2. Les évènements d’intérêts
2.2. Les expositions environnementales
L’adresse exacte du domicile des femmes a été recueillie à l’accouchement dans EDEN et à l’inclusion dans PELAGIE puis géocodée avec un système d’information géographique.
2.2.1. Les facteurs météorologiques
Des données quotidiennes de température (en °C) et d’humidité relative (en %) ont été obtenues à partir de la « Publithèque » de Météo France. Ces paramètres météorologiques sont mesurés par des stations météo reparties sur l’ensemble du territoire français.
Pour chaque paramètre météorologique, nous avons calculé la distance entre les stations mesurant le paramètre d’intérêt et le domicile de chaque femme. Pour chaque femme, la station la plus proche de son domicile mesurant le paramètre d’intérêt lui a été attribuée (Figure 1). Nous avons fixé une limite maximale de 40 km entre le domicile et la station. Ainsi, des données manquantes ont été attribuées aux femmes vivant à plus de 40 km de la station la plus proche de leur domicile (n=17). La zone côtière océanique, définie comme le
Chapitre I : Population et évènements d’intérêts
terrain situé à moins de 8 km de la côte, est soumise à des influences météorologiques spécifiques.
Les femmes de la cohorte PELAGIE vivant dans les zones côtières ont été assignées la station météorologique la plus proche se trouve dans la zone côtière (Figures 3 et 4).
Figure 4. Localisation du domicile des femmes et des stations mesurant les paramètres météorologiques.
Pour chaque femme, nous avons ensuite calculé la température et l’humidité relative moyennes auxquelles elle était exposée durant différentes fenêtres de temps au cours de la grossesse. Nous nous sommes ainsi intéressés à des fenêtres d’expositions à moyen terme (chaque trimestre de la grossesse et la grossesse entière) et à court terme (jours, semaines et mois précédant l’accouchement). Pour chaque fenêtre d’exposition, au moins 75 % des données devaient être disponibles. Dans le cas contraire, l’exposition était manquante pour la fenêtre d’exposition en question.
Figure 5. Localisation du domicile des femmes et des stations mesurant les paramètres météorologiques en Bretagne.
2.2.2. Les polluants de l’air
Les données sur les expositions aux polluants de l’air étaient disponibles uniquement pour la cohorte EDEN. Les niveaux de concentration en NO2 et PM10 ont été estimés à l’adresse du domicile des femmes à l’aide d’un modèle de dispersion implémenté sous le logiciel ADMS-Urban (Sellier et al. 2014). Ce modèle prend en compte des données sur les émissions des polluants, l’occupation des sols, le relief, les conditions météorologiques, la configuration des bâtis à proximité des routes et les réactions chimiques dans l’atmosphère pour modéliser la dispersion des polluants. Il fournit des estimations horaires à l’adresse exacte du domicile des femmes. Les fenêtres de temps au cours de la grossesse ont été calculées de même façon que pour celles des paramètres météorologiques : à court terme (jours, semaines et mois précédant l’accouchement) et à plus long terme au cours de la grossesse (chaque trimestre de la grossesse et la grossesse entière). Les changements d’adresse en cours de grossesse ont été pris en compte en estimant une moyenne des niveaux d’exposition à chaque adresse dans la
Domicile des femmes à l’intérieur des terres Domicile des femmes à moins de 8 km de la côte Station à moins de 8 km de la côte mesurant la température Station à l’intérieur des terres mesurant la température Domicile des femmes à l’intérieur des terres Domicile des femmes à moins de 8 km de la côte Station à moins de 8 km de la côte mesurant l’humidité Station à l’intérieur des terres mesurant l’humidité
Chapitre I : Population et évènements d’intérêts
période correspondante, pondérée par la durée de résidence à chaque domicile. Ce modèle a été mis en œuvre avec la même méthodologie pour les deux centres : Poitiers et Nancy.
Figure 6. Niveaux de concentration en NO2 à Poitiers et à Nancy estimés à partir du modèle de dispersion, 2005.
2.3. La méthylation de l’ADN
Les données méthylation sont issues des analyses des échantillons de placenta qui ont été prélevés à l’accouchement pour 1301 femmes de la cohorte EDEN. Les prélèvements placentaires ont été réalisés selon une procédure standardisée (protocole et film expliquant la procédure à suivre) par la sage-femme ou le technicien de l’étude présent à la maternité. Le placenta a été épongé, et des échantillons d’environ 5 mm x 5 mm ont été réalisés dans le centre de la galette placentaire, en prenant soin d’éviter les zones de nécrose et de ne prélever que les villosités fœtales. Les prélèvements obtenus ont été placés dans des cryotubes
étiquetés avec l’identifiant EDEN de la femme, puis congelés à -80 °C et stockés dans les biothèques ciblées pour l’étude (Hôpital de Nancy et Poitiers).
L’extraction de l’ADN placentaire a été effectuée principalement par la société QIAGEN. L’ADN a été extrait pour 668 couples mère-enfant pour lesquels des données de pollution avec le modèle de dispersion étaient disponibles, et un équilibrage sur le sexe de l’enfant et le centre de l’étude a été réalisé de manière aléatoire. Les ADN ont ensuite été envoyés au Centre National de Génotypage (CNG, Jorg Tost, partenaire du projet) en France, pour la réalisation des analyses de méthylation. La puce Illumina 450K (Infinium HumanMethylation450 BeadChip) a été utilisée pour évaluer les niveaux de méthylation dans les échantillons de placenta (Illumina, San Diego, CA, USA). Environ 480 000 sites de méthylation sont ainsi mesurés sur l’ensemble du génome. Au total, 9 plaques incluant 64 puces ont été utilisées. Ces plaques ont été analysées en 4 groupes. Nous avons reproduit plusieurs échantillons pour déterminer si le groupe, la plaque, et la puce avaient un effet sur le niveau de méthylation obtenu. Le ratio garçons/filles a été équilibré pour chaque puce. Des contrôles méthylés/non-méthylés ont été réalisés (1 par plaque). Les contrôles ont bien fonctionné. Les filles avaient globalement des niveaux de méthylation différents des garçons. Les niveaux de méthylation de chaque site CpG (Cytosine–phosphate–Guanine) ont été normalisés selon la méthode décrite par Touleimat and Tost (2012). Après les étapes de contrôle qualité et de normalisation, 426 049 sites CpG étaient disponibles pour les analyses statistiques.
La méthylation globale des séquences Alu et LINE-1 a été quantifiée par pyroséquençage. Aucune différence significative dans les niveaux de méthylation n’a été détectée entre les centres de Nancy et Poitiers, ni selon le groupe, la plaque et la puce (test de Student).