Installation sous windows

Configuration de Cmake pour Atlas.

Les prochains sous chapitres décrivent, étape par étape, comment installer OpenMEEG dans l’environnement Microsoft Windows. À travers cette annexe, on commentera les outils qui permettent de compiler les codes sources.

Cygwin

Il est apparu que, même si OpenMEEG fonctionne avec le DOS de Windows, ce logiciel est beaucoup plus stable avec Cygwin et plus bavard dans l’affichage des erreurs. Commencer ainsi par installer Cygwin à partir du site : http ://www.cygwin.com/. Dans le but d’exécuter OpenMEEG dans un programme Matlab (Comme ce fût le cas dans ce travail) il est possible d’exécuter Cygwin dans Matlab avec la commande dos(’C :cygwin\ Cygwin.bat’) et de rendre l’exécution d’un Shell automatique au lancement de Cygwin. Pour cela on doit indiquer le chemin d’un fichier qui contient des commandes dans le fichier caché .batchrc : sh -x commande.sh; logout;

Le fichier .batchrc est situé dans le répertoire ’user’ de Cygwin (exemple : C: \cygwin\home\Y Potiez).

On peut, par exemple, écrire les commandes énumérées à la section ’Commande pour Linux’ (en remplaçant ’/’ par \) dans le fichier commande.sh. Pour exécuter OpenMEEG à l’ouverture de Cygwin.

Subversion : Téléchargement d’OpenMEEG

OpenMEEG est téléchargeable par l’intermédiaire de Subversion (SVN). Subversion est un logiciel libre qui permet la mise à jour de codes sources provenant de laboratoires ou d’organismes souhaitant distribuer leurs travaux. Vous pouvez télécharger et installer Subversion à partir du site : http://subversion.tigris.org/project_packages.html

Par la suite, créer deux répertoires imbriqués dans l’espace utilisateur de cygwin : \programmes\openmeeg

Téléchargez OpenMEEG dans le répertoire openmeeg qui vient d’être créé en cliquant droit dessus, en sélectionnant SVN checkout et en saisissant l’adresse suivante :

Téléchargement d’OpenMEEG avec SVN.

Librairie mathématique MKL

Certains calculs d’OpenMEEG nécessitent que le code source C++ soit compilé avec la librairie mathématique MKL. Attention l’usage de la librairie MKL ne peut pas servir à des fins commerciales. Vous pouvez l’obtenir en vous enregistrant sur le site suivant pour obtenir une clé avant le téléchargement :

Page web pour télécharger MKL et sa clef.

Cmake est un logiciel qui permet de créer un projet compilable par un logiciel de compilation. Cmake peut se télécharger sur le site officiel :

http://www.cmake.org/HTML/Download.html

Premièrement cliquer sur ’Configure’. Cmake vous propose alors de choisir un compilateur. Choisissez Visual Studio 8 2005 (vous l’installerez en suivant l’étape suivante). Cmake a besoin de connaître le chemin des codes sources (trunk), et le chemin dans lequel il écrira

tous les fichiers utiles à la compilation d’OpenMMEG (built). De plus, vous devez indiquer où se trouve le répertoire des headers, et la librairie de MKL avant d’appuyer encore une fois sur le bouton ’Configure’, puis ’OK’. Inscrivez les chemins de la même façon que sur la figure 1.5.

Configuration de Cmake pour OpenMEEG. Visual studio

Lorsque Cmake a créé les fichiers du projet dans le répertoire built, vous pouvez compiler le tout avec Visual Studio. Étant étudiant à l’ÉTS (Montréal) il est possible de télécharger Visual Studio 2005 sur MSDN :

http://www.msdnaa.net/search/SchoolSearchIntl.aspx

Quand Visual Studio 2005 sera installé, double cliquer sur le fichier projet OpenMEEG.sln conçu par Cmake. Compiler le tout comme indiqué sur la figure 1.6 (Générer => Générer ALL_BUILD). Vous pouvez aussi dans visual studio regarder comment sont écrits les codes

sources C++. Finalement, vous trouverez les fichiers exécutables dans le nouveau répertoire ’debug’ de ’built’ à copier puis coller le dossier ’trunk’ d’OpenMEEG.

Compilation d’OpenMEEG avec Visual Studio 4.13 3 Commandes pour Linux

On résume ici les lignes de commandes qui permettent de construire des matrices de Gain EEG/MEG.

\#cd openmeeg/trunk

./om_assemble -rhsPOINT data/HeadModels/sujet/sujet.geom

data/HeadModels/sujet/sujet.cond data/HeadModels/sujet/sujet.posrhs data/IntermediateFiles/sujet/sujet.rhs ./om_assemble -LHS data/HeadModels/sujet/sujet.geom data/HeadModels/sujet/sujet.cond data/IntermediateFiles/sujet/sujet.lhs ./om_minverser data/IntermediateFiles/sujet/sujet.lhs

data/IntermediateFiles/sujet/sujet.lhsinv #EEG

./om_assemble -vToEEG data/HeadModels/sujet/sujet.geom data/HeadModels/sujet/sujet.cond

data/Computations/sujet/sujet.patches data/IntermediateFiles/sujet/sujet.v2eeg

./om_gain -EEG data/IntermediateFiles/sujet/sujet.lhsinv data/IntermediateFiles/sujet/sujet.rhs

data/IntermediateFiles/sujet/sujet.v2eeg data/IntermediateFiles/sujet/sujet.EEG #MEG

./om_assemble -vToMEG data/HeadModels/sujet/sujet.geom data/HeadModels/sujet/sujet.cond

data/Computations/sujet/sujet.squids data/IntermediateFiles/sujet/sujet.v2meg

./om_assemble -sToMEG_point data/HeadModels/sujet/sujet.posrhs data/Computations/sujet/sujet.squids

data/IntermediateFiles/sujet/sujet.s2meg

./om_gain -MEG data/IntermediateFiles/sujet/sujet.lhsinv data/IntermediateFiles/sujet/sujet.rhs data/IntermediateFiles/sujet/sujet.v2meg data/IntermediateFiles/sujet/sujet.s2meg data/IntermediateFiles/sujet/sujet.MEG ./om_matbin2txt data/IntermediateFiles/sujet/sujet.MEG data/IntermediateFiles/sujet/sujet.MEGtxt Remarques :

1) À la fin du processus, il est possible d’écrire la matrice de Gain en format texte. Pour lire cette matrice dans Matlab il faudra utiliser la fonction load de Matlab.

2) NB2 : Pour lire les matrices binaires de sortie dans Matlab il faudra utiliser la fonction load_bin présente dans les outils d’OpenMEEG.