Au niveau du développement méthodologique, il est d‟abord possible de conclure que l‟optimisation selon un rationnel physiologique des milieux de prétraitement et de stimulation favorise un plus grand nombre de foyers infectieux sur les cellules en culture. Aussi, de manière importante, la combinaison des comptes totaux et infectieux sur le même échantillon permet une évaluation plus précise de la fraction infectieuse que les protocoles antérieurs. Finalement, la méthode 3D-CC-IFA offre des performances de récupération comparables aux méthodes standardisées de comptes totaux. Elle représente un pas de plus dans l‟avancement des méthodes d‟infectivité de Cryptosporidium.
Pour aller plus loin, il serait principalement recommandé de travailler sur l‟amélioration des méthodes de concentration et d‟isolation en amont de la détection 3D-CC-IFA. Les objectifs de concentrer de plus grands volumes d‟eau tout en éliminant plus efficacement les débris seraient à explorer. Des techniques telles que la centrifugation en continue pour la concentration et l‟extraction des oocystes agglomérés aux particules pour l‟isolation pourraient être tentées. Bien entendu, les pertes d‟oocystes devraient être minimisées dans tous les cas. Aussi, il serait important d‟intégrer le génotypage comme outil de confirmation et de recherche de la source de pollution plus spécifique. Ceci contribuerait aussi à valider les espèces pouvant être détectées par la 3D-CC-IFA. De plus, la 3D-CC-IFA pourrait être exploitée lors d‟analyses de désinfections tant en eaux potable qu‟en eaux usées. Des essais contrôlés en laboratoire seraient facilement réalisables et combleraient un grand vide dans la littérature, spécialement en eaux usées.
Concernant les conclusions à tirer de la campagne d‟échantillonnage, notons d‟abord le succès de l‟application de la méthode 3D-CC-IFA et de la méthode 1623 pour Giardia dans de multiples matrices environnementales complexes. Ce succès est attribuable au bon développement des étapes de concentration et d‟isolation en amont de chacune des matrices. Les résultats soulignent une contribution variable en oocystes totaux et infectieux des milieux ruraux et urbains influençant les eaux de surface. En effet, la prévalence d‟oocystes totaux est plus forte dans les eaux de drainage agricole tandis que les oocystes infectieux sont prédominants dans les rejets d‟eaux usées. Les comptes totaux des deux milieux peuvent être comparés aux comptes de base
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observés par d‟autres études. Les fractions infectieuses sont plus élevées aux affluents (20%) qu‟aux effluents (7%) des STEP et inférieures au mode de 40% utilisées par le US EPA (2005a) et ce, sans tenir compte de l‟atténuation environnementale. Les veaux ont une prévalence plus élevée d‟oocystes infectieux tandis que les vaches ont sporadiquement une fraction infectieuse plus importante. Les fumiers ainsi que les échantillons pris à l‟exutoire ne contenaient pas de foyers infectieux.
Au niveau des recommandations concernant de la campagne d‟échantillonnage, il serait intéressant de cibler des évènements de pointe. En milieu urbain, la caractérisation des oocystes présents dans les CSO seraient une bonne piste à suivre. En effet, une étude sur Giardia a démontré que les CSO contribuent plus en charge annuelle de Giardia que les effluents d‟eaux usées (Rechenburg et al., 2006). L‟étude des fractions liées provenant de la resuspension des dépôts de CSO et des fractions libres pourrait y être intégrée en comparant les charges et les pourcentages d‟infectivité de ses deux partis (Passerat et al., 2010). Pour le milieu rural, les mécanismes de transport et d‟atténuation environnementale offrent beaucoup de possibilité d‟études plus approfondies sur le terrain (Ferguson et al., 2010). La méthode 3D-CC-IFA pourrait être appliquée pour estimer l‟abattement des fractions infectieuses dans les traitements des fumiers ainsi que lors de l‟épandage dans les champs sous différentes conditions météorologiques.
Touchant cette dernière partie, les premières conclusions à tirer reposent sur les relations entre Cryptosporidium et les indicateurs sélectionnés. L‟enlèvement des oocystes par les STEP, leur présence dans les effluents d‟eaux usées ainsi que dans les exutoires ruraux ne peuvent être clairement expliqués par la turbidité et les indicateurs microbiens sélectionnés. Par la suite, les modèles de charges quotidiennes en humain ou animaux équivalents estiment et nuancent les contributions en oocystes totaux et infectieux de base et extrêmes entrant dans les eaux de surfaces. Les différences entre les charges totales et infectieuses en milieu urbain varient de 0.9 à 1.6 log selon la statistique et le scénario choisis. Les charges totales d‟humain et d‟animaux sont relativement semblables mais aucun oocyste infectieux n‟a été détecté à l‟exutoire.
À propos des recommandations pour partie de l‟étude, il serait d‟abord approprié d‟approfondir la compréhension de l‟enlèvement des oocystes ainsi que leur désinfection par les STEP. Comme les installations de traitement à l‟échelle municipale reçoivent des eaux peu chargées en oocystes, des études pilotes avec des ajouts dosés pourraient venir combler ce manque de connaissance. Aussi, pour les modèles de charge, le pas suivant à franchir est de modéliser un bassin-versant pour ses sources de contamination, de vérifier la capacité d‟abattement des oocystes à la station de production d‟eau potable et d‟estimer le risque pour le consommateur de contracter une cryptosporidiose.
De manière générale pour l‟ensemble du projet, la quête de la fraction infectieuse des oocystes de Cryptosporidium n‟a pas révélé une valeur unique. Elle a plutôt produit des modèles précisant les ordres de grandeur nuancés selon l‟origine de la pollution fécale, tout en diminuant immanquablement les évaluations antérieures.
Rappelons que les américains utilisent pour leurs nouvelles normes d‟abattement des oocystes de Cryptosporidium, les comptes totaux aux eaux brutes d‟usines de station de production d‟eau potable et les corrigent avec une distribution d‟infectivité ayant un mode de 40%. Les augmentations des coûts de traitement associés à ce parasite ont été estimées de 92 à 133 million de dollar américain par an (USEPA, 2005a). L‟évaluation à la baisse de la fraction infectieuse retrouvée à l‟entrée des stations éviterait bien évidement une partie non négligeable de ces dépenses.
Au Québec, des études faites par les chercheurs (Côté et al., 2006; Graczyk et al., 2001; Lévesque et al., 2006; Payment et al., 2000; Ruest et al., 1998) et par quelques rares stations (Jaidi et al., 2009) démontrent que généralement, peu d‟oocystes sont présents dans la source d‟eau. L‟obligation minimale de traitement pour des eaux traitées à partir d‟eau de surface est de 2 log. Ceci offre une protection au passage d‟oocystes en période de contamination moyenne mais ne permet pas forcément le passage d‟oocystes infectieux et d‟éclosions causés par une série d‟évènements tels que survenus dans les villes de Walkerton (Ont.), de Milwaukee (WI) et de North Battleford (Sask). La prévention demeure l‟option la plus sécuritaire. Ainsi, diminuer la présence des oocystes dans les eaux de surfaces reste la meilleure approche pour garantir la F
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