Identification génétique

Après extraction de l’ADN des souches isolées et après son amplification par PCR en utilisant des amorces adéquates, un séquençage nucléotidique de l'ADNr 16S a été effectué. La séquence de l'ADNr 16S déterminée a été comparée directement avec la base de données GenBank (Fig.15). Un haut niveau de similitude des séquences nucléotidiques d’ADN ribosomal 16S (99%) des 28 souches bacilles a été observé avec les séquences de Lactobacillus plantarum, Lactobacillus herbarum et Lactobacillus brevis.

Résultats et discussion

Figure 15:Amplification des séquences de l'ADNr 16S réalisée avec de l’ADN génomique. Les puits 1 à 28 représentent les souches isolées. C’est avec les paires d’amorces 968-GC-f/1401-r, qu’un GeneRuler 100-bp DNA ladder plus (Fermentas) a été utilisé comme marqueur (Puit M). *: Contrôle négatif.

D'après l’identification génétique des souches isolées, on peut résumer l’ensemble des souches identifiées comme suit:

- Un premier groupe de souches représenté par Lactobacillus plantarum avec un pourcentage de 69,56% dans le lait de chamelle et 20% dans le lait de chèvre.

- Un deuxième groupe représenté par Lactobacillus herbarum avec un pourcentage de 30,43% dans le lait de chamelle et 60% dans le lait de chèvre.

- Un troisième groupe identifié comme étant Lactobacillus brevis avec un pourcentage de 20% dans le lait de chèvre.

Sur la base de ces résultats d’identification, on constate la prédominance de L. plantarum dans le lait de chamelle et celle de L. herbarum dans le lait de chèvre ; alors que l’espèce L. brevis n’a été identifiée que dans le lait caprin (Tab. 13).

Résultats et discussion

Tableau 13: Prévalence des Lactobacillus isolées des laits de chèvres et de chamelle.

Le profil microbiologique du lait de chamelle trouvé dans ce travail (2 souches seulement et à 70% des L. plantarum) est quelque peu différent de celui rapporté par Abbas et

Mahasne (2014) qui ont isolé plus de deux souches de lactobacilles distribuées à raison de

41% de L. paracasei spp. paracasei, 23% de L. plantarum, 18% de L. rhamnosus, 12% de L. fermentum ainsi que 6% de L. brevis).

Selon la littérature les genres Enterococcus et Lactococcus semblent être dominants dans le lait de chamelle par rapport aux autres espèces lactiques telle que les Lactobacillus

(Ashmaig et al., 2009; Khedid et al., 2009; Rahman et al., 2010).

Dans une étude récente réalisée sur le lait de chamelle par Toualbia et al. (2018), qui ont abouti à l'isolement et l'identification d'une souche appartenant à l'espèce Lactobacillus plantarum douée d'une forte activité antagoniste, cette identification était basée sur une analyse phénotypique suivie par une confirmation génotypique en effectuant le séquençage de l’ADNr16S.

Dans une étude réalisée par Khedid et al. (2009) sur du lait de chamelle, ils ont identifié sur la base des caractéristiques phénotypiques et biochimiques des espèces comprenant Lactobacillus helveticus (10%), Lactobacillus casei subsp. casei (5,8%) et Lactobacillus plantarum (5%).

Cette faible diversité microbiologique du lait de chamelle observée dans nos résultats a également été noté dans les travaux rapportés par Zadi Karam & Karam (2006) dans le même lait et qui n’ont détecté qu’une seule espèce lactobacille (i.e L. plantarum) présente à raison de 18,5%, les 81,5% des souches qui restaient étaient composées d'entérocoques identifiés à

Type d’échantillon Nombre de souches Pourcentage

Lait de Chamelle 23 82% 30,43% L. herbarum

69,56% L. plantarum

Lait de chèvre 5 17,85%

20% L. brevis 60% L. herbarum 20% L. plantarum

Résultats et discussion

l’espèce Enterococcus faecalis (34,6%) alors que les lactocoques se divisaient en Lactococcus lactis ssp. lactis (1,2%), Lactococcus lactis ssp. Cremoris (4,9%) et Lactococcus lactis ssp. diacetylactis (28,4%). Les espèces du genre Leuconostoc étaient Leuconostoc lactis (7,4%) et Leuconostoc dextranicum (4,9%).

Le lait de chèvre est moins riche en lactobacilles que le lait de chamelle puisque l’ensemble de ces souches ne représentent que 17,85% du total des souches de ce qui a été isolé comme appartenant à ce genre bactérien. Ces lactobacilles sont représentés surtout par L. plantarum (60%) : mais comptent parmi eux, à un degré égal (20%), une troisième espèce, L. brevis, en plus de L. herbarum.

Cette faible représentation des lactobacilles dans le lait de chèvre a également été signalée par Geussas et Kihal (2004), qui avaient utilisé les caractéristiques culturelles, phénotypiques et biochimiques dans leurs analyses, et qui n'ont abouti à l'identification que de deux espèces de lactobacilles quasi minoritaires : L. plantarum (9,89%) et L. brevis (5,49%).

Dans une étude effectuée sur le lait de chèvre par Viswanathan et al. (2015),ils ont pu isoler sur la base des tests microbiologiques et biochimiques à l'isolement de trois espèces appartenant au genre Lactobacillus, comprenant L. casei, L. delbruckii et L. fermentum.

Par ailleurs, Maroki et al. (2011) ont trouvé que sur 19 isolats de lactobacilles de lait de chèvre, ils avaient identifié par galerie API 50 CHL 13 isolats comme appartenant à l’espèce L. plantarum, deux comme étant L. rhamnosus et un seizième isolat comme L. pentosus. Ils avaient constaté que les 3 isolats restants, identifiés comme des L. plantarum par galerie API 50 CHL, se sont révélés être des L. pentosus après leur identification par la méthode de séquençage de l’ADNr16S.

Ces auteurs expliquent cette différence de résultats d’identification concernant ces 3 derniers isolats par les deux méthodes (phénotypique et génétique) en se basant sur les travaux d’Ennahar et al. (2003 ; cité par Maroki et al., 2011) qui préconisent que L. plantarum et L. pentosus possèdent une forte similitude de leurs séquences d’ADNr16S qui ne diffèrent que par 2 paires de bases. Ces deux espèces (L. plantarum et L. pentosus) ne peuvent être distinguées que par analyse phyllogénétique des séquences de la plus large région 16S-

23S (Hammes et Vogel, 1995).

Nous retiendrons encore une fois à travers les résultats de la présente étude et ceux des travaux de ces autres auteurs cette faible diversité des lactobacilles dans le lait de chèvre.

Résultats et discussion

III.2. Résultat de croissance des souches isolées sur les deux milieux MRS et MRS