Le plan d’échantillonnage

L’étude présentée dans cette thèse s’appuie sur des enquêtes réalisées entre 2017 et 2019 auprès des étudiants de l’ENVT et afin d’être comparées aux résultats obtenus par des enquêtes réalisées en 2017 auprès de basses-cours gersoises et ayant fait l’objet d’une thèse d’exercice vétérinaire (11).

2.1.1.1. La basse-cour gersoise

A la suite de l’épisode d’influenza aviaire H5N8 de 2016-2017, les services de l’Etat, conjointement avec les services de virologie et pathologie aviaires avaient démarrés une enquête épidémiologique dans le département du Gers afin de comprendre l’importance des basses-cours à proximité des foyers lors de la crise (11). Cette enquête a été plus particulièrement menée par la chaire partenariale de biosécurité aviaire de l’Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT) et la Direction Départementale de la Cohésion Sociale et de la Protection des Populations du Gers (DDCSPP32). Une enquête descriptive des basses-cours ainsi que des analyses de prélèvements biologiques (écouvillons trachéaux et cloacaux et prises de sangs) des volailles ont ainsi été réalisés pour étudier le rôle éventuel des basses-cours dans la circulation du virus influenza H5N8 circulant en 2016-2017 (60). Au sein des zones de protection Nord et Sud du Gers, ont été retenues les communes n’ayant pas déjà fait l’objet de prélèvements officiels par des vétérinaires mandatés. Dans le cadre de cette étude, seules les basses-cours comprises dans un rayon d’un kilomètre par rapport aux foyers d’influenza déclarés et abattus ont été sélectionnées.

La DDCSPP32 a communiqué l’ensemble des coordonnées des basses-cours déclarées dans le rayon d’un kilomètre autour des foyers retenus pour commencer la cartographie. Ces informations étant éparses à cause d’un faible taux de déclaration, elles ont été complétées par des équipes de l’ENVT. Suite à une prise de contact téléphonique effectuée par la DDCSPP32, des équipes de deux personnes

31 rencontrèrent sur plusieurs jours les maires des différentes communes afin de leur expliquer le projet et les objectifs à atteindre. A la suite de ces entretiens, tous les maires ont accepté de collaborer au projet et ont laissé des équipes dédiées effectuer la réalisation des questionnaires et prélèvements auprès des propriétaires de basses- cours. Avant sélection, l’étude comportait 168 basses-cours réparties sur 39 communes. Après prise de contact et écartement des basses-cours hors échantillonnage ou qui ont refusé la participation, 70 propriétaires de basses-cours ont répondu au questionnaire et ont accepté les prélèvements biologiques. La figure 6 situe l’ensemble des basses-cours prélevées dans le Gers

Figure 6 : Carte des foyers d’IAHP 2016-2017, centrée sur le département du Gers et des basse-cours enquêtées et prélevées (11)

Le questionnaire utilisé comportait 28 questions sur deux pages et était organisé autour de quatre axes : les effectifs de volailles et oiseaux d’ornements présents sur le site, la description de l’élevage, les liens éventuels de la basse-cour avec l’extérieur et enfin les informations sanitaires (annexe 1).

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Des écouvillons trachéaux et cloacaux ont été effectués, ainsi que des prises de sangs à la veine alaire. Les basses-cours possédant des palmipèdes et celles dites « mixtes », donc comprenant des poules et des canards, ont été prélevées. Lorsque les basses-cours ne comportaient que des poules, celles ayant plus de 10 poules ont été prélevées en priorité. Si aucune basse-cour ne répondait à ces critères, les basses- cours de moins de 10 poules ont été prélevées dans la limite du temps alloué aux prélèvements pour chaque commune.

2.1.1.2. La basse-cour étudiante

En 2017, le projet de l’étude de basses-cours hors du cadre du Gers a émergé. Les difficultés de recrutement auxquelles ont été confrontés les intervenants du projet gersois ainsi que celles évoquées dans les études de basses-cours ont motivé la recherche d’un ensemble de basses-cours facilement accessibles dont les propriétaires ne refuseraient pas d’être sollicités.

Le choix des enquêteurs s’est finalement porté sur les étudiants vétérinaires de l’Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse et leurs proches parents. En effet, il y a plus de 600 étudiants sondables par les listes courriels et étant de futurs vétérinaires, ils sont formés à la réalisation de prélèvements biologiques chez les oiseaux avec des écouvillons. Ainsi entre novembre et décembre 2017, les étudiants ont pu participer à une enquête si eux-mêmes ou des proches parents possédaient une basse-cour. Ils ont été contactés par les listes courriels internes de l’école. Parmi tous les étudiants, 42 réponses positives ont été reçues. Ils ont alors reçu des kits comprenant un questionnaire, des écouvillons de prélèvements, des gants pour les prélèvements ainsi qu’une fiche détaillant la réalisation des prélèvements.

L’ensemble des basses-cours d’étudiants prélevées est réparti sur 18 départements du nord au sud de la France. Elles se trouvent principalement dans la moitié sud de la France. La figure 7 indique la répartition des basses-cours.

Le questionnaire comprend 65 questions réparties sur trois pages et classées en cinq axes, à savoir : la description de l’effectif de la basse-cour et sa provenance et âge ; la description du foyer des propriétaires ; l’alimentation et l’abreuvement des volailles ; l’entretien du poulailler ; la santé du poulailler. Quatre axes sont communs avec le questionnaire soumis aux basses-cours gersoises (annexe 2)

Dans 33 basses-cours, questionnaires et prélèvements ont été réalisés.

Pour chacune des 33 basses-cours, un maximum de dix poules a été prélevé. Pour chaque oiseau, un écouvillon cloacal et un écouvillon trachéal ont été réalisés dans les 24 heures précédant leur dépôt à l’ENVT.

Après traitement des échantillons, chaque étudiant a reçu par courriel les résultats de biologie moléculaire de la basse-cour dont il était le référent (annexe 3) ainsi que les résultats de l’ensemble des basses-cours étudiantes (annexe 4).

33 Figure 7 : Carte des basses-cours étudiantes sélectionnées avec l’ensemble des basses-cours du Gers