Echelle des Pyrénées
2.2.3.1.
Données historiques 1985-1990
2.2.3.1.1.
Les données de distribution historique du desman des Pyrénées utilisées dans le chapitre 7 sont issues du travail de recherche d’Alain Bertrand (Bertrand, 1994) et d’un échantillonnage réalisé entre 1985 et 1990 sur l’ensemble des Pyrénées françaises. Ces dernières avaient été divisées en mailles régulières de 10 x 14 km au sein de chacune desquelles deux à six sites avaient été prospectés. Un total de 718 sites (Figure 2-4) répartis dans 232 mailles avait ainsi été échantillonné une seule fois à la recherche de fèces de desman des Pyrénées. Le protocole d’échantillonnage décrit précédemment (§2.2.2) avait été mis en œuvre sur des tronçons de cours d’eau d’une longueur maximale de 500 m de long, qui correspond à la taille du domaine vital de l’espèce (Melero et al., 2012a, 2014). La prospection était interrompue dès la découverte d’une première fèces.
50 Figure 2-4 : Localisation des 718 sites prospectés dans le cadre de l'étude de (Bertrand, 1994) entre 1985 et 1990 à la
recherche de fèces de desman des Pyrénées.
Données actuelles 2011-2013
2.2.3.1.2.
Les données de répartition du desman des Pyrénées utilisées dans les chapitres 4 et 7 ont été récemment actualisées en France dans le cadre du PNAD (Némoz & Bertrand, 2008 ; Charbonnel, 2015). Des prospections de fèces suivant le protocole du §2.2.2 ont été conduites au sein de l’aire de répartition historique du desman des Pyrénées en France entre 2011 et 2013, majoritairement entre juin et septembre mais aussi ponctuellement à d’autres saisons. Au total, 1330 tronçons de cours d’eau de 500 m de long sélectionnés suivant un échantillonnage aléatoire stratifié (GRTS ; Stevens & Olson, 2004) ont été échantillonnés une seule fois pendant cette période (Figure 2-5).
Figure 2-5 : Localisation des 1330 sites prospectés dans les Pyrénées entre 2011 et 2013 dans le cadre du PNA en faveur du desman des Pyrénées (Némoz & Bertrand, 2008 ; Charbonnel, 2015).
51
Echelle du département de l’Ariège – Données 2015
2.2.3.2.
A l’échelle du département de l’Ariège, 65 sites d’échantillonnage (Figure 2-6) ont été choisis parmi des sites (i) déjà prospectés entre 2011 et 2013 dans le cadre du PNAD (59 sites ; cf. § 2.2.3.1.2), (ii) suivis depuis 2014 dans le cadre du projet LIFE + en faveur du desman des Pyrénées (2 sites), ou (iii) prospectés en dehors de ces programmes par l’Association des Naturalistes d’Ariège (ANA) mais permettant d’obtenir une couverture spatiale satisfaisante de la zone (4 sites). Le choix des sites de prospection devait permettre d’assurer, en premier lieu, la détection d’un nombre suffisant de fèces de desman des Pyrénées, plus rare que la crossope aquatique en Ariège (V. Lacaze, ANA, comm. pers.), afin de pouvoir étudier son régime alimentaire. Parallèlement, ce choix devait aussi optimiser le temps de prospection en sélectionnant des sites connus et relativement faciles d’accès.
Figure 2-6 : Localisation des 65 sites d’échantillonnage prospectés en Ariège en 2015 à la recherche de fèces de desman des Pyrénées et de crossope aquatique.
Chaque site prospecté correspondait à un linéaire de rivière de 250 m. Cette longueur représente un compromis entre la taille du domaine vital et la distance parcourue le long des rivières par le desman des Pyrénées et la crossope aquatique pendant 24 heures (Table 2-2).
52 Table 2-2 : Taille des domaines vitaux et distance moyenne parcourue pour le desman des Pyrénées et la crossope
aquatique.
Espèce Domaine vital
Distance journalière moyenne parcourue le
long du cours d’eau
Sources
Desman des Pyrénées ≈ 500 m de linéaire de cours d’eau ≈ 250 m entre les gîtes (Melero et al., 2012a, 2014)
Crossope aquatique 106 à 509 m²,
étroit et linéaire le long des rivières 49 ± 25 m (Lardet, 1988 ; Cantoni, 1993)
Pour chacun des sites, la collecte de fèces a été conduite à deux reprises entre juin et septembre 2015 lors de la période estivale d’étiage. Les conditions d’échantillonnages étaient optimales (cf. §2.2.2) et similaires entre chaque site et entre les deux passages. J’ai réalisé l’ensemble des prospections en binôme afin de limiter le biais potentiel dû à l’observateur.
La répétition temporelle de l’échantillonnage a été choisie de façon à optimiser la détection des deux espèces d’intérêt dans la limite des moyens mis à disposition. Parry et al. (2013) ont en effet trouvé que la loutre d’Europe était mieux détectée en effectuant des visites répétées sur un même site plutôt qu’une seule visite sur un site de plus grande taille. Charbonnel et al. (2014) ont mis en évidence des probabilités de détection plutôt élevées (0.58) pour le desman des Pyrénées en prospectant plusieurs fois un linéaire de cours d’eau de 100 m de long. Aymerich & Gosálbez (2014) ont quant à eux montré que prospecter des tronçons de 200 m de long était suffisant pour détecter le desman des Pyrénées. En effet, la prospection de 25 m de cours d’eau leur permettait déjà de détecter une première fèces de desman des Pyrénées pour plus de la moitié des tronçons échantillonnées.
Bilan des trois échantillonnages
2.2.3.3.
Les spécificités des trois échantillonnages de fèces du desman des Pyrénées dont les données sont utilisées dans ce manuscrit sont synthétisées dans la Table 2-3.
Table 2-3 : Bilan des trois échantillonnages de fèces du desman des Pyrénées effectués dans le cadre des travaux d’A. Bertrand (Bertrand, 1994), du PNAD (Némoz & Bertrand, 2008 ; Charbonnel, 2015) et des prospections spécifiques à ce
travail de thèse dans le département de l’Ariège.
Echelle d’étude
Période d’échantillonnage
Nombre de
sites Longueur de tronçon
Nombre de
passage Espèce(s) ciblée(s)
Pyrénées 1985-1990 718 Maximum 500 m 1 Desman des Pyrénées
2011-2013 1330 500 m 1
Ariège 2015 65 250 m 2 Desman des Pyrénées &
53
2.3.
ANALYSES GENETIQUES DES FECES COLLECTEES
2.3.1.Pourquoi une validation génétique est-elle nécessaire ?
Bien que les fèces fraîches du desman des Pyrénées soient particulièrement reconnaissables, un doute subsiste lors de la collecte de fèces plus anciennes ou dégradées. Elles peuvent par exemple être confondues avec des pelotes de réjection dégradées de cincle plongeur ou des fèces d’autres espèces d’oiseaux ou de micromammifères qui vivent dans les mêmes milieux (Figure 2-7). Les fèces de crossope aquatique sont quant à elles indiscernables à l’œil nu des fèces d’autres musaraignes terrestres exploitant les zones ripariennes (Figure 2-7).
Figure 2-7 : Indices de présence d’espèces utilisant les mêmes milieux que le desman des Pyrénées et la crossope aquatique.
Afin de pallier cette difficulté, les techniques récentes de génétique moléculaire (Pompanon et al., 2012) permettent de confirmer l’auteur des fèces, si l’ADN n’est pas trop dégradé, tout en apportant également des informations sur les proies qu’elles contiennent.
Les outils moléculaires permettant de différencier avec certitude le desman des Pyrénées et la crossope aquatique d’autres espèces ont été développés au sein de l’équipe de Johan Michaux du laboratoire de Génétique de la Conservation à l’Université de Liège (ULg) en Belgique, dans le cadre
54 de la thèse de François Gillet, et en partenariat avec le CEN Midi-Pyrénées (Gillet, 2015 ; Gillet et al., 2015).