Abondance relative des communautés bactériennes du caecum de l'aulacode en fonction du régime et de l’âge.

Le tableau 34 présente les familles bactériennes dont l’abondance relative a varié en fonction du régime ou entre 82 et 103 jours, ou pour lesquelles il y a eu une interaction entre le régime et l’âge. Très peu de familles ont varié avec le régime. Au sein du phylum des Bacteroidetes, la famille RF16 était plus abondante avec le régime NM alors qu’il n’y a pas eu de différence significative entre les régimes NB et NH pour l’abondance de cette famille. Au sein du phylum des Firmicutes, il n’y a pas eu de différence significative entre les régimes pour l’abondance des familles sauf la famille Family_XIII_Incertae_Sedis qui a eu tendance à être plus abondante avec le régime NH (P = 0,065). Concernant le phylum des Proteobacteria, la famille des Oxalobacteraceae a été plus abondante avec le régime NH et moins abondante avec le régime HB, le régime NM conduisant à une abondance intermédiaire (P = 0,016).

Toujours dans le phylum des Proteobacteria, l’abondance relative de la famille des

Enterobacteriaceae a eu tendance à augmenter avec la baisse du niveau de fibres et protéines dans les régimes (P = 0,07). Son abondance relative a été multipliée par 6 du régime NH au régime NB.

En considérant le facteur âge, nos résultats ont montré que l’abondance relative de certaines familles a baissé avec l’avancée en âge des animaux tandis que d’autres familles ont vu leur abondance relative augmenter avec l’avancée en âge des animaux. Ainsi, les familles des Marinilabiaceae et Family_XIII_Incertae_Sedis, ont vu leurs abondances relatives baisser avec l’augmentation en âge quand celle de la famille des Lachnospiraceae augmentait de 17,4 à 26,6% entre 82 et 103 jours d’âge.

Par ailleurs, pour certaines familles, les abondances relatives ont subi une interaction des deux facteurs régime et âge. C’est le cas des familles des Marinilabiaceae, Clostridiaceae, Family_XIII_Incertae_Sedis, Erysipelotrichaceae, Mycoplasmataceae et Moraxellaceae. Ces interactions s’expliquent soit par le fait que pour une bactérie donnée, son abondance relative peut à 82 jours d’âge augmenter avec l’augmentation du niveau de fibres et protéines dans le régime puis, à 103 jours d’âge, baisser avec l’augmentation du niveau de fibres et protéines

dans le régime, soit par le scénario inverse. On pourrait citer par exemple le cas de la famille

des Clostridiaceae dont l’abondance relative a augmenté de 0,45 à 4,75% avec la hausse du niveau de fibres et protéines à 82 jours d’âge alors qu’à 103 jours d’âge, la même hausse du niveau de fibres et protéines a abaissé son abondance relative de 2,4 à 0,2%.

En descendant au niveau genre, l’abondance relative des communautés bactériennes a très peu varié en fonction du régime (Tableau 35). Au sein du phylum des Bacteroidetes le genre RF16 unclassified était plus abondant avec le régime NM (1,99% d’abondance) qu’avec les deux autres régimes qui n’ont pas présenté de différence significative entre eux (0,14 et 0,15% d’abondance relative, respectivement avec MH et NB).

Parmi les Proteobacteria, le genre Desulfovibrionaceae Bilophila était plus abondant avec le régime NH (0,87%) qu’avec le régime NM (0,14%), le régime NB ayant conduit à une abondance intermédiaire (0,27%).

Toujours parmi les Proteobacteria, l’abondance relative de Enterobacteriaceae Enteric_Bacteria_cluster a eu tendance à augmenter avec la baisse du niveau de fibres et protéines dans le régime (P = 0,096). Son abondance relative à été multipliée par 5 du régime NH à NB. Enfin, parmi les Spirochaetes, le genre Termite_Treponema_cluster était plus abondant avec le régime NH (2,48%) qu’avec le régime NM (0,79%), le régime NB conduisant à une abondance intermédiaire (1,8%) ne différant ni du régime NM, ni du régime NH.

L’abondance relative de certains genres n’a pas subi un effet individuel du régime ou de l’âge mais a subi un effet de l’interaction de ces deux facteurs. Ces interactions ont révélé que l’abondance relative de chacune de ces communautés bactériennes n’a pas évolué dans le même sens avec le même régime aux deux âges considérés. Ce résultat témoigne de la complexité de l’étude des communautés bactériennes des écosystèmes digestifs.

Cette étude a révélé que la baisse du ratio PD/ED de NH à NB a eu tendance à augmenter l’abondance relative du genre Enteric_Bacteria_cluster. Même s’il n’a pas été possible d’aller jusqu’à l’identification des espèces dans cette étude, on peut noter que certaines espèces du groupe Enteric_Bacteria_cluster telles que Escherichia coli et Yersinia enterocolitica sont connues pour être impliquées dans les entéropathies du lapin (Nicodemus et al., 2004).

Le régime NH semble favoriser l’abondance du genre Termite_Treponema_cluster, sachant que l'écart observé avec le régime NB n’était pas significatif. Une étude plus complète avec l’identification des espèces en présence ainsi que leurs propriétés devrait permettre de mieux

comprendre l’impact des constituants alimentaires sur ce groupe de bactéries.

Dans cette étude, le niveau de fibres et de protéines n’a pas eu d’effet sur l’abondance relative des genres connus pour leurs espèces fibrolytiques tels que Ruminococcus ou encore

Prevotella. Chez le lapin, Bennegadi et al. (2003) avaient observé qu’une déficience en fibres entraînait une hausse de l’abondance relative des bactéries cellulolytiques Ruminococcus albus et Fibrobacter intestinalis, contrairement à Boulharouf et al. (1991) qui avaient observé qu’une hausse du niveau de fibres augmentait l’abondance relative des bactéries cellulolytiques.

Tableau 34. Abondances relatives (%) des familles ayant varié en fonction du régime ou de l’âge

Régime Age (j) ETR Valeur de P

NB NM NH 82 103 Régime Age Régime x Age

Phylum des Bacteroidetes

Bacteroidia Bacteroidales Marinilabiaceae 0,01 0,1 0,02

0,02 0

0,18 0,355 0,04 0,047

Bacteroidia Bacteroidales RF16 0,16b 1,99a 0,14b 0,43 1,1 0,36 0,011 0,609 0,24

Phylum des Firmicutes

Clostridia Clostridiales Clostridiaceae 1,43 0,82 2,46

1,9 1,24

0,39 0,926 0,879 0,003

Clostridia Clostridiales Family_XIII_Incertae_Sedis 0,41 0,35 0,80 0,69 0,34 0,14 0,065 0,01 0,057

Clostridia Clostridiales Lachnospiraceae 23,81 22,53 19,67 17,36 26,64 0,31 0,801 0,03 0,59

Erysipelotrichi Erysipelotrichales Erysipelotrichaceae 6,59 10,47 6,27 9,15 6,41 0,47 0,651 0,899 0,013

Mollicutes Mycoplasmatales Mycoplasmataceae 0 0 0,1 0,1 0 0,15 0,280 0,114 0,009

Mollicutes Unclassified unclassified 0 0,07 0,05 0 0,08 0,25 0,129 0,03 0,63

Phylum des Proteobacteria

Gammaproteobacteria Enterobacteriales Enterobacteriaceae

Betaproteobacteria Burkholderiales Oxalobacteraceae

0,06 0,01b 0,02 0,03ab 0,01 0,04a 0,05 0,02 0,02 0,04 0,22 0,17 0,07 0,016 0,243 0,11 0,81 0,28

Gammaproteobacteria Pseudomonadales Moraxellaceae 0,03 0,05 0,04 0,03 0,04 0,17 0,887 0,937 0,046

Tableau 35. Abondances relatives (%) des genres ayant varié en fonction du régime ou de l’âge

Régime Age (j) ETR Valeur de P

NB NM NH 82 103 Régime Age Régime x Age

Classe des Bacteroidia

Bacteroidales RF16 unclassified 0,15b 1,99a 0,14b

0,43 1,1

0,36 0,011 0,609 0,24

Bacteroidales Rikenellaceae vadinBC27 0,03 0,02 0,04 0,01 0,05 0,24 0,394 0,033 0,61

Classe des Clostridia

Clostridiales Clostridiaceae Anaerobacter 0,13 0,07 0,17

0,15 0,1

0,27 0,420 0,983 0,032

Clostridiales Clostridiaceae Clostridium 0,95 0,58 1,87 1,41 0,86 0,38 0,859 0,852 0,002

Clostridiales Clostridiaceae unclassified 0,3 0,16 0,34 0,28 0,25 0,25 0,418 0,773 < 0,001

Clostridiales Family_XIII_Incertae_Sedis uncultured 0,18 0,17 0,49 0,4 0,17 0,18 0,355 0,021 0,015

Clostridiales Lachnospiraceae Butyrivibrio 0,01 0,02 0,01 0 0,02 0,20 0,938 0,049 0,88

Clostridiales Lachnospiraceae Catonella 0 0,02 0,05 0 0,05 0,18 0,193 0,023 0,19

Clostridiales Lachnospiraceae Incertae_Sedis 6,23 5,81 4,03 3,41 7,31 0,28 0,541 0,003 0,50

Clostridiales Lachnospiraceae Parasporobacterium-

Sporobacterium 0,34 0,3 0,22

0,12 0,45

0,21 0,828 0,009 0,19

Clostridiales Lachnospiraceae unclassified 11,51 11,47 9,51 8,14 13,5 0,29 0,863 0,028 0,84

Classe des Erysipelotrichi

Erysipelotrichales Erysipelotrichaceae Turicibacter 6,02 8,14 6,07

8,81 4,68

0,50 0,992 0,716 0,009

Classe des des Mollicutes

Unclassified unclassified unclassified 0 0,08 0,06

0 0,09

0,25 0,129 0,035 0,63

Classe des Alphaproteobacteria

Rhodospirillales Rhodospirillaceae unclassified 0,04 0,13 0,06

0,03 0,13

0,27 0,203 0,016 0,39

Classe des Deltaproteobacteria

Desulfovibrionales Desulfovibrionaceae Bilophila 0,21ab 0,14b 0,87a

0,62 0,19

0,24 0,043 0,115 0,24

Desulfovibrionales Desulfovibrionaceae unclassified 0,18 0,14 0,79 0,60 0,14 0,26 0,582 0,031 0,022

Classe des Gammaproteobacteria

Enterobacteriales Enterobacteriaceae Enteric_Bacteria_cluster

Unclassified unclassified unclassified

0,05 0,84 0,03 0,45 0,01 0,12 0,30 0,82 0,22 0,13 0,22 0,32 0,096 0,648 0,277 0,034 0,87 0,36

Classe des Spirochaetes Spirochaetales Spirochaetaceae Termite_Treponema_cluster 1,80ab 0,79b 2,48a 1,54 1,84 0,34 0,038 0,804 0,92

DISCUSSION