Haut PDF Etude des interactions entre le Médiateur et les facteurs généraux de la transcription par l'ARN polymérase II.

Etude des interactions entre le Médiateur et les facteurs généraux de la transcription par l'ARN polymérase II.

Etude des interactions entre le Médiateur et les facteurs généraux de la transcription par l'ARN polymérase II.

L’analyse par ChIP de l’effet de ces trois mutations sur la mise en place du PIC, a révélé de nouveaux rôles pour le Médiateur. Le mutant Med11-G108S dont l’interaction avec Med17 est altérée, est spécifiquement affecté dans l’occupation de Pol II. Ceci suggère un rôle direct du Médiateur, via Med11 ou son interaction avec Med17, sur le recrutement de l’ARN polymérase II. De plus, malgré la diminution de la quantité de Pol II sur le promoteur, les occupations de TFIIE et TFIIH restent inchangées dans ce mutant. Ceci est contraire aux résultats obtenus à partir de travaux de biochimie qui ont permis de définir in vitro, une séquence d’arrivée des facteurs généraux. Ces expériences définissaient TFIIE et TFIIH comme les derniers intervenants du PIC (Ranish and Hahn, 1996). Cependant, ces analyses étaient réalisées en absence de coactivateurs sur des matrices d'ADN nues. In vivo, nos résultats indiquent que TFIIE et TFIIH peuvent être recrutés ou stabilisés indépendamment de Pol II par le Médiateur. De plus, le mutant Med11-T47A dont l’interaction avec la sous-unité Rad3 de TFIIH est affectée, réduit spécifiquement l’occupation du module TFIIK et le mutant Med11-L82P dont toutes les interactions connues de Med11 sont affectées, réduit à la fois les occupations de TFIIE, TFIIH et de Pol II. L’ensemble de ces données démontre in vivo, le rôle du Médiateur dans les recrutements indépendants de TFIIE, TFIIH et Pol II au promoteur.
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Étude des interactions entre le Médiateur et les facteurs généraux de la transcription par l'ARN polymérase II.

Étude des interactions entre le Médiateur et les facteurs généraux de la transcription par l'ARN polymérase II.

L’analyse par ChIP de l’effet de ces trois mutations sur la mise en place du PIC, a révélé de nouveaux rôles pour le Médiateur. Le mutant Med11-G108S dont l’interaction avec Med17 est altérée, est spécifiquement affecté dans l’occupation de Pol II. Ceci suggère un rôle direct du Médiateur, via Med11 ou son interaction avec Med17, sur le recrutement de l’ARN polymérase II. De plus, malgré la diminution de la quantité de Pol II sur le promoteur, les occupations de TFIIE et TFIIH restent inchangées dans ce mutant. Ceci est contraire aux résultats obtenus à partir de travaux de biochimie qui ont permis de définir in vitro, une séquence d’arrivée des facteurs généraux. Ces expériences définissaient TFIIE et TFIIH comme les derniers intervenants du PIC (Ranish and Hahn, 1996). Cependant, ces analyses étaient réalisées en absence de coactivateurs sur des matrices d'ADN nues. In vivo, nos résultats indiquent que TFIIE et TFIIH peuvent être recrutés ou stabilisés indépendamment de Pol II par le Médiateur. De plus, le mutant Med11-T47A dont l’interaction avec la sous-unité Rad3 de TFIIH est affectée, réduit spécifiquement l’occupation du module TFIIK et le mutant Med11-L82P dont toutes les interactions connues de Med11 sont affectées, réduit à la fois les occupations de TFIIE, TFIIH et de Pol II. L’ensemble de ces données démontre in vivo, le rôle du Médiateur dans les recrutements indépendants de TFIIE, TFIIH et Pol II au promoteur.
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Gros plan sur l’ARN polymérase II

Gros plan sur l’ARN polymérase II

[15, 16] . Ceci laisse croire que ces enzymes se retrou- vent à proximité de l’ARNm à sa sortie du canal. Conclusions La cristallographie de l’ARN pol II libre à 2,8 Å et en élongation à 3,3 Å représente une grande avancée dans la compréhension du mécanisme de transcription. Plusieurs domaines de l’enzyme sont maintenant iden- tifiés comme interagissant avec la bulle de transcrip- tion, l’hybride ADN-ARN, l’ARNm en formation, ce qui permet d’entrevoir leur rôle dans les différentes étapes du processus transcriptionnel. Sur le plan technique, la cristallographie d’une enzyme de 500 kDa avec un frag- ment d’ADN et d’ARN marque un pas très important. Dans cette lancée, les prochaines étapes seront sûre- ment la cristallographie de l’ARN pol II en complexe avec les facteurs généraux de transcription et/ou l’ADN du promoteur. De plus, la connaissance détaillée de la structure de l’enzyme facilitera l’interprétation des études biochimiques et génétiques. Finalement, il y a fort à parier que des retombées significatives pour la médecine verront le jour grâce à la modélisation, par homologie structurale, de petites molécules capables soit d’inhiber spécifiquement l’ARN pol II de certains micro-organismes nuisibles, soit de contrôler certains dérèglements transcriptionnels responsables de pathologies, comme certains cancers et certains dys- fonctionnements génétiques. ◊
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Etude du contrôle de la transcription envahissante par la terminaison de la transcription

Etude du contrôle de la transcription envahissante par la terminaison de la transcription

and Pugh, 2011). Un certain nombre d’études ont montré que le recrutement de Reb1, comme c’est le cas pour d’autres membres de la famille des facteurs généraux de régulation Rap1, Abf1 et Tbf1, est capable de limiter la propagation de la chromatine et agit comme un « insulateur » délimitant les régions génomiques (Fourel et al., 2002; Yu et al., 2003). Reb1 est un facteur impliqué dans la régulation de la transcription par les ARN polymérases I et II en favorisant la formation de NDR au niveau des promoteurs (Hartley and Madhani, 2009; Raisner et al., 2005). Au moins deux mécanismes de formation de NDR par l’intermédiaire de Reb1 ont été proposés. D’une part Reb1 pourrait favoriser la déplétion des nucléosomes via le recrutement du complexe de remodelage de la chromatine RSC, en interagissant physiquement avec Rsc2, Rsc3 et Npl6 (Gavin et al., 2002; Hartley and Madhani, 2009), des sous-unités du complexe RSC (Cairns et al., 1996). D’autre part Reb1 pourrait favoriser la formation de NDR en formant une barrière bloquant l’expansion de la chromatine dans les NDR puisque les sites de liaison de Reb1 sont très fréquemment situés au niveau du nucléosome -1, tout juste en amont des NDR (Koerber et al., 2009).
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Analyse de la localisation génomique et identification de nouvelles fonctions des sous-unités Rpb4/Rpb7 de l’ARN polymérase II et des facteurs TFIIF, TFIIS et UBR5

Analyse de la localisation génomique et identification de nouvelles fonctions des sous-unités Rpb4/Rpb7 de l’ARN polymérase II et des facteurs TFIIF, TFIIS et UBR5

dans des cycles d’initiations avortés et elle ne peut dégager le promoteur pour entrer en élongation productive qu’après l’ajout de TFIIH et d’ATP (Dvir et al., 1997; Kumar et al., 1998). TFIIH possède une activité hélicase bidirectionnelle, 3’-5’ par la sous-unité XPB et 5’-3’ par XPD (Schaeffer et al., 1993; Schaeffer et al., 1994). Les deux activités nécessitent l’hydrolyse de l’ATP. Tandis que l’activité hélicase de XPB est requise autant pour la transcription que pour la réparation de l’ADN, celle de XPD est uniquement nécessaire pour la réparation de l’ADN (Zurita and Merino, 2003). Deux modèles ont été proposés afin d’expliquer l’implication des activités hélicase de TFIIH dans l’ouverture de la bulle transcriptionnelle. Le premier est basé sur des études de photo-pontage protéine-ADN qui ont révélé que XPB est localisé dans la région -9 et +2 par rapport au site d’initiation de la transcription (+1) (Douziech et al., 2000). Ce modèle propose que l’activité hélicase de TFIIH participe à l’ouverture de la bulle transcriptionnelle autant en amont qu’en aval du site +1. Le deuxième modèle est basé sur des analyses de photo-pontage couplées à des lavages au sarkosyl, qui ont mis en évidence que XPB n’est localisé qu’en aval du site +1 (Kim et al., 2000). Ce modèle propose que TFIIH n’agisse pas comme une hélicase conventionnelle, mais plutôt il induirait une rotation de l’ADN en aval par rapport à un site fixé par des interactions protéine-ADN situé en amont. Cette rotation induirait une torsion suffisante dans l’ADN pour ouvrir le promoteur. Des études par mutagenèse du XPB suggèrent aussi que l’activité hélicase de TFIIH est nécessaire pour l’ouverture du promoteur autant in vivo que in vitro (Guzman and Lis, 1999; Tirode et al., 1999). À l’opposé, une autre étude qui a utilisé des mutants de XPB qui inactivent sélectivement l’activité hélicase sans affecter son activité ATPase, suggère que l’activité hélicase n’est pas impliquée dans l’ouverture du promoteur, puisque ces mutants ne présentent que des défauts dans le dégagement du promoteur (Lin et al., 2005). Dans le même sens, une étude par photo-pontage a rapporté que XPB ne localise pas dans la région de la bulle transcriptionnelle (Holstege et al., 1997).
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Etude de l’interaction entre le récepteur nucléaire FXR et le facteur de transcription FOXA2 dans le foie

Etude de l’interaction entre le récepteur nucléaire FXR et le facteur de transcription FOXA2 dans le foie

L’activation de FXR par son ligand semble suivre le modèle général d’activation des RNs à travers des mécanismes génomiques et non génomiques (voir Partie I). Ainsi, au niveau génomique, la fixation des ligands de FXR va induire le relarguage du complexe corépresseur et le recrutement de coactivateurs qui vont modifier la structure de la chromatine, favorisant la fixation de facteurs de transcription et des composants de la machinerie transcriptionnelle comme l’ARN polymérase II sur le promoteur des gènes cibles de FXR permettant ainsi leur transcription. FXR peut se fixer sur son élément de réponse, appelé FXRE, sous forme de monomère ou d’hétérodimère avec RXR. Il existe différents types de FXRE. Le plus répandu, d’après des études à l’échelle du génome, est l’IR1 (Inverted repeat 1) constitué de deux répétitions inversées de la séquence AGGTCA séparées par un nucléotide (Berrabah et al.,2014; Chong et al.,2010; Thomas et al.,2010). Il a été démontré que FXR peut également fixer in vitro des séquences de type IR0 et IR2 mais aussi d’autres géométries comme les FXREs de type DR2, DR3, DR4 et DR5 constituées de deux répétitions directes de la séquence consensus séparée par deux, trois, quatre ou cinq nucléotides (Claudel et al.,2003; Kast et al.,2002; Laffitte et al.,2000; Song et al.,2001). Finalement, FXR peut fixer des FXREs de type ER8 correspondant en la répétition retournée de la séquence TGAACT séparée par huit nucléotides (Thomas et
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en fr The DNA repair factor XPC is a Pol II cofactor regulating the histone PTMs during transcription Le facteur de réparation XPC est un cofacteur de l'ARN polymérase II régulant les modifications post-traductionnelles des histones lors de la transcription

La transcription des gènes pour des protéines par l’ARN polymérase II est un processus hautement régulé́ qui nécessite le recrutement de nombreux complexes dont des facteurs de transcription spécifiques comme les récepteurs nucléaires (NRs), des co-activateurs et le Médiateur. Cette phase précède et permet la formation du complexe de pré- initiation (PIC), incluant les facteurs généraux de transcription, l’ARN polymérase II, combinée à un important remodelage de la chromatine permettant la synthèse de l’ARNm. Cependant, de nombreux agents génotoxiques tels que les irradiations UV sont responsables de modifications au niveau de la structure de l’ADN perturbant le bon fonctionnement des processus nucléaires dont la transcription. Pour maintenir l’intégrité́ du génome, les lésions engendrées sur l’ADN peuvent être éliminées via de nombreux mécanismes de réparation et notamment la réparation par excision de nucléotides (NER) divisée en 2 sous-voies (Lindahl and Wood, 1999): la réparation globale du génome (GG-NER) qui élimine les dommages sur l’ADN localisés sur l’ensemble du génome et la réparation couplée à la transcription (TC-NER) qui corrige les lésions situées sur le brin activement transcrit de l’ADN risquant de bloquer l’ARN pol II (Fousteri and Mullenders, 2008; Hanawalt and Spivak, 2008). Ces voies NER impliquent une cascade de complexes protéiques dont des senseurs des dommages sur l‘ADN (XPC/HR23B, CSB), TFIIH qui ouvre l’ADN via les hélicases XPB et XPD, des facteurs stabilisant XPA ou RPA. Finalement, les endonucléases XPG et XPF-ERCC1 sont recrutées et incisent un patch d’ADN contenant la lésion avant l’étape de resynthèse.
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en fr Mediator and NER factors in transcription initiation Médiateur et facteurs NER lors de l'initiation de la transcription

La synthèse d’ARN messagers résulte d’une cascade d’évènements temporellement et spatialement orchestrée. Au moment de l’initiation de la transcription, divers facteurs tels que les facteurs généraux de transcription, le complexe Médiateur, des co-activateurs, des facteurs de remodelage de la chromatine ainsi que l’ARN polymérase II sont recrutés au niveau de la région promotrice du gène. Certains facteurs de la voie NER de réparation de l’ADN sont également recrutés. En utilisant des cellules de patients porteurs de mutations dans les gènes MED12 (sous- unité du Médiateur) ou XPC (facteur initiant la voie NER), nous avons pu étudier le rôle de ces protéines dans la transcription. Les patients MED12 sont notamment caractérisés par une lourde déficience intellectuelle et des malformations congénitales. Nous avons montré que MED12 est impliqué dans le contrôle de certains gènes de réponse immédiate comme JUN, qui contribue notamment au développent et à la plasticité cérébrale. L’expression de ce dernier est affectée par les mutations de MED12, mais différemment en fonction de la position de la mutation, apportant une possible indication sur l’origine des variations phénotypiques observées chez les patients. En parallèle, les patients XPC se caractérisent par une forte photosensibilité. Nous avons montré que la protéine XPC, en collaboration avec le facteur E2F1, est impliquée dans le recrutement de l’histone acetyl-transférase GCN5 au niveau du promoteur d’un certain nombre de gènes. Cette dernière permet notamment l’a modification de l’environnement chromatinien, en coopération avec le facteur général de transcription TFIIH et participe ainsi à l’initiation de la transcription. En plus d’approfondir la compréhension des mécanismes régissant la transcription, ces résultats ont permis de mieux comprendre l’étiologie des maladies associées aux mutations.
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Mécanismes de transcription par l'ARN polymérase II : étude structure-fonction du site catalytique et rôles des facteurs de transcription TFIIA, TFIIE et TFIIF

Mécanismes de transcription par l'ARN polymérase II : étude structure-fonction du site catalytique et rôles des facteurs de transcription TFIIA, TFIIE et TFIIF

Les facteurs généraux de transcription (FGT) TFIID, TFIIB, TFIIA, TFIIF, TFIIE et TFIIH permettent le recrutement de l’ARN pol II au promoteur d’un gène et l’initiation de la synthèse de[r]

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Etude de la relation entre certains facteurs alimentaires et le risque de tumeurs colorectales

Etude de la relation entre certains facteurs alimentaires et le risque de tumeurs colorectales

Calcium, vitamine D et produits laitiers : La plupart des études épidémiologiques qui ont étudié l’effet du calcium ont considéré l’étape ultime de la cancérogenèse colorectale, peu d’études ont porté sur les adénomes colorectaux. Une méta-analyse récente (Bergsma-Kadijk, 1996) a porté sur 43 mesures de l’association entre l’apport en calcium et la survenue de cancer ou d’adénomes colorectaux (18 études cas-témoins et 10 études prospectives). Parmi les études incluses, une étude de cohorte sur le cancer colorectal (Garland, 1985) et 5 études cas-témoins (Kune, 1987 ; Slattery, 1988 ; Whittemore, 1990 ; Arbam, 1992 ; Peters, 1992) avaient rapporté une diminution du risque de cancer colorectal lorsque l’apport en calcium augmentait. Aucune étude menée sur les adénomes colorectaux n’avait retrouvé cette relation. Le risque de cancer colorectal estimé dans cette méta-analyse (en comparant les catégories extrêmes d’apport en calcium) était de 0,86 (IC 95% = 0,74-0,98) et celui d’adénomes colorectaux était de 1,13 (IC 95% = 0,91-1,39). Cette méta-analyse avait conclu à l’absence de rôle protecteur du calcium et avait noté une grande hétérogénéité entre les études. Les études plus récentes demeurent inconsistantes. Une étude cas-témoins française comparant 154 cas de petits adénomes, 208 cas de gros adénomes à 426 sujets sans polype d’une part, et 171 cas de cancers colorectaux à 309 témoins d’autre part (Boutron, 1996) n’a montré aucun effet protecteur du calcium que ce soit sur la survenue d’adénome ou sur celle de cancer. Aucune diminution du risque associé à l’apport en calcium n’a été mise en évidence dans une étude cas-témoins (Lévi, 2000) comparant 223 cas de cancers colorectaux à 491 témoins. Une étude de cohorte américaine (Martinez, 1996) portant sur près de 90000 femmes et incluant 396 cancers du côlon et 105 du rectum n’a trouvé aucun effet de l’apport en calcium. Une l’étude prospective finlandaise (Järvinen, 2001) réalisée sur 9959 sujets dont 72 sujets avaient développé un cancer colorectal n’a pas non plus mis en évidence de diminution du risque de cancer colorectal avec l’apport en calcium. A l’opposé, l’étude cas-témoins réalisée sur une communauté francophone de Montréal (Ghadirian, 1997) a estimé la diminution du risque de cancer colorectal à 30% chez les sujets consommant le plus de calcium (OR du 4 e quartile comparé au 1 er = 0,69, IC 95% = 0,48-1,00, p tendance linéaire=0,04). De même, l’essai d’intervention « Alpha-Tocopherol, Beta-Carotene Cancer Prevention Study » portant sur 27111 fumeurs finlandais a mis en évidence une diminution du risque de cancer colorectal avec une augmentation de l’apport en calcium (Pietinen, 1999). Le risque du 4 e quartile comparé au 1 er était de 0,6 (IC 95% = 0,4-0,9, p de tendance linéaire=0,04).
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Etude des cellules souches et progénitrices mammaires et de leur contribution à la tumorigenèse : rôle des facteurs de transcription Myc et p53

Etude des cellules souches et progénitrices mammaires et de leur contribution à la tumorigenèse : rôle des facteurs de transcription Myc et p53

Les tumeurs basales représentent entre 15 et 20% des tumeurs du sein. D’un point de vue histologique, ce sont majoritairement des carcinomes canalaires invasifs, mais elles comprennent aussi des tumeurs métaplastiques et médullaires (Fadare & Tavassoli, 2007). Les tumeurs basales se caractérisent par un niveau d'expression élevé des kératines de type basal, telles que K5, K14 et K17, ainsi que d’autres marqueurs des cellules basales comme la cadhérine P, l’intégrine β4, le facteur de transcription p63, et la métalloprotéase CD10 (pour revue, voir Bertucci et al., 2012). En revanche, elles n'expriment pas les récepteurs aux œstrogènes et à la progestérone, et ne surexpriment pas la protéine ErbB2, et de ce fait ces tumeurs ont été aussi nommées « triple-négatives ». Cependant, la comparaison entre les tumeurs triples négatives identifiées par analyse en immunohistochimie et les tumeurs de type moléculaire basal a révélé une discordance entre les deux groupes de 30% (pour revue, voir Bertucci et al., 2012). Les altérations moléculaires les plus fréquentes dans les tumeurs basales incluent la perte de PTEN, l’activation de la voie de signalisation PI3K/AKT (Andre et al., 2009), l’inactivation de Brca1, ainsi que, comme l’on verra plus tard, des mutations inactivatrices du facteur de transcription Trp53 (Sorlie et al., 2001 ; Cancer Genome Atlas Network, Comprehensive molecular portraits of human breast tumours, Nature, 2012). Par ailleurs, les tumeurs basales présentent une surexpression des gènes activateurs du cycle cellulaire, de l’angiogenèse et de la motilité cellulaire.
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en fr Genome-wide characterization of RNA polymerase II behavior during transcription termination and upon UV-B stress Etudes génomiques de la dynamique de l'ARN polymérase II pendant l'étape de terminaison de la transcription et après un stress causé par les UV-B

To better understand Pol II behavior at the 39 end of the transcription units and in transcription termination, we have analysed the patterns and profiles of Pol II binding downstream of EAGs in differentiated human cells. To this end, we have generated ChIP-seq data for Pol II from the MCF7 human breast cancer cell line (GSE34001) by using an antibody that binds to the N-terminus of the largest subunit of Pol II (N-20; Santa Cruz, H- 224X). This antibody allows the detection of Pol II independently of the phosphorylation status of the C-terminal domain (CTD) of its largest subunit. To test for non-specific binding, we carried out a control ChIP-seq using an antibody raised against a yeast factor that does not recognize any human proteins (Mock; GSE34001). Sequencing reads were mapped to human genome, and uniquely mapped reads were considered for further analyses. To avoid the overlapping of Pol II occupancy signals downstream from the EAGs with signals coming from neighboring transcription units, only those human refseq genes (13787 genes) were analysed, which were at least 4 kb away from the neighboring transcription units. Pol II tag density 2/+4 kb around the gene body and in the transcribed regions was then calculated. The average tag density calculated on 13787 genes, which do not have genes in 2/+4 kb neighboring region, shows that Pol II binding profiles are relatively low in the transcribed regions, but higher at both, around the TSSs and 39 from the EAGs (Figure 1A). These data suggest that genome-wide Pol II pauses not only at the TSSs, as previously reported [40], but also downstream of the EAGs (Figure 1A). Furthermore, a comparison of the Pol II ChIP-seq data with publicly available Gro-seq data demonstrates that transcriptionally engaged Pol II is present not only in the transcription units [42], but also downstream of the EAGs (Figure 1B). The genome-wide comparison of both, the Pol II occupancy and the corresponding transcript production mapped by Gro-seq around the EAGs (2500 bp to +4 kb from EAG; Figure 1C) of 500 highly expressed genes (Table S1) shows that indeed transcriptionally active Pol II is bound in the regions downstream from the EAGs. Interestingly, in these regions all the transcripts identified by Gro-seq are mapping in the sense orientation 39 from the EAGs suggesting that they are produced by Pol II molecules that have been transcribing pre- mRNAs. As observed previously, by analyzing the transcription- ally engaged Pol II obtained by Gro-seq [44], we did not detect any significant antisense transcription 39 from the EAGs of the genes. Taken together our analysis, in good agreement with previous studies [5,9,44], suggests that the accumulation of Pol II downstream of the EAGs is a genome-wide feature of Pol II transcription.
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Étude de la collaboration entre les facteurs de transcription hématopoïétiques lors du développement et de la différenciation des cellules érythroïdes

Étude de la collaboration entre les facteurs de transcription hématopoïétiques lors du développement et de la différenciation des cellules érythroïdes

(Hung et al, 2001) favors histone acetylation at the βmaj promoter (Johnson et al, 2001), suggesting that p45 can interact with CBP while bound to the locus. p45 interactions with CBP (Hung et al, 2001) and TF II 130 (Amrolia et al, 1997) favor PIC assembly and β-globin gene expression in MEL cells (Johnson et al, 2001; Sawado et al, 2001). We demonstrate that TBP recruitment at huβ-promoter is markedly affected in p45 -/- HPC. Additionally, disruption of globin gene potentiation in ln2 p45 -/- HPC is associated with a significant decrease in huβ-gene expression in ln2 p45 -/- EryC, which is, on average, 3-fold lower than in ln2 EryC (Supplementary Fig. 5.8). The influence of p45 on huβ-gene expression is particularly intriguing because adult mouse α- and β-globin gene expression are not significantly modified in p45 KO mice (Shivdasani and Orkin, 1995; Supplementary Fig. 5.8). The different consequences of p45 KO on the regulation of adult mouse and human β-globin gene may be explained by: (i) variations in the epigenetic regulation of the two β-globin loci during hematopoiesis (Bottardi et al, 2003) and; (ii) the fact that in human and transgenic ln2 EryC the huβ-globin locus appears to reside in a chromosomal environment more restrictive for transcription compared with its murine counterpart (Forrester et al, 1990; Milot et al, 1996; Epner et al, 1998). Thus, we suggest that p45 is important for huβ-gene potentiation and, since p45 is also detected at HS2 and huγ-promoters, possibly also for locus activation in HPC.
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Etude des interactions entre Helicobacter pylori et les cellules épithéliales gastriques

Etude des interactions entre Helicobacter pylori et les cellules épithéliales gastriques

niveau moléculaire, deux mécanismes de défense antimicrobienne médiés par Nod1 au cours de l’infection par H. pylori ont été décrits. Le premier mécanisme est basé sur la production de défensines par les cellules épithéliales. Grubman et son équipe ont montré que la régulation de l’expression génétique de hBD2 dans les cellules épithéliales gastriques est Nod1/cagPAI-dépendante et que hBD2 exerce une action antimicrobienne directe sur H. pylori (Grubman et al., 2010). Les auteurs suggèrent que l’induction de hBD2 par Nod1 suite à l’infection par une souche de H. pylori cag PAI-positive pourrait être médiée par l’activation de NF-κB ou celle d’AP1 par les Mitogen-Activating Protein Kinases (MAPKs). Ils ont également démontré que H. pylori induit l’activation de la voie de ERK, appartenant à la famille des MAPKs, via Nod1 d’une manière dépendante de cag PAI (Grubman et al., 2010). Boughan et al, ont précédemment reporté une diminution de l’activité du promoteur de hBD2 suite à l’exposition à H. pylori dans des cellules transfectées avec Nod1 (Boughan et al., 2006). Ils ont également montré une diminution de l’expression de l’homologue murin de hBD2 dans la muqueuse gastrique de souris Nod-1 déficientes suggérant l’implication de Nod-1 dans l’expression de hBD2 médiée par NF-κB. Une hypothèse postulant que la modulation de l’expression de hBD2 au cours de l’infection par H. pylori résulte d’une synergie ou d’une interaction entre les voies de signalisation ERK et c-Jun N-terminal kinase (JNK) et l’activation de NF-κB via Nod1 a été établie. L’epidermal growth factor receptor (EGFR) est le candidat potentiel initiant l’activation de la voie ERK (Boughan et al., 2006). Toutes ces données soulignent la nécessité de la présence de cag PAI pour l’activation de Nod1 (Viala et al., 2004) et l’expression de hBD2 dépend de ces deux paramètres
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ETUDE THEORIQUE DES PROPRIETES SPECTROSCOPIQUES DES BASES DE L’ADN ET/OU ARN

ETUDE THEORIQUE DES PROPRIETES SPECTROSCOPIQUES DES BASES DE L’ADN ET/OU ARN

11 L’uracile est l’un des composés du matériel génétique (ARN) [1,2], il joue un rôle fondamental dans les processus biologiques [1]. Son existence sous plusieurs formes tautomères, semble être cruciale pour expliquer la mutation qui se déroule durant la duplication de l’ADN [3,4]. Il a été montré que plusieurs facteurs sont responsables de l’équilibre entre les différentes formes tautomères, selon un processus de transfert de proton à travers la liaison hydrogène des bases de l’ADN/ARN. L’un de ces facteurs est la radiation solaire, en particulier, le rayonnement UV [5]. Cette radiation UV peut aussi arracher un électron de la base menant à un cation radicalaire [6,7,8], qui peut être introduit dans un processus de transfert de charge à travers les bases empilées, générant un trou mobile dans les brins de l’ADN/ARN [9], ce qui justifie l’importance pratique et fondamentale des recherches menées en dynamique de collision photon-molécule et électron-molécule[10].
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Étude structure / fonction des sous-unités catalytiques de l'ARN polymérase II

Étude structure / fonction des sous-unités catalytiques de l'ARN polymérase II

L'initiateur (Inr) est une séquence conservée qui comprend le site + 1 d'initiation de la transcription. Elle a été définie à l'origine chez 1 'Homme mais elle est identique [r]

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Etude structurale et fonctionnelle de l'ARN-polymérase du virus de la grippe

Etude structurale et fonctionnelle de l'ARN-polymérase du virus de la grippe

Les études fonctionnelles ont mis en évidence un rôle important du manganèse. De même que l’activité endonucléase, déjà décrite sur le domaine endonucléase isolé, est strictement manganèse dépendante, l’ARN-polymérase montre une claire préférence pour le manganèse lors des tests d’activité de synthèse d’ARN. La coopérativité observée entre magnésium et manganèse suggère l’existence de sites spécifiques à chaque ion comme cela semble être le cas pour d’autres ARN-polymérase (Mönttinen et al., 2012; Poranen et al., 2008). La faible activité de l’ARN-polymérase n’a pas permis la détermination des paramètres enzymologiques classiques. Ce problème pourrait, selon toute vraisemblance, provenir d’une absence de relargage du brin néo-synthétisé qui resterait prisonnier de l’ARN-polymérase après sa synthèse. La raison tient probablement au fait que PB2 est absente. Ce problème rappelle aussi qu’un fossé gigantesque existe entre des enzymes recombinantes utilisées in vitro et la réalité biologique. Le rôle du manganèse constaté dans les activités de l’ARN-polymérase in vitro, sa localisation au niveau nucléaire et ses déplacements observés lors de l’infection par le virus influenza A tendent à renforcer sinon à confirmer l’idée que le manganèse joue un rôle clef dans le cycle d’infection du virus de la grippe. Les informations sur sa localisation dans les nucléoles des cellules humaines alvéolaires a permis de renseigner le contexte cellulaire impliquant cet ion au moment de l’infection. La localisation nucléaire du manganèse est en accord avec les besoins en Mn 2+ de l’ARN-polymérase. Sa localisation subnucléaire
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Les relations personnelles entre généraux français et britanniques entre 1904 et septembre 1914

Les relations personnelles entre généraux français et britanniques entre 1904 et septembre 1914

Ces ressentiments français, fruits de l’écart de temps entre la mobilisation française et britannique mais surtout de l'incertitude quant à l’intervention de la BEF permettent à des idées plus ou moins refoulées par une décennie de collaboration de refaire surface. D’ailleurs, même une partie de la population britannique ne comprend pas ces hésitations, comme se souvient Spears : « ​‘Vous êtes un militaire, vous pouvez me dire si nous allons nous joindre à cette guerre ou non ? Car sinon ces Français voudront nos têtes, et je les comprends, nous l’aurons mérité?’ demanda le portier de l’ambassade britannique». 172 ​Spears lui-même un des rares Britanniques en France lors du triste dénouement de la Crise de Juillet, raconte : ​«Nous étions au 2 août 1914, la France mobilisait, et moi, qui appartenais à une armée, dont le pays n’avait pas pris position, j’avais cessé d’être un camarade et étais devenu tout d’un coup un objet de méfiance.» 173 ll suffit donc d’un moindre signe indiquant une possible défaillance du Royaume-Uni pour permettre à ces réserves de reprendre pleinement place dans tous les esprits français. Ces idées généralistes (dont la ‘Perfide d’Albion’ est la plus connue) sont déjà présentes en 1904. Foch explique que bien que la guerre accentue ces mauvaises opinions, elles sont déjà bien implantées en temps de paix et ne demandent qu’à se révéler : « ​quel soin ne déployait pas Sir Henry Wilson afin d’assurer l’entente dans les combinaisons, et de faire cesser entre les Chefs Alliés des résistances ou divergences, nées souvent d’une éducation particulière des esprits mais que la rudesse de la lutte accentuait grandement.» 174
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Les interactions professeur-élève(s) : l’influence des facteurs sociaux sur les échanges entre enseignants et élèves

Les interactions professeur-élève(s) : l’influence des facteurs sociaux sur les échanges entre enseignants et élèves

Mon échantillon ne présente qu’une seule enseignante issue de la catégorie cadre et professions intellectuelles supérieures : Eliane est une enseignante originaire d’un ménage à dominante cadre. Les résultats montrent une prédominance forte des interactions de gestion de classe, et non pas de soutien émotionnel comme évoqué dans les hypothèses. En effet elle est l’enseignante qui accorde le moins d’interactions de soutien à l’apprentissage, 17 au total, ainsi qu’au soutien émotionnel. Elle désigne les élèves plus souvent qu’elle ne fait appel aux volontaires et n’a pris en compte un point de vue d’élève une seule et en a évacué 6 autres. Elle est également l’enseignante qui félicite le moins ses élèves, 3 fois en tout pendant la matinée d’observation. En revanche elle est celle qui reprend le plus souvent ces élèves, soit 32 fois et qui a le plus recours à la punition qu’elle applique 8 fois.
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Étude du contexte chromatinien de la transcription des gènes codant les ARN ribosomiques chez la souris

Étude du contexte chromatinien de la transcription des gènes codant les ARN ribosomiques chez la souris

4.1. Introduction: Les chapitres précédents se sont proposé d’élucider les mécanismes généraux de la transcription des ARNr. Dans ce contexte, nous avons dans un premier temps développé une méthode d’analyse des données issues du séquençage à haut débit (Mars et al. 2018) et dans un deuxième temps utilisé cette méthode pour comprendre l’interdépendance des facteurs généraux de la transcription ribosomique (Herdman et al. 2017). Malgré les informations glanées au fil de ces études, une question majeure est restée en suspens. Cette question porte sur les différences entre les états transcriptionnels de l’ADNr. En effet, comme expliqué dans l’introduction, ce gène est répété environ 200 fois chez la souris ou l'homme par génome haploïde. Cet aspect pose problème, entre autres, pour conclure par des méthodes habituelles sur les résultats obtenus in cellulo. Outre cette répétition, c’est le fait de trouver différents états transcriptionnels qui pose problème. Aussi, dans cette dernière partie je me suis attelé à essayer de déterminer qu’est ce qui permet de différencier les 3 populations potentielles de gènes codant les ARNr ; à savoir les gènes ouverts et transcrits, les gènes ouverts et non-transcrits et finalement les gènes inactifs. Cette dernière catégorie de gènes est reliée au phénomène d’extinction génique, qui rend inactif certains gènes et qui est suspectée d’être primordiale pour conserver l’intégrité de l’ADNr (Ide et al. 2010).
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