Bilan des principaux résultats

Dans un contexte très marqué par la mise en place de la sélection génomique chez les bovins laitiers, l’arrivée de la puce 50k caprine a poussé la filière à s’interroger sur l’intérêt de la sélection génomique dans cette espèce. Etant donné la petite taille des populations caprines (30 et 40 mâles de race Saanen et Alpine testés sur descendance chaque année), un des premiers objectif de cette thèse était de caractériser la structure génétique de la population de référence. Cette étude a permis d’évaluer les atouts et les faiblesses de la population de référence pour la sélection génomique. Le second objectif de ma thèse était de définir le modèle et la méthode d’évaluation génomique les plus adaptés à la population caprine française c’est-à-dire ceux permettant d’obtenir les meilleures précisions génomiques.

Une première étude a montré que même si elle est représentative de la population en sélection, la population de référence n’a pas une structure optimale pour maximiser les précisions génomiques. En effet, le niveau de déséquilibre de liaison entre deux SNP est plutôt faible, la taille efficace élevée et la parenté entre la population candidate et la population de référence sont relativement moyens comparés aux grandes races bovines laitières. Cependant, bien que la taille de la population de référence caprine soit plus petite, sa structure génétique est comparable à celle de la population ovine Lacaune qui n’a pas été un d’obstacle à la mise en place de la sélection génomique. Enfin, bien qu’ayant une origine commune, les races Alpine et Saanen se distinguent clairement aujourd’hui d’un point de vue génomique (génotypes et fréquences alléliques), ce qui est un argument en défaveur d’évaluations multiraciales.

Dans un second temps, des évaluations génomiques two steps, basées sur des performances pré-corrigées ont été réalisées à partir de la population de référence caprine. Nous avons pu montrer que les précisions des évaluations génomiques sont similaires quels que soit la méthode (Lasso bayésien, BayesCπ ou GBLUP) ou les phénotypes utilisés (DYD, EBV dérégressés corrigés ou non). Les CD génomiques avec la méthode two steps n’atteignent pas le niveau de précision obtenu sur ascendance avec les évaluations génétiques classiques. Ces précisions sont cependant améliorées par l’ajout des femelles du dispositif de détection de QTL dans la population de référence. L’ajout des phénotypes (DYD) des mâles non génotypés (pseudo single step), permet une nette amélioration des précisions des évaluations génomiques pour les caractères de production, qui surpassent alors les précisions

sur ascendance obtenues en évaluation génétique classique. Les évaluations génomiques basées sur les performances brutes des femelles (single step) ont permis d’obtenir les meilleures précisions, supérieures de 1 à 14% selon le caractère considéré par rapport aux évaluations two steps. Les évaluations multiraciales ont été comparées aux évaluations uniraciales pour les trois méthodes (two steps, pseudo single step et single step) ainsi qu’aux évaluations bicaractères pour le single step. Les précisions des évaluations génomiques obtenues pour les évaluations multiraciales, uniraciales et bicaractère sont similaires malgré la petite taille de la population de référence considérée dans les évaluations uniraciales. Cette étude a également pu montrer qu’il n’est pas envisageable d’utiliser une population de référence uniraciale pour prédire les valeurs génomiques des animaux de l’autre race (Alpine pour prédire les Saanen par exemple).

Enfin, plusieurs modèles ont été testés afin d’intégrer dans les évaluations génétiques et

génomiques le gène majeur de la caséine αs1 qui a un effet sur le TP (entre 24 et 38% de la

variance phénotypique en Saanen et Alpine respectivement), le TB (entre 8 et 18% de la variance phénotypique) et la quantité de lait (entre 3 et 6% de la variance phénotypique). Prendre en compte l’effet de ce gène en effet fixe dans des évaluations pseudo single step permet d’améliorer les précisions des évaluations génétiques et génomiques. Cependant, intégrer un effet de ce gène dans les évaluations single step suppose de prédire les génotypes des femelles non génotypées. Nous avons utilisé deux méthodes : i) l’une consistant en une étape préalable de prédiction des génotypes manquants (« peeling » itérative), ii) et l’autre basée sur un modèle « gene content » proposé par Gengler et al. (2008) et adapté par Legarra et Vitezica (2015) qui permet d’analyser simultanément le caractère d’intérêt et d’estimer une valeur génétique des animaux pour chaque allèle du génotype. Prédire les génotypes des femelles (qui n’ont parfois aucun parent génotypés) est difficile et ne permet pas d’obtenir

d’importants gains de précision avec l’ajout de l’effet du gène de la caséine αs1 dans les

évaluations single step multiraciales. Cependant, un gain de 8% a été constaté en race Saanen sur le caractère taux protéique avec un modèle d’évaluation génomique single step uniracial et la méthode du gene content.

L’ensemble des résultats de mon travail de thèse ont permis de montrer que malgré une structure génétique non idéale de la population de référence caprine française, les précisions obtenues avec la méthode single step multiraciale ou uniraciale permettent d’envisager la sélection génomique dans cette espèce. Il est de plus possible d’améliorer ces précisions en incluant l’effet de gènes majeurs tels que celui de la caséine αs1.

En perspective de ce travail, j’évoquerais quelques pistes à poursuivre pour mettre en place une sélection génomique efficace chez les caprins laitiers français. Nous discuterons de stratégies de génotypages, d’exploration de nouveaux modèles et méthodes d’évaluation ainsi que des changements à envisager dans le schéma de sélection caprin.