Ce rapport se place dans le cadre de l'obtention du diplôme de master 2 en SEPMET à SupAgro Montpellier. Il a été réalisé de mars à septembre 20 1 3 au CIRAD, sous la direction de Marie France DUVAL pour l'étude de la diversité génétique du manioc cultivé en Afrique Centrale. Pour cela j'ai réalisé plusieurs activités qui se résument à l'extraction de l'ADN génomique des accessions reçues pour chaque pays, le choix des microsatel lites, l'amplification par PCR de amorces microsatellites, l'électrophorèse capillaire pour le génotypage des accessions, l ' utilisation des logiciel et les analyses statistiques et interprétations de l'ensemble de données, suivi de la rédaction du rapport. De première impression la recherche est un réel travail de fourmi et très prenant.
Les activités réalisées ont été les suivantes encadrée par l'équipe des techniciens:
1 - Relancer les partenaires pour 1 'envoi des accessions dans les délais 2- Réception et inventaire des accessions reçues par pays
3- Choix des microsatellites pour notre étude, et inventaire de ceux présents au CIRAD,
commande de ceux épuisés au CIRAD.
4- Utilisation de bases de données pour le choix des microsatel lites et leurs caractéristiques 5- Extraction de 1 'ADN génomique des accessions
6- Quantification et qualité des ADN extraits
7- Préparation des ADN pour l'ampl ification PCR
8- Programmation des séries d'analyse : Préparation des solutions et des ADN, réservation
des appareils d'analyse (PCR, Séquenceur capillaire) 9- Réalisation des PCR
1 0- Préparation des ADN pour le séquenceur ABI 1 1 - Mise en forme des données moléculaires
1 2- Utilisation de plusieurs logiciels pour les analyses statistiques des données 1 a. GeneMapper
b. Create c. Genetix
d. Fstat e. DARwin
1 3- Interprétation des résultats et rédaction du mémoire
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Annexes
Liste des Annexes
Annexe n° 1 : Situation géographique de 1 'Afrique Centrale.
Annexe n° 2 : Carte des zones agro-écologiques des pays de la CEMAC. Annexe n°3 : Carte des sites de collecte des accessions par pays.
Annexe n°4 : protocole de collecte des accessions dans chaque pays.
Annexe n°5 : Accessions utilisées pour l'étude de la diversité génétique des cinq pays
Annexe n° 6 : Protocole d'extraction et du dosage de l 'ADN (adapté).
Annexe n° 7 : Protocole pour l'estimation de la quantité et de la qualité de l 'ADN sur gel d'agarose à 1 %.
Annexe n°8 : Protocole de dosage de la quantité d'ADN par Fluoskan. Annexe n° 9 : Protocole pour l'amplification par PCR.
Annexe n° 1 0 : Protocole pour l'électrophorèse capillaire.
Annexe n° 1 1 : Principe de fonctionnement du séquenceur capillaire ABI Annexe n° 12 : Protocole d'analyse sur GeneMapper
Annexe n° 1 3 : Exemple de profils GeneMapper (bon profil du marqueur EME20, mauvais profils du marqueur SSRY55).
Annexe n° 1 4 : Fréquences alléliques de 23 marqueurs microsatellites étudiés sur 338 accessions.