Mesmo sabendo que o método científico é amplamente usado nos meios acadêmico e científico, existem críticas relativas a ele, uma vez que tal método partiu de uma visão cartesiana, portanto mecanicista.
No emprego do materialismo dialético Marx estudou a realidade objetiva, analisando metodicamente os aspectos e os elementos contraditórios da realidade humana, contrapondo- se ao materialismo vulgar, biológico ou fisiológico. Para ele o método proporcionaria apenas um guia, um quadro geral, uma orientação para o conhecimento de cada realidade. Ele percebia um dinamismo nas contradições peculiares dos objetos de estudo, por isso concebia a análise como sendo apenas a primeira parte da pesquisa científica, e que em seguida seria necessário percorrer o caminho em sentido inverso e reencontrar o todo, o concreto, mas dessa vez, analisado e compreendido. Marx dizia que o materialismo dialético superava o racionalismo pelo fato de eliminar seus aspectos restritivos e negativos, associando a razão à natureza, à prática e à vida. Lefebvre (1963:118) concluiu o pensamento marxista:
Enquanto o velho cientificismo se contentava, quer em privilegiar de forma abusiva esta ou aquela ciência e de conceber, por exemplo, todas as coisas em termos físicos, matemáticos ou biológicos – quer em considerar uma soma de resultados adquiridos pelas diferentes ciências – o materialismo dialético coloca o homem no centro das preocupações; mas trata-se do homem em devir, formando-se por meio do conhecimento e conhecendo-se na sua formação.
As teorias podem falhar em retratar adequadamente certos resultados quantitativos e que, em surpreendente grau, se revelam qualitativamente inidôneas. Seguindo este conceito principal, Feyerabend (1977:113) realizou a seguinte crítica em relação ao método científico:
As teorias são submetidas a teste e, eventualmente, refutadas pelos fatos. Os fatos encerram componentes ideológicos, concepções antigas que foram perdidas de vista ou que jamais chegaram a ser explicitamente formuladas. Esses componentes são altamente suspeitos. Em primeiro lugar, devido à sua idade e obscura origem: não sabemos como e por que surgiram; em segundo lugar, porque a sua própria natureza os protege e sempre os protegeu de exame crítico. No caso de contradição entre uma teoria nova e interessante e uma coleção de fatos firmemente estabelecidos, a melhor maneira de agir consistirá, portanto, em não abandonar a teoria, mas utilizá-la para descobrir os princípios ocultos que sejam responsáveis pela contradição.
Alertando para a inexistência de fronteiras no aprendizado científico, Feyerabend (1977:230) definiu a ciência como um processo histórico heterogêneo e complexo, que encerra vagas e incoerentes antecipações de futuras ideologias e, a par delas, contém sistemas teoréticos altamente refinados, bem como antigas e petrificadas formas de pensamento.
A existência de uma verdade relativa, intrínseca à natureza, enfatiza a necessidade de abandonar continuamente velhas crenças, adquirindo novas evidências em relação ao objeto de estudo. Weatherall (1970:262) também comenta a inflexibilidade do método e a interferência humana em nível de decisão e valores:
O conhecimento científico transforma em tolice os desejos mais loucos e tem destruído tantas ilusões humanas que as regras básicas de decoro vêem-se privadas da aura de romance que as rodeava. Ao fim, a escolha de objetivos é feita pelo indivíduo, como resultado de suas próprias experiências, e é pessoal. Algumas vezes, cientistas que vieram a adquirir fortes convicções acerca do certo e do errado, buscam justificar suas crenças com a ciência; improcedentemente, por que a ciência não é fonte de certezas e, acima de tudo, admite a possibilidade de erro e a necessidade de perpétua disposição de rever as idéias, por fundamentais que pareçam.
Novas visões permitem deixar de enxergar o universo como uma máquina, passando a concebê-lo como algo dinâmico, integrado e indivisível, cujas partes estão essencialmente inter-relacionadas. Apesar de reconhecer a importância da clareza de pensamento do paradigma mecanicista e dos seus métodos para abordagem de problemas, Capra (1982:226) identificou uma série de limitações na visão de mundo cartesiana:
A visão cartesiana mecanicista do mundo tem exercido uma influência poderosa sobre todas as nossas ciências e, em geral, sobre a forma de pensamento ocidental. O método de reduzir fenômenos complexos a seus componentes básicos e de procurar os mecanismos através dos quais esses componentes interagem tornou-se tão profundamente enraizado em nossa cultura que tem sido amiúde identificado com o método científico. Pontos de vista, conceitos ou idéias que não se ajustavam à estrutura da ciência clássica não foram levados à sério e, de um modo geral, foram desprezados, quando não ridicularizados. Em conseqüência dessa avassaladora ênfase dada à ciência reducionista, nossa cultura tornou-se
progressivamente fragmentada e desenvolveu uma tecnologia, instituições e estilos de vida profundamente doentios.
Na sua obra que trata sobre uma nova compreensão científica da vida em todos os níveis dos sistemas vivos (organismos, sistemas sociais e ecossistemas), Capra (2004:25) vislumbrou a mudança de paradigma, inserindo uma visão de mundo holística:
O paradigma que está agora retrocedendo dominou a nossa cultura por várias centenas de anos, durante as quais modelou nossa moderna sociedade ocidental e influenciou significativamente o restante do mundo. Esse paradigma consiste em várias idéias e valores entrincheirados, entre os quais a visão do universo como um sistema mecânico composto de blocos de construção elementares, a visão do corpo humano como uma máquina, a visão da vida em sociedade, como uma luta competitiva pela existência, a crença no progresso material ilimitado, a ser obtido por intermédio de crescimento econômico e tecnológico.
Morin elaborou uma crítica ao pensamento cartesiano, onde no lugar da divisão do objeto de pesquisa em partes, sugeriu o entendimento através de uma visão sistêmica, do todo, inserindo este novo paradigma no contexto científico com o nome de Teoria da Complexidade. A percepção do mundo é tida como um todo indissociável, propondo uma abordagem multidisciplinar dos fenômenos. Contrapõe-se à causalidade por abordar os fenômenos como totalidade orgânica, abandonando o reducionismo que tem pautado a investigação científica em todos os campos. Vejamos algumas considerações sobre as limitações do método (MORIN, 2001:21):
O desenvolvimento do conhecimento científico é poderoso meio de detecção dos erros e de luta contra as ilusões. Entretanto, os paradigmas que controlam a ciência podem desenvolver ilusões, e nenhuma teoria científica está imune para sempre contra o erro. Além disso, o conhecimento científico não pode tratar sozinho dos problemas epistemológicos, filosóficos e éticos.
Em uma outra oportunidade, Morin (1999:56) afirma que os progressos da certeza científica proporcionam um progresso da incerteza, que todo conhecimento conquistado à ignorância desemboca num mar de desconhecimento:
Tentei mostrar noutra obra (La Méthode) que o desenvolvimento do conhecimento científico ocasiona não só a incerteza, mas também regressões do conhecimento. Por um lado, a superespecialização disciplinar transforma o mundo num quebra-cabeças de peças provindas de jogos diferentes; de súbito, o próprio mundo, a vida, a existência, o indivíduo, caem nas fendas que separam as disciplinas, bem como na grande falha que separa ciências naturais e ciências humanas, e isso tanto mais quanto é certo o privilégio absoluto concedido à redução, à quantificação e à formalização operar como um triturador que destrói as formas , expele os sucos e só retém a fibra. Por outro lado, o conhecimento fragmentado produzido pela ciência destina-se cada vez mais não a ser refletido, meditado e discutido por espíritos humanos, mas sim a ser utilizado pelas instâncias anônimas de empresas e Estados. A ciência aumenta o poder das técnicas, portadoras de promessas fabulosas, mas também de ameaças de aniquilamento e escravização, desde a energia nuclear à manipulação bioquímica de cérebros e genes. E, pior, a ciência permanece cega a seu respeito. Não compreende nem as causas nem as conseqüências da sua ação. Falta-lhe o conhecimento do
seu conhecimento; falta-lhe o princípio que a tornaria apta a refletir sobre si mesma, a situar-se antropológica, sociológica, histórica, lógica e moralmente.
Drucker (2002:147) também reconheceu que as áreas do conhecimento estivessem passando por grandes mudanças:
O fato de estarmos passando rapidamente de uma visão cartesiana do Universo, na qual são enfatizados partes e elementos, para uma visão estrutural, com ênfase no todo e nos padrões, desafia todas as linhas que dividem os campos de estudo e conhecimento... Até o século XIX, praticamente não havia contato entre o conhecimento e a ação. O conhecimento atendia ao intelecto e a ação baseava-se em experiência e nas habilidades dela resultantes. Até a segunda metade do século XIX, toda a tecnologia estava separada da ciência e era adquirida por meio do aprendizado prático.
Finalizando o desenvolvimento das visões críticas, citam-se as palavras de Popper que, embora tenha defendido uma linha de pensamento associada ao método científico, não se pode deixar de registrar o momento em que até ele mesmo chega a negar a existência do método científico (POPPER, 1987):
Começo, regra geral, as minhas lições sobre Método Científico dizendo aos meus alunos que o método científico não existe. Acrescento que tenho obrigação de saber isso, tendo eu sido, durante algum tempo, pelo menos, o único professor desse inexistente assunto em toda a Comunidade Britânica. ... Tendo, então, explicado aos meus alunos que não há essa coisa que seria o método científico, apresso-me a começar o meu discurso, e ficamos ocupadíssimos. Pois um ano mal chega para roçar a superfície mesmo de um assunto inexistente.
A abordagem desta pesquisa é realizada a partir do método científico, cujo uso segue pelo novo milênio, suportando novos estudos e descobertas realizadas pelos cientistas. Mesmo que tal método seja alvo de críticas de defensores de uma visão mais orgânica e entremeada de eventos e relacionamentos, o mesmo continua servindo como um referencial, como um roteiro inicial e ordenado para revelar o pensamento científico.