O processo de formação do jovem pesquisador enfrenta algumas dificuldades dentro das instituições de ensino superior. Fávero (1980) acrescenta que a IC se depara com alguns problemas de autonomia das instituições universitárias vivenciada por grande parte das instituições do país principalmente as universidades públicas a pouca atenção e recursos destinados ao ensino, a pesquisa e extensão. Miranda (1988) destaca como dificuldade a falta da reapropriação do saber e Paoli (1988) a indissociabilidade entre pesquisa e ensino. A falta de investimentos no processo ensino e extensão e em especial da pesquisa é um fator que dificulta o desenvolvimento da formação integral do jovem pesquisador.
Favaro (1988), compreende que para a formação integral do jovem pesquisador é prejudicial a falta de autonomia universitária, que afeta boa parte das instituições de ensino superior brasileiro. Ao longo da história das instituições universitárias de ensino do país, principalmente as universidades públicas, se torna perceptível como a autonomia tem sido negada, quer por meio de dispositivos legais, quer por mecanismos de controle e de contenção (FÁVERO, 1988). Contudo, a autonomia é condição essencial para o funcionamento da universidade, para que esta seja capaz de desenvolver bem as suas funções de produção de conhecimento e transmissão desse através do ensino e da extensão.
A autonomia universitária traduz-se como o direito e a obrigação institucional de exercer a crítica social sem tutelas ideológicas exclusivas e de debater os problemas nacionais e internacionais, devendo estender-se a todos os níveis da gestão universitária, fazendo com que a fonte de poder seja a vontade comum, expressa numa estrutura que exclui por completo a forma monárquica ou oligárquica de autoridade. De acordo com Mendes (1996, p. 8)
[...] a autonomia possui uma dupla dimensão: uma dimensão interna que implica na participação efetiva de todos os segmentos da comunidade universitária, e uma dimensão externa, onde a instituição possa realizar e desenvolver suas funções em relação à sociedade. Em suma, a autonomia universitária está intimamente relacionada a quatro elementos que constituem a sua base conforme Fávero (1988):
1) a liberdade acadêmica para que a universidade possa criar, elaborar, desenvolver ciência e difundir cultura; 2) a liberdade para que a universidade possa se organizar administrativamente; 3) a necessidade das relações institucionais se realizarem sem repressão por parte do governo; 4) e a presença ativa da universidade voltada para os problemas da realidade.
Para que esta autonomia se torne realidade, é preciso superar algumas adversidades como a heterogeneidade do ensino superior no país que dificulta a conquista da unificação da autonomia universitária. Nesse âmbito, reformar a universidade em busca de uma autonomia universitária exige modificações na organização das estruturas administrativa, mas, sobretudo, de poder e desempenho e, das básicas: o ensino, a pesquisa e a extensão. Pois, só faz sentido em falar em autonomia universitária se esta estiver integrada ao processo de democratização interna da instituição.
Outra dificuldade enfrentada pelas instituições de ensino superior é a falta de reapropriação do saber. De acordo com Miranda (1988) para se chegar a ela se torna essencial examinar as condições em que a produção do conhecimento é exercida, bem como as funções do ensino e extensão. A possibilidade de superar algumas destas incompatibilidades depende dos estímulos aos docentes de graduação a realizar pesquisas, oferecendo recursos para as atividades de investigação. Outro elemento é a valorização da pesquisa como atividade que pode ser realizada com recursos orçamentários da universidade.
Nesse contexto, ocorre que é muito mais fácil que os docentes de pós-graduação tenham maiores oportunidades de receber financiamento do que os docentes de graduação. Além disso, também o funcionamento dos departamentos dificulta a interação entre ensino, pesquisa e extensão, geralmente as questões discutidas coletivamente nos departamentos dizem mais respeito da administração do ensino do que à pesquisa.
De acordo com Miranda (1988), o que se evidencia como implicações da dificuldade da reapropriação do saber é a descontinuidade dos projetos de pesquisa, levando os docentes a abandonarem trabalhos de investigação, acarretando no enfraquecimento das linhas de pesquisa e de extensão. Além disso, ocorre a falta de articulação da produção de conhecimentos com os reais interesses da
população, a definição prévia de áreas de concentração, resultando em dispersão de temas como objetos de pesquisa, a redução progressiva do tempo de trabalho dedicado à pesquisa, ao ensino e à extensão por parte dos docentes, a falta de ligação entre as linhas de pesquisa e os conteúdos das disciplinas lecionadas na graduação e até na pós- graduação e a pouca integração e investimento entre a pesquisa, o ensino e a extensão contribuem para o enfraquecimento da atividade de IC e com isso, para empobrecimento do processo de formação de novos pesquisadores.
Segundo Miranda (1988), para que a reapropriação, ocorra e essas dificuldades sejam superadas é preciso que a produção de conhecimento na universidade se torne um empreendimento coletivo, com uma equipe de profissionais competentes, um espaço institucional propício e flexível, além de condições mínimas que garantam o cumprimento de seus objetivos. A universidade a partir de um inter- relacionamento ativo e constante entre pesquisadores, professores e alunos deve fomentar espaços para a inovação e experimentação de novas formas de organização, que levem à difusão e aprimoramento da pesquisa, do ensino e da extensão.
Paoli (1988) compreende que um ponto de partida para considerar as relações entre ensino e pesquisa no Brasil é a indissociabilidade entre esses elementos que deveriam orientar a estrutura e a organização das instituições educacionais de nível superior. Para o autor, uma das dificuldades das instituições universitárias é a implantação da indissociabilidade do ensino e da pesquisa. Considerando a partir deste viés a relação entre ensino e pesquisa deve- se distinguir que:
[...] por um lado, parece existir uma significativa concordância sobre a importância e manutenção dessa indissociabilidade à medida que, em vários momentos, ela foi proposta e ainda é defendida; por outro lado, no nosso cotidiano de trabalho, dentro do espaço das instituições de ensino superior, notamos que a realização dessa “indissociabilidade” é bastante complexa, tanto que nem sempre conseguimos enxergar com nitidez onde, como e quando essa relação indissolúvel acontece (PAOLI, 1988, p. 28).
As relações entre ensino e pesquisa não devem ser definidas a partir da natureza em si de cada uma dessas atividades, pois dependem de uma construção que envolve desde professores e alunos à órgãos,
agências e programas do Governo Federal. Paoli (1988) analisando a questão diz que se tem verificado nas universidades nos seus programas de pós-graduação pode ocorrer uma separação entre ensino e pesquisa na medida em que a estrutura dos currículos, sendo articulados na obrigatoriedade do cumprimento de créditos relativos às disciplinas, vem criando um percurso onde as atividades relacionadas à pesquisa ficam coibidas ou penalizadas durante o período dedicado à integralização dos créditos dos cursos. Este fenômeno verificado por Paoli (1988) na pós-graduação é ainda mais intenso nos cursos de graduação e em especial nos cursos de licenciatura.
Esse autor argumenta que tanto a graduação, quanto a pós- graduação tem direcionado os currículos de modo muito intenso para o consumo de conhecimentos ao invés da produção. Ou seja, nos espaços em que o princípio de integração entre ensino e pesquisa deveria estar sendo realizado de maneira plena, percebe-se uma segmentação entre essas atividades. Isso ocorre, porque:
os órgãos técnicos ‘pensantes’ e formuladores das políticas de pós-graduação repassam para os programas a sua imagem e semelhança, a sua identidade como estrutura burocrática, de tal forma que normas, regras, exigências, rituais e papelórios ocupam um espaço tão grande que passam a ser o centro de atenção e importância e, conseqüentemente o ensino e a pesquisa têm um espaço e uma definição restritas. O ensino é definido como números de recursos e a pesquisa como números de teses (PAOLI, 1988, p. 35).
Essa mesma lógica burocrática, e não pedagógica, é evidenciada também nos cursos de graduação, principalmente nos cursos de formação de professores. O princípio da indissociabilidade entre ensino e pesquisa, enquanto regra legal ou normativa, tem um significado importante, mas corre o risco de ser uma afirmação no vazio, caso não seja contextualizada como um processo de construção. Segundo Demo (2004) é necessário ultrapassar a percepção segmentada e individualizada do ensino e da pesquisa, passando para uma esfera coletiva, que mantenha a marca pessoal de cada pesquisador e que se volte para um trabalho de interação.