Haut PDF Rôle de la topoisomérase I dans l'expression génique chez Escherichia coli

Rôle de la topoisomérase I dans l'expression génique chez Escherichia coli

Rôle de la topoisomérase I dans l'expression génique chez Escherichia coli

Liu et Wang (Liu et Wang, 1987), ont proposé en 1987 le modèle du «twin supercoiled domain» en se basant sur les observations suivantes: (1) la masse importante reprensentée par le compl[r]

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Effet de la RNase HI sur l’expression génique et sur le surenroulement de l’ADN chez Escherichia coli

Effet de la RNase HI sur l’expression génique et sur le surenroulement de l’ADN chez Escherichia coli

Conclusion En résumé, nous avons pu clairement prouver que l’inhibition de la croissance observée à 28ºC chez les mutants topA - gyrB(Ts) capable d’exprimer la RNase HI à un niveau basal, avait pour origine l’accumulation d’ARNs tronqués. Cette dégradation était également associée à l’accumulation de supertours négatifs durant la transcription via la gyrase. La surexpression de RNase HI restaurait les phénotypes indiquant que l’inhibition de la synthèse protéique était liée à la formation de R-loops et à l’accumulation d’hypersurenroulement négatif. Étonnement, la déplétion de la RNase HI dans le mutant topA - gyrB(Ts) ne permettait pas de restaurer le surenroulement ni l’inhibition de la croissance mais causait bien au contraire une relaxation extrême, un arrêt de la croissance, la filamentation des cellules, une augmentation de cellules anucléées et une répartition incorrecte des nucléoïdes. La surproduction de la topoisomérase III ne permettait de rétablir que la croissance et la distribution de l’ADN dans les cellules sans rétablir le surenroulement tandis que la surproduction de la RNase HI permettait de tout restaurer. Il semblait donc que l’excès de R-loops lié à l’absence de RNase HI chez un mutant topA - gyrB(Ts) déclencherait une riposte cellulaire rendant la gyrase inapte à introduire des supertours négatifs. La déplétion de RNase HI déclencherait donc l’activation ou la synthèse d’un ou plusieurs facteurs protéiques intracellulaires spécifiques de la gyrase. Comme il avait été démontré, l’absence de RNase HI chez Escherichia coli provoquait l’accumulation de R-loops pouvant stopper la progression de fourches de réplications et causer des dommages à l’ADN. Cela aurait pour conséquence d’induire la réponse SOS (Kogoma et al., 1993). Il était donc possible que l’expression de ces facteurs soit induite par la réponse SOS. Cependant, l’introduction d’une mutation lexA3 dans la souche topA - gyrB(Ts)rnhA - l’empêchant ainsi d’induire la réponse SOS, ne permettait pas de restaurer le surenroulement (Usongo et al., 2008).
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Les R-loops et leurs conséquences sur l'expression génique chez Escherichia coli

Les R-loops et leurs conséquences sur l'expression génique chez Escherichia coli

lequel le nucléofilament formé par RecA favoriserait la formation de R-loops (Kogoma, 1987, Kasahara et al., 2000). Le nucléofilament RecA fournirait un substrat d’ADN simple brin et stabiliserait les R-loops formés en empêchant le réappariement des deux brins d’ADN entre eux. Il a été montré que la formation d’un nucléofilament par RecA peut permettre l’échange de brins entre un ARN simple brin et un ADN (Zaitsev et Kowalcykowski, 2000). L’importance de RecA dans le cSDR ne fait aucun doute (Kogoma, 1997), pourtant il existe plusieurs possibilités qui permettent de contourner cette nécessité (Kogoma, 1997). Des mutations qui inactivent le gène lexA restorent le cSDR dans un double mutant rnhA recA (Torrey et Kogoma, 1982; Torrey et Kogoma, 1987), et l’activité exonucléase 5’ vers 3’ de l’ADN polymérase I ainsi que son activité d’élongation, peuvent aussi se substituer à RecA dans le cSDR pour le mutant rnhA recA (Cao et Kogoma, 1993). Une fois que RecA a initié le cSDR, d’autres protéines sont alors requises pour démarrer la réplication. Ces protéines sont DnaB, G et C du primosome, la polymérase III (Kogoma, 1997), PriA (Masai et al., 1994) ainsi que l’ADN polymérase I (Kogoma et Maldonado, 1997; Kogoma, 1997). L’activité exonucléase 5’ vers 3’ ainsi que l’activité de polymérisation de l’ADN polymérase I sont toutes deux requises pour initier la réplication via le cSDR (Kogoma et Maldonado, 1997). La polymérase III est surtout importante lors de l’étape de l’élongation de la réplication. Codée par le gène priA, PriA est une ATPase ADN hélicase (Shlomai et Kornberg, 1980a; Wickner et Hurwitz, 1975; Lee et Marians, 1987; Lasken et Kornberg, 1988) qui à l’origine fut isolée comme protéine essentielle pour la réplication du phage φX174 (Shlomai et Kornberg, 1980b). Cette protéine permet d’assembler dans l’ordre les différentes protéines PriB, DnaT, PriC, DnaC, DnaB et DnaG qui constituent un réplisome (Baker et Wickner, 1992; Marians, 1992). Ce réplisome permet la synthèse d’une amorce ARN et recrute l’ADN polymérase III pour répliquer l’ADN.
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Rôle de la topoisomérase I dans la stabilité du génome chez Escherichia coli

Rôle de la topoisomérase I dans la stabilité du génome chez Escherichia coli

Les topoisomérases (topos) de type IA jouent un rôle primordial dans le maintien et l’organisation du génome. Cependant, les mécanismes par lesquels elles contrôlent cette stabilité génomique sont encore à approfondir. Chez E. coli, les deux principales topoisomérases de type IA sont la topo I (codée par le gène topA) et la topo III (codée par le gène topB). Il a déjà été montré que les cellules dépourvues des topos I et III formaient de très longs filaments dans lesquels les chromosomes ne sont pas bien séparés. Comme ces défauts de ségrégation des chromosomes sont corrigés par l’inactivation de la protéine RecA qui est responsable de la recombinaison homologue, il a été émis comme hypothèse que les topoisomérases de type IA avaient un rôle dans la résolution des intermédiaires de recombinaison afin de permettre la séparation des chromosomes. D’autre part, des études réalisées dans notre laboratoire démontrent que le rôle majeur de la topoisomérase I est d’empêcher la formation des R-loops durant la transcription, surtout au niveau des opérons rrn. Ces R-loops on été récemment identifiés comme des obstacles majeurs à l’avancement des fourches de réplication, ce qui peut provoquer une instabilité génomique. Nous avons des évidences génétiques montrant qu’il en serait de même chez nos mutants topA. Tout récemment, des études ont montré le rôle majeur de certaines hélicases dans le soutien aux fourches de réplication bloquées, mais aussi une aide afin de supprimer les R-loops. Chez E. coli, ces hélicases ont été identifiées et sont DinG, Rep et UvrD. Ces hélicases jouent un rôle dans la suppression de certains obstacles à la réplication. Le but de ce projet était de vérifier l’implication de ces hélicases chez le mutant topA en utilisant une approche génétique. Étonnamment, nos résultats montrent que la délétion de certains de ces gènes d’hélicases a pour effet de corriger plutôt que d’exacerber des phénotypes du mutants topA qui sont liés à la croissance et à la morphologie des nucléoides et des cellules. Ces résultats sont interprétés à la lumière de nouvelles fonctions attribuées aux topoisomérases de types IA dans la stabilité du génome.
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Effet de l'antiterminaison de la transcription sur l'expression génique chez Escherichia coli en absence de topoisomérase I

Effet de l'antiterminaison de la transcription sur l'expression génique chez Escherichia coli en absence de topoisomérase I

Ainsi, les phénotypes associés à la fusion boxA du mutant topA sont donc provoqués par un découplage entre la transcription et la traduction, qui expose l’ARN de lac à la formation de R-[r]

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Escherichia coli et canneberge : évaluation de l'activité in vitro et chez l'animal

Escherichia coli et canneberge : évaluation de l'activité in vitro et chez l'animal

L’IU résulte de facteurs anatomiques, d’altérations des mécanismes de défense de l’hôte et de la virulence de la bactérie. La capacité des UPEC à générer des infections urinaires est liée à l’expression de nombreux facteurs de virulence (5), parmi lesquels les molécules permettant l’adhésion semblent jouer un rôle majeur (6). Les souches d'UPEC ne sont pas strictement extra-cellulaires et se comportent comme des pathogènes intracellulaires opportunistes. Parmi les facteurs de virulence décrits, le premier a été l'adhésine Fim H permettant non seulement l’attachement de la bactérie aux cellules urothéliales mais aussi le déclenchement d'une cascade de signaux cellulaires conduisant à l’internalisation des bactéries (7, 8). Ainsi, au cours de la phase aiguë de cystite sont créées les conditions d’un réservoir persistant d’E.coli (9) pouvant expliquer les récurrences. FimH, l’adhésine purifiée des pili de type 1, reconnaît également les N-oligosaccharides des intégrines béta 1 et alpha 3, qui sont ainsi les récepteurs-clé pour les souches d’UPEC (10). Les pili de type 1 peuvent se lier spécifiquement aux uroplakines UPK a et b qui revêtent les cellules en parapluie de l’urothélium, comme le montrent les images de microscopie électronique à balayage (7). Au fil du temps d'autres facteurs de virulence ont été décrits (autres adhésines, flagelle, capsule).
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La formation de biofilm des Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines : caractérisation et rôle du régulon Pho

La formation de biofilm des Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines : caractérisation et rôle du régulon Pho

40 associated with biofilm formation in K-12 strains, but a deletion in the fim regulatory region abolished type 1 fimbriae expression in E. coli O157:H7 (Roe et al., 2001; Beloin et al., 2004). Therefore, type 1 fimbriae do not play a role in biofilm formation by E. coli O157:H7. These data highlight the fact that findings for K-12 do not always represent biological processes for all E. coli subtypes. Furthermore, many groups have demonstrated that STEC biofilm formation is more dependent on the strain than the serotype. This could be explained by the presence of SNP that result in premature stop codons in genes encoding adhesins or RpoS, the stationary phase sigma factor that is important for biofilm formation and regulation (Zhang et al., 2006). In addition to differences at the genomic level, there are key differences in the transcript profiles of K-12 and EHEC strains for biological processes involved in the interactions with lettuce leaves (Fink et al., 2012) including genes that may be involved in biofilm formation. Differences in the transcriptomes of K-12 and STEC strains could be explained by the presence of additional regulators encoded within genomic islands and changes in promoter regions. For example, the genomic island OI-47 of E. coli O157:H7 contains a gene, vmpA, coding for a c-di-GMP phosphodiesterase that is specific for EHEC O157:H7 and VmpA was shown to influence the regulation of biofilm formation (Branchu et al., 2013). Furthermore, recent findings have highlighted differences in EHEC and EPEC promoter regions that result in the differential regulation of an outer-membrane protease (Thomassin et al., 2012). Taken together, these differences indicate that biofilm data obtained with K-12 strains or other pathotypes are not always directly relevant to STEC strains. Therefore, it is important that biofilm formation be studied in STEC.
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Régulation par le fer et rôle de la colibactine dans la colonisation du tube digestif par Escherichia coli

Régulation par le fer et rôle de la colibactine dans la colonisation du tube digestif par Escherichia coli

E. coli grâce par exemple à sa capacité à utiliser les nitrates, sous-produits résultants de la réponse inflammatoire de l’hôte [175,339]. Si la quantité de fer alimentaire influence composition du microbiote [45,55,340,341], les effets du microbiote sur l’homéostasie du fer chez l’hôte n’ont été que peu étudiés. Une étude récente montre que les bactéries de l’intestin induisent la diminution de l’expression des protéines DcytB (Duodenal Cytochrome B) et DMT1 (Divalent Metal Transporter 1), impliquées dans l’acquisition apicale du fer des cellules épithéliales. De plus, cette étude montre que les cellules intestinales de souris axéniques sont appauvries en fer, mais que la colonisation par des bactéries favorise le stockage du fer dans les cellules épithéliales via l’augmentation de la quantité de L-ferritine, [301]. Des résultats préliminaires non publiés et générés durant mon travail de recherche, nous suggèrent que l’expression de DMT1 et DcytB, deux protéines impliquées dans l’homéostasie du fer de la cellule intestinale, varie selon que la souche qui colonise l’intestin produise ou non la colibactine.
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Diversité phénotypique et adaptation chez Escherichia Coli étudiées en millifluidique digitale

Diversité phénotypique et adaptation chez Escherichia Coli étudiées en millifluidique digitale

5.1 La phase « stationnaire » Au premier chapitre, en présentant les ingrédients de l’adaptabilité, nous avons souligné qu’il existe une forme de continuité de solutions pour assurer l’adaptation. Les contributions possibles s’étalent de la régulation de l’expression des gènes à l’acquisition de nouvelles fonctions grâce à des mutations. La régulation joue évidemment un rôle majeur lors de la phase stationnaire. Lorsque les conditions environnementales se dégradent, l’expression du facteur de régulation central, RpoS, régule environ 500 gènes pour ajuster l’état physiologique de la bactérie (Battesti, Majdalani, et Gottesman 2011). D’autres mécanismes sensitifs contribuent à modifier considérablement le schéma d’expression génétique et le phénotype en conséquence. Mais si la phase stationnaire se prolonge, d’autres ingrédients de l’adaptabilité entrent inévitablement en jeu. Après une phase de mort qui fait baisser la densité de la population, les bactéries peuvent survivre plusieurs années en phase « stationnaire » (Figure 5-1). Les travaux de Zambrano dans les années 90, ont montré qu’il y avait effectivement une dynamique d’adaptation au sein d’une population laissée en phase stationnaire. En effet, une population restée dix jours en phase stationnaire acquiert un avantage sélectif vis-à-vis de la population d’origine. Si elle est mise en compétition en phase stationnaire avec la population ancestrale qui n’a pas exploré la phase stationnaire, elle l’emporte rapidement en nombre (Zambrano et Kolter 1996). Ce phénotype a été appelé GASP, pour Growth Advantage in Stationary Phase, avantage de croissance en phase stationnaire. Certaines mutations responsables de ces phénotypes GASP ont été identifiées. Elles semblent impliquer certains régulateurs importants, dont RpoS. Elles permettent aux GASP de croître pendant la phase stationnaire en utilisant plus efficacement les déchets exploitables qui sont présents dans le milieu. Le phénotype GASP apparaît après 8 à 10 jours de phase stationnaire. Les résultats indiquent que la composition phénotypique est ensuite en constante évolution. Les mutants victorieux semblent se succéder dans la population (Finkel 2006). À notre connaissance, l’adaptation à la phase stationnaire prolongée pour E. coli n’a pas fait l’objet d’autres investigations, depuis la caractérisation génétique et moléculaire des phénotypes GASP.
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Etude du surenroulement diffusible de l'ADN chromosomique chez la bactérie Escherichia Coli

Etude du surenroulement diffusible de l'ADN chromosomique chez la bactérie Escherichia Coli

2) Les variations locales du niveau de surenroulement diffusible En plus des variations globales, mes résultats mettent en évidence des différences locales de niveau de surenroulement diffusible. On peut poser plusieurs hypothèses quant à l’origine de cette variabilité locus-dépendante, parmi lesquels le métabolisme de l’ARN. Très récemment, l’effet de la position chromosomique sur la variation d’un facteur 300 du niveau d’expression transcriptionnel a été mis en évidence chez E. coli (Bryant et al., 2014). Les auteurs n’ont pu établir de lien entre ces variabilités d’expression et le niveau du surenroulement de l’ADN. Cependant, seul le surenroulement total a été analysé. Mon travail montre que la transcription joue un rôle prépondérant dans la diminution de la diffusion du surenroulement sur le chromosome d’E. coli, notamment en phase exponentielle de croissance. D’après le twin model (Liu and Wang, 1987), un gradient de surenroulement est observé entre l’avant surenroulé positivement et l’arrière de la fourche de transcription surenroulé négativement. Aussi, la transcription agit sur une courte échelle génomique, le surenroulement diffusant à seulement 1,5 kb en amont du gène transcrit chez l’homme (Kouzine et al., 2013). On devrait donc s’attendre à une différence de densité de surenroulement en fonction de l’orientation de la transcription des gènes. L’efficacité de résolution du senseur topologique devrait être maximale entre deux gènes divergents où le surenroulement négatif en aval de chaque complexe de transcription se superpose, et minimal entre deux gènes convergents. Chez S. thyphimurium (tableau 2) et E. coli (tableau
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Identification des gènes facultatifs chez Escherichia coli à l'aide de mutagénèses aléatoires

Identification des gènes facultatifs chez Escherichia coli à l'aide de mutagénèses aléatoires

La biologie synthétique est une discipline récente qui consiste principalement à programmer des systèmes biologiques pour accomplir des fonctions spécifiques parfois absentes dans la nature (Cambray et al., 2011). Ainsi, différentes modifications du contenu génique peuvent être faites, comme l’ajout ou le retrait de certains gènes, afin de concevoir de nouvelles souches étant capables, par exemple, de produire de nouveaux médicaments ou des molécules d’intérêts comme des biocarburants. Ce domaine peut donc jouer un rôle dans différents secteurs, autant du point de vue de la recherche fondamentale qu’appliquée. Pour aider le développement de la biologie synthétique, il est essentiel d’obtenir davantage de connaissances sur les règles permettant la conception et la modification extensive de génomes. Ceci apportera une nouvelle dimension aux récentes avancées dans la synthèse chimique complète de génomes et dans les modifications génétiques à haut débit (Wang et al., 2009 ; Wang et al., 2012 ; Hutchison III et al., 2016 ; Ostrov et al., 2016). Il est donc important de jumeler ce domaine à celui de la biologie des systèmes, qui consiste à utiliser différentes méthodes « omiques » et ainsi générer de nouvelles données qui permettent, une fois combinées, d’avoir une compréhension plus complète de l’organisme d’intérêt, ce qui permet ensuite de mieux le programmer.
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en
                                                                    fr

en fr Role of the pks genomic island in the synthesis of siderophores-microcins in Escherichia coli Rôle de l'îlot génomique pks dans la synthèse des sidérophores-microcines chez Escherichia coli

The drug-binding property of the ClbS protein (Kunzmann and Sieber, 2012), the SOS-response activa- tion, the autotoxicity phenotype and increased sensitivity of a uvrB mutant in a clbS background, together with the protection of HeLa cells expressing GFP-ClbS, support the hypothesis that ClbS is a colibactin resistance protein. We propose that ClbS can sequester, or modify colibactin and thereby prevent self-inflicted DNA-damage. Such resistance proteins are common in antibiotic-producing microorganisms. For example, two resistance proteins have been characterized in Streptomyces sp. producing the peptide-polyketide antitumor antibiotic bleomycin, the BlmA sequestering protein and the N-acetyl-transferase BlmB that acetylates and inactivates bleomycin (Galm et al., 2005). Kunzmann and Sieber (2012) could not detect any esterase, peptidase or protease activity in the ClbS protein, suggesting that ClbS would rather act as a colibactin-sequestering protein. Our results also indicate that ClbS protective function is specific to colibactin, as ectopic expression of GFP-ClbS did not protect HeLa cells against the DNA-cleaving activity of bleocin. In addi- tion, the pClbS plasmid did not confer any resistance to a variety of antibiotics, including the DNA-damaging drugs bleocin, ciprofloxacin and mitomycin-C (data not shown). We propose a putative model in which ClbS functions as a backup for the prodrug assembly and efflux mecha- nisms, to confer a robust protection system to the produc- ing bacteria (Fig. 8). Following synthesis by the NRPS– PKS enzymes, the inactive precolibactin equipped with an N-terminal acylated D-asparagine is secreted to the peri- plasm, possibly by the putative efflux pump ClbM. The
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Etude du rôle de la région terminale du chromosome dans le positionnement, la ségrégation du chromosome et le contrôle de la division cellulaire chez Escherichia coli

Etude du rôle de la région terminale du chromosome dans le positionnement, la ségrégation du chromosome et le contrôle de la division cellulaire chez Escherichia coli

• Régulation de l’expression de la Gyrase La Gyrase, comme la TopoI, participe au maintien et à la régulation du niveau de superhélicité négative du chromosome. Il est intéressant de noter que les promoteurs des gènes topA, gyrA et gyrB sont tous les trois indirectement sensibles à la superhélicité. Ils sont tous les trois régulé par Fis (voir partie 1.3.1), et la transcription de fis est sensible au niveau de superhélicité. En effet, le promoteur de fis est caractérisé par la présence d’une séquence riche en GC entre la boîte -10 et le site d’initiation. Cette séquence est appelée discriminateur et créée une barrière énergétique pour l’ouverture de la double hélice et donc l’initiation de la transcription. Pour que l’ouverture soit possible, il faut un niveau élevé de superhélicité négative (Walker et al., 1999). Donc, lorsque le niveau de superhélicité négative est élevé, il y aura production de Fis. Fis (i) réprime son propre promoteur (présence de 6 sites de fixation pour FIS dans la région promotrice), (ii) réprime la transcription de gyrA et gyrB (et donc diminue la production de la Gyrase qui permet d’introduire des supertours négatifs) et (iii) active la transcription de topA (et donc augmente la production de la TopoI, qui permet le relâchement des supertours négatifs) (Figure 21) (Schneider et al., 1999; Weinstein-Fischer et al., 2000). A l’inverse, lorsque le niveau de superhélicité négative est faible au niveau du promoteur fis, il y aura peu de synthèse de FIS et donc une levée de l’inhibition des promoteurs gyrA et gyrB, permettant la production de la Gyrase et donc l’introduction de supertours négatifs dans la molécule (Figure 21). Cette boucle de régulation permet de contrôler très précisément le niveau de superhélicité négative de l’ADN.
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Rôle des topoisomérases de type IA dans la ségrégation des chromosomes chez Escherichia coli

Rôle des topoisomérases de type IA dans la ségrégation des chromosomes chez Escherichia coli

Toutefois, le chromosome ne peut se contenter d’être condensé à la manière d’une balle de laine puisque l’ADN situé à l’intérieur devra également être accessible. Plusieurs autres protéines se liant à l’ADN vont ainsi contribuer à donner une structure au nucléoïde et puisque ces protéines dictent quelle portion de l’ADN sera disponible, leur rôle est souvent associé à la régulation (Dame, 2005). La coopération de plusieurs molécules de H-NS « histone-like nucleoid structuring protein » (hns) peut faire un pont entre les différents segments d’ADN et sa liaison contraint le surenroulement de l’ADN (Dame et al., 2000). Des dimères de Lrp « leucine responsive protein » (lrp) peuvent également créer un pont dans l’ADN, tandis que l’ADN peut s’enrouler autour de sa forme octamérique (Beloin et al., 2003). Ces différents modes de liaison reflètent les rôles partagés d’organisation et de régulation (Newman & Lin, 1995). HU « heat unstable protein » (hupAB), IHF « integration host factor » (ihfAB) et Fis « factor for inversion stimulation » (fis) peuvent tous trois plier l’ADN à différents degrés. HU se lie préférentiellement à l’ADN surenroulé, mais il n’a pas de séquence de liaison spécifique associée (Shindo et al., 1992). IHF et Fis peuvent se lier de façon non-spécifique à l’ADN et contribuer à la compaction du chromosome. Toutefois, ils possèdent aussi des sites de liaison spécifiques et jouent un rôle de régulation. Par exemple, les sites d’IHF se retrouvent majoritairement près des promoteurs et la liaison d’IHF active leur transcription (Goosen & van de Putte, 1995). D’ailleurs, les protéines de liaison à l’ADN peuvent entrer en compétition pour certains sites ainsi qu’avoir des effets coopératifs ou antagonistes. Par exemple, l’expression des fimbriae d’une souche d’Escherichia coli pathogène est activée en présence d’ADN relaxé, d’IHF et de LRP tandis que H-NS favorise son inactivation (Corcoran & Dorman, 2009). Il n’est donc pas surprenant que l’expression de toutes ces protéines variera selon la phase de croissance, avec des concentrations maximales à des périodes différentes (Ali Azam et al., 1999).
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Sensibilité de 291 souches de <i>Escherichia coli</i> urinaires à l’amoxicilline-acide clavulanique‎ : quels résultats pour quelles méthodes ?

Sensibilité de 291 souches de <i>Escherichia coli</i> urinaires à l’amoxicilline-acide clavulanique‎ : quels résultats pour quelles méthodes ?

53 CONCLUSIONS ET PERSPECTIVES En l’état actuel des choses, la méthode des disques reste une méthode fiable pour évaluer la sensibilité des souches de E. coli sensibles aux bêta-lactamines, en concordance avec les autres techniques en milieu liquide et le Etest®. Les souches de E. coli résistantes à l’AMC par la méthode des disques avec des diamètres d’inhibition < 17 mm peuvent être rendues comme telles, dans la mesure où ces souches possèdent des CMI à l’AMC > 8 mg/l par microdilution manuelle. Il nous parait même envisageable de déplacer ce diamètre critique jusqu’à une valeur < 20 mm, ce qui permettrait de catégoriser une souche résistante à l’AMC y compris pour le contexte de cystite, les souches ayant majoritairement des CMI > 32 mg/l. En prenant comme diamètre critique « bas » < 20 mm et diamètre critique « haut » > 25 mm pour la catégorisation des souches sensibles et résistantes, la concordance de toutes les méthodes testées dans notre étude serait largement améliorée et les pourcentages de ME et VME nettement diminués. Cependant, pour les souches de E. coli ayant un diamètre d’inhibition à l’AMC compris entre 20 mm et 25 mm, notre étude montre des résultats variables avec une partie des souches catégorisées résistantes et l’autre partie classée sensible par microdilution manuelle. L’introduction d’une catégorie intermédiaire entre 20 mm et 25 mm engendrerait 24% de mE mais limiterait considérablement les taux de ME et VME.
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L'impact du sevrage chez les ruminants sur le portage des Escherichia coli entéro-hémorragiques.

L'impact du sevrage chez les ruminants sur le portage des Escherichia coli entéro-hémorragiques.

Les Escherichia coli Entéro-hémorragiques (EHEC) sont des bactéries pathogènes chez l’Homme. Elles sont responsables de nombreux signes cliniques parfois graves comme la colite hémorragique ou même le syndrome urémique et hémolytique. Le tube digestif des ruminants est considéré comme le réservoir principal de ces bactéries. Ces animaux présentent surtout ce type de bactérie au niveau du colon et notamment à la jonction recto- anale. Une faible proportion d’individus qualifiés de super-excréteurs est responsable de la majeure partie des excrétions des EHEC. Parmi eux, on peut retrouver des veaux et génisses suite au sevrage. Le sevrage est une étape de changements alimentaires et sociaux importants. Il correspond principalement à la rupture maternelle et au passage à l’alimentation solide qui transforme le veau monogastrique en un adulte poly-gastrique. Il regroupe un ensemble de facteurs (âge, race, saison, alimentation) qui influence le microbiote gastro-intestinal ainsi que le portage et l’excrétion des EHEC. La littérature comprend un grand nombre d’articles qui étudient l’impact du sevrage sur ces pathogènes. Enfin, afin de lutter contre ces bactéries plusieurs méthodes sont étudiées de façon à limiter l’excrétion et donc la propagation des EHEC au sein des ruminants.
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Clonage et expression des prochymosines bovines A, B et B S79N chez Escherichia coli et Pichia pastoris. Etude de la mutation S79N

Clonage et expression des prochymosines bovines A, B et B S79N chez Escherichia coli et Pichia pastoris. Etude de la mutation S79N

mirabilis (KLESSEN et al ., 1989), Kluyveromyces lactis (VAN DEN BERG et al ., 1990), Trichoderma reesei (HARKKI et al ., 1989 ; UUSITALO et al ., 1991), Bacillus subtilis (PARENTE et al ., 1991) et chez des cellules de mammifères (KOLMER et al ., 1991). La vente de ces chymosines recombinantes est permise dans de nombreux pays comme l´Australie, la Suisse, les Etats-Unis et certains pays de l´Union Européenne (la Belgique, la Grande-Bretagne, la Grèce, le Portugal). En France, la situation est différente puisque l´utilisation de la chymosine recombinante n´a pas encore été autorisée. Il faut en effet savoir que le dossier de demande d´autorisation d´emploi de la chymosine recombinante a été déposé à la Direction générale de la consommation, de la concurrence et de la répression des fraudes (DGCCRF) en 1988. Malgré les jugements favorables de la Commission du génie biomoléculaire, du Conseil supérieur d´hygiène publique de France et de l´Académie nationale de médecine, sa publication officielle a été suspendue depuis 1990. Les raisons de ce blocage seraient liées à la situation particulière des fromages d´Appellation d´Origine Contrôlée (AOC) dans lesquels seule l´utilisation de la présure traditionnelle est permise. Or, comme il n´existe pas de techniques capables de distinguer dans les fromages, la chymosine native de la chymosine recombinante issue de fermentation, il est alors impossible de vérifier l´origine de la chymosine utilisée dans la fabrication de ces fromages qui bénéficient d´une appellation. Toutefois, un fabricant français peut utiliser la chymosine recombinante s´il justifie à la DGCCRF que le produit fini est destiné à un pays où son utilisation est autorisée et qu´il ne s´agit pas d´un fromage AOC (LEROY, 1997).
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Étude des mécanismes de surenroulement de l'ADN induit par la transcription chez Escherichia coli

Étude des mécanismes de surenroulement de l'ADN induit par la transcription chez Escherichia coli

cou ont confirmé que l’hypersurenroulement sensible à la RNase HI pouvait avoir lieu mais que la formation de R-loops dépendait de la transcription en présence de gyrase et que la simple[r]

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Expression de la pyruvate déshydrogénase humaine chez E. coli

Expression de la pyruvate déshydrogénase humaine chez E. coli

Pour faciliter la production des protéines recombinantes hE1 sous une forme active, nous avons utitlisé des chaperonines bactériennes GroES et GroEL pour les co-exprimer avec le[r]

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Macrophages Versus Escherichia coli

Macrophages Versus Escherichia coli

Macrophages Versus Escherichia coli: A Decisive Fight in Crohn ’s Disease Anthony Buisson, MD, PhD,* , † Marie-Agnès Bringer, PhD, ‡ Nicolas Barnich, PhD,* and Emilie Vazeille, PhD* , † Abstract: The pathophysiology of Crohn ’s disease (CD), a chronic inflammatory bowel disease, remains imperfectly elucidated. Consequently, the therapeutic armamentarium remains limited and has not changed the natural history of CD hitherto. Accordingly, physicians need to identify new therapeutic targets to be able to alter the intestinal damage. The most recent hypothesis considered CD as resulting from an abnormal interaction between microbiota and host immune system influenced by genetics and environmental factors. Several experimental and genetic evidence point out intestinal macrophages in CD etiology. An increase of macrophages number and the presence of granulomas are especially observed in the intestinal mucosa of patients with CD. These macrophages could be defective and particularly in responses to infectious agents like CD-associated Escherichia coli. This review focuses on, what is currently known regarding the role of macrophages, macrophages/E. coli interaction, and the impact of CD therapies on macrophages in CD. We also speculate that macrophages modulation could lead to important translational implications in CD with the end goal of promoting gut health.
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