TABLEAU RECAPITULATIF DES ECHANTILLONS
Exp# : Identifiant unique de l’expérience ; Exp. Group : Code du groupe expérimental ; Exp_Group Description : Explication du code
S_ID : Identifiant de l’échantillon ; Cell_Sample : Code de la population cellulaire triée ; A_Cell# : Nombre de cellules triées ; S_purity : pureté
du tri ; S_Aliquot# : Nombre d’aliquotes cellulaires pour l’échantillon.
Exp# Exp. Group Exp_Group Description S_ID Cell Sample A_Cell# S_purity S_Aliquot#
TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_215 SPL-SP-amTregs 398 779 99,7 1 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_216 SPL-SP-Teff 13 784 576 99,4 4 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_217 SPL-SP-nTregs 997 161 99,1 1 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_218 SPL-SP-CD8 5 732 322 99,4 2 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_219 BLN-LY-amTregs 58 941 97,0 1 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_220 BLN-LY-Teff 5 842 026 98,0 2 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_221 BLN-LY-nTregs 215 200 99,0 1 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_222 BLN-LY-CD8 1 668 066 97,0 1 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_223 ILN-LY-amTregs 127 121 99,2 1 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_224 ILN-LY-Teff 10 982 735 99,9 4 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_225 ILN-LY-nTregs 453 538 98,7 1 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_226 ILN-LY-CD8 3 504 576 99,3 1 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_227 MLN-LY-amTregs 330 182 99,5 1 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_228 MLN-LY-Teff 11 004 127 99,4 4 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_229 MLN-LY-nTregs 414 702 98,3 1 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_230 MLN-LY-CD8 3 609 587 99,6 1 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_231 PALN-LY-amTregs 61 567 98,0 1 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_232 PALN-LY-Teff 2 835 094 98,0 1 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_233 PALN-LY-nTregs 102 853 99,0 1 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_234 PALN-LY-CD8 1 085 341 98,0 1 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_235 PLN-LY-amTregs 124 668 95,0 1 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_236 PLN-LY-Teff 4 823 482 99,0 2 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_237 PLN-LY-nTregs 79 900 92,0 1 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_238 PLN-LY-CD8 1 843 931 97,0 1 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_239 RLN-LY-amTregs 27 157 98,0 1 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_240 RLN-LY-Teff 1 279 275 99,0 1 TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_241 RLN-LY-nTregs 64 089 95,0 1
TriPoD-0006 NOD_YgM pool of 9 NOD foxp3 GFP males 9 wks 06_242 RLN-LY-CD8 471 734 97,0 1
TABLEAU RECAPITULATIF DES ALIQUOTES
A_ID_Std# : Identifiant unique de l’aliquote ;
RNA_Ext_Method : Méthode
d’extraction d’ARN ;
Protocol : Code 2-bit résumant le
protocole de séquençage : si un même aliquote est séquencé plusieurs fois, le 1er bit identifie l’aliquote d’ARN si le reséquençage s’est fait à partir de sous-aliquote d’ARN différents, le 2nd identifie l’aliquote d’ADNc si le reséquençage s’est fait à partir de sous-aliquote d’ADNc différents ;
Sequencer : Modèle du séquenceur Run_ID : Identifiant donné au passage
sur séquenceur ;
Read_Number : Nombre de séquences
listées dans les fichiers fastq.
A_ID_Std RNA_Ext_MethodProtocol Lib_protocol Target genes Sequencer Run_ID Sequencing direction Read number
TriPoD_06_215_1 Trizol/Rneasy 21 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 563 275
TriPoD_06_216_1 Trizol/Rneasy 21 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 930 127
TriPoD_06_217_1 Trizol/Rneasy 21 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 704 448
TriPoD_06_218_1 Trizol/Rneasy 21 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 603 001 TriPoD_06_219_1 Trizol/Rneasy 21 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP001 pair-end 1 497 296 TriPoD_06_220_1 Trizol/Rneasy 22 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 1 461 147 TriPoD_06_221_1 Trizol/Rneasy 22 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 1 476 903 TriPoD_06_222_1 Trizol/Rneasy 22 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 1 403 890
TriPoD_06_223_1 Trizol/Rneasy 21 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 300 602
TriPoD_06_224_1 Trizol/Rneasy 21 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 298 828
TriPoD_06_225_1 Trizol/Rneasy 21 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 344 430
TriPoD_06_226_1 Trizol/Rneasy 21 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 448 660
TriPoD_06_227_1 Trizol/Rneasy 21 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 470 007
TriPoD_06_228_1 Trizol/Rneasy 21 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 535 644
TriPoD_06_229_1 Trizol/Rneasy 21 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 2 003 527
TriPoD_06_230_1 Trizol/Rneasy 21 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 2 218 927
TriPoD_06_231_1 Trizol/Rneasy 21 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 1 420 303
TriPoD_06_232_1 Trizol/Rneasy 21 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 1 282 712
TriPoD_06_233_1 Trizol/Rneasy 21 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 988 206
TriPoD_06_234_1 Trizol/Rneasy 21 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 1 002 589 TriPoD_06_235_1 Trizol/Rneasy 22 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 1 313 631 TriPoD_06_236_1 Trizol/Rneasy 22 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 1 374 740 TriPoD_06_237_1 Trizol/Rneasy 22 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 1 144 949 TriPoD_06_238_1 Trizol/Rneasy 22 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 1 199 147
TriPoD_06_239_1 Trizol/Rneasy 21 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 927 320
TriPoD_06_240_1 Trizol/Rneasy 21 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 1 019 509
TriPoD_06_241_1 Trizol/Rneasy 21 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 463 538
TriPoD_06_242_1 Trizol/Rneasy 21 V-J multiplex TRB MiSeq Illumina iREP002 pair-end 555 074
TripoD_38_1070_5 RNeasy 11 V-J multiplex TRB HiSeq Illumina iREP004 pair-end 7 345 806
TripoD_38_1070_5 RNeasy 21 V-J multiplex TRB HiSeq Illumina iREP004 pair-end 9 178 548
TripoD_38_1070_5 RNeasy 31 V-J multiplex TRB HiSeq Illumina iREP004 pair-end 8 469 835
TripoD_38_1070_6 RNeasy 11 V-C I3 TRB 454GSJr VQ018 pair-end 145 027
TripoD_38_1070_6 RNeasy 21 V-C I3 TRB 454GSJr VQ021 pair-end 187 864
TABLEAU RECAPITULATIF DES JEUX DE DONNEES
RS_ID_Std: Identifiant unique du jeu de données ;
Reference : Source des séquences de référence utilisée pour
l’annotation ;
Annotation : outils d’annotation ;
TR sequence nb : Nombre de séquences TR identifiées ; Nb TR/Reads: Ratio du nombre de séquences TR sur le
nombre de séquences total.
% productive: % de séquences TR en phase ouverte de lecture (V-CDR3-J) : Nombre de clonotypes
TRV Nb : Nombre de gènes TRV ; TRJ Nb : Nombre de gènes TRJ ;
CDR3_nt : Nombre de séquences CDR3 nucléotidiques
uniques
CDR3_aa : Nombre de séquences CDR3 peptidiques uniques
RS_ID_Std Reference Annotation TR sequence Nb Nb TR/Reads %productive (V-CDR3-J) TRV Nb TRJ Nb CDR3_nt CDR3_aa
TriPoD_06_215_1_21_iREP002 GeneBank clonotypeR 511 110 0,91 95 16 064 21 12 16 064 23 788
TriPoD_06_216_1_21_iREP002 GeneBank clonotypeR 842 053 0,91 95 10 345 20 12 10 345 17 549
TriPoD_06_217_1_21_iREP002 GeneBank clonotypeR 641 660 0,91 95 30 634 21 13 30 634 40 937
TriPoD_06_218_1_21_iREP002 GeneBank clonotypeR 550 352 0,91 95 63 169 21 13 63 169 74 554
TriPoD_06_219_1_21_iREP001 GeneBank clonotypeR 1 237 910 0,83 96 8 664 17 12 8 664 15 053
TriPoD_06_220_1_22_iREP002 GeneBank clonotypeR 1 230 050 0,84 95 26 552 20 12 26 552 45 659
TriPoD_06_221_1_22_iREP002 GeneBank clonotypeR 1 228 093 0,83 96 15 713 22 12 15 713 28 476
TriPoD_06_222_1_22_iREP002 GeneBank clonotypeR 1 254 125 0,89 96 73 356 22 14 73 356 95 997
TriPoD_06_223_1_21_iREP002 GeneBank clonotypeR 271 238 0,90 95 11 077 21 12 11 077 15 580
TriPoD_06_224_1_21_iREP002 GeneBank clonotypeR 275 107 0,92 94 138 654 20 13 138 654 163 193
TriPoD_06_225_1_21_iREP002 GeneBank clonotypeR 313 383 0,91 94 24 826 21 13 24 826 30 240
TriPoD_06_226_1_21_iREP002 GeneBank clonotypeR 412 054 0,92 95 101 665 21 13 101 665 115 709
TriPoD_06_227_1_21_iREP002 GeneBank clonotypeR 430 073 0,92 96 15 377 21 12 15 377 21 577
TriPoD_06_228_1_21_iREP002 GeneBank clonotypeR 498 369 0,93 95 131 906 21 14 131 906 153 947
TriPoD_06_229_1_21_iREP002 GeneBank clonotypeR 1 784 007 0,89 96 13 291 22 12 13 291 22 408
TriPoD_06_230_1_21_iREP002 GeneBank clonotypeR 2 004 343 0,90 95 36 908 22 13 36 908 64 965
TriPoD_06_231_1_21_iREP002 GeneBank clonotypeR 1 288 347 0,91 96 25 824 22 12 25 824 44 334
TriPoD_06_232_1_21_iREP002 GeneBank clonotypeR 1 179 586 0,92 95 267 731 22 12 267 731 330 594
TriPoD_06_233_1_21_iREP002 GeneBank clonotypeR 897 674 0,91 95 25 251 21 12 25 251 39 160
TriPoD_06_234_1_21_iREP002 GeneBank clonotypeR 916 537 0,91 95 56 340 21 13 56 340 71 816
TriPoD_06_235_1_22_iREP002 GeneBank clonotypeR 1 108 651 0,84 92 10 811 20 12 10 811 18 169
TriPoD_06_236_1_22_iREP002 GeneBank clonotypeR 1 163 122 0,85 95 51 053 21 12 51 053 71 400
TriPoD_06_237_1_22_iREP002 GeneBank clonotypeR 956 180 0,84 94 11 150 21 12 11 150 19 685
TriPoD_06_238_1_22_iREP002 GeneBank clonotypeR 1 064 515 0,89 95 44 416 21 14 44 416 60 946
TriPoD_06_239_1_21_iREP002 GeneBank clonotypeR 829 235 0,89 97 11 872 20 12 11 872 19 282
TriPoD_06_240_1_21_iREP002 GeneBank clonotypeR 930 807 0,91 94 72 839 22 12 72 839 91 372
TriPoD_06_241_1_21_iREP002 GeneBank clonotypeR 421 689 0,91 95 7 408 21 12 7 408 12 487
TriPoD_06_242_1_21_iREP002 GeneBank clonotypeR 494 540 0,89 95 10 924 20 12 10 924 18 592
TripoD_38_1070_5_11_iREP004 GeneBank clonotypeR 6 836 292 0,93 95 136 130 22 13 221 716 119 738
TripoD_38_1070_5_21_iREP004 GeneBank clonotypeR 5 732 884 0,62 94 128 139 22 12 204 699 113 268
TripoD_38_1070_5_31_iREP004 GeneBank clonotypeR 5 290 615 0,62 94 127 431 22 13 199 304 112 656
TripoD_38_1070_6_11_VQ018 GeneBank clonotypeR 72 828 0,50 77 26 326 22 12 27 654 25 071
TripoD_38_1070_6_21_VQ021 GeneBank clonotypeR 109 508 0,58 80 34 075 22 12 36 224 32 329
Wahiba Chaara