Le diagnostic d’infection à méningocoques par amplification génique est devenu très important, en particulier dans les pays où il est conseillé de traiter les malades avant l’hospitalisation. L’antibiothérapie empêche rapidement l’isolement des germes en culture. L’amplification génique, par technique PCR, permettrait un diagnostic d’infection méningococcique à partir du LCR et/ou du sang dans les 24/48 premières heures après la mise en route d’un traitement.
4.1.1- Identification de N. meningitidis par PCR
Deux stratégies peuvent être utilisées.
a. Une stratégie universelle
Elle procède de l’amplification des gènes codant pour l'ARN ribosomal 16S et 23S. Des amorces (oligonucléotides) universelles sont désignées et permettent la détection de l'ADN bactérien dans le prélèvement biologique. Ces amorces correspondent à des régions conservées (universelles) dans le gène de l'ARNr 16S. Ensuite, des amorces spécifiques de N. meningitidis sont utilisées pour l'identification de cette espèce, le plus souvent par le séquençage des produits d'amplification obtenus lors de la PCR.
b. Une stratégie spécifique
Elle consiste à amplifier un locus caractéristique de N. meningitidis. Plusieurs gènes ou loci chromosomiques sont actuellement utilisés pour l'amplification spécifique de l'ADN de N. meningitidis.
En règle générale, la cible idéale doit être une séquence spécifique pour l'espèce et conservée dans toutes les souches de l'espèce. Plusieurs cibles sont actuellement utilisées dans différents laboratoires. Deux gènes sont fréquemment employés :
le gène crgA qui code pour une protéine régulatrice de la transcription,
et le gène ctrA qui code pour une protéine de membrane externe impliquée dans le transport des constituants de la capsule.
une nouvelle séquence d'insertion 1106 (IS 1106) des méningocoques a été utilisée pour la détection de I'ADN dans le LCR et dans le sang.
La spécificité et la sensibilité de cette méthode appliquée à la détection de l'ADN de N. meningitidis dans le LCR sont de 96 % et 93 % respectivement. La sensibilité est plus faible dans le sang et elle décroît rapidement après l'antibiothérapie.
4-1-2 : Prédiction du sérogroupe de N. meningitidis par PCR (génogroupage) [56,39]
Le sérogroupe reflète l'agglutination des antigènes capsulaires par des sérums spécifiques. II s'agit d'identifier les déterminants génétiques impliqués dans la biosynthèse et responsables de la spécificité du sérogroupe.
La capsule des souches des sérogroupes B, C, Y et W135 est constituée d'un polymère d'acide polysialique (B, C, Y et W135). Le gène siaD code pour la polysialyl transférase responsable de la polymérisation de l'acide polysialique et déterminant de la spécificité de la capsule. II existe donc un allèle spécifique de ce gène pour chacun de ces quatre sérogroupes. Des oligonucléotides définis à partir des alignements des séquences nucléotidiques dans le gène siaD permettent de réaliser des PCR spécifiques pour les sérogroupes B, C, Y et W135.
Pour le sérogroupe A, la capsule est de nature biochimique différente, car elle est composée de mannosaminephosphate. Le gène mynB, codant pour une enzyme qui catalyse la polymérisation de la mannosamine, est utilisé pour la PCR de prédiction du sérogroupe A.
II est à souligner ici que la PCR permet seulement d'identifier le gène responsable de la spécificité du sérogroupe (génotype), sans déterminer si la capsule est effectivement synthétisée (phénotype). C'est pour cette raison que l'approche par PCR est nommée «génogroupage».
Même si la performance est bonne pour l’identification de N.meningitidis (près de 90%), il a été noté une grande variabilité d'un laboratoire à l'autre pour la détermination du génogroupe, avec une sensibilité moyenne de 73 %.
4.2-Typage moléculaire de N. meningitidis
[56,166]Le principe de toutes ces techniques est d'analyser le polymorphisme de plusieurs loci chromosomiques et d'indexer les variations de ces loci. Elle complètent et précisent les données du typage antigénique, simple reflet du phénotype d'une population bactérienne génétiquement variable face à la pression sélective de l'immunité de l'hôte.
Il y a deux méthodes, la multilocus enzymeéelectrophorésis,(MLEE) et MLST (multilocus sequence typing).
4.3-conclusion
Les apports de la biologie moléculaire permettent désormais des techniques de typages précis et déscriminants. Ils permettent un diagnostic même en cas d'échec de la culture, par amplification génique par PCR,
également avec indication du sérogroupe, indispensable pour le choix des mesures prophylactiques.
Mais cette technique a ses limites. Il est nécessaire de travailler de façon rigoureuse, d’utiliser des témoins positifs et négatifs. Des contaminations, l’amplification de gènes transférables à d’autres espèces bactériennes donnent des résultats faussement positifs ou des diagnostics erronés. Un nombre de bactéries inférieur au seuil de détection, la formation de complexes, la dégradation de l’ADN dans les prélèvements, donnent inversement des résultats faussement négatifs.
5- LES NOUVELLES EPREUVES DE DIAGNOSTIQUE
RAPIDE (RDTs)
[1, 39,40]Le développement de nouveaux outils pour un diagnostic simple et rapide des méningites à méningocoques, réalisable au lit du malade, est un enjeu majeur de santé publique dans tous les pays situés dans la ceinture africaine de la méningite.
Des tests mis au point par les équipes de Farida Nato à l’Institut Pasteur à Paris (France) et de Suzanne Chanteau au Cermes à Niamey (Niger), sont deux bandelettes (RDT1 et RDT2) qui permettent de faire le diagnostic de 4 sérogroupes de méningocoques (A, C, W135 et Y). Ces bandelettes sont basées sur le principe d’immunochromatographie.
Ils ont été validés au Niger sur des cultures de méningocoques et sur des liquides céphalorachidiens de malades. Les résultats sont obtenus en 10 minutes à partir de quelques gouttes de ces prélèvements, La sensibilité et la spécificité observées se situent respectivement entre 93,6 et 100% et 97 et 99% pour les différents sérogroupes dans des conditions de laboratoire contrôlées.
Une étude a été réalisée de janvier 2005 à Septembre 2006 à CERMES (laboratoire de la référence au Niger) comparant les résultats de RDTs et PCR.ces résultats obtenues de l'étude de 847 liquide céphalorachidien chez les malades suspects de méningite a montré que les deux méthodes sont très concordantes.
La validation de ce test par les infirmiers, en conditions de terrain dans les dispensaires de brousse est en cours. Utilisables à 25 °C comme à 45 °C, leur conservation au froid n’est donc pas obligatoire, contrairement aux tests habituels de diagnostic.
L’impact de ces tests est particulièrement important pour la surveillance microbiologique des épidémies et le choix du vaccin à utiliser.
CONCLUSION
Malgré les différents avantages des méthodes de diagnostic sans culture bactérienne, ils ne doivent en aucun cas remplacer l'isolement de la bactérie lorsque cela est possible, car celui-ci est essentiel pour établir l'antibiogramme complet.
6- AUTRES EXAMENS COMPLEMENTAIRES
6.1 - Scanner cérébral
[95]La pratique d’un scanner cérébral n’est justifiée avant la ponction lombaire qu’en présence de signes neurologiques focalisés ou de signes d’hypertension intracrânienne.