A gestão de APAs é particularmente complexa – compatibilização de idéias, funções e objetivos entre diferentes atores de diferentes escalas de atuação – e vulnerável à manipulação
de interesses pessoais, territoriais e setoriais. Segundo Côrte (1997), Mori (1998) e Camargos (2001) as principais dificuldades no planejamento e gestão de APAs se referem a: dificuldades de mediação de conflitos de interesses; deficiência quantitativa e qualitativa de recursos humanos – despreparo técnico e gerencial, aliado à falta de treinamento específico, de estrutura administrativa e de recursos financeiros –; problemas na implantação da co5 gestão, devido ao envolvimento incipiente de ONGs e outros grupos sociais; falta de trabalhos eficientes de educação ambiental para informar a população sobre as limitações ou vulnerabilidades de determinada área; inexistência de programas de incentivos para atividades econômicas alternativas que facilitem a negociação com produtores locais; desarticulação das APAs com o planejamento regional e com outras UCs em seu entorno;
falta de incorporação dos instrumentos de gestão das APAs pelas prefeituras municipais envolvidas; problemas técnicos na aplicação e revisão de Zoneamentos Ambientais.
A APA implica no planejamento e gestão de bens públicos – áreas relevantes pela sua biodiversidade ou por outros atributos e recursos naturais – em terras de propriedade privada. Segundo Côrte (1997) isso pressupõe uma forma particular de gestão, já que são impostas restrições ao direito de propriedade, através do estabelecimento de certas regras de uso do solo. Nesse contexto, os proprietários, usuários e demais interessados deveriam participar do processo de estabelecimento das regras. O consenso entre as partes envolvidas, desde a fase inicial de planejamento, poderia evitar conflitos futuros e por isso, vários autores ressaltam a importância do manejo participativo para efetividade da gestão das APAs. Na prática, operacionalizar a participação de todos os agentes sociais envolvidos é uma atividade complexa, pois envolve desde questões culturais – que fazem com que a população não se envolva na gestão – até deficiência quantitativa e qualitativa de recursos humanos por parte do órgão gestor da UC.
Segundo Borrini5Feyerabend (1997) o manejo participativo compreende diferentes níveis de participação, variando desde um processo de consulta, onde diferentes atores sociais podem falar, mas não interferem diretamente no manejo da Unidade de Conservação, até a transferência de responsabilidade e autoridade da instituição responsável pelo manejo da UC para outros interessados como instituições governamentais (Prefeituras, Secretarias de Estado,
da unidade gestora passa a ser o promover a discussão entre os atores envolvidos – setor público, o setor privado e a sociedade – facilitando a tomada de decisão.
O manejo participativo tem sido praticado com êxito em algumas APAs brasileiras. Segundo Röper (2001), uma das experiências mais antigas e de maior repercussão foi a APA Federal de Guaraqueçaba, no Paraná, cujo manejo se destaca pela criação de uma rede de cooperação interinstitucional e o apoio de ONGs regionais e internacionais. A autora ressalta que a metodologia inicial desenvolvida para o chamado "Macrozoneamento" da APA de Guaraqueçaba serviu de modelo para várias outras APAs no Brasil e, já passou por uma série de reformulações, visando maior aprofundamento nos aspectos socioeconômicos.
Segundo Côrte (1997) o planejamento da APA Cananéia5Iguape5Peruíbe foi elaborado através de uma abordagem de manejo participativo, que se iniciou com Oficinas de Planejamento, que contaram com o envolvimento de um amplo espectro de atores sociais de âmbito local e regional, para levantar os objetivos de gestão. Após as oficinas, foram feitos estudos de caracterização da área, apontando questões fundamentais a serem equacionadas. Só então foi elaborado o Plano de Gestão Ambiental 5 PGA da APA, definindo programas, projetos e a estrutura gestora. Posteriormente a esse plano foi elaborado o Zoneamento Ambiental, que representa a definição preliminar espacial do cenário que se pretende através do Plano de Gestão. O PGA, em condições ideais, seria fruto de uma retroalimentação mútua e contínua entre planejamento e execução, avalizada pelos atores participantes. Para Röper (2001) nesta APA já é possível constatar uma considerável agilização na elaboração dos planos, notáveis avanços no debate dos conflitos referentes às outras UCs que compõem o mosaico regional e na percepção e incorporação de temáticas antes pouco levadas em conta nas rotinas de planejamento.
Por outro lado, a implantação do manejo participativo pode ser bastante complexa, Cabral et al. (2001), ressalta que é difícil identificar todos os atores interessados no uso e manejo dos recursos naturais e envolvê5los no processo de tomada de decisão, especialmente os grupos mais marginalizados. Para Cabral et al. (2001), a desejada participação desses atores, muitas vezes, envolve apenas as etapas de implementação de projetos, mantendo a formulação de políticas e estratégias de gestão centradas em instituições públicas. Nesse contexto, cresce a importância do Conselho Gestor de uma APA.
Para Guapyassu (2000), o Poder Público pode atuar sobre a propriedade privada dentro de uma APA, em razão da incidência do principio da função social da propriedade, previsto na Constituição de 1988, no entanto ele não pode inviabilizar o uso da propriedade privada. Segundo IBAMA (2001) é comum deparar5se com zoneamentos de APAs que impõe restrição integral ao uso de uma ou mais propriedades. Quando isso acontece, essas áreas deveriam ser convertidas em UCs de Proteção Integral, por desapropriação ou transformadas em RPPNs9, sob pena de se constituírem em focos de conflito permanentes.
Segundo Côrte (1997) na APA do Rio Descoberto5DF foi realizado por uma empresa, em conjunto com o IBAMA, um zoneamento estritamente técnico, onde não houve a participação da população em nenhum momento. Este Zoneamento é muito restritivo, chegando a ser mais restritivo que o Código de Águas no que se refere à faixa de proteção de mananciais. Em 1994 tentou5se um rezoneamento desta APA, mas devido a uma falta de entendimento entre os técnicos e a falta de participação da comunidade, não se estabeleceu um acordo sobre os usos permitidos nesta APA. Aquele zoneamento restritivo prevalece, até hoje, sem revisão, se tornando um instrumento ultrapassado e obsoleto, diante da evolução do uso do solo na área, o que gera dificuldades na gestão. O excesso de restrições pode inviabilizar a aplicação pratica de um zoneamento e implicar apenas em ações de controle e fiscalização por parte do órgão ambiental. Para Côrte (1997, p. 93) a gestão das APAs, “dada a sua característica de estabelecer ações de conservação ambiental e não apenas de preservação, não deve ser fundamentada em ações de controle e fiscalização, mas deve priorizar ações de mediação de conflitos entre uso do solo e proteção dos recursos naturais”.
A escassez de dados, de recursos e de tecnologia, os problemas de ordem institucional e financeira e a própria complexidade inerente à gestão das UCs de uso sustentável, são obstáculos para operacionalização de sua base legal. APAs que englobam diversos municípios são exemplo dessa complexidade. No último século o Brasil elaborou e aprimorou sua legislação ambiental. Todavia, no presente momento, o país passa por uma fase de necessidade de aprimoramento técnico e institucional para implementar o que está escrito. Essa fase deve envolver a articulação entre os atores envolvidos, o aprimoramento das bases de dados e a operacionalização dos instrumentos de gestão. Segundo Côrte (2007) as APAs não seriam
necessárias se conseguíssemos conjugar o uso dos recursos naturais com as limitações, potencialidades e fragilidades de uma área, ou se conseguíssemos cumprir e fazer cumprir toda a legislação ambiental. “Como tudo isso parece ser uma meta difícil de ser alcançada no âmbito das nossas cidades ou do nosso país, estabelecemos metas menores: tentar atingir estes objetivos numa pequena área denominada APA” (CÔRTE, 1997, p. 98).