Les Mycobactéries non tuberculeuses ou atypiques sont largement distribuées, sous forme libre, dans l‟environnement hydro-tellurique (eau, terre, végétaux) dans lequel elles sont capables de survivre et de multiplier. Elles sont capables de se développer dans un large éventail de pH (de 1 à 5), de température (à partir de 28°C et jusqu‟à 52°C) en milieu salé. Bland et al. (2005) ont montré que les conditions extrêmes comme les écosystèmes acides ou les eaux alcalines du Rio Grande favorisent les MNT. Les densités de M. avium sont plus élevées dans les eaux peu oxygénées et riches en matière organique (Falkinham et al., 2004). Ainsi plusieurs espèces peuvent être isolées d‟un même échantillon d‟eau naturelle ((Torkko
et al., 2001, Niva et al., 2006, Bland, 2005). Dans une étude, certaines especes ont été
isolées d‟échantillon d‟eau naturelle et d‟eau récréationnelle (Dailloux et al., 2010). La distribution des espèces couramment isolées est en changement constant dans la plupart des pays étudiés et de nouvelles espèces émergent (Martin-Casabona et al., 2004). Un centre expérimental en Angleterre a de plus démontré que le sol pouvait contenir différentes espèces de MNT à croissance rapide proches de M. fortuitum mais aussi d‟autres à croissance lente
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proches de M. lentiflavum (Mendum et al., 2000). Les Mycobactéries sont robustes et peuvent survivre des années dans les dépôts sédimentaires (Pickup et al., 2005).
En milieu hospitalier, l‟eau peut être à l`origine d`infections nosocomiales, les Mycobactéries étant résistantes à de nombreux désinfectants (Euzeby, 2010). Parmi les nombreuses épidémies, la plus importante jamais décrite est survenue en Colombie (Villanueva, 1997). Sur une période de cinq mois, 350 des 2000 patients qui avaient reçu des injections de lidocaïne contaminée par M. abscessus dans le cabinet d`un seul médecin ont développé des abcès sous-cutanés ou des cellulites (Villanueva, 1997). Des épidémies hospitalières ont également été décrites après hémodialyse, par contamination de l`eau du bain de dialyse ou du fait de l`emploi de matériel réutilisable insuffisamment désinfecté. La chirurgie esthétique (liposuccion, mammoplastie), une autre source de ces infections, a également donné lieu à des épidémies (Roux, 2010). Effectivement dans l‟eau de rivière d‟un bassin versant finlandais, la présence de MNT a été corrélée à des valeurs faibles de pH alors que cela n‟a pas été le cas pour d‟autres bactéries hétérotrophes (Iivanainen et al., 1993). Par ailleurs, dans cette étude un modèle expliquant 83 % des variations a été proposé, et justifie la présence des MNT dans cette rivière par des valeurs faibles de pH (5.6-5.9), la présence de plaines de tourbe et de zones de drainage à proximité, ainsi que par une demande chimique en oxygène (DCO) élevée (80 ± 140 mgO2/l) et une concentration forte en potassium (Iivanainen et al., 1993). Cette étude a également observé une corrélation positive entre le dénombrement des MNT par bactériologie et les concentrations de Fe, Al, Cu, Co et Cr dans l‟eau de surface (Iivanainen et al., 1993). L'ubiquité des Mycobactéries dans l'environnement, leur formidable capacité d'adaptation font de ces germes des compagnons obligatoires de l'homme. La forte hydrophobicité des Mycobactéries les conduit à se concentrer à l‟interface eau/air, où la matière organique se concentre aussi par le même phénomène d‟adsorption préférentielle (Falkinham, 2004). De plus, une forte corrélation a été démontrée entre la résistance de M. avium et M.
intracellulare au chlore et l‟hydrophobicité des biofilms (Steed & Falkinham, 2006),
suggérant que la résistance au chlore des MNT est en partie causée par la formation des biofilms dans les canalisations d‟eau potable. Le système de régulation dépendant au fer (iron-dependent regulatory function), codé par le gène ideR, jouerait un rôle majeur dans la régulation de la virulence des Mycobactéries. En présence d‟une concentration intracellulaire importante en fer, causée par un environnement riche en fer, le système ideR augmenterait les défenses contre ce stress oxydant, activant ainsi les gènes bfrA (bacterioferritin) et bfrB
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(ferritin) codant les protéines bactérioferritine et ferritine de stockage du fer, réprimant le gène mbt (mycobactin) codant la production de mycobactine (sidérophore), ce qui aurait un impact direct sur la virulence, car le système ideR contrôlerait aussi la production des protéines antigéniques PE et PPE (Marcela Rodriguez & Smith, 2003).
Les MNT se multiplient également dans les sols riches en acides humiques présentant un pH faible (Falkinham, 2009). Les marécages et les sols de certaines forêts présentant des valeurs faibles de pH et de fortes teneurs en acides humiques, seraient ainsi propices à la présence des MNT (Niva et al., 2006). Il a été démontré que la croissance de M. avium est stimulée par les acides humiques et fulviques en milieux pauvres en oxygène dissous (Kirschner et al., 1999). Quantitativement, une seule étude sur des sols en Finlande, proposant une méthode basée sur l‟hybridation sandwich fluorescente (fluorescent sandwich hybridization: FSH), estime que certains de ces sols peuvent contenir jusqu‟à 107
-108 Mycobactéries/g, ou 10 à 100 fois moins de Mycobactéries en utilisant les outils classiques de bactériologie (Nieminen et al., 2006). Une autre étude focalisant sur les sols d‟élevage bovins a indiqué que les cultures positives des espèces du MAC, du MtC, du MAIS, ainsi que des espèces M. gordonae, M.
scrofulaceum, M. asiaticum et M. abscessus, étaient significativement associées avec des
valeurs de faibles du pH, des concentrations en calcium faibles, et des concentrations fortes en fer, zinc et manganèse (Norby et al., 2007).
Les hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP) sont des contaminants produits par la combustion de la matière organique. Ils peuvent cependant se retrouver dans l'eau et dans le sol (Harzallah, 2011). Dans les bassins versants, les sols pollués en HAP, au même titre que les sols non pollués, présentent une grande diversité de MNT. Une étude indique que les sols pollués en HAP (pH de 5,5 à 9,0 ; carbone organique total de 0,8 à 7,0 % ; lipides < 50 mg/kg) contiennent des MNT à croissance rapide métabolisant des HAP, alors que les sols non pollués en HAP (pH de 7,0 à 8,9 ; carbone organique total de 1 à 7 % ; lipides de 50 à 4600 mg/kg) ne contiennent pas de MNT métabolisant les HAP (Leys et al., 2005). Effectivement, des MNT à croissance rapide sont capables de dégrader de nombreux composés xénobiotiques pouvant être présents dans les sols. Plus précisément, les MNT saprophytes à croissance rapide : M. anthracenicum, M. aromaticivorans, M.
fluoranthenivorans, M. frederiksbergense, M. hodleri, M. pyrenivorans et M. vanbaalenii
sont connues pour dégrader certains HAP comme l‟anthracène, le benzopyrène, le benzanthracène, le biphényl, lechrysène, le fluoranthène, le fluorène, le 1-nitropyrène, le phénanthrène et/ou le pyrène. Ces espèces de MNT pouvant dégrader des PAH, ont toutes
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été isolées de sols ou de sédiments pollués par ces composés, reflétant une nouvelle fois les capacités d‟adaptation à l‟environnement des MNT. Certaines MNT ont acquis des résistances à certains xénobiotiques métalliques pouvant polluer les sols, comme par exemple
M. marinum (Stinear et al., 2010) et M. abscessus (Ripoll et al., 2009), qui possèdent un
plasmide de résistance au mercure. La diversité des espèces de MNT dans les habitats aquatiques est beaucoup plus décrite que celle des habitats terrestres (Randomski et al.,
2010). Tout comme celle des habitats terrestres, la diversité des MNT est très importante dans
les habitats aquatiques naturels, mais aussi dans les environnements aquatiques non naturels comme les canalisations d‟eau potable, les réseaux d‟eau usée, les effluents hospitaliers, ou les bases de loisirs aquatiques (Randomski et al., 2010).