Ce stage a été pour moi une expérience très enrichissante, à la fois d’un point de vue professionnel, et à la fois personnel. En effet, j’ai appris de nouvelles techniques notamment en ce qui concerne la microbiologie telles que la préparation et le coulage des milieux de culture, ou encore la réalisation des ensemencements à partir de végétaux. Les études bibliographiques m’ont permis d’approfondir des notions de biologie végétale portant principalement sur la mycologie. Ce stage a donc été très intéressant car j’ai eu l’opportunité de concilier différents domaines enseignés à l’IUT. Par ailleurs, cette expérience professionnelle me permet également d’appréhender autrement et plus sereinement le monde du travail ainsi que d’agrandir mon cercle de contacts professionnels.
Au cours de ces 10 semaines j’ai gagné en autonomie, et j’ai pu mettre en pratique ce que l’IUT nous a enseigné pendant deux ans, c’est-à-dire savoir organiser et préparer son travail à l’avance. Par ailleurs, j’ai remarqué que la communication entre les différents membres du laboratoire est primordiale puisqu’elle permet d’informer l’équipe sur les manipulations prévues par chacun, ainsi que sur le matériel utilisé. Les manipulations réalisées m’ont permis de constater que des ajustements de protocoles sont régulièrement nécessaires, et que les résultats obtenus ne sont pas toujours ceux que l’on attend. Cela implique donc de s’adapter à chaque situation, et d’avoir un esprit critique sur la finalité de l’expérience et sur ce qu’elle nous a permis de mettre en évidence. De même, les articles et les publications scientifiques sont omniprésents et permettent aux chercheurs de s’en inspirer pour la réalisation de nouvelles manipulations ainsi que pour rédiger leurs propres publications. L’anglais est donc utilisé au quotidien lorsque l’on souhaite mettre en place de nouveaux protocoles. Je me suis rendu compte qu’être bilingue est essentiel quand on fait partie d’une équipe qui travaille en laboratoire de recherche. Cela me conforte donc dans mon choix d’effectuer mes études à l’étranger l’an prochain. Grâce à ce stage, j’ai pu voir concrètement les différentes tâches que réalise un technicien, mais aussi celles effectuées par les ingénieurs ou les chercheurs. Je pense donc continuer mes
études, en réalisant un master qui puisse coupler l’environnement et l’agronomie. Par ailleurs, j’ai beaucoup apprécié suivre le développement des plantes et lors d’un prochain stage, j’aimerais retrouver cette complémentarité entre le lieu d’où proviennent les échantillons et le laboratoire d’analyses, voire réaliser des analyses en plein champ.
Bibliographie
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Leyronas C., Duffaud M., Parès L., Jeannequin B. and Nicot P. C. Flow of Botrytis cinerea inoculum between lettuce .Plant Pathology (2015) p704-708
Leyronas C., Nicot PC. Monitoring viable airborne inoculum of Botrytis cinerea in the South-East of France over 3 years: relation with climatic parameters and the origin of air masses. Aerobiologia (2013) p291-299
Nicot PC, Mermier M, Vaissiere BE, Lagier J. Differential spore production by Botrytis cinerea on agar medium and plant tissue under near-ultraviolet light-absorbing polyethylene film. Plant Disease (1996) p555
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Wilson D. Endophyte: The Evolution of a Term, and Clarification of Its Use and Definition. Oikos, Vol. 73, No. 2 (Jun., 1995), pp. 274-276
Sites :
http://ephytia.inra.fr/fr/C/6987/Vigne-Biologie-epidemiologie Dernière date de consultation : le 01/06/2015
http://ephytia.inra.fr/fr/C/10972/Tabac-Biologie-epidemiologie Dernière date de consultation : le 28/05/2015
Glossaire
Apothécie : appareil en forme de coupe qui produit les ascospores et que possèdent
uniquement les champignons Ascomycètes.
Ascospore : spore participant à la reproduction sexuée des champignons Ascomycètes.
Conidie : spore participant à la reproduction asexuée du champignon et qui se forme à
l’extrémité d’un conidiophore.
Conidiophore : structure portant les conidies
Endophyte : qui se trouve à l’intérieur d’une plante
Epiphyte : qui se trouve sur la surface d’une plante
Inoculum : désigne la partie vivante d’un champignon (ou d’un parasite) susceptible
d’infecter une plante
Mycélium : partie végétative du champignon.
Phase de latence : phase sans évolution qui suit l’infection d’une plante par un agent
pathogène.
Phytopathogène : qui entraîne des maladies sur les plantes
Sclérote : forme hivernale de conservation de certains champignons.
Index des tableaux et figures
Figure 1 : Situation géographique du domaine Saint-Maurice Figure 2 : Pourriture grise sur tomate
Figure 3 : Cycle biologique de B. cinerea Figure 4 : Cycle biologique de S. sclerotiorum Figure 5 : Laitue infectée par S. sclerotiorum
Figure 6 : Analyse d’endives issues de semences inoculées
Figure 7 : Gloire du Dauphiné inoculées avec des conidies de B. cinerea à sec Figure 8 : Cellules de Malassez et Brenda inoculées
Figure 9 : Effet des champignons sur la germination des semences Figure 10 : Présence de B. cinerea dans les laitues inoculées à sec
Figure 11 : Flore épiphyte des feuilles de tomate de Gaillard contenant Penicillium spp Figure 12 : Flore épiphyte des feuilles de tomate d’Ampuis
Figure 13 : Flore épiphyte des feuilles de fraise de Salaise sur Sanne Figure 14 : Flore endophyte des feuilles de tomate de Gaillard
Tableau 1 : Lots de semences analysées
Tableau 2 : Résultats de l’analyse de lots de semences Tableau 3 : Localisation des espèces fongiques observées Tableau 4 : Estimation du nombre de spores
Table des annexes
Annexe 1 ... 1
Organigramme de l’unité de Pathologie végétale ... 1
Annexe 2 ... 2
Cladogramme de B. cinerea et S. sclerotiorum ... 2
Annexe 3 ... 3
Milieux de culture ... 3
1. PDA (Potato Dextrose Agar) ... 3
2. PDA + Graneor ... 3
Annexe 4 ... 4