Les gènes SMN1 et SMN2

Le gène SMN1 s’étend sur 29 kb dans la partie 5q du chromosome 5 (Fig 6A). Plusieurs éléments régulateurs ont été identifiés dans les 4,6kb en amont du site d’initiation de la transcription tels que : AP-1 et cAMP-Responsive Element (CRE) intervenant dans le cycle cellulaire, ainsi qu’une séquence de réponse aux interférons (Interferon Reponse Element, IRE) inductible par les interférons beta et gamma (Baron-Delage et al., 2000; Echaniz-Laguna et al., 1999).Des mécanismes de régulation épigénétiques de l’expression de SMN1 ont également été rapportés tels que l’acétylation des histones chez la souris et dans des fibroblastes isolés de patients (Kernochan et al., 2005).

Enfin dans le génome humain, le site d’initiation de la transcription de SMN1est dépendant de l’âge : durant le développement embryonnaire le site est situé à 242 pb du site d’initiation de la traduction, alors qu’à l’âge adulte le site utilisé est à 163 pb (Echaniz-Laguna et al., 1999; Germain-Desprez et al., 2001).

1.2.3.2. Le gène SMN2

Dans le génome humain, une duplication de la région comprenant le gène SMN1 a été identifiée sur la partie centromérique du chromosome 5 (Fig 6A, Lefebvre et al., 1995). Cette région comprend le gène SMN2 et des éléments régulateurs qui sont identiques à SMN1. L’apparition de ce gène s’est faite en 2 temps : la version télomérique du gène SMN a été copiée et transposée avant la séparation des lignages entre Homo Sapiens et Pan troglodytes donc il y a, au moins, 5 millions d’années et le gène SMN2 est ensuite apparu uniquement chez les humains (Courseaux et al., 2003; Rochette et al., 2001).

La séquence de SMN2 est identique à SMN1, y compris la région du promoteur, à l’exception de 5 nucléotides dont une transition d’une cytosine en thymine localisée au début

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de l’exon 7 (Bürglen et al., 1996a). Cette transition empêche le recrutement de facteurs impliqués dans l’épissage conduisant à l’exclusion de l’exon 7 dans 90% des ARNm (Lorson et al., 1999). Dans ce cas, l’ARNm tronqué produit est appelé SMNDelta7 (ou SMN7). L’exon 8 contient alors la séquence codant pour un motif protéique EMLA reconnu comme un signal de dégradation diminuant la stabilité de la protéine SMN7 produite et le codon stop (Cho

Figure 6 : Schéma des gènes SMN1 et SMN2, de leurs transcrits et de la protéine SMN. (A) Organisation et expression des gènes SMN1 et SMN2 sur le chromosome 5 (B) ARNm transcrits à partir des gènes SMN1 et SMN2 (C) Répartition des domaines et des partenaires protéiques sur la forme complète de la protéine SMN. Adapté de Singh et al., 2017.

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and Dreyfuss, 2010). Cependant, dans 10% des cas, le gène SMN2 peut être transcrit en un ARNm complet et par conséquent produire une protéine SMN fonctionnelle (Fig 6A)

L’absence complète de SMN est létale très tôt au cours du développement embryonnaire avant le stade de la gastrulation (Monani et al., 2000; Schrank et al., 1997).

Au cours de la SMA, le gène SMN1 étant muté, seul le gène SMN2 peut maintenir partiellement la production de protéine SMN. La SMA est donc causée par une diminution de la quantité de protéine SMN. Enfin, ce gène peut être présent en un nombre variable de copies dans le génome humain, et le nombre de copies de SMN2 conditionne le degré de sévérité de la pathologie : 2 copies pour 70% des patients SMA I, 3 copies pour 82% des patients SMA II et 3-4 copies au minimum pour les patients SMA III (Fig 6A) (Feldkötter et al., 2002; Wirth et al., 2006).

1.2.3.3. La régulation de l’expression des gènes SMN

Le niveau d’expression des gènes SMN varie de manière similaire durant les phases de développement embryonnaire, post natale et à l’âge adulte (Bella et al., 1998; Burlet et al., 1998; Kernochan et al., 2005; Novelli et al., 1997).

Le promoteur du gène SMN1 semble être fortement actif durant le développement embryonnaire (Novelli et al., 1997). Une diminution comprise entre 40 et 60% de l’expression de SMN a été observée par qPCR entre le développement embryonnaire au stade E15 de la souris et à l’âge adulte dans le cerveau, la moelle épinière, le rein et le foie (Kernochan et al., 2005). Des observations semblables ont été faites chez l’homme au niveau de la moelle épinière (71%), du muscle (35%) et des reins (65%) (Soler-Botija et al., 2005). Ces résultats ont été confirmés par western blot montrant une diminution de l’expression de SMN dans le cerveau, la moelle épinière (90-70%), le foie (90%), les poumons (90%), les muscles (50%) et les reins (50%) chez les rongeurs et les humains (Bella et al., 1998; Burlet et al., 1998; Kernochan et al., 2005). A l’âge adulte, le niveau de la protéine SMN est variable : élevé dans le foie, les reins, les testicules et la moelle épinière, modéré dans les muscles cardiaques et squelettiques et faible dans les fibroblastes et les lymphocytes (Burlet et al., 1998; Coovert et al., 1997; Ottesen et al., 2016). De façon intéressante, une étude a démontré que le promoteur des gènes SMN est plus actif dans les cellules neuronales non différenciées in vitro (Germain-Desprez et al., 2001).

1.2.3.4. Les transcrits alternatifs de SMN1

L’épissage alternatif du gène SMN1 peut donner trois autres transcrits. Le premier est appelé axonal SMN (a-SMN) et provient de la rétention de l’intron 3 ce qui introduit un codon stop prématuré. Ce transcrit est retrouvé dans les motoneurones et en particulier dans les axones où la protéine a-SMN interviendrait dans l’axogenèse. En revanche, l’a-SMN n’est pas détectée à l’âge adulte (Setola et al., 2007). Le second transcrit est obtenu par la prise en compte comme un exon d’une séquence Alu-like de l’intron 6 qui insère également un codon

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stop prématuré (Seo et al., 2016). Son apparition est favorisée par des conditions de stress et ce transcrit est un substrat de la voie de dégradation non-sens (Non sens Mediated Decay, NMD). Un troisième transcrit alternatif de SMN1 a été identifié chez des patients SMA et des individus sains. Il est généré par l’exclusion des exons 5 et 7 mais sans qu’une isoforme de la protéine ne soit décrite (Fig 6B) (Gennarelli et al., 1995).

1.2.3.5. La protéine SMN

La protéine SMN est exprimée de manière ubiquitaire. La séquence codant la protéine SMN est répartie sur les exons 1 à 7 (le 8ème ne contient que la séquence 3’ UTR) et donne après traduction une structure primaire de 294 acides aminés (AA) pour une masse molaire de 32 kDa. En 2015, une structure 3D par cristallographie a été proposée mais a dû être retirée du fait d’erreurs d’interprétations (Seng et al., 2015, 2016). Plusieurs travaux ont néanmoins permis de décrire les différents domaines composant SMN et leurs fonctions (pour revue Singh et al., 2017). A partir de l’extrémité N terminale se trouve une première région riche en AA basiques (chargés positivement à pH 7.4) / AA lysine offrant donc des possibilités d’interactions électrostatiques. Dans la continuité de ce domaine protéique, SMN possède un domaine Tudor permettant l’interaction avec des protéine diméthylées sur des motifs Arginine-Glycine-Glycine / Arginine-Glycine (Brahms et al., 2001; Mohaghegh et al., 1999; Tripsianes et al., 2011).Enfin, la dernière partie de la protéine est composée par : une région riche en proline et un domaine de 16 AA contenant la boite tyrosine-glycine (YG box) à l’extrémité C terminale. Ce dernier domaine est codé par l’exon 7 du gène SMN et est donc absent dans les ARNm SMN7 provenant du gène SMN2. Cette région permet la dimérisasion des protéines SMN, assure la stabilité et régule les localisations cellulaires notamment via un motif d’AA QNQKE (Fig 6BC) (Cho and Dreyfuss, 2010; Lorson et al., 1998; Zhang et al., 2007). Des modifications post traductionnelles de la protéine SMN ont été décrites et contribuent à réguler ses différentes fonctions décrites ultérieurement.

Tout d’abord, des phénomènes de phosphorylation/déphosphorylation par la protéine kinase A et la serine thréonine phosphatase 4 (PPP4), ont été décrits au niveau des serines 4, 5, 8, 187 et de la thréonine 185 respectivement (Burnett et al., 2009a; Grimmler et al., 2005; Wu et al., 2011). Ces modifications participent à la stabilité de la protéine et à la régulation de certaines de ses fonctions cellulaires comme la maturation des petits ARN nucléolaires (snARN).

Les fonctions et la localisation cellulaire de SMN peuvent également être régulées par ubiquitination. Ainsi, la mono ubiquitination de SMN par Itch, induit sa relocalisation nucléaire tout en bloquant son interaction avec les protéines Sm intervenant dans la maturation des snARN (Han et al., 2016).

D’autre part, la protéine SMN et la protéine tronquée SMN7 peuvent être poly-ubiquitinées par le complexe du protéasome (Burnett et al., 2009b). Cependant, les cinétiques

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de dégradation diffèrent entre la forme complète et tronquée : le temps de demi-vie est de 4,35h pour SMN et 2,15h pour SMNDelta7. D’après les auteurs de l’étude, la capacité de SMN à former des dimères dans sa forme complète pourrait également expliquer sa plus grande stabilité.