Le culte catholique et la confession israélite ont été reconnus au début du XIXème
siècle en application respectivement de la loi du 18 germinal an X (Convention de messidor et articles organiques du culte catholique) et du décret du 17 mars 1808, le Luxembourg figurant alors parmi les départements français. La reconnaissance du culte protestant minoritaire essentiellement composé de membres d’origine allemande intervint en 1894 en application des articles organiques des cultes protestants de la loi du 18 germinal an X.
À partir des années 1980, la « reconnaissance » est abandonnée au profit d’un droit des relations État-religions négocié conformément à l’article 22 de la Constitution. En effet, le 15 juin 1982, est conclue une convention entre l’État et l’Église protestante réformée du Luxembourg, constituée d’immigrés du pays de Nassau travaillant pour l’industrie minière et souhaitant conserver leur indépendance par rapport aux protestants reconnus en 1894. La loi du 23 novembre 1982 portant approbation de la convention confère la personnalité de droit public à cette Église et fixe la rémunération du personnel des cultes.
Plus d’une décennie plus tard, le 31 octobre 1997, cinq conventions sont conclues, dont deux avec l’archevêché du Luxembourg (la première précise quelques éléments du statut des cultes, la seconde précise le statut de l’enseignement religieux dans les écoles du premier degré), les communautés israélites, l’Église protestante du Luxembourg et l’Église orthodoxe hellénique. La signature de ces cinq conventions qui concernent trois anciens cultes reconnus et un culte non encore reconnu (Église orthodoxe), suivie de leur adoption par le Parlement en 1998, a profondément transformé le système luxembourgeois des relations État-religions au sens où le droit conventionnel s’impose désormais en tant que droit commun. Il remplace le régime des cultes « reconnus » ou des cultes soutenus et organisés par l’État, sans pour autant abroger l’ensemble des dispositions que celui-ci a institué. Cette procédure a acquis un caractère pérenne comme l’atteste la signature le 27 janvier 2003 d’une convention avec l’Église anglicane du Luxembourg et de l’extension de la convention conclue avec l’Église hellénique aux orthodoxes roumains et serbes.
Les musulmans, représentant près de 2 % de la population grand-ducale, sont, depuis juillet 2011, organisés dans une assemblée de représentants élus du culte musulman du Grand-Duché de Luxembourg (Shoura). La Shoura rassemble quatre associations : le Centre culturel islamique de Mamer, le Centre culturel islamique de Wiltz, l’Association islamique du sud et l’Association islamique de l’ouest. Ces associations ont négocié une convention dont le projet a été approuvé le 6 juillet 2007 par le Conseil de gouvernement luxembourgeois. Ce texte, qui n’a pas été déposé auprès de la Chambre des députés, prévoit d’accorder la personnalité juridique à « l’assemblée » et de rémunérer les personnels du culte.
Les contenus des conventions précitées sont articulés autour de trois principes : l’auto-administration des cultes, le statut de droit public des institutions cultuelles et le principe de la rémunération des ministres du culte par l’État.
Les pouvoirs publics ne s’immiscent pas dans l’organisation des cultes conventionnés. La convention entre le gouvernement du Grand-Duché et l’archevêché précise, dans son article premier, que « le culte catholique s’exerce sous l’autorité de l’archevêque de Luxembourg qui en assume la direction et la juridiction conformément aux règles canoniques de l’Église catholique » et l’article 3 dispose que l’archevêque organise la formation des ministres du culte et nomme et révoque ceux-ci dans les conditions prévues par les règles de droit canonique. Enfin, l’article 4 prévoit que l’archevêque définit le régime de service des ministres du culte. Des garanties similaires sont inscrites dans les conventions conclues avec les religions non catholiques. Les ministres du culte, bien qu’ils ne fassent pas partie de la fonction publique, sont assimilés aux fonctionnaires pour tout ce qui concerne leur rémunération et leur pension. Ils sont en règle générale librement nommés par les autorités religieuses compétentes qui notifient leur décision au ministre chargé des cultes. Il existe cependant des entorses à la règle de la libre nomination : l’archevêque, qui doit être de nationalité luxembourgeoise, est agréé par le souverain avant son entrée en fonction. La nomination du grand rabbin et des pasteurs protestants doit être approuvée par le ministre chargé des cultes.
L’organisation des cultes en droit public n’est pas contraire à la neutralité de l’État : les cultes ne sont pas constitués en service public au Luxembourg. Elle signifie que l’activité et les institutions des cultes conventionnés ont un caractère public et que ces derniers jouent un rôle important dans la société et donc dans la sphère publique. L’archevêché catholique du Luxembourg et les paroisses qui en dépendent, le consistoire israélite, le consistoire de l’Église protestante et le consistoire de l’Église protestante réformée, l’Église orthodoxe et l’Église anglicane sont des « personnes juridiques de droit public ».
Les ministres des cultes des communautés cultuelles conventionnées dont les traitements sont prévus dans le budget du ministère d’État sont rémunérés conformément à une grille indiciaire calquée sur les grilles ou « tableaux » en vigueur pour la fonction publique luxembourgeoise. Des laïcs appelés coopérateurs pastoraux et auxiliaires pastoraux sont, aux termes de la convention avec l’archevêque, également rémunérés par le ministère d’État. Ils font partie « des cadres du culte catholique ».
Les presbytères et les églises légalement affectées au seul culte catholique sont dans la pratique entretenus et réparés par les communes (décret du 30 décembre 1809). Les autres cultes conventionnés reçoivent des subventions volontaires de l’État et des collectivités territoriales pour l’entretien de leurs bâtiments et leur fonctionnement. Enfin, le culte musulman et les autres cultes « non reconnus » sont organisés dans le cadre du droit privé et peuvent être subventionnés volontairement par l’État et les collectivités territoriales.