L’effet des amines hétérocycliques - : Dysbiose et pathologies liées au microbiote

Chapitre 3 : Dysbiose et pathologies liées au microbiote

4 L’effet des amines hétérocycliques

Dans la littérature de plusieurs travaux, ou les chercheurs ont étudier les conséquences d’une exposition aigüe du microbiote intestinal humain à un type de contaminants chimiques d’origine alimentaire : la 2-amino-1-méthyl-6-phénylimidazo (4,5-b) pyridine (PhIP) était la molécule d’intérêt. L'analyse des microbiotes digestifs par chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse (GC-MS) après leur micro extraction en phase solide (SPME) révèle des changements de composition en molécules volatiles en réponse à l'exposition a ce contaminant, avec notamment un déséquilibre de certains composés soufrés, phénoliques et esters. En parallèle, des analyses métatranscriptomiques et des mesures des propriétés inflammatoires montrent un impact sur les taux d'expression des gènes microbiens liés à certaines fonctions du métabolisme (lipides, membranes, ribosome…) et sur

42 l'établissement d’un état pro-inflammatoire modéré dans l'intestin. Des recherches sont en cours pour valider la robustesse des composés volatils identifiés comme marqueurs candidats d'exposition aux contaminants et pour évaluer leur potentiel informatif pour révéler des modifications de certains pans du métabolisme microbien (Defois et al., 2018).

Ces résultats appuient le concept émergent selon lequel les contaminants alimentaires pourraient altérer les activités du microbiote intestinal.

Conclusion générale

43 Depuis l’antiquité, l’homme est exposé à des quantités innombrables de molécules chimiques issues des activités humaines (e.g. industrie, transport, agriculture, transformation des aliments) et naturelles (e.g. feux de forêt, volcanisme). Avec la révolution industrielle au cours du XX^ème siècle, la production d’une grande diversité de molécules chimiques potentiellement toxiques s’est accentuée avec un risque potentiel d’être déversée accidentellement ou non dans l’environnement. Ces molécules polluantes peuvent contaminer tous les écosystèmes (eau, terre, air) et persistent dans l’environnement, entrent en interaction directe avec les tissus vivants où ils s’accumulent au cours de la production végétale et animale. elles se retrouvent, à terme, transférées dans les produits alimentaires.

Étant donné que la flore intestinale humaine est en contacte continuelle avec le milieu environnemental extérieur ; le microbiote contient environ 10¹⁴ bactéries. Il présente un écosystème extrêmement complexe. Au-delà de l’étude de sa composition il a été mis en évidence que le microbiote intestinal exerce des fonctions majeures pour la physiologie de l’hôte à la fois métabolique mais aussi d’effet barrière et de maturation du système immunitaire.

Des modifications structurelles et, par conséquent fonctionnelles, du microbiote sont impliquées dans de nombreuses pathologies humaines, notamment digestives et métaboliques. Donc, il n’est pas surprenant de retrouver des altérations de la structure du microbiote intestinal associée à un état pathologique chronique de l’hôte.

Compte tenu de l'interaction complexe qui existe entre l'hôte et le microbiote intestinal.

L’homme est soumis à la contamination par de multiples molécules toxiques, telles que les dioxines, les pesticides, les amines hétérocycliques ou encore les antibiotiques.

Ce travail a également souligné l’importance de mieux comprendre le rôle des microorganismes dans le fonctionnement de l’écosystème digestif et plus généralement dans l’homéostasie de son hôte. Etablir le lien entre les populations microbiennes identifiées et les activités métaboliques qu’elles réalisent, reste aujourd’hui un défi majeur en écologie microbienne.

Références bibliographiques

44 Adamson, R. H., U. P. Thorgeirsson et T. Sugimura. « Extrapolation of heterocyclic amine carcinogenesis data from rodent and non-human primates to human, Arch Toxicol », Supp. 18, 1996, p. 303-318.

Adlerberth, I., Lindberg, E., Aberg, N., Hesselmar, B., Saalman, R., Strannegard, I. L., et al.

(2006). « Reduced enterobacterial and increased staphylococcal colonization of the infantile bowel: An effect of hygienic lifestyle? » pediatr. Res. 59, 96-101.

Arpaia N, Campbell C, Fan X, et al. « Metabolites produced by commensal bacteria promote peripheral regulatory T-cell generation ». Nature 2013 ;504 :451–5

Arrieta, M., Stiemsma, L. T., Amenyogbe, N., Brown, E. M., and finlay, B. (2014). « The intestinal microbiome in early life: health and disease ». Front. Immunol. 5, 427.

Backhed, F., Roswall, J., Peng, Y., Feng, Q., Jia, H., Kovatcheva-Datchary, P., et al. (2015).

« Dynamics and stabilization of the human gut microbiome during the first year of life ». Cell Host Microbe 17, 690-703.

Bezirtzoglou, E. « The intestinal microflora during the first weeks of life ». Anaerobe 3, n°. 2-3 (juin 1997) : 173-177.

BIOCODEX https://www.biocodexmicrobiotainstitute.com/intestinal.

Bishehsari F, Mahdavinia M, Vacca M, Malekzadeh R, Mariani-Costantini R. Epidemiological transition of colorectal cancer in developing countries: environmental factors, molecular pathways, and opportunities for prevention. World J Gastroenterol. 2014 ;20(20) :6055-72.

Boland, C. R. and A. Goel (2010). "Microsatellite instability in colorectal cancer." bowel syndrome in North America." Am J Gastroenterol 97(11 Suppl): S7-26.

Buekens, A., Stieglitz, L., Hell, K., Huang, H., and Segers, P. (2001). « Dioxins from thermal and metallurgical processes: Recent studies for the iron and steel industry ». Chemosphere 42, 729–735.

Références bibliographiques

45 Campeotto, Florence, Anne-Judith Waligora-Dupriet, Florence Doucet-Populaire, Nicolas Kalach, Christophe Dupont, et Marie-José Butel. « [Établissement de la microflore intestinale chez le nouveau-né] ». Gastroentérologie Clinique Et Biologique 31, n°. 5 (mai 2007) :

Chang, L., M. Adeyemo, et al. (2012). "Serum and colonic mucosal immune markers in irritable bowel syndrome." Am J Gastroenterol 107(2): 262-72.

Chiavarini, M., Bertarelli, G., Minelli, L., and Fabiani, R. (2017). « Dietary Intake of Meat Cooking-Related Mutagens (HCAS) and Risk of Colorectal Adenoma and Cancer: A Systematic Review and Meta-Analysis ». Nutrients 9, E514.

Chmill, S., Kadow, S., Winter, M., Weighardt, H., and Esser, C. (2010). 2,3,7,8-Tetrachlorodibenzo-P-Dioxin Impairs Stable Establishment of Oral Tolerance in Mice. Toxicol.

Sci. 118, 98-107.

Choudhary, S., Sood, S., Donnell, R. L., and Wang, H. C. R. (2012). » Intervention of human breast cell carcinogenesis chronically induced by 2-amino-1-methyl-6-phenylimidazo[4,5-b]

pyridine ». Carcinogenesis 33, 876-885.

Chung, W. S. F., Walker, A. W., Louis, P., Parkhill, J., Vermeiren, J., Bosscher, D., et al.

(2016). « Modulation of the human gut microbiota by dietary fibres occurs at the species level ».

BMC Biol. 14, 3.

Claus S.P., Ellero-Simatos S., Guillou H., 2016. The gut microbiota: a major player in the toxicity of environmental pollutants? NPJ Biofilms Microbiomes 2017 (3): 17001.doi :10.1038/npjbiofilms.2017.1

Collins SM, Surette M, Bercik P. The interplay between the intestinal microbiota and the brain.

Nat Rev Microbiol 2012 ; 10 : 735-742 [PMID : 23000955 DOI : 10.1038/nrmicro2876]

Conlon, M. A., and Brid, A. R. (2015). « The impact of diet and lifestyle on gut microbiota and human health ». Nutrients 7, 17-44.

46 Consonni D, Sindaco R, Bertazzi PA. 2012. « Blood levels of dioxins, furans, dioxin-like PCBs, and TEQs in general populations » : a review, 1989-2010. Environ Int 44 :151±162; doi:

10.1016/j.envint.2012.01.004.

Cosnes J, Gower-Rousseau C, Seksik P, Cortot A. Epidemiology and natural history of inflammatory bowel diseases. Gastroenterology. 2011 May ;140(6) :1785–94

Costello EK, Carlisle EM, Bik EM, Morowitz MJ, Relman DA. (2013) Microbiome assembly across multiple body sites in low-birthweight infants. MBio. 29; 4(6)

Costello, E. K., Stagaman, K., Dethlefsen, L., Bohannan, B. J. M., and Relman, D. A. (2012).

« The application of ecological theory towards an understanding of the human microbiome ».

Science (80-336, 1255-1262.

CPP : Comités de Protection des Personnes, 2002. Risques sanitaires liés à l'utilisation des produits phytosanitaires. Comité de la EFSA (2012b). « Update of the monitoring of levels of dioxins and PCBs in food and feed ». EFSA J. 10, 2832–2914.

David, L. A., Maurice, C. F., Carmody, R. N., Gootenberg, D. B., Button, J. E., Wolfe, B. E., et al. (2014). « Diet rapidly and reproducibly alters the human gut microbiome ». Nature 505, 559-563.

Defois C, Ratel J, Garrait G, Denis S, Le Goff O, Talvas J, Mosoni P, Engel E, Peyret P (2018). HYPERLINK "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30030472"Les produits chimiques alimentaires perturbent l'activité du microbiote intestinal humain et ont un impact sur l'homéostasie intestinale, comme l'ont révélé les systèmes in vitro.HYPERLINK

"https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30030472" Scientific reports, 8(1), 11006

Dethlefsen L, Huse S, Sogin ML, & Relman DA (2008) « [Les effets omniprésents d'un antibiotique sur le microbiote intestinal humain, révélés par le séquençage profond de l'ARNr 16S] ». Plos Biology 6(11) : E280.

Disponible sur : http://neovacs.fr/wp-content/uploads/cp-04-05-16.pdf.

Dominguez-Bello, Maria G, Elizabeth K Costello, Monica Contreras, Magda Magris, Glida Hidalgo, Noah Fierer, et Rob Knight. « Delivery mode shapes the acquisition and structure of the initial microbiota across multiple body habitats in newborns ». Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 107, n°. 26 (juin 29, 2010): 11971-11975.

Dragan, Y. P., and Schrenk, D. (2000). Animal studies addressing the carcinogenicity of TCDD (or related I compounds) with an emphasis on tumour promotion. Food Addit. Contam. 17, 289-302.

Références bibliographiques

47 Drossman, D.A. (1995). Diagnosing and treating patients with refractory functional gastrointestinai disorders. Annais of Internai Medicine, 123 (9), 688-697.

Ducrotte, P. (2010). « [Microbiota and irritable bowel syndrome]." Gastroenterol Clin Biol 34 Suppl 1: S52-6

Eckburg PB, Bik EM, Bernstein CN, et al. « [Diversité de la flore microbienne intestinale humaine] ». Science 2005 ;308 :1635-1638

Eckburg PB, Bik EM, Bernstein CN, Purdom E, Dethlefsen L, Sargent M, Gill SR, Nelson KE, Relman DA. (2005) Diversity of the human intestinal microbial flora. Science. 10 ; 308(5728) :1635-8.

Eckburg PB, Bik EM, Bernstein CN, Purdom E, Dethlefsen L, Sargent M, Gill SR, Nelson KE, Relman DA. (2005) Diversity of the human intestinal microbial flora. Science. 10; 308(5728) :1635-8.

EFSA (2012b), Update of the monitoring of levels of dioxines and PCBs in food and feed.

EFSA J,10 2914.

EFSA (2015). « Sientific statement on the health-based guidance values for dioxins and dioxin-like PCBs ». EFSA J. 13, 4124. Doi : 10.2903/j.efsa.2015.4124.

Emilie Dolié (2018) Rôle de la flore intestinale dans l’immunité : usage actuel des probiotiques et futures indications. Mémoire de fin de cycle en vue de l’obtention du doctorat en pharmacie.

France : Université Toulouse III Paul Sabatier, p 21-31.

France : UNIVERSITE TOULOUSE III PAUL SABATIER, p 21-31.

Falony, G Joossens, M., Vieira-Silva, S, Wang, L, Darzi, Y, Fanst, K, et al (2016) « Population-level analysis of gut microbiome variation ». Science (80- ) 352, 560-564.

Fantin B & De Lastours V (2015) « [Impact des fluoroquinolones sur le microbiote humain.

Focus sur l'émergence de la résistance aux antibiotiques »]. Future Microbiology 10(7) :1241-1255.

FAO (Food and agriculture Organisation) et OMS (Organisation Mondiale de la Santé). Rapport sur les considérations générales des réunions conjointes FAO/OMS de 1997 et de 1998 sur les résidus de pesticides.

48 Felton, J. S. et coll. « Health risk of heterocyclic amines », Muta Res, 376, 1-2,1997, p. 37-41.

Flint HJ, Scott KP, Louis P, et al. « Le rôle du microbiote intestinal dans la nutrition et la santé

». Nature Rev Gastroenterol Hepatol 2012 ;9 :577–89

Fukiya S, Arata M, Kawashima H, Yoshida D, Kaneko M, Minamida K, Watanabe J, Ogura Y, Uchida K, Itoh K, Wada M, Ito S, Yokota A. « Conversion of cholic acid and chenodeoxycholic acid into their 7-oxo derivatives by Bacteroides intestinalis AM-1 isolated from human feces ».

FEMS Microbiol Lett 2009 ; 293 : 263-270 [PMID : 19243441 DOI : 10.1111/j.1574-6968.2009. 01531.x]

Furness JB et al. In Microbial Endocrinology: « The Microbiota-Gut-Brain Axis in Health and Disease » (eds. Lyte M, Cryan JF). Springer New York. 2014 ;817 :39-71

Gérard P. GI tract: microbial metabolism of steroids. In: “Microbiology of Hydrocarbons, Oils, Lipids, and Derived Compounds”, K.N. Timmis, ed. Springer Verlag GmbH. Heidelberg, 2009;

4: 3133-40

Gérard P. GI tract: microbial metabolism of steroids. In: “Microbiology of Hydrocarbons, Oils, Lipids, and Derived Compounds”, K.N. Timmis, ed. Springer Verlag GmbH. Heidelberg, 2009 ; 4 : 3133-40.

Gevers D, Kugathasan S, Denson LA, Vázquez-Baeza Y, Van Treuren W, Ren B, et al. The treatment-naive microbiome in new-onset Crohn’s disease. Cell Host Microbe. 2014 Mar 12

;15(3) :382–92.

González-Barbosa, E., Mejía-García, A., Bautista, E., Gonzalez, F. J., Segovia, J., and Elizondo, G. (2017). TCDD induces UbcH7 expression and synphilin-1 protein degradation in the mouse ventral midbrain. J. Biochem. Mol. Toxicol., e21947.

Graham DB, Xavier RJ. From genetics of inflammatory bowel disease towards mechanistic insights. Trends Immunol. 2013 Aug ;34(8) :371–8.

Griggs, A. M., Agim, Z. S., Mishra, V. R., Tambe, M. A., Director-Myska, A. E., Turteltaub, K.

W., et al. (2014). « 2-Amino-l-methyl-6-phenylimidazo[4,5-b] pyridine (PhIP) is selectively toxic to primary dopaminergic neurons In Vitro ». Toxicol. Sci. 140, 179-189.

Hachulla, Eric et Jean Sibilia. 2016 « Diagnostic, traitement et prise en charge du lupus érythémateux systémique : les avancées de la recherche ».

Références bibliographiques

49 Han, M., Liu, X., Liu, S., Su, G., Fan, X., Chen, J., et al. (2017). 2,3,7,8-Tetrachlorodibenzo-p-dioxin (TCDD) induces hepatic stellate cell (HSC) activation and liver fibrosis in C57BL6 mouse via activating Akt and NF-kB signaling pathways. Toxicol. Lett. 273, 10-19.

Heinen (2010). "Genotype to phenotype: analyzing the effects of inherited mutations in colorectal cancer families." Mutation research 693(1-2): 32-45.

Heinritz, S. N., Weiss, E., Eklund, M., Aumiller, T., Heyer, C. M. E., Messner, S., et al. (2016).

Impact of a high-fat or high-fiber diet on intestinal microbiota and metabolic markers in a pig model. Nutrients 8, I E317.

Hooper LV, Wong MH, Thelin A, Hansson L, Falk PG, Gordon JI. « Molecular analysis of commensal host-microbial relationships in the intestine ». Science 291: 881–884, 2001.

Hsiao EY, McBride SW, Hsien S, Sharon G, Hyde ER, McCue T, et al.« Micro_biota modulate behavioral and physiological abnormalities associated with neurodevelopmental disorders ».

Cell 2013; 155:1451–63

http://www.hc-sc.gc.ca/fn-an/securit/chem-chim/index-fra.php. Consulté le 5 -2 2010.

http://www.record-net.org/

Huttenhower C, Kostic AD, Xavier RJ. Inflammatory bowel disease as amodel for translating the microbiome. Immunity2014 ;40 :843-54. Doi: 10.1016/j.immuni.2014.05.013

IARC (2012b). « [Monographies sur l'évaluation des risques cancérogènes pour l'homme] ».

Volume 100F-27.

IARC, ed. 2012. IARC monographs on the evaluation of carcinogenic risks to humans, volume 100 F, chemical agents and related occupations: this publication represents the views and expert opinions of an IARC Working Group on the Evaluation of Carcinogenic Risks to Humans, which met in Lyon, 20 - 27 October 2009. IARC: Lyon.

INERIS : national de l’environnement industriel et des risques (2006). « [Dioxines-Fiche de données toxicologiques et environnementales des substances chimiques] ».

Jacob, A., Tomkiewicz-Raulet, C., Jamet, C., Bendayan, R., Massicot, F., Coumoul, X., et al.

(2017). Ary! hydrocarbon receptor upregulates IL-1B expression in hCMEC/D3 human cerebral microvascular endothelial cells after TCDD exposure. Toxicol. Vitr. 41, 200-204.

50 Jimenez, E., Fernandez, L., Marin, M.L., Martin, R., Odriozola, J.M., Nueno-Palop, C. et al.

(2005) « Isolation of commensal bacteria from umbilical cord blood of healthy neonates born by cesarean section ». Curr Microbiol 51: 270-274.

Jin, Y., Miao, W., Lin, X., Wu, T., Shen, H., Chen, S., et al. (2014). « Sub-chronically exposing M.A., 2016. « [Le microbiome intestinal des abeilles est altéré par les expositions aux pesticides dans la ruche] ». Front Microbiol, 7,1–11

Kelly Biaggini (2019) Etude du dialogue système entéro-endocrinien/microbiote intestinal.

Mémoire de fin de cycle en vue de l’obtention du doctorat en microbiologie. France : Université de Rouen-Normandie, p10.

Khachatourians, G. G. « Agricultural use of antibiotics and the evolution and transfer of antibiotic resistant bacteria », Can Med Assoc J, 159, 1998, p. 2-16.

Layton, D. W., Bogen, K. T., Knize, M. G., Hatch, F. T., Johnson, V. M., and Felton, J. S.

(1995). « Cancer risk of hetercyclic amines in cooked foods: an analysis and implications for research ». Carcinogenesis 16, 39-52.

Ley, R. E., Peterson, D. A., and Gordon, J. I. (2006). « Ecological and Evolutionary Forces Shaping Microbial Diversity in the Human Intestine ». Cell 124, 837-848.

Ley, R.E., Hamady, M., Lozupone, C., Turnbaugh, P.J., Ramey, R.R., Bircher, J.S. et al. (2008)

« Evolution of mammals and their gut microbes ». Science 320: 1647-1651

Li, G., Wang, H., Liu, A. B., Cheung, C., Reuhl, K. R., Bosland, M. C., et al. (2012). « Dietary Carcinogen 2- Amino-1-Methyl-6-Phenylimidazo [4,5- b] Pyridine Induced Prostate Carcinogenesis in CYPIA- humanized Mice ». Cancer Prev Res 5, 963-972.

Liang PS, Chen TY, Giovannucci E. Cigarette smoking and colorectal cancer incidence and mortality: systematic review and meta-analysis. Int J Cancer. 2009 ;124(10) :2406-15.

López, Patricia, Banesa de Paz, Javier Rodríguez-Carrio, Arancha Hevia, Borja Sánchez, Abelardo Margolles, et Ana Suárez. 2016. « Th17 Responses and Natural IgM Antibodies Are

Références bibliographiques

51 Related to Gut Microbiota Composition in Systemic Lupus Erythematosus Patients ». Scientific Reports 6 (avril) : 24072.

Lynch, H. T., P. M. Lynch, S. J. Lanspa, C. L. Snyder, J. F. Lynch and C. R. Boland (2009).

"Review of the Lynch syndrome: history, molecular genetics, screening, differential diagnosis, and medicolegal ramifications." Clin Genet 76(1): 1-18.

Lyte M, Li W, Freestone PP, Ajmal A, Colmer-Hamood JA, Hamood AN (2009) « Norepinephrine represses the expression of toxA and the siderophore genes in Pseudomonas aeruginosa ». FEMS Microbiol Lett 299(1) :100–109

Macfarlane, G. T., and G. R. Gibson. 1996. » Carbohydrate fermentation, energy transduction and gas metabolism in the human large intestine », p. 269–318. In R. I.

Mackie and B. A. White (ed.), Ecology and physiology of gastrointestinal microbes, vol. 1.

« Gastrointestinal fermentations and ecosystem ». Chapman & Hall, New York, N.Y

Mackie, R., Sghir, A., and Gaskins, H.R. (1999) « Developmental microbial ecology of the neonatal gastrointestinal tract ». American Journal of Clinical Nutrition 69 : 1035S-1045S Manabe, S., Suzuki, H., Wada, O., and Ueki, A. (1993). « Detection of the carcinogen 2 amino-1-methyl-6- phenyl-imidazo[4,5-b] pyridine (PhIP) in beer and wine ». Carcinogenesis 14, 899-901.

Mandal PK. 2005. « Dioxin: a review of its environmental effects and its aryl hydrocarbon receptor biology». J Comp Physiol [B] 175 :221±230; doi :10.1007/s00360-005-0483-3.

Marteau , S.P., Microbiote intestinal. EMC - Gastro-entérologie, 2017. 12 : p. p. 1-8.

Mazmanian, S.K., Liu, C.H., Tzianabos, A.O., and Kasper, D.L. (2005) « An immunomodulatory molecule of symbiotic bacteria directs maturation of the host immune system. Cell 122 : 107-118.

Morad chiguer (2019) microbiote intestinal et risque cardiovasculaire. Mémoire de fin de cycle en vue de l’obtention du doctorat en médecine. Maroc : Université Mohammed v de Rabat, p 36.

Naccari, C., Galceran, M. T., Moyano, E., Cristani, M., Siracusa, L., and Trombetta, D. (2009).

« Presence of heterocyclic aromatic amines (HAS) in smoked "Provola" cheese from Calabria

(Italy) ». Food Chem Toxicol. 47, 321-327. Available at:

http://dx.doi.org/10.1016/j.fct.2008.11.018.

52 National Toxicology Program (2016). Report on Carcinogens, Fourteenth Edition_Heterocyclic Amines.

Neel, B. A., and Sargis, R. M. (2011). « [Le paradoxe du progrès : perturbation environnementale du métabolisme et épidémie de diabète] ». Diabetes 60, 1838-1848.

Neu, H. C. « The crisis in antibiotic resistance », Science, 257, 1992, p. 1064-1073.

Ohman, L. and M. Simren (2010). "Pathogenesis of IBS: role of inflammation, immunity and neuroimmune interactions." Nat Rev Gastroenterol Hepatol7(3): 163-73.

Pais, P., Salmon, C. P., Knize, M. G., and Felton, J. S. (1999). « Formation of Mutagenic/Carcinogenic Heterocyclic Amines in Dry-Heated Model Systems, Meats, and Meat Drippings ». J. Agric. Food Chem 47, 1098-1108.

PANISSET, Jean-Claude, DEWAILLY, E., DOUCET-LEDUC, Hélène, et al. Contamination alimentaire. Environnement et santé publique-Fondements et pratiques, 2003, p. 369-395.

Pelfrêne A. (2016) Bioaccessibilité des polluants métalliques. Apport à l’évaluation de l’exposition des populations vivant sur des sites contaminés. HDR, 19 juillet 2016 http://www.ecologie.gouv.fr/CPP-Rapport-2002-02

Peterson, L.W., and Artis, D. (2014). « Intestinal epithelial cells: Regulators of barrier function and immune homeostasis ». Nat. Rev. Immunol. 14, 141–153.

Probst-Hensch, N. M. et coll. « Meat preparation and colorectal adenomas in a large sigmoidoscopy-based case -control study in California (United States) », Cancer Causes Control, 8, 2, 1997, p.175-183.

Qin, J Li, R., Raes, J., Arumugam, M., Burgdorf, K. S., Manichanh, C., et al. (2010). « A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing ». Natura 464, 59 67.

Rao AV, Bested AC, Beaulne TM, Katzman MA, Iorio C, Berardi JM, et al. A rando_mized, double-blind, placebo-controlled pilot study of a probiotic in emotional symptoms of chronic fatigue syndrome. Gut Pathog 2009:1

Rashid MU, Weintraub A, & Nord CE (2015) « [Développement d'une résistance aux antimicrobiens dans le microbiote anaérobie normal pendant un an après l'administration de clindamycine ou de ciprofloxacine] ». Anaerobe 31 :72-77.

Références bibliographiques

53 Ridaura, V. K., Faith, J. J., Rey, F. E., Cheng, J., Duncan, A. E., Kau, A. L., et al. (2013). Gut microbiota from twins discordant for obesity modulate metabolism in mice. Science (80-.). 341, 1241214.

Santé Canada (2008a). Aliments et nutrition – Contaminants chimiques.

Schwarz, M. a, Lindtner, O., Blume, K., Heinemeyer, G., and Scheider, K. (2014). « Dioxin and dl-PCB exposure from food: the German LExUKon projet. Food addit ». Contam.Part A 31, 688–702.

Sekimoto H, Shimada O, Makanishi M et al. « Interrelationship between serum and fecal sterols

». Jpn J Med 1983; 22: 14-20.

Sekimoto H, Shimada O, Makanishi M et al. Interrelationship between serum and fecal sterols.

Jpn J Med 1983 ; 22 : 14-20.

Sonnenburg, J.L., Xu, J., Leip, D.D., Chen, C.-H., Westover, B.P., Weatherford, J. et al. (2005)

« Glycan Foraging in Vivo by an Intestine-Adapted Bacterial Symbiont ». Science 307: 1955-1959.

Sophie MARRE , pascale MOSONI et pierre PEYRET (2000) Effets des polluants

environnementaux et alimentaires sur le microbiote intestinal. Mémoire de fin de cycle en vue de l’obtention du doctorat en toxicologie. France : Université Clermont Auvergne, INRAE, Clermont-Ferrand, p 3-5.

Stasi, C., M. Rosselli, et al. (2012). "Altered neuro-endocrine-immune pathways in the irritable bowel syndrome: the top-down and the bottom-up model." J Gastroenterol 47(11): 1177-85.

Stepankova R, Tonar Z, Bartova J et al. Absence of microbiota (germfree conditions) accelerates the atherosclerosis in ApoE-deficient mice fed standard low cholesterol diet. J Atheroscler Thromb 2010 ; 17 : 796-804.

Sullivan A, Edlund C, & Nord CE (2001) « [Effet des agents antimicrobiens sur l'équilibre écologique de la microflore humaine] ». The Lancet. Infectious Diseases 1(2) :101-114.

Tap J, Mondot S, Levenez F, Pelletier E, Caron C, Furet JP, Ugarte E, Muñoz-Tamayo R, Paslier DL, Nalin R, Dore J, Leclerc M. (2009) Towards the human intestinal microbiota phylogenetic core. Environ Microbiol. 11(10):2574-2584.

Tap, J., Mondot, S., Levenez, F., Pelletier, E., Caron, C., Furet, J.-P., et al. (2009). « Towards the human intestinal microbiota phylogenetic core ». Environ. Microbiol. 11, 2574-84

54 Taylor DP, Burt RW, Williams MS, Haug PJ, Cannon-Albright LA. Population based family history-specific risks for colorectal cancer: a constellation approach. Gastroenterology. 2010

;138(3) :877-8

Tomova, Aleksandra, Veronika Husarova, Silvia Lakatosova, Jan Bakos, Barbora Vlkova, Katarina Babinska, et Daniela Ostatnikova. 2015. « [Microbiote gastro-intestinal chez les enfants autistes en Slovaquie] ». Physiology & Behavior 138 (janvier) : 17987.

Tremaroli V, Backhed F. (2012) Functional interactions between the gut microbiota and host metabolism. Nature 489, 242-249.

Trompette, A., Gollwitzer, E. S., Yadava, K., Sichelstiel, A. K., Sprenger, N., Ngom-Bru, C., et al. (2014). « Gut microbiota metabolism of dietary fiber influences allergic airway disease and hematopoiesis ». Nat. Med. 20, 159-166.

Tuomisto, J., Vartiainen, T., and Tuomisto, J.T. (2011). Synopsis on Dioxins and PCBs.

Turnbaugh PJ, Ley RE, Mahowald MA, Magrini V, Mardis ER, Gordon JI. « An obesity-associated gut microbiome with increased capacity for energy harvest ». Nature 2006;

444:1027–31.

Turnbaugh, P. J., Ridaura, V. K., Faith, J. J., Rey, F. E., Knight, R., and Gordon, J. I. (2009b).

The effect of Diet on the Human Gut Microbiome: A Metagenomic Analysis in Humanized Gnotobiotic Mice. Sci. Transl. Med. 1, 6ra14.

Velmurugan G., Ramprasath T., Swaminathan K., Mithieux G., Rajendran J., Divakar M., et al., 2017. « Gut microbial degradation of organophosphate insecticides-induces glucose intolerance via gluconeogenesis ». Genome Biol [Internet],18(1) :8. Available from : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28115022

Verdu, E. F., Galipeau, H. J., and jarbi, B. (2015). « Novel players in coeliac disease pathogenesis: role of the gut microbiota ». Nat. Rev. Gastroenterol. Hepatol. 12, 497-506.

Videlock, E. J., M. Adeyemo, et al. (2009). "Childhood trauma is associated with hypothalamic-pituitary-adrenal axis responsiveness in irritable bowel syndrome." Gastroenterology 137(6):

1954-62.

Vuong, Helen E. et Elaine Y. Hsiao. 2017. « Rôles émergents du microbiome intestinal dans les troubles du spectre autistique ». Biological psychiatry 81 (5) : 41123.

Références bibliographiques

55 Walker, A. W., Ince, J., Duncan, S. H., Webster, L. M., Holtrop, G., Ze, X., et al. (2011). « [Groupes de bactéries dominants et sensibles au régime alimentaire au sein du microbiote colique humain] ». ISME J. 5, 220-230.

Dans le document Effet des contaminants chimiques alimentaires sur le microbiote intestinal humain (Page 62-80)