Que ce soit au niveau des résultats de sérologie ou de portage rénal, aucune différence significative n’a été mise en évidence entre les deux zones étudiées.
115 Globalement, on a ainsi pu déterminer une séroprévalence de 76 % (IC95 % 64,2-87,8 %) et un taux de portage rénal déterminé par QPCR de 12,1 % pour les animaux capturés dans la Dombes alors que dans le cas de ceux de la Vallée de l’Ognon, la séroprévalence était de 64 % (IC95 % 53,1-74,9 %) et le taux de portage rénal de 8,0 %. Cette absence de différence significative nous a posé un problème quant à la réponse à un de nos objectifs. En effet nous avions choisi deux sites très différents d’un point de vue typologie géographique afin de pouvoir étudier l’influence de l’environnement sur la prévalence de la leptospirose, mais étant donné l’absence de différence significative entre les zones il n’a pas été possible de tirer des conclusions définitives à ce sujet.
Nos cherchions également à préciser la place du Ragondin dans le cycle épidémiologique de la leptospirose : hôte réservoir ou hôte accidentel. Pour ce faire, chaque animal a été nécropsié et les lésions macroscopiques, notamment celles observées dans la cavité abdominale, ont été répertoriées. Une histologie des reins a été réalisée chez 88 individus des deux zones. Les autopsies ont révélés des individus avec un bon état corporel dans plus de 96 % des cas. Les lésions macroscopiques découvertes dans la cavité abdominale sont assez peu nombreuses, considérant que nous sommes en présence d’animaux sauvages et peu semblent pouvoir être reliées à l’expression d’une leptospirose aiguë telle qu’elle est connue chez d’autres espèces animales (Adler & de la Pena Moctezuma 2010). Au niveau microscopique, les reins ne montrent que des lésions subaiguës sans signification histologique évidente à part dans le cas de deux animaux. Aucun de ces résultats ne permet d’émettre l’hypothèse que les animaux capturés souffrent de conséquences liées à une leptospirose clinique bien que la séroprévalence soit élevée avec dans certains cas des titres permettant de conclure à une infection récente et que le taux de portage démontré par QPCR soit non négligeable. Tous nos résultats sont en faveur d’un Ragondin hôte réservoir tel que peut l’être le Rat surmulot. Toutefois, il est difficile d’être totalement affirmatif et il serait nécessaire de compléter cette étude par des expériences en
116 milieu contrôlé avec des infections provoquées afin de pouvoir définitivement confirmer ces résultats.
Les sérogroupes très majoritairement détectés par le MAT sont en premier lieu Australis et en second lieu Icterohaemorrhagiae. Il est à noter que d’après le CNR (Centre National de Référence) de l’Institut Pasteur, Icterohaemorrhagiae est le premier sérogroupe incriminé en MAT dans le cas des infections humaines et Australis le troisième entre 2006 et 2010 en France métropolitaine (CNR 2010). Toutefois il faut faire attention à ne pas tirer de conclusions trop hâtives. En effet dans ces deux cas on s’intéresse à des résultats de sérologie, or le seul moyen de typer exactement une souche de leptospire nécessite une mise en culture puis, soit un typage sérologique par CAAT (Cross Agglutination Absorption Test) soit un typage génétique grâce aux nouvelles méthodes de type VNTR (Variable Number Tandem Repeat), MLST (Multi Locus Sequence Typing) ou d’autres. Il n’est pas possible avec uniquement des résultats sérologiques d’affirmer catégoriquement qu’il y a correspondance entre les leptospires circulant dans nos populations de Ragondin et celles responsables d’une majorité des infections humaines. Cependant le fait que les titres observés chez certains animaux de cette étude soient très élevés et la quasi absence d’autres sérogroupes réactifs dans les sérums est fortement en faveur d’une circulation au sein de nos populations de leptospires appartenant à ces deux groupes qui sont par ailleurs connus pour être pathogènes chez l’Homme (Levett 2001).
Un des critères de choix des deux zones avait été une différence de cas déclarés de leptospiroses humaines. Etant donné l’absence de différences significatives entre nos deux populations de Ragondin, d’autres facteurs sont à envisager pour tenter d’expliquer ce fait. Il faut d’abord noter que la leptospirose n’est pas une maladie à déclaration obligatoire en France et de ce fait une sous-estimation du nombre de cas est rapportée par le CNR. Cette sous-estimation est dépendante de la sensibilisation des médecins dans chaque zone en France (CNR 2010). Il est donc possible que la différence de cas observée entre les deux zones soit plus artéfactuelle que réelle et révèle une plus grande vigilance vis-à-vis de la
117 leptospirose, et un plus grand nombre de tests MAT demandés, des médecins dans la zone de l’Ognon que dans celle de la Dombes. Si nous considérons que la différence en nombre de cas est réelle, plusieurs explications peuvent être envisagées. Il se peut que le Ragondin ne soit pas le facteur discriminant entre ces deux zones, et qu’un (ou plusieurs) autre(s) hôte(s) réservoir(s) de ces sérogroupes soi(en)t responsable(s) des différences observées en ce qui concerne les infections humaines. Notre hypothèse privilégiée est toutefois différente. Ces deux zones sont très différentes d’un point de vue utilisation par l’Homme : l’Ognon est une rivière de loisirs aquatiques avec des bases nautiques alors que la Dombes est principalement composée d’étangs privés sans accès public utilisés pour la pisciculture. Il nous semble probable que si la différence en nombre de cas de leptospirose humaine est bien réelle, elle soit majoritairement due à une différence de fréquentation des zones par le public.
La leptospirose est une maladie liée à l’environnement et son épidémiologie en Europe est maintenant majoritairement liée aux loisirs aquatiques (sports nautiques, pêche). La surveillance de l’environnement par le biais d’un ou plusieurs réservoirs est compliquée et demande un investissement en temps et en personnel important. Il nous a ainsi paru intéressant de développer un indicateur plus facile à mettre en œuvre pour un suivi environnemental. Plusieurs options étaient possibles : une recherche directe dans les eaux ou l’utilisation d’animaux domestiques (notamment le Chien) comme sentinelle de la circulation de leptospires pathogènes dans une zone. Nous avons choisi de développer une méthode de détection par QPCR des leptospires pathogènes dans l’eau qui permet de détecter de très faibles quantités de bactéries dans des eaux douces. Cette méthode, basée sur la détection du gène lipL32, permet la détection des souches pathogènes et d’aucune souche saprophyte et la quantification de 10 à 107 bactéries / ml. En ce qui concerne la stratégie d’échantillonnage, sa mise en place nécessite des connaissances en hydrologie que nous ne possédons pas et nous ne nous sommes pas penchés sur ce sujet par manque de temps mais il serait fortement intéressant de pouvoir développer ce genre de
118 collaborations et de poursuivre ce projet. La méthode publiée pourra être utilisée par différents acteurs souhaitant intégrer la recherche des leptospires pathogènes dans un suivi de la qualité de l’eau, notamment dans le cas d’eaux de baignades.
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II. P
ERSPECTIVESSuite aux résultats obtenus durant ce travail de thèse, plusieurs pistes restent à approfondir.
1. Poursuivre la mise au point du test sur l’eau
Ainsi qu’il a déjà été mentionné notre travail portant sur la détection de leptospires pathogènes dans les eaux douces n’a porté que sur la mise au point de la méthode analytique. Il semble intéressant, au vu des résultats positifs obtenus, de développer des collaborations avec des spécialistes dans les analyses bactériologiques des eaux afin de poursuivre la mise au point du protocole et de pouvoir proposer un schéma complet allant des modalités de prélèvement, à la conservation des échantillons jusqu’à l’interprétation des résultats aux organismes de surveillance de la qualité de l’eau.
2. Confirmer le rôle du Ragondin comme hôte-réservoir
Nos arguments en faveur d’un rôle de réservoir de cette espèce sont principalement des arguments négatifs (pas d’association entre des lésions macroscopiques ou histologiques avec un examen sérologique positif ou la preuve d’un portage rénal). Pour confirmer nos conclusions et établir formellement la place du Ragondin, des études en conditions contrôlées avec des animaux en captivité seront nécessaires. Il serait intéressant de pouvoir réaliser un suivi temporel d’une infection leptospirosique chez cette espèce. Dans ce cadre il faudrait pouvoir évaluer le temps de la leptospirémie, le temps de séroconversion, la durée pendant laquelle la sérologie MAT reste positive, le taux de portage rénal après une infection
120 et la durée de l’excrétion urinaire. Ces éléments seraient à évaluer au moins vis-à-vis de leptospires représentant les sérogroupes Australis et Icterohaemorrhagiae mais il pourrait aussi être intéressant de tester d’autres souches afin de déterminer s’il existe une spécificité du Ragondin pour ces sérogroupes ou si l’espèce est plus ubiquiste comme hôte que ce que nos résultats semblent indiquer.
3. Typer les souches de leptospires infectantes dans une population de Ragondin par méthode moléculaire
Les méthodes de typage moléculaire (VNTR, MLST) permettent de s’affranchir des cultures pures voire de typer les souches infectantes dans des échantillons biologiques dans le cas de charge bactérienne élevée (Agampodi et al. 2012). Nos échantillons de reins positifs en QPCR n’avaient pas une charge bactérienne assez élevée pour pouvoir envisager utiliser ce genre de méthode et, suite à des soucis techniques, il ne nous a pas été possible de les appliquer dans le cas des cultures trouvées positives en PCR. Toutefois il semblerait intéressant de pouvoir réaliser ce genre de typage dans le cadre d’études ultérieures afin de pouvoir déterminer plus exactement quel(s) est(sont) le(s) sérogroupes et sérovars infectants des populations de Ragondin. Dans ce cadre des piégeages proches du site du Campus Vétérinaire de Lyon sembleraient le plus adaptés afin de pouvoir réaliser des cultures sur les reins des animaux.
4. Développer un réseau d’animal- sentinelle pour la maladie humaine
La recherche des leptospires dans les réservoirs et dans l’eau peut être délicate et/ou lourde techniquement. Un autre moyen de détecter une contamination éventuelle de
121 l’environnement et donc un danger pour l’Homme lors de l’utilisation de cet environnement pourrait être de développer un réseau d’animaux-sentinelles sur une zone donnée. Il s’agirait de déterminer dans ce cas quelle espèce domestique serait la plus appropriée en tenant compte de son utilisation de l’espace, des données de vaccination éventuelles pour l’espèce et des données du Laboratoire des Leptospires, puis de mettre en place un réseau de surveillance avec des vétérinaires sur le terrain.
Un exemple de ce type de réseau pourrait être basé sur une surveillance sérologique des meutes de chiens de chasse par exemple sur la zone de la Dombes. L’utilisation des chiens de chasse présentent plusieurs avantages : ils sont en contact avec quasiment le même environnement que l’Homme, les meutes sont généralement sorties dans des lieux bien définis (zone de chasse de leur maître), de plus une étude récente en France semble indiquer que les sérogroupes détectés majoritairement en MAT dans cette espèce sont Icterohaemorrhagiae et Australis (Hazart et al. 2010) ce qui est cohérent avec les données chez l’Homme (CNR 2010). On pourrait imaginer la création d’un réseau des vétérinaires praticiens de la zone qui suivraient ces chiens sur le long terme permettant ainsi de connaitre le statut vaccinal et l’historique médical de chaque animal. Les vétérinaires organiseraient un suivi sérologique avec des MAT réalisés avant, en milieu et après la saison de chasse et rapporteraient tout épisode pouvant être évocateur d’une leptospirose (un questionnaire précis avec les facteurs d’inclusion devant être établi et distribué aux praticiens participants). Ce genre de réseau est un réseau de vigilance et si une proportion conséquente d’animaux présente une séroconversion, il peut servir d’outil d’alerte pour les médecins du secteur ou les pouvoirs publics.
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