Il n’existe pas de règles strictes indiquant aux pays le système de surveillance à adopter. Cela dépend du niveau de transmission du paludisme et de la capacité du programme de lutte à effectuer les activités spécifiques. Certains pays en situation de transmission relativement forte peuvent adopter certaines des approches appliquées en situation de faible transmission ; leurs programmes de lutte devraient alors progresser plus rapidement grâce à un meilleur ciblage des interventions. Nombre de pays à faible transmission peuvent souhaiter adopter certaines approches appliquées en phase d’élimination. Des approches différentes peuvent être utilisées selon les situations au sein d’un même pays, en particulier lorsque l’intensité de la transmission varie selon la géographie, ce qui est le cas à Madagascar. Le système national de routine de gestion de l’information sanitaire à Madagascar suit une pyramide ascendante, processus multi-étapes d'agrégation de données et de transfert entre les niveaux selon un calendrier mensuel fixe. Des résumés sur papier de toutes les consultations des patients des centres de santé communautaires sont transférés soit par l’intermédiaire des établissements de santé soit par l'intermédiaire des agents de santé communautaires, dans les 112 bureaux de district de santé de Madagascar. Les données y sont saisies dans le logiciel de base de données GeSIS et est accessible par le Ministère de la santé régional et central ainsi que par le Programme National de Lutte contre le Paludisme (PNLP) [42, 43]. Les cliniques privées se trouvent à la périphérie du système de routine de gestion de l’information sanitaire mais sont tenues également envoyer leurs rapports au système de santé publique. Cependant, cette pratique s’avère en réalité très rare et cette caractéristique est explicitement prise en compte dans le système de données de routine [18]. Outre le système national de gestion de l’information sanitaire, un système parallèle de transmission de données, le Système intégré de surveillance et de lutte contre les maladies, est conçu comme système d'alerte précoce contre les épidémies de maladies à déclaration obligatoire, y compris le paludisme. Des rapports sous format papier ou électronique sont envoyés hebdomadairement au PNLP pour analyse. Dans la pratique, ce canal de communication est faible et peu développé dans la plupart des districts sanitaires ; le President’s Malaria Initiative (PMI) à Madagascar a identifié seulement huit des 112 districts comme ayant des rapports fonctionnels [44]. La surveillance des épidémies est également effectuée directement au niveau de l'établissement de santé en fonction des tendances hebdomadaires observées dans les cas de TDR positifs. Les capacités de diagnostic biologique en dehors de la capitale sont limitées.
En ce qui concerne l’accessibilité aux soins, le programme assure une politique de gratuité pour les mesures de prévention et de prise en charge des accès palustres simples. Cependant, les difficultés d’accès géographiques aux services de santé, particulièrement dans les zones enclavées limitent la portée des efforts d’équité. Un mécanisme de coordination spécifique à la lutte contre le paludisme a été mis en place et comprend des organes de soutien comme le Comité consultatif technique d’experts du paludisme, la Taskforce de Roll Back Malaria (RBM) qui disposent des ressources humaines qualifiées, des experts internationaux et enfin la Commission nationale pour la lutte contre le paludisme.
La surveillance sentinelle
Un système de surveillance sentinelle est utilisé lorsque des données de haute qualité sont nécessaires en temps quasi réel sur une maladie particulière et qui ne pourraient être obtenues par un système de surveillance national. L’unité temporelle de notification est définie afin d’obtenir une forte probabilité d’observation des cas de la maladie en question. Alors que la plupart des systèmes de surveillance nationaux reçoivent des données exhaustives du plus grand nombre des acteurs de la santé ou des établissements de santé, un système sentinelle implique de façon délibérée un réseau limité de sites d'information soigneusement sélectionnés. Les données recueillies dans un système sentinelle bien conçu peuvent être utilisées pour signaler les tendances, identifier les épidémies et surveiller le poids de la maladie dans une communauté, en fournissant une alternative rapide et économique à d'autres méthodes de surveillance.
Une collaboration entre le Ministère de la Santé Publique (MSANP) et l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) a permis la mise en place d’un réseau de surveillance sentinelle des fièvres [7]. Ce réseau, créé en 2007 suite aux épidémies concomitantes de Dengue et de Chikungunya (Janvier 2006), permet de suivre les tendances de certaines maladies à potentiel épidémique, dont le paludisme. Il s’appuie aujourd’hui sur 34 formations sanitaires et centres de santé de base, répartis dans les 22 régions de Madagascar (Figure 12). Tous les modes de transmission du paludisme sont représentés : treize sites sont localisés sur le faciès de transmission de l'Ouest, sept dans l'Est, cinq dans les marges, quatre dans les Hautes-Terres Centrales (HTC) et deux dans le Sud. Ces modes de transmission englobent respectivement, 21,0%, 27,5%, 13,7%, 31,9% et 5,9% de la population malgache.
Conformément à la politique nationale, l’infection palustre est confirmée ou non par un Test de Diagnostic Rapide (TDR) pour chaque patient fébrile, c’est-à-dire présentant une température axillaire non rectifiée supérieure ou égale à 37,5°C. L’utilisation des TDR et les technologies de communication mobile : téléphones mobiles, tablettes numériques et des personal digital assistant (PDA), etc. permettent une confirmation et une transmission des cas de paludisme de façon quotidienne. Ces données sont alors automatiquement enregistrées dans une base de données sur un serveur à l’IPM.