PARTIE 2 : ANALYSE CHROMOSOMIQUE SUR PUCES À ADN (ACPA) DANS LE
3/ Le futur du Diagnostic Prénatal, de la médecine fœtale
Aujourd’hui le dépistage prénatal non invasif est déjà utilisé en France pour la détermination du sexe fœtal permettant d’éviter le diagnostic prénatal moléculaire si le fœtus est de sexe féminin dans le cadre de maladie génétique « récessive » liée à l’X et pour le génotypage du rhésus fœtal. Le test ADNlc a des limites : échec de technique, faux positifs (jumeau évanescent porteur d’une trisomie, mosaïque confinée au placenta, mosaïque maternelle et néoplasie maternelle(60)) et faux négatifs.
Yin et al (25) ont démontré que la détection des anomalies subchromosomiques est possible
par le test ADNlc utilisant la technologie des semi-conducteurs. Nous l’avons confirmé dans
notre étude rapportant d’autres cas de trisomies rares autosomales (RAT) (deux trisomies 16,
une trisomie 15 et une trisomie 8) ainsi que six autres anomalies subchromosomiques (23).
Depuis la fin de notre étude, dans notre centre au CHU de Bordeaux, nous avons mis en
évidence avec le test ADNlc : trois trisomies 16, une trisomie 7 et une trisomie 22 partielle.
Xie et al ont testé 23823 échantillons avec le test ADNlc utilisant la technologie des
semi-conducteurs, 188 sont revenus positifs (une T2, une T7, 15 T13, 45 T18, 125 T21, une
aneusomie multiple) il n’y a eu aucun faux négatif (61).
Plusieurs études récentes (62) (25) soulignent l’intérêt du dépistage de ces RAT à l’aide du
DPNI, en effet ces RAT sont souvent associées à de mauvaises issues obstétricales telles que
le RCIU ou la mort fœtale in utero, leur dépistage précoce permet donc une meilleure prise en charge de la grossesse de ces patientes.
Dans une population de 57204 grossesses en Chine, la plateforme Proton a été plus
performante que la plateforme Illumina pour la détection des anomalies des chromosomes
sexuels (60). L’ACLF ne recommande pas le dépistage par ADNlc des anomalies des
chromosomes sexuels (gonosomes), il n’entre pas dans le champ du dépistage par ADNlc
pour des raisons de performances du test et d’éthique (54).
Le dépistage de syndromes microdélétionnels tels que le syndrome de Di Georges sont
possibles avec le test ADNlc (63). Cependant, l’ACLF a déclaré en 2017 (54) que le dépistage
des syndromes microdélétionnels n’entre pas dans le champ de l’ADNlc à l’heure actuelle, car elle considère qu’il n’existe pas pour le moment de preuve scientifique suffisante dans la littérature en ce qui concerne la spécificité, la sensibilité et la valeur prédictive positive pour
envisager l’utilisation de l’analyse de l’ADN fœtal circulant dans cette application, et ceci d’autant que, mis à part les anomalies en 22q11.2, la fréquence est très basse.
Certaines études ont aussi validé la faisabilité du test ADNlc pour le dépistage des maladies
monogéniques basées sur la détection de l’haplotype paternel (64).
Le test ADNlc permet donc le dépistage d’autres anomalies que les aneuploïdies : RAT,
anomalies subchromosomiques, syndromes microdélétionnels et maladies monogéniques. Le
développement de ce test pourrait permettre d’encore plus réduire le nombre d’indication de tests invasifs ainsi que les indications de l’ACPA tout en améliorant la prise en charge
obstétricale de certaines patientes. La question de l’encadrement éthique de toutes ces
d’embryons, chorionicité, analyse morphologique … Il faut aussi rester vigilant face à un usage prématuré non régulé du test ADNlc à partir de tests disponibles sur internet
(détermination du sexe fœtal, interruptions volontaires de grossesse abusives…).
De plus en plus de centres considèrent que l’ACPA doit être proposé systématiquement en cas
d’indication de prélèvement invasif à la place d’un caryotype et ce quel que soit l’indication clinique pour ce test. Ceci expose à la détection de VOUS et à leurs interprétations parfois
difficiles. De plus l’exome qui est l’analyse de la partie codante du génome fait maintenant
partie du paysage de la médecine fœtale. Sommes-nous à l’aube de l’exome en systématique en cas de prélèvement invasif ? Quelles sont les limites ?
A l’ère de l’ACPA, de l’ADNlc et maintenant de l’exome, Hashiloni-Dolev et al (65) décrivent le phénomène "Pandora's pregnancy". En effet, avec tous ces tests possibles
l’information et la communication avec les couples deviennent de plus en plus complexes exacerbant parfois l’angoisse et le stress des couples. Les couples se retrouvent parfois dans des situations de « risque d’être à risque », de probabilités statistiques plutôt que de certitudes.
Nous ne sommes plus toujours dans le cas de résultat positif ou négatif, les couples sont donc
parfois dans des situations complexes avec des décisions difficiles à prendre.
Le challenge de la médecine fœtale entre les avancées techniques médicales et le questionnement éthique reste important et doit toujours être présent dans nos esprits de
CONCLUSION GÉNÉRALE
La FISH, le caryotype, l’ACPA, le test ADNlc et l’exome représentent aujourd’hui les différentes techniques d’investigations génétiques en médecine fœtale. L’invention du test
ADNlc a ouvert la porte au non-invasif permettant de limiter le nombre de prélèvements
invasifs et par là même leurs complications. Même si les avancées du test de l’ADNlc sont
rapides, d’autres applications restent à développer avec notamment le dépistage d’autres
trisomies ou syndromes microdélétionnels. Les techniques telles que la FISH, le caryotype, et
l’ACPA auront a priori toujours leur place afin de confirmer le résultat de l’ADNlc.
Il faut cependant toujours se remettre en question et se poser la question du phénomène « trop
d’information ?». Celui-ci entraîne parfois plus de stress que d’apaisement pour les couples.
En médecine fœtale, il est nécessaire de toujours mettre en parallèle les avancées médicales avec les enjeux éthiques.
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LISTE DES ABRÉVIATIONS
ACLF : Association des Cytogénéticiens de Langue Française
ACPA : Analyse Chromosomique sur Puces à ADN
ADN : Acide DésoxyriboNucléique
ADNlc : Acide DésoxyriboNucléique libre circulant
ADNlcT21 : Acide DésoxyriboNucléique libre circulant de la trisomie 21
ARN : Acide RiboNucléique
BAC : Chromosome artificiel de bactérie
CGH-array : Comparative Genomic Hybridization – array
CHU : Centre Hospitalier Universitaire
CNGOF : Collège National des Gynéco-Obstétriciens Français
CNP: Copy Number Polymorphisms
CNV : Copy Number Variation
CPDPN : Centres Pluridisciplinaires de Diagnostic PréNatal
DANSR : Digital Analysis of Selected Regions
DPN : Diagnostic PréNatal
DPNI : Dépistage Prénatal Non Invasif
FF : fraction fœtale
FGR : Fetal Growth Restriction
FISH : technique d’hybridation in situ en fluorescence
HAS : Haute Autorité de Santé
hCG ß : hormone chorionique gonadotrope ß
Kb: Kilobases
m-FISH : technique d’hybridation in situ en fluorescence multicolore
MAF : Maximum Allele Frequency
Mb : mégabase
MPS : Séquençage Massif en Parallèle
MRGM : Maladies Rares : Génétique et Métabolisme
NGS : Séquençage Nouvelle Génération, Next Generation Sequencing
PAG : Petit Poids pour l’Âge Gestationnel
PAPP-A : Pregnancy-Associated Plasma Protein-A
PCR : Polymerase Chain Reaction
PGM : Personnal genome Machine
RAT : trisomies rares autosomales
RCIU : Retard de Croissance Intra-Utérin
RPC : Recommandations pour la Pratique Clinique
RT-PCR : Reverse Transcriptase - Polymerase Chain Reaction
SA : Semaines d’Aménorrhée
SGA: Small for Gestational Age
SKY : spectral karyotyping
SNP : Single Nucleotide Polymorphims
SNP-array : Single Nucleotide Polymorphism - array
STR: Short Tandem Repeat
STR: Short Tandem Repeat
TDM : TomoDensitoMétrie
T13 : Trisomie 13
T21 : Trisomie 21
LISTE DES FIGURES ET DES
TABLEAUX
• Liste des Figures :
Figure 1 : Image de caryotype ……… 17
Figure 2 : FISH (technique d’hybridation in situ en fluorescence)………. 20
Figure 3 : Schéma d’une expérience d’hybridation génomique comparative sur puce
à ADN……….. 22
Figure 4 : Répartition des Single Nucleotide Polymorphims (SNP) que nous avons utilisés. 37 Figure 5 : exemple de SNP ………... 37
Figure 6 : Test des différents SNPs………. 39
Figure 7 : Répartition des Short Tandem Repeat (STR) que nous avons utilisés…………... 40
Figure 8 : Exemple de Short Tandem Repeat (STR) multi-alléliques……… 40
Figure 9 : Exemple de résultats chez une femme non enceinte………... 41
Figure 10 : Exemple de résultats couple homme + femme enceinte………... 42
Figure 11 : Corrélation taille de reads – Fraction Fœtale……… 43