Echantillons

Sur le terrain, différents types d’échantillon ont été collectés selon le statut des animaux. Du sang complet a été prélevé sur tube EDTA et appliqué sur du papier buvard Whatman 3MM (VWR, Fontenay-sous-Bois, France) lors de l’abattage d’animaux à l’abattoir ou dans des aires d’abattage collectives. Après une prise de sang sur la face supérieure de l’oreille des animaux, des bandelettes de papier buvard de 5cm x 1cm ont été imbibées de sang complet, séchées à température ambiante puis conservées comme décrit par Michaud et al., (2007). Les sérums ont été récupérés après une centrifugation de 5 minutes à 600 g, puis conservés à -80°C jusqu’à utilisation. Après autopsie de l’animal, un fragment d’organe cible du virus PPA (rate, rein ou ganglions lymphatiques) de 5 cm³ environ a été prélevé et placé immédiatement à +4°C. Les fragments d’organe ont ensuite été congelés dans de l’azote liquide pour assurer le transport vers le laboratoire, puis placés à -80°C pour conservation jusqu’à leur utilisation.

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Dans les élevages, tout comme lors des expérimentations animales en milieu contrôlé, seul le sang a été prélevé sur les animaux sur pied, en tube EDTA et sur papier buvard Whatman 3MM.

1.1. Echantillons prélevés lors des études expérimentales

Des prélèvements de sang sur tubes EDTA, sur tubes secs et sur buvards ont été effectués au cours de quatre expérimentations animales réalisées dans le cadre des essais vaccinaux ou d’étude de virulence utilisant plusieurs souches de virus PPA.

La première expérimentation animale, réalisée au CISA en 2009, avait pour but d’étudier la virulence de la souche Arm07 (génotype II), isolée en 2007 sur porc domestique lors d’un foyer en Arménie. Pour cette étude, six porcs ont été utilisés : quatre porcs (C1 – C4) inoculés par voie intra musculaire et avec une dose de 10 HAD50, et deux porcs C5 – C6 non inoculés mais placés dans le même enclos au contact des porcs inoculés. Les prélèvements de sang ont été effectués à 0, 5, 9 et 12 jours après l’infection.

Cette expérimentation animale a permis de comparer la détectabilité par PCR du virus PPA à partir de sang complet et de sang imprégné sur papier buvard 3MM, ainsi que la performance du papier 3MM comme support de prélèvement face à un autre papier buvard, le papier FTA (Braae et al., 2013).

La seconde expérimentation animale a été conduite au CReSA en 2011 dans le cadre d’une étude comparative de la virulence de différentes souches de virus. Au cours de cette étude, deux groupes de trois porcs ont été infectés avec une dose de 10⁴ HAD50 de la souche Ben97/1 ou de la souche E75, toutes deux appartenant au génotype I viral. Les prélèvements ont été effectués à 1, 2 et 4 jours après l’inoculation pour le groupe de porc, 1 et à 3, 5, 7 et 9 jours pour le groupe 2.

Les troisième et quatrième expérimentations animales ont été réalisées à l’ANSES Ploufragan en 2011. Concernant la troisième, il s’agit d’un essai vaccinal utilisant des souches virales du génotype I. Au cours de cet essai, sept porcs ont été infectés avec une dose de 10⁴ HAD50 de la souche OURT88/3, une souche naturellement atténuée isolée au Portugal en 1988. Après 21 jours, une première épreuve infectieuse a été réalisée avec

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104HAD50 de la souche OURT88/1, une souche très proche de la première, mais virulente. Enfin, 21 jours plus tard, les porcs ont subi une seconde épreuve infectieuse utilisant 104 HAD50 de la souche virulente Ben97/1 (isolée au Bénin en 2007). Les prélèvements ont été effectués à 0, 3, 7, 14, 21, 28, 35, 41, 45 et 49 jours après l’infection.

La dernière expérimentation correspondait quant à elle une étude comparant deux méthodes de vaccination, par inoculation d’un peptide ou par l’utilisation d’une ou plusieurs souches virales. Au cours de ces études, 16 porcs ont été vaccinés (les souches de virus « vaccinales » ont été tenues confidentielles) à J0 et à J14 puis infectés avec 10⁴ HAD50 de la souche d’épreuve E75 (génotype I) à J28. Les prélèvements ont été effectués à 27, 35, 42 et 49 jours après la première inoculation.

1.2. Echantillonnage « terrain »

A Madagascar, un échantillonnage de porcs domestiques provenant des zones infectées a été effectué de 2008 à 2010 dans les abattoirs et les élevages (Tableau 2). Les prélèvements ont eu lieu suite à la suspicion d’un foyer sur le terrain ou au cours des campagnes de surveillance active. Dans ce dernier cas, les sites de prélèvement, localisés sur la Figure 17, ont été choisis selon deux critères : l’importance de l’élevage porcin implanté et la présence simultanée d’élevage et d’abattoir. Madagascar est divisé en 22 régions, issues du redécoupage des 6 anciennes provinces. Sur ces 22 régions, 13 ont été visitées à des fins de collecte, chacune des 6 anciennes provinces étant représentées par au moins une région.

Tableau 2 : Nature et lieu de prélèvement des échantillons collectés à Madagascar et en Côte d’Ivoire entre 2008 et 2010

A

Pays Madagascar Côte d’Ivoire

Année 2008 2009 2010 2009 - 2010

Prélèvements Sérum ^Papier

buvard ^{Rate Sérum}

Papier

buvard ^{Rate Rate Sérum}

Papier buvard

Abattoirs 30 30 30 115 115 115 45 - -

Elevages - - - 422 - - - 346 346

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La Côte d’Ivoire a été déclarée indemne de PPA depuis au moins 10 ans suite aux foyers apparus en 1996. Lors d’une campagne de surveillance en 2009 – 2010, 346 porcs ont été prélevés à l’abattoir du district d’Abidjan qui, étant le seul abattoir de ce type dans le pays, est le lieu de convergence de la plupart des porcs destinés à l’abattage, ainsi que sur des animaux sur pied dans la région de Béoumi (centre du pays). Au total, 246 échantillons provenant des animaux élevés en élevage moderne (porcs élevés en claustration) et 100 provenant d’élevage traditionnel (porcs coureurs ou en divagation)ont été prélevés. Ces échantillons, qui consistaient en du sang séché sur papier filtre 3MM et du sérum ont été utilisés dans notre étude afin d'évaluer la spécificité des méthodes mises en œuvre.

Zones de collecte des prélèvements

en Côte d’Ivoire

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2. Influence de la taille du fragment de papier filtre sur la détectabilité du virus