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Na amostra deste trabalho houve conclusão diagnóstica para 117/347 casos (33,7%). Considerando a utilização de MLPA e (ou) FISH para todos os casos, encontrou-se deleção típica em 22q11.2 em 98/347 indivíduos (28,24%), e deleções atípicas na região 22q11.2 em cinco indivíduos (1,44%). A técnica de CMA revelou CNVs provavelmente patogênicas e

patogênicas fora da região 22q11.2 em 14/133 indivíduos (10,5%). Um estudo realizado por Koczkowska et.al. (2017) também revelou uma taxa de aumento diagnóstico em aproximadamente 12% da amostra testada, que apresentou características semelhantes à amostra descrita neste estudo [93].

Além disso, esta técnica revelou CN-LOH em três indivíduos, sugerindo a ocorrência de UPD nesses casos, entretanto os mesmos ainda estão em investigação.

Esses dados mostram a complexidade do diagnóstico perante a gama de manifestações clínicas presentes na casuística em questão. Outras alterações cromossômicas, mutações gênicas, bem como CNVs têm sido descritas em indivíduos que apresentam fenótipo sugestivo da SD22q11.2, porém sem esta deleção. Assim, esses resultados reforçam a complexidade e as dificuldades para a conclusão diagnóstica neste grupo de indivíduos onde a SD22q11.2 não foi confirmada. Dentro desse contexto, em 2017, nosso grupo de pesquisa publicou o artigo

“Diagnostic Approach to Microdeletion Syndromes Based on 22q11.2 Investigation: Challenges in Four Cases”, na qual a abordagem é informativa para a prática clínica e pode ser

aplicada em outros contextos de investigação de desequilíbrios genômicos em síndromes de microdeleção (Apêndice II) (Sgardioli et al., 2017). Além disso, mais duas alterações em outras regiões foram descritas como relato de caso, sendo que uma já foi publicada “Pure 21q22.3

deletion identified in a patient with mild phenotypic features” (apêndice III), e a outra está aceita

para publicação “A rare case of concomitant deletions in 15q11.2 and 19p13.3” (apêndice IV). As autorizações para a inclusão dos artigos acima citados neste manuscrito, estão dispostos no anexo VII.

Atualmente, a técnica de CMA tornou-se o teste genético de primeira triagem para pacientes com anomalias congênitas múltiplas, incluindo pacientes com um fenótipo sugestivo da SD22q11.2 [22; 92] ou com resultado de FISH negativo [172]. Entretanto, preocupações têm sido consideradas sobre o aumento da resolução de plataformas CMA que leva a uma maior

detecção de variantes menores de significado incerto, que representam desafios para a área científica, bem como para o diagnóstico clínico e aconselhamento genético apropriado [173]. Com a expansão dos testes genéticos, muitos laboratórios de financiamento público ou privado, disponibilizam a realização do CMA. Porém, até o momento, não existem normas nacionais padronizadas para relatar os resultados, principalmente as variantes de significado incerto, e na prática clínica, o modo como esta informação é transmitida para o indivíduo e seus familiares é variável. As VOUS podem conter genes de significado clínico incerto, mas podem ainda, potencialmente regular a expressão gênica [153].

Vários grupos de pesquisa utilizam bancos de dados eletrônicos [145; 174] que são constantemente atualizados. Além disso, o aumento dos casos relatados na literatura permite a descrição de novas síndromes de microdeleção e microduplicação, além de CNVs modificadoras e de suscetibilidade. Essas informações novas melhoram a interpretação das variantes de significado incerto [153]. Portanto, é esperado que algumas VOUS, após reanálise considerando tais atualizações, sejam reclassificadas progressivamente como provavelmente patogênicas ou provavelmente benignas.

Dos 133 casos com CMA, após a reanálise com parâmetros atualizados, houve alteração de resultados em 34 casos. Desses, casos com resultados alterados puderam ser reclassificados como normais quando comparados aos controles da população geral brasileira e ao aDGV, pois estes revelaram as alterações como frequentes na população geral. Em contrapartida, 15 indivíduos que possuíam resultados normais para CMA foram reclassificados com alterações de classe III – VOUS menores que 300 kb, e esses resultados devem ser acompanhados, bem como direcionados a realização de técnicas complementares, na perspectiva de esclarecimento do significado clínico destas alterações e da conclusão diagnóstica dos indivíduos. Além disso, a análise dos longos trechos de homozigose permitiu a identificação de sete casos positivos para

essa análise, dos quais quatro casos caracterizaram consanguinidade e três casos sugerem a ocorrência de UPD que devem ser investigadas.

Nessa perspectiva, a centralização laboratorial da investigação de SD22q11.2, otimizaria não apenas os insumos laboratoriais, como também a reanálise, quando necessária.

7.2.1. CNVs no cromossomo X em mulheres

É difícil a interpretação de CNVs no cromossomo X em mulheres, e determinar a patogenicidade das mesmas nem sempre é simples. É importante para essa interpretação a análise do padrão de inativação do cromossomo X, a fim de auxiliar na classificação. Entretanto, deve-se considerar também os genes que escapam a esse mecanismo. Cada caso será discutido separadamente a seguir.

 ID 2: o probando, duas irmãs com dismorfismos semelhantes e a mãe foram investigadas, e a duplicação semelhante à da paciente foi encontrada na mãe e em apenas uma irmã. Entretanto, para descartar um padrão de inativação preferencial, foi realizado o teste para o mesmo, e todas as mulheres apresentaram a inativação aleatória ou randômica. Além disso, um irmão fenotipicamente normal foi investigado e possui a mesma duplicação, o que supõe que está variação seja provavelmente benigna. Nenhum gene contido dentro da duplicação apresentada escapa do mecanismo de inativação, assim a duplicação não justifica o quadro clínico da paciente e pode, no momento, ser considerada como CNV classe II – provavelmente benigna.

 ID 47: está paciente apresenta uma deleção de 6,8 Mb em Xq21.1 e o padrão de inativação do cromossomo X foi aleatório (randômico). Meninos com deleções intersticiais em Xq21.1 apresentam deficiência intelectual, perda de audição e

características faciais dismórficas [175; 176]. A paciente aqui relatada apresenta deleção de três genes importantes: TBX22, BRWD3 e POU3F4. Mutações no gene TBX22 causam fenda palatina com ou sem anquiloglossia (# 303400), inclusive em mulheres [176-178], enquanto as alterações no gene BRWD3 têm sido relacionadas à deficiência intelectual ligada ao X (# 300659), as mulheres portadoras de mutações nesse gene com fenótipo normal relatadas na literatura apresentaram inativação preferencial do cromossomo X [176; 179]. Além disso, perda de audição (#304400) tem sido descrita em alterações que causam a perda de função do gene POU3F4 [180]. Considerando que a paciente tem padrão de inativação randômico do cromossomo X, sugere-se que o quadro clínico esteja relacionado à deleção apresentada, sendo considerada como CNV classe V – patogênica.

Anormalidades do cromossomo X em mulheres estão associadas a anormalidades fenotípicas menos graves quando comparadas com anormalidades autossômicas, devido à inativação aleatória do cromossomo X. Nos homens, anormalidades estruturais neste cromossomo resultam em conseqüências fenotípicas mais severas, como a deficiência mental devido à dissomia funcional dos genes na região de desequilíbrio. Por outro lado, em mulheres, quando ocorrem anormalidades estruturais envolvendo apenas esse cromossomo, a inativação preferencial do X anormal muitas vezes resulta em fenótipo normal ou menos grave [163; 181]. No entanto, alguns casos excepcionais foram descritos. Em 2015, Evers e colaboradores mostraram que a duplicação no Xp11.23 está associada a deficiências intelectuais (ID) e outros transtornos do neurodesenvolvimento em mulheres [181]. Assim, quando há, anormalidades estruturais envolvendo apenas o cromossomo X em mulheres, como devemos interpretá-lo? Anormalidades estruturais no cromossomo X em mulheres geralmente são descritas como não-patogênicas, entretanto a análise deve ser cuidadosa. É necessário considerar as exceções que podem

ocorrer no padrão de inativação do cromossomo X, assim como os genes que escapam da inativação.

 ID 183: está paciente apresenta uma deleção de 477 kb na região Xq27.2 envolvendo cinco genes OMIM, e inativação randômica do X. Apesar disso, até o momento nenhum desses genes possui relação com o quadro clínico apresentado, e, portanto, continua sendo considerada como VOUS classe III – variante de significado clínico incerto.