Haut PDF Rôle de la déubiquitinase BAP1 dans la réponse cellulaire aux dommages à l'ADN

Rôle de la déubiquitinase BAP1 dans la réponse cellulaire aux dommages à l'ADN

Rôle de la déubiquitinase BAP1 dans la réponse cellulaire aux dommages à l'ADN

BAP1 semble être réceptif à des signaux de stress génotoxiques qui peuvent être émis suite à la détection de dommages à l'ADN. De plus, une analyse globale de puces à ADN montre bien que la déplétion de BAP1 induit une dérégulation de plusieurs gènes impliqués dans les points de contrôle induits par les dommages, ainsi que des gènes de réparation d'ADN et d'apoptose. Ceci nous a incités à considérer un rôle de BAP1 dans la réponse des cellules aux dommages à l'ADN, et à considérer que ce rôle était une autre facette de BAP1 en tant que suppresseur de tumeur. Ainsi les résultats obtenus durant la réalisation de mon projet ont permis d'avancer de plusieurs pas dans la caractérisation de cette fonction. D'abord, nous avons montré que BAP1 est hyperphosphorylé suite aux dommages à l'ADN, en identifiant notamment plusieurs sites de phosphorylations post-dommages. Certains d'entre ces sites sont des motifs SQ, des substrats probables des kinases ATM et/ou ATR. Nous avons également montré que les dommages n'affectaient pas les composants protéiques majeurs qui s'associent à BAP1. Toujours sur le plan biochimique, les résultats que nous avons obtenus suggèrent que les dommages n'altèrent pas la disponibilité du site actif de BAP1 et sa capacité à fixer l'ubiquitine. Ces résultats suggèrent donc que BAP1 reste fonctionnel et que les modifications post-dommages ne lui sont pas inhibitrices. Au niveau fonctionnel, et confirmant un rôle plutôt actif, nous avons pu mettre en évidence l'implication de BAP1 dans la maintenance du point de contrôle en G2/M suite aux radiations ionisantes. Cette implication étant dépendante de son activité catalytique et possiblement de son interaction avec ASXL2 et non pas HCF. Ceci est conforté par une étude chez la drosophile qui met en évidence le recrutement du couple BAP1-ASX sur le promoteur de gènes impliqués dans la transition G2/M et la réparation d'ADN. Une découverte qui indique un rôle plutôt conservé de BAP1-ASXL2 dans la réponse aux dommages à l'ADN. Beaucoup reste à faire afin de caractériser cette association en profondeur. On pourrait alors imaginer que BAP1 est incorporé dans deux complexes majeurs: l'un qui implique la protéine HCF et l'autre impliquant ASXL2. Cette dualité crée une diversité de réponses biologiques, dépendamment de comment ces deux complexes sont recrutés d'une manière différentielle par les facteurs de transcription.
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Le rôle d’Akt dans la réponse cellulaire aux dommages à l’ADN induits par les ultraviolets dans les cellules de mélanomes humains

Le rôle d’Akt dans la réponse cellulaire aux dommages à l’ADN induits par les ultraviolets dans les cellules de mélanomes humains

Phosphorylation/activation d’Akt par les UV dans le mélanome malin L’exposition aux UV représente un risque important dans le développement du cancer de la peau, incluant le mélanome. Le processus de la transformation maligne corrèle avec l’induction de dommages à l’ADN induits par les UV, ce qui engendre des mutations dans le cas où ces altérations ne sont pas réparées. Afin de maintenir l’intégrité génomique, les UV induisent l’activation des voies de signalisation par lesquelles la cellule peut survivre sous les conditions de stress. Parmi ces voies, on cite la voie oncogénique PI3K/Akt. En effet, une activation aberrante de la voie de survie PI3K/Akt a été observée dans le mélanome, résultant soit des mutations des gènes impliqués dans la cascade de signalisation, la perte de PTEN ou bien les altérations moléculaires d’Akt. Il a déjà mis en évidence que l’exposition aux UV cause une sur-activation d’Akt via sa phosphorylation sur les résidus S473 et T308. Des études précédentes faites sur des kératinocytes primaires ont démontré que l’activation d’Akt est plus importante dans des cellules exposées aux UV versus des cellules non irradiées (Wan, Wang et al. 2001, Zhang, Maddock et al. 2001, Ming, Han et al. 2010).
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Fonction et régulation du complexe acétyltransférase TIP60 au cours de la réponse aux dommages de l'ADN

Fonction et régulation du complexe acétyltransférase TIP60 au cours de la réponse aux dommages de l'ADN

in vitro. Il pourrait notamment lier l'ARN comme c'est le cas pour L3MBTL2 (Lechtenberg et al., 2009). L'expression d'un mutant dépourvu du domaine N-terminal Znf dans les cellules KO MBTD1 permettra également d'étudier le rôle fonctionnel de ce domaine. Le KO de MBTD1 a été produit chez la souris (Honda et al., 2011). Cependant, le manque de contrôles ne permet pas d'écarter l'expression potentielle d'une protéine tronquée qui contiendrait le domaine à doigt de zinc non caractérisé de MBTD1. Néanmoins, les souris meurent peu après la naissance (stade P14) et présentent des défauts squelettiques importants ainsi qu'une aplasie du foie associée à une perte des cellules souches hématopoïétiques (HSC). Finalement, les auteurs observent un défaut de prolifération et une augmentation de l'apoptose dans les cellules KO. Cependant, les analyses par microarray dans les cellules HSC diffèrent de nos résultats obtenus en cellules U2OS. Nous avons également établi une lignée inactivée par CRISPR/Cas9 pour MBTD1 en cellules K562 (données non montrées). Leur analyse par microarray a révélée que les gènes les plus affectés sont impliqués dans la biosynthèse de la globine. De plus, MBTD1 a aussi été identifiée dans des cribles basés sur des siRNAs en cellules ES à la fois comme un facteur nécessaire à la différenciation des cellules épidermales au même titre que JmjD2A, mais aussi au maintien des cellules souches hématopoïétiques (Mulder et al., 2012). Ceci suggère un effet spécifique du type cellulaire au cours du développement. Finalement, les anomalies observées chez la souris suggèrent un lien avec l'anomalie Klippel-Feil, elle-même potentiellement reliée à l'Anémie de Fanconi (Houten and Nasser, 2012; McGaughran, 2003).
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Rôle de la GTPase Rho RND1 dans la réponse cellulaire à la camptothécine, inhibiteur de la topoisomérase I

Rôle de la GTPase Rho RND1 dans la réponse cellulaire à la camptothécine, inhibiteur de la topoisomérase I

Dans ce contexte, le premier objectif de ma thèse était de déterminer parmi toutes les GTPases Rho, lesquelles étaient induites de façon précoce par la CPT. Le choix de la CPT repose sur deux critères : la sélectivité de la molécule et le fait qu’elle produise des DSB (Pommier, 2006). En effet, la CTP a pour unique cible la Top1. Son mécanisme d’action consiste à stabiliser la formation de complexes de clivage Top1-ADN appelés « Top1cc ». La stabilisation des Top1cc génère la formation de DSB. Les DSB sont parmi les dommages les plus délétères pour la cellule. Si elles ne sont pas réparées, elles peuvent aboutir à la mort de la cellule ou engendrer des mutations ou des aberrations chromosomiques et ainsi favoriser le processus tumoral. Pour cette étude, nous avons choisi comme modèle principal les cellules d’ostéosarcome U2OS, fréquemment utilisées dans l’étude des dommages de l’ADN car elles sont proficientes pour les voies de signalisation des dommages de l’ADN. Lors de ce crible, outre RhoB, nous avons identifié deux nouvelles Rho GTPases induites par la CPT : RhoV et RND1. En réponse à la CPT, le taux d’induction le plus fort est celui de RND1. De plus, RND1 a été identifié comme un gène suppresseur de tumeur dans le sein (Okada et al., 2015). Pour ces deux raisons, nous avons choisi de focaliser la suite de mes travaux sur ce gène.
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Rôle de la chromatine dans la modulation de la réponse aux dommages à l’ADN en présence de stress réplicatif

Rôle de la chromatine dans la modulation de la réponse aux dommages à l’ADN en présence de stress réplicatif

La réplication de l’ADN (phase S) chez la levure Saccharomyces cerevisiae Le cycle cellulaire de la levure se déroule en quatre phases, comme pour la plupart des autres organismes : la phase-gap 1 (phase G1), la phase de synthèse d’ADN (phase S), la phase-gap 2 (phase G2) ainsi que la mitose (phase M). La phase G1 sert initialement à préparer la cellule pour la duplication de son génome. Selon l’environnement de croissance, la cellule procédera à la transcription de facteurs permettant soit son entrée dans le cycle cellulaire, ou alors à sa sporulation (6). La phase S, au cours de laquelle la cellule réplique son ADN, sera détaillée plus loin dans cette sous-section. La phase G2 et la phase M entraînent la division cellulaire, soit le partage du génome dupliqué entre la cellule mère et la cellule fille, pour ensuite se séparer lors de la cytocinèse (7). La progression dans le cycle cellulaire repose sur l’activité de kinases dépendantes des cyclines (CDKs), qui phosphorylent plusieurs facteurs clés lorsqu’elles sont liées à leurs sous-unités régulatrices, les cyclines (8). Ces dernières sont spécifiques à leur phase du cycle cellulaire, ce qui est contrôlé par un mécanisme de coordination. D’une part, l’oscillation des CDKs régule l’activation temporelle des cyclines, ce qui permet une transition adéquate entre les différentes phases du cycle cellulaire. De l’autre, un réseau de facteurs de transcription qui agit indépendamment des cyclines-CDKs régule l’expression périodique d’éléments impliqués dans la progression du cycle cellulaire (9).
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Rôle des centrosomes dans la régulation du point de contrôle en G2/M en réponse aux dommages à l'ADN

Rôle des centrosomes dans la régulation du point de contrôle en G2/M en réponse aux dommages à l'ADN

Inhibition de APE1 et apoptose. Pour déterminer les effets des traitements avec le lucanthone et AR03 sur la croissance et l‟apoptose, nous étudierons la prolifération et l‟apoptose dans les tumeurs MSH2+/+, MSH2-/-, MLH1+/+ et MLH1-/-. Pour cela, nous examinerons des coupes histologiques de tumeurs obtenues après les cinq jours de traitement avec les inhibiteurs de APE1 ou le contrôle. Les coupes histologiques seront fixées puis marquées avec un anticorps anti Ki67 (marqueur de prolifération) ou avec la méthode TUNEL (Terminal deoxynucleotidyl transferase dUTP nick end labelling, marqueur d‟apoptose) (Craft et al., 1999). Au total, dix coupes seront comptées pour chaque fond génétique et chaque traitement pour comparaison. De plus, une analyse statistique (test de Student) nous permettra de déterminer si les différences observées seront significatives ou non. De manière alternative, un marquage avec un anticorps contre la forme active de la caspase 3 pourra être utilisé comme marqueur de l‟apoptose (Bressenot et al., 2008). Un troisième paramètre important à considérer pour la variation de la taille des tumeurs est la taille des cellules qui composent ces tumeurs (Neshat et al., 2001). Pour déterminer si l‟inhibition de APE1 affecte la taille des cellules tumorales, nous ferons une analyse morphométrique de 10 coupes histologiques marquées par hématoxyline et éosine. Comme pour les deux autres paramètres, nous ferons une analyse statistique (test de Student) pour de déterminer si les différences observées seront significatives ou non. Ces résultats permettront de caractériser le rôle de APE1 sur la croissance cellulaire, la taille des cellules et l‟apoptose, trois paramètres importants pour évaluer l‟activité anti tumorale d‟inhibiteurs. Sachant qu‟un échec de la réparation des dommages à l‟ADN induit l‟apoptose (Zhang et al., 2009), nous devrions théoriquement observer une inhibition de la croissance cellulaire et une augmentation du nombre de corps apoptotiques sur les coupes des tumeurs déficientes en MSH2 ou MLH1 après traitement avec les inhibiteurs de APE1.
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Les protéines Staufen et leurs rôles dans la régulation posttranscriptionnelle de l’expression des gènes, la réponse aux dommages à l’ADN et le cycle cellulaire

Les protéines Staufen et leurs rôles dans la régulation posttranscriptionnelle de l’expression des gènes, la réponse aux dommages à l’ADN et le cycle cellulaire

1.8 Le facteur de transcription E2F1 est impliqué dans la régulation de l’expression de Stau2 Étant donné les résultats obtenus ci-dessus, nous avons voulu pousser plus loin l’étude de la régulation de l’expression de Stau2 au niveau de la transcription. Nous avons donc consulté les études d’immunoprécipitation de chromatine à grande échelle (ChIP-séq) de l’Encyclopédie des Éléments d’ADN (ENCODE, (Consortium, 2011) afin de trouver les facteurs de transcription pouvant s’associer au promoteur putatif de Stau2, particulièrement à la séquence de 195 paires de bases identifiée ci-dessus. En plus des facteurs de transcription de base, comme TBP et TAF1, plusieurs autres facteurs de transcription reconnaissent cette région d’ADN génomique : CCNT2, CTCF, c-Myc, YY1, NF-κB, JunD, ainsi que divers facteurs de la famille E2F, tels qu’E2F1, E2F4 et E2F6 (Consortium, 2011). Considérant le rôle bien connu d’E2F1 dans la réponse aux dommages à l’ADN, nous nous sommes donc d’abord demandé si ce facteur pouvait effectivement contrôler l’expression de Stau2. À cette fin, nous avons infecté des cellules HCT116 avec des virus codant pour des protéines chimères HA-ER ou HA-ER-E2F1, ER étant le récepteur des estrogènes. Nous avons donc obtenu deux lignées de HCT116 exprimant ces deux protéines chimères de façon stable. L’action d’E2F1 est toutefois contrôlée de façon précise, puisque l’ajout de 4-hydroxytamoxifène (OHT) assure sa liaison au récepteur et la translocation des protéines chimériques dans le noyau. Autrement, celles-ci demeurent dans le cytoplasme des cellules (Putzer et al., 2000). La translocation de la protéine HA-ER-E2F1 dans le noyau simule donc la surexpression d’E2F1, et la protéine HA- ER est ici employée comme contrôle. Dans ces conditions, nous avons donc testé la quantité d’ARNm de Stau2 qui est observée lorsqu’ E2F1 est suractivée, ce qui se produit notamment pendant la réponse au stress génotoxique (Fig. 32).
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Réponse aux dommages à l’ADN durant l’embryogenèse - Le rôle inattendu de la rétention nucléaire des ARN messagers

Réponse aux dommages à l’ADN durant l’embryogenèse - Le rôle inattendu de la rétention nucléaire des ARN messagers

> Tout au long de sa vie, une cellule peut être exposée à une panoplie d’agents génotoxiques internes et environnemen- taux, tels que des métabolites cellu- laires néfastes, polluants et irradiations multiples, qui induisent des dommages à son ADN. Si rien n’est fait, cela peut mener à l’accumulation de mutations et d’anomalies des chromosomes pouvant prédisposer l’individu à une variété de pathologies. Heureusement, il existe des mécanismes qui permettent à la cellule de préserver l’intégrité de son génome. En effet, il est connu depuis longtemps que les dommages à l’ADN induisent l’activation de voies de signalisation dont les acteurs importants incluent les protéines à activité kinase ATM (ataxia telangiectasia mutated), ATR (ATM and Rad3-related), Chk1 (Checkpoint, S. pombe, homolog of, 1) et Chk2 [1] . Les fonctions de ces protéines ont été très conservées au cours de l’évolution, de la levure jusqu’à l’être humain, et leur perte de fonction est impliquée dans l’étiologie de plusieurs maladies géné- tiques qui prédisposent les individus au développement de cancers [2] . Ces protéines jouent un rôle primordial dans l’établissement de points de contrôle, communément nommés checkpoints, afin de prévenir la progression du cycle cellulaire en cas de lésions génomiques. En effet, l’activation de ces kinases aboutit à des réponses moléculaires variées, permettant de bloquer le cycle cellulaire, stimuler les mécanismes de réparation de l’ADN, ou induire la mort de la cellule lorsque les dommages s’avèrent irréparables [1] .
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Relation entre la réponse aux dommages à l'ADN et la dynamique de réplication chez les mammifères : rôle du point de contrôle intra-S

Relation entre la réponse aux dommages à l'ADN et la dynamique de réplication chez les mammifères : rôle du point de contrôle intra-S

Si aucune technologie n’est disponible actuellement pour mesurer la concentration locale des précurseurs issus de la synthèse endogène, il est possible de suivre le devenir de précurseurs radioactifs fournis dans le milieu de culture et métabolisés par la voie de sauvetage. Le marquage de cellules CHEF perméabilisées avec du CDP tritié montre que la radioactivité s’incorpore dans l’ADN très rapidement sans marquer le pool de dCTP (veer Reddy and Pardee, 1982) . De plus l’ajout de dCTP froid ne rentre pas en compétition avec le CDP radioactif. De la même façon, dans des fibroblastes de souris, la thymidine tritiée ou la déoxyuridine tritiée s’incorpore plus rapidement dans l’ADN que dans le pool de dTTP (Nicander and Reichard, 1985) . Toutefois si la synthèse de l’ADN est inhibée par un traitement à l’HU, l’incorporation de la radioactivité s’effectue au même taux dans le « pool » et dans l’ADN ce qui suggère que la RNR intervient dans le « channeling » ou qu’il existe une régulation fine entre la progression des fourches et le « channeling » des précurseurs. Dans le foie de rat, le « channeling » des précurseurs de nucléotides semble être restreint à la voie de sauvetage (Panzeter and Ringer, 1993) . L’ensemble de ces résultats suggère que les précurseurs exogènes sont directement dirigés vers la machinerie de réplication, sans être stockés sous forme de « pool ». Ce phénomène de « channeling » serait une conséquence directe de l’association des enzymes de synthèse des nucléotides et de la machinerie de réplication au sein du complexe « réplitase ». Malheureusement, aucune étude n’a démontré formellement l’existence d’une compartimentation des précurseurs de l’ADN au sein du volume cellulaire, alors que la localisation préférentielle de la RNR dans le cytoplasme est un argument fort contre l’existence d’une telle compartimentation.
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Trafic intranucléaire de l’ARN de la télomérase et la réponse aux dommages à l’ADN chez la levure Saccharomyces cerevisiae

Trafic intranucléaire de l’ARN de la télomérase et la réponse aux dommages à l’ADN chez la levure Saccharomyces cerevisiae

Néanmoins, les cellules délétées du gène RAD53 ont un défaut plus prononcé d’activation des points de contrôle que les cellules pds1', suggérant que la régulation de Pds1 n’est pas la seule cible de Rad53 (Gardner et al, 1999; Sanchez et al, 1999). Étant donné que Pds1 inhibe l’entrée en mitose, il a été démontré que Rad53 inhibe la sortie de la mitose par la maintenance des niveaux élevés de l’activité CDK durant l’arrêt par le point de contrôle, un effet qui s’effectue par l’inhibition de Cdc5 (Cheng et al, 1998) (Figure 1.1). La kinase Cdc5 exerce son effet par l’inhibition du complexe Bub2/Bfa1 qui, à son tour, inhibe le réseau de la sortie en mitose (MEN) (de Bettignies & Johnston, 2003). Par conséquent, l’inhibition de Cdc5 par Rad53 inhibe la progression durant la mitose et aide pour maintenir l’arrêt du cycle cellulaire par le point de contrôle (Putnam et al, 2009). La cible la plus connue de Rad53 est la kinase Dun1 (Figure 1.1), ainsi, les cellules dun1' ont approximativement le même défaut du point de contrôle que ceux de rad53'. La kinase Dun1 phosphoryle l’inhibiteur de la ribonucléotide réductase Sml1, entraînant ainsi sa dégradation et une augmentation de la production des nucléotides (dNTPs) nécessaires à la synthèse de l’ADN. L’activation de la production des dNTPs dépendante de Rad53 apparait comme un rôle essentiel de Rad53 puisque la létalité des mutants rad53' (ou de mec1') est supprimée par la délétion du gène
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Étude du rôle des thiorédoxines f dans la mort cellulaire programmée et en réponse à divers stress abiotiques chez la plante modèle Arabidopsis thaliana

Étude du rôle des thiorédoxines f dans la mort cellulaire programmée et en réponse à divers stress abiotiques chez la plante modèle Arabidopsis thaliana

39 Les deux premiers types d'UV n'ont pas les mêmes conséquences sur les plantes. Les UV-A affectent la croissance et la signalisation cellulaire, puisqu'ils interfèrent avec l’induction d’une enzyme clé dans la voie de biosynthèse des flavonoïdes (Wang et al., 2012). Les UV-B eux, ont un effet plus général sur la croissance, le développement, la morphologie et le métabolisme. En effet, ils induisent la formation de dimères de thymines qui causent des dommages à l’ADN et à l’ARN. Non réparés, ces dimères perturbent la transcription des gènes, la réplication de l’ADN, donc le métabolisme cellulaire. Lorsque les plantules sont placées à la lumière après une irradiation, les dommages sont toujours plus conséquents (Dany et al., 2001). En effet, l'exposition aux UV-B cause une perte de chlorophylle et une augmentation des dommages lipidiques (John et al., 2001). De plus, un grand nombre de gènes associés à la sénescence sont induits suite à une exposition aux UV-B, ce qui a pour conséquence, l’apparition de symptômes caractéristiques de la sénescence. Les dimères de la protéine UVR8, pour "UV Resistance locus 8", perçoivent les UV-B chez les plantes (Rizzini et al., 2011). Cette perception se fait via les résidus tryptophane de la protéine qui provoquent la conversion du dimère en monomères (O'Hara et Jenkins, 2012). Plusieurs voies sont activées par UVR8 pour une meilleure réponse de la plante (Tilbrook et al., 2013).
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Analyse des interactions ADN lésé / protéines : Optimisations méthodologiques et applications aux dommages de l'ADN engendrés par les dérivés du platine

Analyse des interactions ADN lésé / protéines : Optimisations méthodologiques et applications aux dommages de l'ADN engendrés par les dérivés du platine

Quant à la protéine Bcl-2, elle est, nous l’avons dit, l’un des facteurs anti-apoptotiques classiques. Elle forme des homodimères dont l’excès par rapport à son antagoniste Bax empêche les cellules de s’engager vers l’apoptose. De ce fait, sa surexpression au sein de tumeurs ou lignées cellulaires résistantes au cisplatine a été maintes fois constatée (Cho et al., 2006; Cullen et al., 2007; Michaud et al., 2009) et associée à un fort risque de rechute du cancer. Une influence similaire est attribuée à Bcl-xL, autre membre de la même famille. L’influence de voies apoptotiques indépendantes de p53 a été aussi identifiée. La kinase AKT possède là encore un rôle à jouer, en tant que régulatrice négative de l’apoptose par la phosphorylation du facteur XIAP, elle-même responsable d’une diminution d’activité de la caspase 3, cruciale pour le déclenchement de la mort cellulaire programmée (Siddik, 2003). On peut aussi évoquer l’activation de p21 via HER2, une tyrosine kinase membre d’un complexe transmembranaire surexprimé dans 20 à 30% des tumeurs mammaires et ovariennes. Sa surexpression est corrélée avec une faible réponse au cisplatine. Elle a pour effet d’augmenter l’activité d’AKT, qui s’associe alors avec p21 pour assurer la localisation cytoplasmique de cet inhibiteur de CDK d’où un arrêt en G 2 /M et la possibilité pour la cellule
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Implication des protéines MCM dans la réponse cellulaire aux dommages à l’ADN

Implication des protéines MCM dans la réponse cellulaire aux dommages à l’ADN

phosphorylations présents sur les différentes sous-unités du complexe ainsi que les sites d’ubiquitination ont été identifiés par spectrométrie de masse. Lors de l’analyse par spectrométrie de masse des modifications post-traductionnelles du complexe MCM, 18 sites de phosphorylation ont été identifiés sur différentes sous-unités du complexe. Parmi ceux-ci, trois sites en particulier présentaient une forte augmentation de leur ratio de phosphorylation suite aux traitements à l’étoposide, soit la sérine 108 sur MCM2 (ratio de 3.60), la sérine 728 sur MCM3 (ratio de 8.12) et la sérine 762 sur MCM6 (ratio de 6.55). Ces trois sites présentent un patron de séquence S/TQ qui est normalement reconnu par les kinases ATM/ATR et DNA-PK, des protéines impliquées dans la réponse cellulaire aux dommages à l’ADN. De manière intéressante, aucun de ces sites n’a été caractérisés pour être impliqué dans le blocage de la fourche de réplication en réponse aux dommages à l’ADN, ce qui suggère un autre rôle pour ces phosphorylations spécifiques. Pour la sérine 728 de MCM3, des études de Shi et al., (2007) ont démontrées que la protéine MCM3 murine pouvaient être phosphorylé par ATM in vitro sur les sérine 725, 732 et 738. Chez l’homme ces sites représentent la sérine 728 et la sérine 734. Nos résultats s’accordent avec ces études sur le point que ce site de phosphorylation augmente suite à l’induction de cassures doubles brins et ceci viens confirmer que ce site est phosphorylé par ATM. Cette étude n’a cependant pas été en mesure de caractériser les répercussions biochimiques de cette phosphorylation sur la protéine MCM3. Des mutants alanine et acide glutamique de ces sites ont démontrés aucun changement dans leur fixation à la chromatine, dans leur localisation ou dans leur association avec les autres protéines du complexe MCM. Il serait intéressant de regarder par spectrométrie de masse si des mutants de cette sérine possèdent les mêmes partenaires d’interaction. Pour la protéine MCM6, très peu d’information sont connus en ce qui concerne sa phosphorylation. Tous les sites répertoriés dans la littérature ont été trouvés par spectrométrie de masse ou par prédiction informatique.
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Réponse cellulaire à l’adénovirus 5 - Une réponse aux dommages à l’ADN revisitée

Réponse cellulaire à l’adénovirus 5 - Une réponse aux dommages à l’ADN revisitée

Le rôle antiviral du complexe MRN La réplication, l’héritabilité et le main- tien fidèle de l’ADN génomique sont indispensables à la vie. Les mécanismes de réparation de l’ADN, qui sont pré- sents de la levure à l’homme, per- mettent de protéger le génome, notam- ment en réagissant aux cassures double brin (CDB) de l’ADN, qui peuvent mener à une instabilité génomique et à la tumorigenèse. Les cassures double brin sont détectées par le complexe MRN composé des protéines MRE11, RAD50 et NBS1 (Figure 1A) . Ce complexe induit la formation de foyers de réponses aux dommages à l’ADN (RDA), en recrutant et activant la kinase ataxia telan- giectasia mutated (ATM). Le signal est stérique, puis, via l’activation des Src kinases, à coordonner la réponse pha- gocytaire. Ces chercheurs montrent pour la première fois la mise en place d’une barrière de diffusion au sein de la synapse phagocytaire pour exclure CD45 et permettre l’initiation de la phagocytose. Mais cette barrière de diffusion progressive est-elle stricte où laisse-t-elle passer certaines molécules autres que CD45 ? Il faudra continuer de chercher pour le savoir.
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Rôles de la protéine p53 et de l'oncoprotéine virale HBx dans la réponse cellulaire aux dommages à l'ADN

Rôles de la protéine p53 et de l'oncoprotéine virale HBx dans la réponse cellulaire aux dommages à l'ADN

Dans cette même étude, les auteurs ont montré que les cellules ATM sont aussi déficientes en arrêt en Gi, démontrant ainsi un rôle majeur des protéines p53 et ATM dans l’arrêt du cycle c[r]

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Rôle de l'histone acétyltransférase Tip60 dans la réponse aux dommages à l'ADN

Rôle de l'histone acétyltransférase Tip60 dans la réponse aux dommages à l'ADN

Cependant, on peut opposer de nombreux arguments à l’hypothèse de rôles indépendants de Tip60 et p400. Tout d’abord, Tip60 et p400 appartiennent au même complexe. D’autre part, les effets opposés des siRNA dirigés contre Tip60 et p400 sur l’expression de p21 se retrouvent également sur d’autres gènes cibles de p53 comme fas et hdm2 (mdm2 chez l’homme) (Résultats, partie B). Cela pourrait signifier que le mécanisme est le même pour tous les gènes cibles de p53, autrement dit que l’antagonisme entre Tip60 et p400 dépendrait de p53. Cependant, les travaux de Lise Mattera et Fabrice Escaffit montrent que l’on retrouve l’antagonisme Tip60/p400 en amont de p53 dans la signalisation, par exemple pour la phosphorylation de ATM et H2AX en réponse aux dommages (résultats non publiés). Ils montrent également que l’antagonisme existe dans une lignée cellulaire exprimant une protéine p53 mutée : la lignée HT29 (Annexe 2 - Figure 6). L’antagonisme Tip60/p400 existe donc aussi indépendamment de p53. Enfin, des expériences de puces à ADN menées dans l’équipe par Gaëlle Legube ont montré également que de très nombreux gènes sont régulés à la fois par Tip60 et par p400. Ces résultats sont encore préliminaires mais ils renforcent l’idée que l’antagonisme entre Tip60 et p400 est un mécanisme global qui ne s’applique pas seulement au cas particulier du gène p21.
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La réponse consécutive à des dommages à l’ADN contribue à la suppression tumorale en détectant l’activité oncogénique

La réponse consécutive à des dommages à l’ADN contribue à la suppression tumorale en détectant l’activité oncogénique

La réponse consécutive aux dommages de l’ADN conduit a l’activation de p53 par les oncogènes Notre groupe [5] ainsi que ceux dirigés par les docteurs V. Gorgoulis et F. d’Adda di Fagagna ont récemment démontré que la réponse causée par des dommages à l’ADN est cruciale lors de l’établissement du programme de sénescence provoquée par une myriade d’oncogènes [6, 7] . Les oncogènes Ras, STAT5, E2F1, Mos et Cdc6 conduisent tous à l’activation de p53 et à la sénescence via la voie de la réponse aux dommages affectant l’ADN. Ces études démontrent que l’activité oncogénique
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Etude des dommages de l'ADN impliquant des pontages ADN-protéines et ADN-polyamines

Etude des dommages de l'ADN impliquant des pontages ADN-protéines et ADN-polyamines

Figure 70 : Formations de 8-oxodGuo et de 8-lys-Gua après exposition à des impulsions laser à une longueur d’onde de 266 nm avec une énergie 60 mJ (ce qui représente une énergie reçue d’environ 500 mJ/cm 2 /pulse). L’adduit 8-lysine-guanine a donc été détecté dans l’ADN extrait de cellules THP1 exposées au rayonnement laser. Les taux de formation de cette lésion sont proportionnels à la dose d’irradiation et donc au taux de guanines oxydées. Les autres conditions de traitement utilisées (photosensibilisation, exposition au rayonnement ionisant) n’ont pas permis d’induire des taux d’adduits supérieur à la limite de détection par HPLC-MS/MS. Ces travaux montrent donc pour la première fois que la lysine est capable de réagir avec le radical cation de la guanine in cellulo pour former des pontages ADN-protéines. D’autre part, ces expériences confirment indirectement la structure de l’isomère de l’adduit lysine- guanine étudié. Dans le paragraphe traitant de la synthèse des adduits, nous avons évoqué l’existence de 2 isomères pour ce composé. La caractérisation du standard par RMN apporte des arguments en faveur de la structure correspondant à un pontage avec l’amine ε. Lors des expériences réalisées in cellulo, la lysine pontée était probablement impliquée dans une liaison peptidique, par l’amine α. Les adduits détectés correspondent donc très vraisemblablement à un pontage avec l’amine ε.
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Rôle de la conformation des glycoprotéines de l’enveloppe du VIH-1 dans la réponse cytotoxique cellulaire dépendante des anticorps et impact des protéines virales Nef et Vpu

Rôle de la conformation des glycoprotéines de l’enveloppe du VIH-1 dans la réponse cytotoxique cellulaire dépendante des anticorps et impact des protéines virales Nef et Vpu

16 3 required for transport), respectivement Tsg101 (tumour susceptibility gene 101) et AIP1/Alix (ASK-interacting protein 1) (148-151). Les complexes ESCRT sont normalement impliqués dans la fission des vésicules endosomales et leur recrutement par le VIH-1 permet ainsi la fission des membranes cellulaire et virale et donc la relâche de particules virales hors de la cellule infectée. L’observation d’une certaine accumulation de protéines Gag et de particules virales dans les corps multivésiculaires (CMVs) est un phénomène encore mal compris mais qui est suggéré comme s’effectuant soit par le ciblage direct de Gag aux CMVs ou encore par une accumulation de Gag aux CMVs des suites de son internalisation de la membrane plasmique (152-158). Néanmoins, un processus de maturation doit être mis en branle par le domaine PR du précurseur Gag-Pol avant que la particule nouvellement relâchée devienne infectieuse (159, 160). Ce processus, s’effectuant durant et/ou immédiatement après la relâche virale, consiste en le clivage d’une manière séquentielle des précurseurs polyprotéiques Gag et Gag-Pol par PR pour ainsi permettre la formation des protéines virales MA, CA, NC, p6, PR, RT et IN. La première étape de ce processus est suggérée comme étant intramoléculaire, permettant ainsi la relâche de PR du précurseur Gag-Pol (161). La disponibilité stérique et la spécificité des sites de reconnaissance par PR dictent l’ordre dans lequel seront clivées les différentes sous-unités des précurseurs polyprotéiques (162, 163). La maturation de la particule virale mène à la formation du cœur viral, dont le composant majeur est la CA. Des études par microscopie électronique ont démontré que les virions immatures présentent un assemblage radial des précurseurs Gag et Gag-Pol et que cet assemblage était délaissé pour donner place à la forme conique caractéristique des rétrovirus dans les particules matures (164-166). Il est suggéré que le réarrangement de la lattice de CA nécessite sa désorganisation et sa restructuration autour des complexes NC-ARN (167), mais des études par imagerie moderne suggèrent plutôt une restructuration graduelle en forme de feuille couvrant le cœur viral (168, 169). Une fois le processus de maturation complété, la particule virale nouvellement synthétisée est infectieuse.
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Les thérapies ciblées de la réponse aux dommages de l’ADN dans le traitement du cancer : l’exemple du VX-970

Les thérapies ciblées de la réponse aux dommages de l’ADN dans le traitement du cancer : l’exemple du VX-970

10 RÉSUMÉ 1. Les thérapies ciblées (TC) représentent une avancée thérapeutique révolutionnaire dans la prise en charge du cancer. Elles font suite aux progrès spectaculaires réalisés ces deux dernières décennies en biologie moléculaire ce qui a permis de mettre en lumière les différents acteurs biochimiques impliqués dans la prolifération et la propagation des cellules tumorale, le phénomène d’angiogenèse et plus récemment les facteurs de résistances aux traitements. Les études approfondies des voies de signalisations impliquant les oncogènes et les gènes suppresseurs de tumeurs ont fourni une multitude de cibles potentielles en constante augmentation et ont conduit à développer des thérapies pour les cibler de manière sélective et efficace. De plus, la nature hétérogène et évolutive de la tumeur implique une évolution constante dans la recherche de cibles pertinentes. Ces thérapies ont fait l’objet de grandes réussites acclamées, mais sont également associées à une toxicité considérable et une réponse durable souvent contrariées par le chaos génomique régnant au sein de la cellule tumorale, conduisant à la sélection de clones résistants.
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