UE BIO2317U : Biofilm
Responsable : A. BAZIRE 20h CM / 12h TD
Objectifs : Les biofilms résultent de l'adhésion à une surface solide de micro-organismes englobés dans une matrice extracellulaire renfermant majoritairement des macromolécules (polysaccharides, protéines, peptides, phospholipides, acides nucléiques...). Les conséquences de l'instauration des biofilms présentent des effets négatifs (contamination alimentaire, d’implants, biocorrosion...) mais aussi positifs (lutte contre l'adhésion de micro-organismes pathogènes, dépollution, production de molécules d'intérêt pharmaceutique...). L'étude des biofilms joue donc un rôle économique important dans de nombreux secteurs industriels.
L'objectif de cet enseignement est de comprendre la formation d’une structure complexe bactérienne (biofilm) à différents niveaux, afin de l’utiliser ou la combattre.
Contenu : Physico-chimie et interactions des surfaces. Les étapes de la formation du biofilm bactérien, approche moléculaire et régulation. Méthodes d’études des biofilms bactériens. Biofilms marins multi-espèces. Stratégies anti-biofilm. Exemple de propriétés physiologiques des biofilms.
Stratégies de contrôle et prévention des biofilms avec des applications en industrie agro-alimentaire et sécurité sanitaire.
Pré-requis : Microbiologie / Génétique microbienne / Chimie analytique.
Bibliographie :
Dheilly, A., E. Soum-Soutera, G. L. Klein, A. Bazire, C. Compere, D. Haras, and A. Dufour. 2010.
Antibiofilm activity of the marine bacterium Pseudoalteromonas sp. strain 3J6. Appl Environ Microbiol 76:3452-61.
Costerton, J. W. 1995. Overview of microbial biofilms. J Ind Microbiol 15:137-40.
UE BIO2318U : Biosynthèse des substances naturelles
Responsable : P. SAULEAU 20 h CM / 10 h TD
Objectifs :
Les techniques de génie génétique (cf. UE « Génétique microbienne : mutagenèse et production de protéines hétérologues ») permettent de produire un nombre croissant de biomolécules (cf. UE
« Biomolécules et vectorisation ») grâce à la culture de bactéries, de levures, de cellules animales.
En parallèle, la production des molécules « classiques » comme les alcaloïdes, les terpènes, les flavonoïdes ou les macrolides, etc. qui constituent la majeure partie de notre arsenal thérapeutique fait appel aux techniques de synthèse chimique. Depuis peu, la connaissance des voies de biosynthèse de ces molécules couplée aux techniques de mutagenèse dirigée permet une production
"artificielle" de certaines familles de molécules dites "naturelles" par voie biotechnologique.
Relation structure activité (RSA) :
Dès que la structure moléculaire d’un composé biologiquement actif (petite molécule naturelle ou synthétique) est connue, l'étude des relations structure-activité de cette molécule peut être réalisée dans le but de découvrir quelles parties de la structure sont indispensables pour conserver l’activité biologique.
La synthèse de composés sélectionnés est effectuée. La molécule est à chaque fois légèrement modifiée par rapport au modèle original afin de produire un analogue.
L’impact de ces modifications sur l’activité biologique est étudié.
Les « armes » d’une molécule active sont représentées par divers groupes fonctionnels présents qui lui permettent de se lier au récepteur biologique ou bien qui la protège lors de son séjour dans un organisme.
Contenu : Etude des voies de biosynthèse de molécules naturelles d'intérêt pharmacologique en particulier de deux grandes familles de métabolites : les polycétides et les polypetides non-ribosomaux qui font actuellement l'objet d'intenses recherches (Pierre Sauleau).
Recherche de petite molécules pilotes à activités biologiques, naturelles ou synthétisées - Synthèse et modification chimique – Relation structure activité biologique ( C. DUFAU).
Pré-requis : Chimie / Chimie organique / Biologie moléculaire Bibliographie :
UE BIO2319U : Bioréacteurs et traitement des eaux
Responsable : P. BOURSEAU 21 h CM / 8 h TD
Objectifs :
Bioréacteurs : Compléter les connaissances vues en M1 sur le fonctionnement des bioréacteurs, sur les aspects concernant l’aération et de l’agitation.
Connaître le potentiel de valorisation industrielle des microalgues et les enjeux associés.
Prérequis : cours Bioréacteurs de M1 (Contacter P. Bourseau) Traitement des eaux usées
Connaître les principales opérations de traitement biologique et physico-chimique des eaux usées, et les critères de sélection et d’agencement au sein d’une chaîne de traitement donnée
Savoir interpréter les résultats d’analyse des eaux Contenu
Conduite des réacteurs et des bioréacteurs (P. Bourseau)
− Agitation et aération dans les (bio-)réacteurs : Agitation et mélange, les différents mobiles d’agitation, paramètres clefs du design et du fonctionnement d’un système d’agitation, extrapolation. Transfert et consommation d’oxygène, évaluation du KL a (capacité d’oxygénation)
− Valorisation des microalgues : les enjeux industriels
Intérêt industriel des micro-algues : marchés, situation internationale, acteurs français, molécules d’intérêt
Procédés de valorisation des microalgues : culture, récolte, bioraffinage
Etude de cas : installation de production avec recyclage et traitement du milieu de culture
Traitement des eaux usées (L. Vandanjon)
− Conception d’une chaîne de traitement d’eau
Principales opérations de traitement ; sélection et combinaison des opérations
UE BIO2326U : Biotechnologie des Macromolécules d‘Organismes Marins (BIOMACROM)∗
Responsables : Jean Mary – Lionel Cladière (Roscoff)
12 h CM / 50 h TP Objectifs:
apporter un éclairage sur les apports de la Recherche Académiques aux problèmes et enjeux des milieux professionnels impliqués dans les filières de production (aquaculture) ou d’utilisation de la ressource biologique (biomasse, molécules à potentiel technologique ou thérapeutique).
L‘UE s‘appuira par ailleurs sur les expertises reconnues des acteurs de projets „investissement d‘avenir „ tels que IDEALG et Océanomix ou ayant crée leur start up sous formes de séminaires thématiques.
Contenu :
Glycobiologie marine, biologie structurale, enzymologie
L‘unité d‘enseignement s‘articulera principalement autour de deux semaines de TP dans lesquels les étudiants procèderont à la mise en oeuvre d‘approches biotechnologiques.Identification d‘un gène d‘intérêt, clonage, expression, purification, test d‘expression fonctionnel pour une caractérisation enzymatique jusqu‘à production de cristaux pour une appoche en cristallographie à partir d‘un gène de β-glucanase bactérien (Zobellia galactanivorans)
Cours en Français, documents en français et en anglais
* Option limitée à 5 étudiants, à la place de l‘UE Bioréacteurs et traitement des eaux
UE BIO2114 : Toxicologie et Physiologie Moléculaires
Responsable : G. LE PENNEC
12h CM/ 6h TD
Objectifs : Les polluants d’origine anthropiques sont omniprésents dans tous les compartiments de la biosphère (air, eau, sol). Leur impact avéré dans les écosystèmes est préoccupant pour les organismes qui y résident et également pour l’homme qui les subit directement ou indirectement. Il est donc nécessaire de les détecter, d’évaluer leur toxicité et de mettre en œuvre ou d’imaginer des moyens pour les éliminer ou les maintenir sous des seuils compatibles avec la vie des organismes.
Par ailleurs, un certain nombre de molécules à destiné thérapeutique humaine se sont révélées toxiques malgré des essais de toxicité préalables.
Cette unité d’enseignement vise à comprendre les effets de différentes molécules, rejoignant les écosystèmes ou thérapeutiques, sur la physiologie fine de certaines espèces, homme y compris afin de permettre la prise de décisions quant à leur devenir.
Contenu : Bioremédiation bactérienne, herbicides, éléments traces métalliques, hydrocarbures, molécules thérapeutiques, toxicodynamique, toxicocinétique, tests de toxicité
Pré-requis : Microbiologie, Biologie cellulaire, Physiologie, Biochimie
Intervenants : A. Bazire , G. Le Pennec , Ingénieur Plateforme Ecotoxicologie
UE CGE 2304U : Le Monde de l'Entreprise - Anglais
Marketing – comptabilité – gestion – économie ( C. EVAIN) Marketing
Les notions de la démarche mercatique : -La politique de marché -La politique de produit -La politique de distribution -La politique de communication.
Comptabilité - Gestion
Les grands principes de la comptabilité :
– Sources et nature des obligations comptables –Le bilan et le compte de résultat
– Les mécanismes comptables – Le fonctionnement des comptes – Les principaux schémas comptables
– De la vision comptable à la vision financière
– Les soldes intermédiaires de gestion et le bilan fonctionnel.
Economie
Ressources humaines ( C. CAOUDAL) : management
Contenu / Objectif : donner à l'étudiant des bases de management leur permettant de comprendre et
Médicaments, Compléments alimentaires, Allégations nutritionnelles et de santé, Dispositifs Médicaux, Novel food… Quelles frontières ?
La réglementation sur les médicaments, les dispositifs médicaux, les produits de thérapie cellulaire et génique, les cosmétiques, les nutraceutiques. Présentation des autorités compétentes (EMA, ANSES, Efsa...). Où trouver les Directives européennes, les guidelines ? Qu'est-ce qu'un essai clinique, une allégation ? La protection intellectuelle (brevets, AMM...).
Anglais M. Eason
Pré-requis : niveau B1 du Cadre Européen de Référence Commun pour les Langues
Contenu :
- Compétences écrites :
Synthèse critique de documents écrits ou vidéo liés au domaine de spécialité
Communication professionnelle (si pas vu en M1) : rédiger un CV et une lettre de motivation efficaces
- Compétences orales
Entraînement / renforcement de la prise de parole en continu, spontanée (débats/réunions en petits groupes) ou préparée (présentations orales individuelles ou en groupe. Ex :
présentation de stage ou de projet).
Entraînement à l’entretien d’embauche en anglais (si ceci n’a pas été fait en M1) Objectifs :
Comprendre un document lié au domaine de spécialité et être capable d’en restituer le
Demi -UE BAM2301T : Biotechnologie des Algues Marines *
Responsable : J. COLLEN (Roscoff) 20h CM /15h TD / 25 h TP
Objectifs:
Transmettre des compétences et des connaissances sur la biologie, les bioressources et la biotechnologie des algues ; des compétences pratiques sur l‘utilisation des algues et produits des algues dans la recherche et dans la biotechnologie ; mener des recherches bibliographiques ; synthétiser des données scientifiques ; faire une présentation synthétique.
Contenu :
Ce cours présente des aspects de la biologie et de la biotechnologie des algues marines, en particulier quand elles utilisent des solutions biochimiques uniques ou inhabituelles pour des problèmes écologiques, physiologiques ou biochimiques.Les algues comme des organismes modèles importants et interéssants pour la recherche sont introduites. Une partie importante est consacrée à des exercices de laboratoire (études sur des effets des agents stressants biotiques et abiotiques sur la physiologie, la biochimie, l‘utilisation des polysaccaharides des parois des algues et la photosynthèse).
Ce cours examine également la biogénèse des principaux produits naturels commercialement intéressants qui sont synthétisés par des algues ainsi que leur commercialisation. Le potentiel des composés naturels pour d enouvelles applications dans l‘agriculture, l‘alimentation, le fourrage, les cosmétiques, la santé et comme biocarburants est décrit.
Cours en français ou anglais si il y a des non francophones, documents en anglais
* Option, limitée à 5 étudiants, à la place de la demi-UE Start Up
UE SBT 2301U : « Start-Up » et projet
Créer ou développer une entreprise : pour qui, pourquoi, comment faire ? Le réseautage
Gestion de Projet
Permettre aux étudiants de maîtriser les fondamentaux d'une méthodologie pratique et éprouvée de gestion de projet pour être en mesure de piloter avec efficacité tout type de projet.
-Définitions : projet et approche projet, retours d’expériences
-L’initialisation, le lancement du projet, le dossier de cadrage du projet -La prise en compte des risques, les jalons et les livrables du projet -Les différents acteurs du projet : rôle et responsabilités, DRACI, MOE, MOA -La gestion de la communication (interne / externe), la communication : push & pull -Les éléments clé du pilotage du projet, la clôture du projet : quand, pourquoi, comment
Mme C. EVAIN :
Initiation au montage financier d'un projet innovant (business plan)
Cette formation introduira des notions de comptabilité (bilans, comptes de résultats,…). Elle détaillera la méthodologie à adopter pour structurer une idée innovante et comment la retranscrire dans un plan de développement financier (trésorerie, investissement, …). L'analyse des risques, les notions de rentabilité et de création de valeur seront également explicitées.
Etude de marché.
M. ANNETTI :
Initiation à la recherche documentaire en propriété intellectuelle (brevets, marques)
Cette formation s'effectuera sur postes informatiques afin de placer les étudiants en situation pratique de recherche sur les bases de données existantes.
M. P. SAULEAU
3ème partie : examen – évaluation
Rapport écrit et soutenance orale : quelques minutes d’exposé et quelques minutes de question par groupe
Projet Projet bibliographique