma a universidade de Paris. Com isto estava sendo dado o passo que influenciaria a sistemática universitária contemporânea em todo mundo. Assim, o modelo napoleônico de universidades resistiu, à ação do tempo e sobreviveu até os dias atuais, embora tal modelo tenha sido motivo de muitas criticas da maioria dos educadores e administradores universitários, sobretudo pelo caráter centralizador e autocrático, que é dado à estrutura universitária como um todo.
O que se pode observar no transcorrer do processo histórico do surgimento e desenvolvimento da universidade e de seu raio de ação é que, embora se falasse em ensino e pesquisa desde os primórdios de sua existência, as universidades de modo geral tinham no ensino sua característica mais acentuada. A pesquisa, introduzida como atividade a ser desenvolvida em universidades, deveu-se a Humboldt, e se deu na Alemanha em 1810, passando a partir daí a ser encarada como algo que emerge da investigação científica mais profunda e se estende a todo campo de conhecimento humano, e é assim que ela vem a cada dia ganhando destaque nas universidades hodiernas. Porém, só recentemente, é que essas atividades começaram a surgir com toda pujança, inclusive como atribuição regular e rotineira da vida universitária, prevista em estatutos, tornando-se assim parte integrante e integradora de suas funções. Igual raciocínio pode ser utilizado para as atividades de extensão, sendo que esta é uma função que a universidade, embora também já exercesse há muitos anos, somente nas ultimas décadas vem ganhando destaque, talvez até mesmo em função da dimensão e importância crescentes que a universidade vem assumindo em razão, principalmente, das pesquisas realizadas e da transmissão dos seus resultados à comunidade.