Haut PDF Caractérisation des mécanismes de régulation transcriptionnelle du gène Cdx1

Caractérisation des mécanismes de régulation transcriptionnelle du gène Cdx1

Caractérisation des mécanismes de régulation transcriptionnelle du gène Cdx1

Le domaine C correspond au domaine de liaison à l’ADN. fi contient une séquence de soixante-six acides aminés, hautement conservée entre les membres de la famille des récepteurs nucléair[r]

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Clonage, caractérisation et étude de la régulation transcriptionnelle du gène Aox1 encodant l'oxydase alternative chez Chlamydomonas reinhardtii

Clonage, caractérisation et étude de la régulation transcriptionnelle du gène Aox1 encodant l'oxydase alternative chez Chlamydomonas reinhardtii

Les premiers travaux ont d’abord suggéré que l’AOX était encodée par un seul gène chez de nom- breuses espèces. Aujourd’hui, il est admis qu’une petite famille multigénique existe au moins chez l’arabette des dames (A. thaliana ; Kumar et Soll 1992 ; Saisho et al. 1997), le soja (Glycine max ; Whe- lan et al. 1993, 1996), le tabac (Nicotiana tabacum ; Vanlerberghe et McIntosh 1994 ; Whelan et al. 1995, 1996), le riz (Oryza sativa ; Ito et al. 1997) et le man- guier (Mangifera indica ; Cruz-Hernandez et Gomez- Lim 1995 ; Considine et al. 2001). À côté de S. gutta- tum (Rhoads et McIntosh 1991), les autres espèces végétales pour lesquelles une seule séquence Aox a été décrite sont la pomme de terre (Solanum tu- berosum ; Hiser et al. 1996), le blé (Triticum aesti- vum ; AB078882), le dolique à œil noir (Vigna un- guiculata ; AJ319899), le maïs (Zea mays ; AF040566), la pervenche de Madagascar (Catharanthus roseus ; AB055060) et l’hybride de peuplier tremble et faux- tremble (Populus tremula × Populus tremuloides ; AJ251511). Enfin, les gènes Aox uniquement réper- toriés dans des banques EST par Considine et al. (2002) concernent la ficoïde glaciale (Mesembryanthe- mum crystallinum), la luzerne (Medicago sp.), l’orge (Hordeum vulgare ; quoiqu’il s’agisse probablement d’une contamination fongique) et la tomate (Lyco- persicon esculentum).
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Analyse du promoteur et caractérisation initiale de la régulation transcriptionnelle du gène KCNE1

Analyse du promoteur et caractérisation initiale de la régulation transcriptionnelle du gène KCNE1

La courte boucle intracellulaire située entre les domaines III et W joue un rôle important dans l’inactivation du canal Na par son pivotement vers le pore du canal [201 et un motif criti[r]

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Caractérisation des mécanismes moléculaires liés à p53 régulant l’expression du gène P2RY6.

Caractérisation des mécanismes moléculaires liés à p53 régulant l’expression du gène P2RY6.

Comme signalé précédemment, il est possible qu’un facteur de transcription se lie sur le promoteur d’un gène cible, mais cela ne signifie pas nécessairement que ce gène est régulé par la protéine en question (Kaeser & Iggo 2002). La liaison de p53 avec l’ADN peut être modulée par plusieurs éléments. Son affinité n’est pas la même pour tous les promoteurs. Il semblerait que p53 WT lie avec une plus forte affinité les promoteurs associés à l’arrêt du cycle cellulaire que ceux associés à l’apoptose. De plus, les sites de liaison de haute affinité, comme celui retrouvé dans le promoteur de p21, correspondent mieux à la séquence consensus reconnue par p53 WT que les sites des promoteurs associés à l’apoptose (Ludwig et al. 1996; Chen et al. 1996). Aussi, selon le stress subi par les cellules, les gènes activés par p53 ne sont pas les mêmes (Kaeser & Iggo 2002). Les sites occupés par p53 sont les mêmes, indépendamment du mécanisme d’activation de p53 ou du destin cellulaire, car son affinité pour l’ADN ne varie pas. Ce patron de liaison est alors défini comme le programme transcriptionnel de p53 « par défaut » (Shaked et al. 2008). Cependant, une étude suggère que la phosphorylation de p53 sur ses sérines 15 et 46 affecte son programme transcriptionnel (Smeenk et al. 2008), via le recrutement d’autres facteurs de transcription. Ce qui confirme là encore que la liaison elle-même, de p53 à un promoteur, n’est pas suffisante pour l’expression du gène associé. Aussi, d’autres mécanismes de régulation entrent en compte in vivo. En effet, en absence de stress, p53 est régulée négativement via son interaction avec MDM2, une ubiquitine ligase, et va être dégradée par le protéasome. Pour être activée, p53 subit de nombreuses modifications post- traductionnelles. Sans cette régulation allostérique, p53 ne se lie pas à ses gènes cibles alors que, in vitro, la liaison semble avoir lieu quand même (Meek 1999). Cependant, le but de nos expériences est d’observer la régulation de l’expression de P2RY6 par p53 dans le cancer colorectal. Or, la transformation oncogénique représente un stress pour la cellule. Nous considérons que p53 est activée dans les deux cas, in vivo et in vitro et donc que notre modèle cellulaire est adapté.
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La régulation transcriptionnelle de l'expression génique dans le fruit de tomate : caractérisation fonctionnelle de promoteurs fruit-spécifiques et d'un co-facteur de la transcription de type MBF1

La régulation transcriptionnelle de l'expression génique dans le fruit de tomate : caractérisation fonctionnelle de promoteurs fruit-spécifiques et d'un co-facteur de la transcription de type MBF1

Chapitre I Revue Bibliographique 14 régulation de la maturation des fruits climactériques. Initialement, les travaux visant à modifier le déroulement de ce processus ont portés sur des gènes régulés par l’éthylène et plus particulièrement ceux codant les deux enzymes de sa voie de biosynthèse. Il en est ainsi de tomates dans lesquelles l’expression des gènes de biosynthèse de l’éthylène a été inhibée (ACO : Hamilton et al., 1990 ; ACS : Oeller et al., 1991) ou dans lesquelles des gènes capables de métaboliser l’ACC ou la SAM ont été surexprimés (Klee et al. 1991, Good et al., 1994). Des travaux similaires ont été menés sur des fruits d’autres espèces : l’ACO chez le melon (Ayub et al., 1996); l’ACO et l’ACS chez la pomme (Castiglione et al., 1998). L’ensemble de ces travaux montre qu’une diminution de la concentration ou un retard de production d’éthylène dans le fruit est une stratégie efficace pour altérer la mise en place et le déroulement de la phase de maturation permettant ainsi une meilleure conservation du fruit après récolte. Ces lignées transgéniques altérées dans leur synthèse d’éthylène, ont également permis de distinguer des phénomènes de mûrissement dépendants et indépendants de l’éthylène. En effet, l’accumulation des sucres n’est pas affectée par l’absence ou la diminution de l’éthylène. De même la régulation de l’expression des protéines pariétales impliquées dans le ramollissement du fruit n’est que partiellement contrôlé par l’éthylène. Par exemple, dans la famille des gènes codant une ACO chez le melon, certains membres sont régulés par l’éthylène et d’autres non (Guis et al. 1997). D’autres approches visant à étudier les implications de l’éthylène dans la régulation de la maturation du fruit, ont consisté à utiliser des mutants de perception ou de réponse à cette hormone. Ces mutants sont incapables de répondre à une augmentation de la production d’éthylène lors de la maturation. On peut citer par exemple, les mutants rin (ripening inhibitor) et nor (non-ripening). Le clonage positionnel du locus rin a révélé qu’il s’agissait d’une fusion de deux gènes de types MADS box, gènes homéotiques contrôlant le développement des carpelles, mais que seul l’un d’entre eux est nécessaire pour la maturation (Vrebalov et al., 2002). Nor code un facteur de transcription (Giovanonni et al., 2001) mais les mécanismes d’action de cette protéine ne sont pas encore bien identifiés. Parmi les mutants de la maturation du fruit identifiés sur la base de leur insensibilité à l’éthylène on peut également citer, Never-ripe (Nr) (Lanahan et al., 1994),
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Multiples mécanismes de régulation post-transcriptionnelle chez les bactéries : des structures d’ARN messager aux ARN régulateurs

Multiples mécanismes de régulation post-transcriptionnelle chez les bactéries : des structures d’ARN messager aux ARN régulateurs

Chez les entérobactéries, on compte parmi les OMP majeures les porines OmpC, OmpF et OmpA, qui font certainement partie des protéines les plus abondantes de la cellule. Si les porines OmpC et OmpF ont des spécificités relativement larges – c’est-à-dire qu’elles laissent transiter un nombre important de solutés différents – on note cependant que leur spécificité se dirige plus vers les cations que vers les anions (Nikaido, 2003). De plus, OmpF peut laisser transiter des solutés d’une taille plus importante qu’OmpC, ce qui pourrait expliquer les régulations de ces deux protéines dans diverses conditions par le système EnvZ-OmpR (Hall and Silhavy, 1981; Nikaido, 2003) (voir Introduction III.B.1). En effet, en condition de forte pression osmotique, une trop grande perméabilité risque d’aboutir à la mort de la cellule qui requiert des concentrations en ions bien précises. Si le rôle d’OmpA en tant que porine est plus discuté, il s’agit d’une protéine exprimée constitutivement chez les entérobactéries (Nikaido, 2003). Cette protéine pourrait toutefois être impliquée dans le processus de formation de biofilms, lors duquel elle est particulièrement abondante (Orme et al., 2006). Ces porines sont par ailleurs suffisamment importantes dans la physiologie des bactéries pour que la délétion de leur gène cause une réduction significative de la virulence, notamment chez des souches pathogènes d’E. coli (Hejair et al., 2017).
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Étude de la régulation transcriptionnelle au locus ENPP2

Étude de la régulation transcriptionnelle au locus ENPP2

2.2. La répression transcriptionnelle et les R-loops Nos travaux apportent de nouveaux éléments en lien avec le rôle fonctionnel des R- loops dans le contrôle de l’expression des gènes. Bien souvent, les R-loops sont associées positivement à la transcription. Les mécanismes moléculaires sous-jacents sont divers et semblent dépendre du contexte génomique. Dans certains cas, les R-loops favorisent l’accessibilité de la chromatine aux facteurs de transcription [210], alors que dans d’autres elles préviennent la méthylation de l’ADN dans les régions promotrices [203, 204]. Toutefois, au locus ENPP2, nos résultats corroborent plusieurs études précédentes selon lesquelles les R-loops constituent un obstacle au processus de transcription [419–421]. Récemment, un phénomène de répression transcriptionnelle par les R-loops est décrit pour un sous-groupe de gènes, maintenus dans un état réprimé par le complexe PRC2 et caractérisé par un enrichissement en R-loops au niveau de leurs promoteurs [420]. Le départ du complexe PRC2 et la levée de la répression transcriptionnelle de ces gènes nécessitent la perte des R-loops. En accord avec ces travaux, nous proposons qu’ENPP2 est un gène cible du complexe PRC2, puisque son expression est dépendante de l’histone méthyltransférase EZH2. Enfin, l’induction d’ENPP2 en réponse au LPS implique une réduction de la marque H3K27me3 et la résolution des R-loops par DDX21 [422]. Mécanistiquement, DDX21 est recrutée au niveau du promoteur d’ENPP2, progresse le long du corps du gène et résout la formation des R-loops, nécessaire à la synthèse de transcrits naissants [422].
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Élucidation de la voie de biosynthèse d’une mycotoxine, la patuline : caractérisation du cluster de gène et étude de la régulation

Élucidation de la voie de biosynthèse d’une mycotoxine, la patuline : caractérisation du cluster de gène et étude de la régulation

La discussion s'articulera essentiellement autour d'hypothèses qui peuvent être formulées suite au travail présenté dans ce manuscrit. Le séquençage complet et l'analyse du cluster de gènes impliqué dans la voie de biosynthèse de la patuline sont des outils indispensables dans la compréhension des mécanismes mis en jeu lors de la production de cette mycotoxine. Cette analyse ainsi que les données bibliographiques présentées dans la suite nous permettent de proposer une organisation de la voie de biosynthèse de la patuline au sein de la cellule fongique et un mécanisme induit par Penicillium expansum lors de l'infection des pommes. Au cours de ces travaux nous nous sommes aperçu que les voies de biosynthèse de la patuline et de la citrinine pouvez être interconnectées, des exemples étayant cette hypothèse seront présentés. Dans une dernière partie, une attention particulière sera tout d'abord portée sur les stratégies de lutte actuellement développées contre Penicillium expansum. Quelques méthodes issues du bio-contrôle appliquées sur Penicillium expansum seront présentés, puis l'utilisation de la lumière comme réponse à la diminution de l'utilisation de produits chimique sera introduite. Les résultats obtenus dans le contrôle par la lumière de l'infection des pommes par Penicillium expansum seront comparés à d'autres études réalisées sur d'autres espèces fongiques infectant d'autres denrées.
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Mécanismes de régulation de la voie NOTCH1

Mécanismes de régulation de la voie NOTCH1

Il est à noter que nous avons également analysé la transcription NIC1-dépendante en utilisant le gène rapporteur CSL-luciférase. Nous avons observé dans les cellules U2OS et MIA PaCa-2 que GFP-NIC1 est beaucoup plus compétent à promouvoir l’activité sur le gène rapporteur CSL-luciférase que GFP-NIC1dC. Ces résultats sont quelque peu différents des observations de Weng et al. qui ont utilisé un NOTCH1 muté dans son domaine hétérodimérisation (nommé N1LP) et/ou tronqué de 85 acides aminées en C-terminal (N1LPdeltaP) (Weng et al., 2004). Cette mutation dans le domaine d’hétérodimérisation permet d’activer NOTCH1 voire entraîne son clivage de façon constitutive libérant ainsi un NIC1 (suite au clivage de N1LP) et un NIC1deltaP (suite au clivage de N1LPdeltaP) terminant au résidu 2471. Les auteurs ont démontré que l’expression de N1LPdeltaP augmentait l’activité CSL-luciférase de 20 à 40 fois comparativement à N1LP qui l’augmente de 3 à 10 fois. Malgré que l’expression et/ou la stabilité du NIC1deltaP vs. NIC1 libéré ne soient pas montrées dans ce papier, les résultats de Weng et al. suggèrent qu’une délétion en C-terminal de NIC1 favorise son activité transcriptionnelle. Il faut cependant noter que notre mutant NIC1dC a une délétion plus grande de sa partie C- terminale que le mutant N1LPdeltaP dans le but de correspondre au Nic1 exprimé dans les souris ROSA Nic1 suivant recombinaison et initialement générées pour étudier l'impact de l'activation de la voie Notch1 dans l'homéostasie tissulaire (Murtaugh et al., 2003). En effet, notre NIC1dC correspond aux acides aminés 1754-2301 vs. le NIC1deltaP obtenu suivant le clivage du mutant N1LPdeltaP correspond aux acides aminés 1754-2471. Ainsi, nous ne pouvons exclure que la région 2301-2471 de NIC1 contienne des sites de régulation pouvant expliquer l’apparente différence entre l’activité transcriptionnelle d’un NIC1 tronqué de ces 85 vs. 255 acides aminés en C-terminal.
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Étude de la régulation transcriptionnelle du gène Indian Hedgehog et de son rôle dans l'ostéoarthrose

Étude de la régulation transcriptionnelle du gène Indian Hedgehog et de son rôle dans l'ostéoarthrose

Ce résultat pourrait être la conséquence de mécanismes de compensations intervenant à ce moment là comme une dernière tentative de réparation de l’articulation lésée. L’utilisation du score radiologique K/L reste encore un sujet de polémique tant au niveau clinique que de sa pertinence dans la compréhension de l’étiopathogenèse de l’OA. En effet, seulement 30% des patients OA et ce même à des stades très avancés de la maladie montrent des signes radiologiques de la maladie ce qui a conduit certains chercheurs à parler d’arthrose radiologique comme un phénotype versus les formes d’arthrose non-radiologiques. De plus, l’arthrose n’est pas une maladie linéaire mais plutôt une maladie phasique avec des périodes de progression et d’accalmie ce qui rend donc difficile l’établissement de corrélations entre les changements cellulaires et/ou moléculaires avec la progression de la maladie. 61 Qui plus est, ce problème est possiblement accentué lorsqu’on tente de corréler l’état clinique des sujets à tester avec les niveaux d’expression de certains gènes après avoir mis en culture les chondrocytes. Pour palier à cette limitation et réduire l’introduction de biais expérimentaux, il serait souhaitable d’extraire l’ARN directement du cartilage mais même cette approche représente un challenge technique à cause de la matrice extracellulaire.
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Les histones déméthylases JMJD2A et JARID1A/B dans la régulation transcriptionnelle de la prolifération cellulaire

Les histones déméthylases JMJD2A et JARID1A/B dans la régulation transcriptionnelle de la prolifération cellulaire

46 ii. Les Marques associées aux gènes réprimés : a-Méthylation sur H3K9 On retrouve la tri- et la di-méthylation de H3K9 au promoteur des gènes réprimés et dans les régions de l’hétérochromatine constitutive comme facultative(Black et al, 2012). Ces marques sont reconnues par les protéines HP1 (hétérochromatin protein 1) via leur chromodomaine. Les protéines HP1 sont capables de dimériser via leur domaine CSD (Chromo Shadow Domain). Elles vont ainsi réprimer le gène en y établissant l’hétérochromatine, structure compacte et réfractaire à la transcription (Kouzarides, 2007). De nombreuses études ont établi le rôle de H3K9me3 et H3K9me2 dans la répression transcriptionnelle (Bannister & Kouzarides, 2011; Black et al, 2012). Par exemple la tri- méthylation de H3K9 par l’histone méthyltransférase Suv39H a été impliquée dans la répression transcriptionnelles des gènes cibles de E2F lors de la différenciation musculaire (Ait-Si-Ali et al, 2004). SUV39H a également été impliquée dans la répression des gènes ribosomiques (Murayama et al, 2008). Ainsi il est largement admis que H3K9me3 et H3K9me2 sont des marques de la répression transcriptionnelle. Cependant, des études suggèrent un rôle de ces marques dans l’activation de la transcription. En effet on retrouve H3K9me2 et H3K9me3 dans la région codante de gènes actifs (Vakoc et al, 2005; Yuan et al, 2007; Zentner et al, 2011). Cette présence corrèle avec le recrutement du variant HP1γ et est dépendante de l’activité transcriptionnelle. Toutefois les mécanismes par lesquels H3K9me2/3 et HP1γ participent à l’activation transcriptionnelle restent à élucider. Kwon et collaborateurs montrent que le recrutement par HP1γ de l’histone chaperonne FACT, impliquée dans la mise en place et l’enlèvement des nucléosomes est requis pour l’activation transcriptionnelle de gènes impliqués dans la réponse au choc thermique (Kwon et al, 2010b). b- La méthylation sur H3K27
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Régulation protéasome-dépendante de l'activité transcriptionnelle des récepteurs des estrogènes

Régulation protéasome-dépendante de l'activité transcriptionnelle des récepteurs des estrogènes

Ceci suggère que l’action de la MAPK p38 sur la modulation protéasome-dépendante de l’activité transcriptionnelle de ERf3 en est une de régulation étroite du récepteur aux divers stimuli[r]

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La régulation transcriptionnelle de Neuroligine-1 par les facteurs de transcription de l’horloge

La régulation transcriptionnelle de Neuroligine-1 par les facteurs de transcription de l’horloge

1.1.2 Les différents variants de Neuroligine-1 et leurs rôles Suite à la transcription de son gène, Nlgn1 subit un épissage alternatif qui génère plusieurs transcrits différents. Ces transcrits sont caractérisés par la présence ou l’absence de deux inserts, soit l’insert A et l’insert B (Ichtchenko et al., 1995; Chih et al., 2006). Nous retrouvons donc dans le système nerveux central quatre isoformes de la protéine NLGN1 contenant 1) les deux inserts A et B (NLGN1AB), 2) aucun des deux inserts, 3) uniquement l’insert A (NLGN1A), et 4) uniquement l’insert B (NLGN1B) (Chih et al., 2006). La différence connue dans le rôle de ces deux inserts semble être la localisation synaptique de NLGN1 : l’insert A serait responsable d’une localisation aux synapses inhibitrices GABAergiques (en l’absence d’insert B), alors que l’insert B mènerait plutôt à une localisation aux synapses excitatrices glutamatergiques (Chih et al., 2006). Cette spécialisation pourrait être due à la structure carbohydrate de l’insert B qui empêcherait NLGN1 d’induire la formation de synapses inhibitrices GABAergiques (Chih et al., 2006). Aussi, par rapport aux autres isoformes, l’absence de l’insert B mènerait à plus d’interaction avec les protéines NRXN-α (Boucard et al., 2005). En somme, la localisation et les fonctions synaptiques de NLGN1 dépendent de son type d’isoforme.
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Rôle de l'histone déméthylase JMJD2A dans la régulation transcriptionnelle au cours de la différentiation musculaire

Rôle de l'histone déméthylase JMJD2A dans la régulation transcriptionnelle au cours de la différentiation musculaire

La
 méthylation
 des
 histones
 a
 longtemps
 été
 considérée
 comme
 une
 marque
 épigénétique
irréversible,
en
raison
de
son
statut
de
modification
stable
et
de
l’absence
 d’enzymes
à
activité
de
déméthylation
connue.
En
effet,
le
taux
de
renouvellement
global
 de
 la
 méthylation
 des
 histones
 est
 très
 faible
 comparé
 à
 celui
 des
 autres
 marques
 (l’acétylation,
notamment,
est
une
marque
très
labile).
De
plus,
les
premières
études
se
 penchant
 sur
 la
 question
 montrent
 que
 la
 demi‐vie
 des
 résidus
 lysines
 méthylés
 est
 identique
 à
 celle
 des
 histones
 elles‐mêmes,
 concluant
 que
 la
 méthylation
 des
 histones
 n’est
 pas
 réversible
 (Byvoet
 et
 al.
 1972)
 (Duerre
 and
 Lee
 1974).
 A
 l’inverse,
 certains
 groupes
ont
pu
détecter
un
renouvellement
des
groupements
méthyls
sur
les
histones,
à
 un
 faible
 taux
 (Borun
 et
 al.
 1972).
 De
 ce
 fait,
 la
 communauté
 scientifique
 a
 longtemps
 considéré
 que
 le
 seul
 mécanisme
 permettant
 d’enlever
 les
 lysines
 méthylées
 dans
 la
 chromatine
 était
 l’incorporation
 de
 nouvelles
 histones
 non
 méthylées
 au
 cours
 de
 la
 réplication.
 Une
 activité
 déméthylase
 fut
 pourtant
 détectée
 dans
 des
 cellules
 mammifères,
 mais
 sans
 que
 la
 protéine
 portant
 l’activité
 enzymatique
 ne
 puisse
 être
 identifiée.
 Depuis,
 différents
 groupes
 se
 sont
 attachés
 à
 identifier
 des
 protéines
 qui
 seraient
 capable
 de
 déméthyler
 les
 histones,
 en
 déterminant
 quel
 type
 de
 réaction
 chimique
 serait
 nécessaire
 à
 ce
 processus.
 Plusieurs
 hypothèses
 ont
 été
 avancées,
 et
 dans
tous
les
cas,
les
mécanismes
potentiels
aboutissent
à
la
formation
de
formaldéhyde,
 suggérant
 l’intervention
 d’une
 réaction
 d’oxidation
 (Bannister
 et
 al.
 2002).
 Les
 recherches
 d’une
 activité
 de
 déméthylase
 d’histones
 se
 sont
 donc
 basées
 sur
 ce
 raisonnement

et
se
sont
révélées
productives.

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Études sur la régulation transcriptionnelle de gènes de chitosanases chez les actinomycètes

Études sur la régulation transcriptionnelle de gènes de chitosanases chez les actinomycètes

Mis à part la présence de cette boîte palindromique en amont d'autres gènes codant pour des chitosanases, cette séquence a été retrouvée en amont d'un gène codant pour un régulateur de[r]

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Régulation de la quiescence et de la migration des lymphocytes T par Fam65b, une nouvelle cible transcriptionnelle de FOX01

Régulation de la quiescence et de la migration des lymphocytes T par Fam65b, une nouvelle cible transcriptionnelle de FOX01

L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est destinée au dépôt et à la diffusion de documents scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, émanant des établissements d’enseignemen[r]

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Étude des interactions hôte-parasite et de leur régulation : caractérisation des mécanismes moléculaires sous-jacents

Étude des interactions hôte-parasite et de leur régulation : caractérisation des mécanismes moléculaires sous-jacents

VI.4 Mot de la fin et considérations épistémologiques En conclusion, les travaux présentés à travers cette thèse ont permis de répondre aux objectifs formulés au départ, soit d’exploiter une méthode de recherche qui tient compte des principes de l’écologie génomique pour mieux comprendre comment l’activité biologique des parasites peut donner naissance aux interactions étroites qui s’exercent avec l’hôte. Une ressource moléculaire fonctionnelle a pu être créée grâce au séquençage et à l’assemblage d’un transcriptome de référence. Cette ressource, désormais disponible à toute la communauté scientifique, fournit des renseignements cruciaux sur la nature des outils moléculaires disponibles dans le génome d’un parasite afin de lui permettre d’infecter avec succès ses différents hôtes. Nos travaux, basés sur cette ressource, soutiennent le postulat de départ qui propose que l’exécution et le succès du programme parasitique repose sur la production d’un assemblage complexe de molécules qui possèdent le potentiel d’interagir avec certaines voies physiologiques hôtes, ou du moins de les perturber, à l’avantage du parasite. Nos travaux démontrent que les bases moléculaires de l’interaction entre un parasite et ses hôtes reposent sur la régulation dynamique et concertée de programmes fonctionnels précis qui sont orchestrés par un assemblage optimisé de gènes à la fois spécifiques et ubiquitaires. Les gènes de première importance dans la communication avec l’hôte et dans la complétion du cycle de vie semblent correspondre à des innovations moléculaires spécifiques à l’espèce qui exploitent notamment les réseaux de communication neurale pour percevoir et répondre aux signaux environnementaux générés par l’hôte.
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178 En savoir plus

Impact de la phosphorylation de FXR par la PKA sur son activité transcriptionnelle et sur la régulation de la néoglucogenèse hépatique

Impact de la phosphorylation de FXR par la PKA sur son activité transcriptionnelle et sur la régulation de la néoglucogenèse hépatique

L’action de FXR peut donc être modulée par différentes MPTs. De manière intéressante, les enzymes catalysant certaines d’entre elles, sont associées à des voies métaboliques régulées par le contexte énergétique dans lequel se trouve l’organisme. Ces MPTs sont donc impliquées dans la mise en place d’une réponse adaptée aux évolutions du statut nutritionnel. Ainsi, plusieurs études ont montré, au niveau hépatique, une régulation globale des niveaux de ces différentes MPTs associée aux évolutions des disponibilités en nutriments, au statut nutritionnel ou au cycle jour/nuit. C’est le cas notamment du processus d’O-GlcNAcylation, dont le niveau global fluctue en réponse aux disponibilités en glucose, en acide gras et en glutamine (Ruan et al., 2013). De même, le processus d’acétylation est réprimé lorsque l’organisme est en situation de déficit d’énergie (jeûne long, restriction calorique ou exercice) (Menzies et al., 2016). De plus, le niveau global d’acétylation des protéines hépatiques est régulé au cours du rythme circadien en corrélation avec le statut nutritionnel, celui-ci augmentant lors de la progression du jeûne court (ou phase inter- prandiale) (Mauvoisin et al., 2017). Le niveau de phosphorylation global pour 41% des phosphoprotéines hépatiques présentent également une oscillation circadienne (Robles et al., 2017). Ce qui a été confirmé aux niveaux des facteurs de transcription et des corégulateurs hépatiques (Wang et al., 2017). La kinase AMPK (AMP-activated Protein Kinase) est activée en conditions où l’énergie vient à manquer à la cellule, lors d’un jeûne long par exemple. Elle agit sur un grand nombre de processus métaboliques afin de diminuer la consommation d’énergie et augmenter sa production (Herzig & Shaw, 2018). Enfin, les niveaux hépatiques de ces différentes MPTs peuvent être dérégulés dans des conditions pathologiques. Par exemple, un niveau global d’O-Glc-NAcylation élevé est observé dans des conditions diabétiques (Banerjee et al., 2016). De même, l’activité de la déacétylase SIRT1 (Sirtuin 1) est réduite dans cette même pathologie entrainant une augmentation du niveau d’acétylation
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Rôle du Liver X Receptor dans la régulation transcriptionnelle de la lipogenèse

Rôle du Liver X Receptor dans la régulation transcriptionnelle de la lipogenèse

II.2. L’élongation et la désaturation des acides gras Comme précédemment énoncé, le produit de synthèse principal de FAS est l’acide palmitique (C16:0). Celui-ci peut soit être allongé ou desaturé. L’allongement des acides gras consiste en l’ajout de deux carbones sur un acyl-CoA du côté de la fonction acide carboxylique (Figures 6 et 7). Cet allongement nécessite un donneur de carbone, le malonyl- CoA ainsi qu’un agent réducteur, le NADPH. Les enzymes catalysant l’allongement des acides gras sont les élongases ou « elongation of very long chain proteins » (ELOVL). Elles sont enchâssées dans la membrane du réticulum endoplasmique. Jusqu'à présent, il a été identifié sept ELOVL(1-7) chez les mammifères. ELOVL6, aussi connue sous les noms de « long chain fatty acyl elongase » (LCE) et « fatty acyl-CoA elongase » (FACE), catalyse l’allongement de l’acide palmitique (C16:0) pour former de l’acide stéarique (C18:0). Le gène codant pour cette protéine a été découvert pour la première fois comme étant surexprimé chez des souris transgéniques surexprimant les « sterol responsive element binding protein » (SREBP)-1c et SREBP-2 (Moon, Shah et al. 2001). Cette découverte a été confirmée par une autre étude qui identifie le gène codant pour ELOVL6 comme étant sous la régulation transcriptionnelle des SREBPs (Matsuzaka, Shimano et al. 2002). ELOVL6 est exprimée dans le foie et catalyse l’allongement de l’acide palmitique (C16:0) et l’acide palmitoléique (C16:1 n-7) pour former respectivement de l’acide stéarique (C18:0) et de l’acide cis-vaccénique (C18:1 n-7) (Moon, Shah et al. 2001; Matsuzaka, Shimano et al. 2002). Il a également été montré que ELOVL6 peut allonger les acides gras composés de douze et quatorze carbones (Moon, Shah et al. 2001; Matsuzaka, Shimano et al. 2002). Les souris transgéniques invalidées pour Elovl6 ont été générées par l’équipe de Yamada (Matsuzaka, Shimano et al. 2007). Ces souris présentent une réduction de la quantité d’acide stéarique (C18:0) ainsi que d’acide oléique (C18:1 n-9) et sont protégées du développement d’une résistance à l’insuline induite par un régime riche en graisses. Cependant, elles ne présentent pas d’amélioration de l’obésité ou de la stéatose hépatique. Ces souris ont été également croisées avec des souris mutées pour le récepteur à la leptine (ob/ob), les nouveaux nés présentent une amélioration de la résistance à l’insuline ainsi qu’une triglycéridémie plus basse que les nouveaux nés ob/ob.
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Rôles des gènes Pitx dans le développement des membres postérieurs : régulation transcriptionnelle de Tbx4

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Figure 8. Rote of Piix genes in Iimb bud development. A) Model for roTe Fitxl and Piix2 genes in hindlimb bud formation. The early co-expression of FIIx genes.. in the mesoderm of the ii[r]

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