Caractérisation des communautés d’oiseaux sauvages des sites d’élevage

a. Capture - Recapture

Afin de caractériser les communautés d’oiseaux sauvages présentes sur les sites d’élevage, nous avons mis en place un protocole de capture - recapture. Dans le cadre de notre étude, nous avons utilisé principalement deux méthodes de capture : les filets japonais et les pièges en V (Figures 17 et 18). Occasionnellement, d’autres méthodes de capture ont été utilisées (capture sur nid, capture à l’épuisette). Ces deux méthodes de capture principales ont été sélectionnées dans le but de capturer des oiseaux de comportement et d’écologie différents et d’obtenir ainsi un échantillon le plus représentatif possible des populations des deux sites d’élevage.

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Figure 18. Piège en V installé sur le site du SKHBC-AD. Le tunnel situé au bas du piège a pour but de permettre l’entrée des oiseaux marcheurs, comme les francolins gris. La couverture présente au sommet du piège n’est pas présente lorsque le piège est armé, elle a ici

pour but d’éviter la sortie des oiseaux capturés au moment de la collecte. Noter les gamelles de granulés et d’eau pour l’appâtage. Crédits : J. Hirschinger.

Trois modèles de filets japonais de caractéristiques différentes (longueur, poly/monofilament, maillage) ont été utilisés (Ecotone® Mist Net 716/12, Ecotone® Mist Net 1022/18L and Ecotone® Ultra Thin Mist Nets - M-20/15) pour un total 186 mètres de filets. Ces filets ont été déployés par petits groupes en différents endroits des sites d’élevage dans des zones végétalisées propices à la capture. Au total, 13 stations de capture ont été mise en place sur le site du NARC et 20 sur le site du SKHBC-AD (Figures 19 et 20).

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Figure 19. Localisation des 13 stations de capture au filet japonais utilisées entre janvier 2016 et décembre 2017 sur le site du NARC. Crédits : Reneco.

Figure 20. Localisation des 20 stations de capture au filet japonais utilisées entre janvier 2016 et décembre 2017 sur le site du SKHBC-AD. Crédits : Reneco.

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Chaque station de capture était utilisée pendant environ une semaine avant d’être déplacée afin de limiter l’habituation des oiseaux. Certaines stations ont été utilisées une seule fois au cours de l’étude, d’autres à de nombreuses reprises. Lors des évènements de captures, les filets étaient déployés pendant environ quatre heures à partir du lever du soleil et pendant environ deux heures avant la tombée de la nuit. Pendant tout le temps de capture, ils étaient vérifiés toutes les 30 minutes afin de collecter les oiseaux capturés.

Les pièges en V étaient installés à demeure sur les sites du NARC et du SKHBC-AD à proximité des principales zones végétalisées. Les jours d’utilisation, ils étaient appâtés peu après le lever du soleil avec des granulés pour oiseaux et de l’eau disposés au sol dans des gamelles. Les oiseaux capturés étaient ensuite collectés deux fois dans la journée, la première fois en fin de matinée et la deuxième fois en début d’après-midi. Après la deuxième collecte, les pièges étaient désarmés et sécurisés jusqu’à leur prochaine utilisation. Au total, 24 pièges ont été utilisés sur le site du NARC et 23 sur le site du SKHBC-AD (Figures 21 et 22).

Figure 21. Localisation des pièges en V utilisées entre janvier 2016 et décembre 2017 sur le site du NARC. Crédits : Reneco.

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Figure 22. Localisation des pièges en V utilisées entre janvier 2016 et décembre 2017 sur le site du SKHBC-AD. Crédits : Reneco.

Filets et pièges ont été utilisés de janvier 2016 à décembre 2017 au cours de quatre sessions de terrain afin de couvrir l’essentiel des évènements de migration, d’hivernage et de reproduction de la plupart des espèces susceptibles d’utiliser les sites de manière permanente ou occasionnelle. Aucune capture n’a eu lieu pendant les mois d’été afin de minimiser le stress thermique et d’éviter une surmortalité des oiseaux capturés. L’effort de capture déployé a varié au cours du temps afin de libérer du temps pour d’autres tâches, avec une première phase intensive dans le but de capturer un maximum d’individus puis une seconde phase plus modérée dans le but de réaliser un suivi longitudinal des populations. De plus, l’utilisation des filets a progressivement été réduite au profit de l’utilisation des pièges. Au total, les filets japonais et les pièges en V ont respectivement été utilisés lors de 117 et 99 évènements de capture (Tableau 2).

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Tableau 2. Méthodes et effort de capture.

Méthode de capture Session de capture _{capture (en jours)} Evènements de Fréquence

Filets japonais

27 janvier 2016 –

09 juin 2016 60 4 jours par semaine, 1 semaine sur 2 sur chaque site

20 septembre 2016 –

13 decembre 2016 20 2 jours par semaine, 1 semaine sur 2 sur chaque site 26 janvier 2017 – 21 juin 2017 19 occasionellement 11 septembre 2017 – 07 decembre 2017 18 occasionellement Total 117 / Pièges en V 27 janvier 2016 –

09 juin 2016 41 2 jours par semaine, 1 semaine sur 2 sur chaque site

20 septembre 2016 –

13 decembre 2016 29 2 jours par semaine, 1 semaine sur 2 sur chaque site

26 janvier 2017 –

21 juin 2017 15 1 jour par semaine, 1 semaine sur 2 sur chaque site

11 septembre 2017 –

07 decembre 2017 14 1 jour par semaine, 1 semaine sur 2 sur chaque site

Total 99 /

b. Manipulation des oiseaux capturés

Les oiseaux capturés étaient maintenus dans des sacs de contention et placés au calme et à l’abri de la chaleur jusqu’à leur manipulation par des opérateurs expérimentés.

Chaque oiseau était ensuite identifié individuellement par une bague métallique Mekanista® gravée avec un code alphanumérique unique apposé sur la patte droite. Il recevait en plus une bague plastique colorée dont la couleur était fonction du site d’élevage (rouge pour le NARC, bleu pour le SKHBC-AD) apposée sur la patte gauche. De plus, chaque oiseau était identifié individuellement par un transpondeur électronique (Passive Integrative Transponder, Cannula 2.6*0.15*40mm TROVAN®) implanté sous la peau dans la région thoracique droite à l’aide d’un applicateur à usage unique (Transponder TROVAN® applicator IDEN®) avec désinfection préalable de la zone à l’alcool. La plaie d’introduction était ensuite refermée avec un point de colle chirurgicale (Vetbond tissue adhesive 3M®) (Figure 23).

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Figure 23. Individu de bulbul à oreillons blancs lors de sa recapture sur le site du SKHBC- AD. Noter la bague métallique (patte droite), la bague plastique bleue (patte gauche) et le transpondeur électronique en place (région thoracique droite). Crédits : G. Monchaux.

Une fois identifiée, l’espèce de chaque oiseau était minutieusement notée, tout comme l’âge et le sexe (164,165). Enfin, masse et longueur d’aile pliée étaient mesurées. Le rejet des transpondeurs (après relâcher) observé chez les oiseaux recapturés s’est limitée à 0,6%. La mortalité induite par la manipulation des oiseaux (de la collecte au relâcher) a été de 0,6%.

c. Estimation des tailles de population des espèces dominantes

Grace aux données de capture-recapture, les tailles de populations des espèces dominantes ont pu être estimées. Ces estimations ont été réalisées à l’aide du logiciel E-Surge (166).

Les données de captures ont été regroupées par mois puis les histoires de vie obtenues ont été analysées au travers la construction de modèles de Markov pour chaque espèce et sur chaque site. Le meilleur modèle a ensuite été sélectionné en fonction de son AIC (Akaike Information Criterion) (167) et la taille de population estimée selon ce modèle.

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2. Caractérisation des communautés d’oiseaux sauvages des