La caractérisation du contenu protéique global des capsides C et sa comparaison avec la composition des virus extracellulaires sont primordiales pour une meilleure compréhension du processus d’acquisition du tégument. En comparant les résultats obtenus dans l’article 1 à ceux exposés dans cette partie, de nouvelles informations concernant la morphogenèse du virus deviennent alors disponibles.
Premièrement, parmi les protéines de la capside, on a pu constater qu’à l’exception d’UL6 et d’UL17, les protéines majeures sont présentes dans les capsides C nucléaires et dans les virions matures. Le nombre de protéines composant la capside ainsi que le nombre de peptides qui lui sont associés sont similaires à ceux obtenus lors de l’analyse des virus extracellulaires (Figure 22). L’absence d’UL6 et d’UL17 au sein des capsides nucléaires peut s’expliquer, d’une part, par leur faible proportion (seulement 12 et 20 copies respectivement par capside) et, d’autre part, par une détection plus difficile de ces protéines par MS/MS (91). Néanmoins, étant donnée la présence de la majorité des autres protéines de la capside, on peut difficilement douter de
l’absence d’UL6 et d’UL17. Une validation orthogonale par Western blot devra être effectuée pour confirmer leur présence.
Figure 22 : Abondance des protéines et des peptides viraux identifiés par MS/MS dans les capsides C nucléaires et les virus extracellulaires d’HSV-1
Deuxièmement, les protéines du tégument ajoutées au noyau forment le tégument primaire et celui-ci n’a encore jamais été caractérisé. Ainsi, 13 protéines ont été identifiées en tant tégument primaire parmi les 23 protéines du tégument présentes dans les virus extracellulaires (Figure 22). Cela laisse donc sous-entendre qu’un ajout subséquent de tégument sera nécessaire afin d’obtenir un virus extracellulaire mature. Il est aussi possible que certaines protéines soient perdues lors du passage à travers les membranes nucléaires, comme c’est le cas pour UL31 qui est absente des virus extracellulaires, et que d’autres soient acquises de nouveau plus tardivement au cours de l’infection.
La détection d’ICP4 a confirmé les résultats des articles 1 et 2 quant à la présence intrinsèque de cette protéine dans les virus matures et les capsides nucléaires ainsi que son incorporation, au moins en partie, au noyau. Cependant, l’absence d’ICP0 semble être en opposition avec les précédents résultats. Une validation orthogonale par Western blot devra être effectuée pour vérifier ce résultat et ainsi confirmer s’il n’est pas simplement dû à une limitation technique puisqu’aucun peptide n’est détecté. Cette analyse protéomique devra aussi bien entendu être répétée.
La présence de la protéine UL37 réitère la possibilité que celle-ci soit acquise en partie au noyau (436). Toutefois, sa partenaire UL36 n’a pu être détectée (437). L’association de ces deux protéines aux capsides nucléaires ne fait toutefois pas encore l’unanimité, d’autres résultats devront donc être apportés pour clarifier la controverse entourant ces deux protéines (219, 436, 438-441).
Les quatre protéines UL46 (VP11/12), UL47 (VP13/14), UL48 (VP16) et UL49 (VP22), précédemment identifiées sur les virus extracellulaires (voir article 1), ont aussi été détectées sur les capsides nucléaires. Ce large complexe de protéines co-interagissant via UL48 (VP16) semble donc être acquis, au moins en partie, au noyau (220, 442, 443). De plus, ces résultats appuient d’autres études qui démontrent la présence d’UL48 (VP16) et d’UL49 (VP22) sur les virions périnucléaires et donc la nécessité que ces protéines soient acquises au noyau (359, 444).
Les protéines UL23 et UL50, adressées dans l’article 2, ont été identifiées par protéomique dans l’échantillon de capsides nucléaires. En ce qui concerne UL23, même si l’article 2 démontre que cette protéine n’est pas fortement liée à la capside, il n’empêche que son acquisition peut avoir lieu précocement au cours de l’infection. Pour la protéine UL50, malgré qu’une étude approfondie n’ait pu être réalisée dans l’article 2 étant donné l’absence d’anticorps dirigé contre cette protéine, la présence d’UL50 sur les capsides
nucléaires constituerait une preuve de son incorporation précoce au cours du cycle viral.
Les protéines UL21, UL41 (vhs), UL51 et US2 ont aussi été détectées sur les capsides nucléaires. Leur présence sur ces capsides n’a toutefois jamais été rapportée auparavant. Ceci met donc en évidence l’éventuelle acquisition de ces protéines au noyau.
Les protéines UL12, UL39 (ICP6), UL42 et US1 (ICP22), probablement incorporées dans le tégument, ont aussi été révélée lors de notre analyse protéomique. Leur présence semble néanmoins temporaire puisqu’aucune de ces protéines n’a été détectée dans les virus extracellulaires. La présence de ces protéines peut aussi refléter leur rôle dans la morphogenèse du virus au noyau. Même si la plupart de ces protéines sont associées à la machinerie de réplication virale, elles pourraient aussi être impliquées dans une étape précoce de la migration du virus, soit lors du transport et du ciblage des capsides au site de bourgeonnement avec la MNI ou lors de la sortie des capsides du noyau via leur passage à travers les membranes nucléaires. On ne peut toutefois pas exclure le fait que ces protéines puissent aussi être tout simplement des contaminants.
Troisièmement, plusieurs peptides associés aux protéines de l’enveloppe (UL34, UL45, gD, gE et gI) ont aussi été détectés dans notre préparation de capsides nucléaires. Cette observation est surprenante dans la mesure où les capsides nucléaires sont dénuées d’enveloppe. Aucune protéine n’aurait donc dû être identifiée dans cette catégorie. Tel que mentionné précédemment et étant donné la présence de plusieurs protéines de l’enveloppe, il semblerait qu’il y ait une contamination de notre échantillon par des membranes nucléaires et/ou des membranes d’autres organelles cellulaires. En ce qui concerne les membranes nucléaires, il est en effet très probable que lors de la purification, certaines capsides interagissent déjà avec
les protéines ancrées à la MNI entraînant ainsi une copurification des capsides et des protéines de la MNI. Pour minimiser cet effet et dissocier les capsides des protéines de la MNI, les particules virales obtenues après le tri par FACS pourraient être traitées avec du détergent et, si cela n’est pas suffisant, différentes concentrations de sels pourraient également être ajoutées au détergent. En ce qui concerne une potentielle contamination via les membranes des différents compartiments cellulaires (RE, Golgi, TGN, MP, etc.), une étude approfondie de la pureté de notre échantillon par Western blot à l’aide d’anticorps dirigés contre des protéines transmembranaires de ces organelles devrait être effectuée pour déterminer la source de cette contamination et ainsi s’en débarrasser adéquatement.