sites d'épissage d'ARN

Top PDF sites d'épissage d'ARN:

Complexité humaine, pathologie et épissage: des signaux pour l’ARN

Complexité humaine, pathologie et épissage: des signaux pour l’ARN

Des expériences de liaison in vitro et in vivo ont montré que Sam68 liait spécifi- quement certains éléments régulateurs de l’ARN de l’exon V5 de CD44. Afin de déterminer si Sam68 peut affecter l’in- clusion de l’exon V5 de CD44 dans l’ARNm, en réponse à des signaux cellu- laires, un minigène reporteur d’épissage contenant la séquence de l’exon-V5 de CD44 a été cotransfecté avec un vecteur d’expression de Sam68 murin dans des cellules de lymphome T. La surexpression de Sam68, seule, n’a pas d’effet signifi- catif sur l’inclusion de l’exon V5 de CD44, mais elle l’augmente significativement en réponse au traitement des cellules avec un ester de phorbol, promoteur de tumeurs, le TPA, qui active la voie de signalisation des Ras-ErK-MAP-kinases. Sam68 est phosphorylé lors de l’activa- tion des cellules par le TPA et ce d’une façon ErK-dépendante (Figure 1) . De fait, il existe différentes séquences cibles de phosphorylation par la kinase ErK dans la séquence protéique de Sam68, et nous avons montré qu’in vitro, Sam68 est un substrat direct de ErK. La mutation de certains sites cibles de la phosphorylation par ErK, ou l’inhibition de l’expression de Sam68 dans les cel- lules par des techniques d’anti-sens, inhibent l’activation de l’inclusion de certains exons de CD44.
En savoir plus

2 En savoir plus

Les ARN circulaires, acteurs et biomarqueurs dans le cancer

Les ARN circulaires, acteurs et biomarqueurs dans le cancer

un évènement d’épissage entre la partie 3’ de l’exon en aval et la partie 5’ de l’exon en amont aboutissant à la circularisation de l’ARN [2, 3] (Figure 1) . La longueur des introns et la présence d’éléments répétés inversés, tels que des séquences Alu (IRAlu), sont définies comme des critères majeurs de la biogenèse des cir- cRNA. La dimérisation de protéines de liaison à l’ARN (RNA-binding protein, RBP), telles que MBL (Muscle-Blind) et QKI (QuaKIng), facilite la formation des circRNA en favorisant le rapprochement des sites d’épissage (Figure 1) [2, 3] . Le second modèle est proposé à partir Les ARN circulaires, acteurs
En savoir plus

4 En savoir plus

Les petits ARN nucléolaires nous surprennent encore !

Les petits ARN nucléolaires nous surprennent encore !

deaminase acting on RNA] -1 et -2) au niveau de cinq sites spéci- fiques (A à E) de l’exon V [13] . Cet exon V correspond à la boucle II intracellulaire du récepteur à laquelle s’associe la protéine G indis- pensable à la transduction du signal par la sérotonine. Au cours de la traduction en protéines, les inosines de l’ARNm sont reconnues comme des guanosines. Aussi, en fonction du taux d’édition des différents sites, plusieurs isoformes du récepteur peuvent être produites, cha- cune présentant une affinité différente pour la protéine G. Le snoARN SNORD115 pourrait ainsi guider la méthylation d’un nucléotide corres- pondant au site d’édition C. Les expérimentations in vitro de Hütten- hofer et son équipe vont dans ce sens, qui montrent que l’expression du snoARN SNORD115 inhibait spécifiquement la déamination de l’adénosine au site C [13] . Ainsi, en réduisant l’efficacité de l’édition au site C, le snoARN SNORD115 pourrait moduler finement le couplage du récepteur 5-HT2c à la protéine G, et donc la transduction du signal par la sérotonine. Ainsi, une nouvelle classe de cibles possibles pour les snoARN, les pré-ARNm, a été mis en évidence et a engendré un regain d’intérêt important pour l’étude de cette famille de molécules. En outre, une autre étude [18] semble indiquer que le snoARN SNORD115 serait impliqué dans la régulation de l’épissage alternatif du pré-ARNm codant le récepteur 5-HT2c, selon un mécanisme indé- pendant de l’édition. En effet, en présence du snoARN SNORD115, l’ARN mature produit contiendrait l’exon V en entier, conduisant à la forme fonctionnelle du récepteur à la sérotonine. En revanche, en son absence, un site proximal d’épissage au niveau de l’exon V serait uti- lisé, conduisant à l’apparition d’un codon stop prématuré dans l’exon VI. Le récepteur ainsi produit est amputé de sa partie carboxy-termi- nale, et son affinité pour la protéine G serait alors 10 à 100 fois moins importante. Il est intéressant de mentionner que des petits ARN déri-
En savoir plus

6 En savoir plus

Des oncogènes à l’interface entre transcription et épissage

Des oncogènes à l’interface entre transcription et épissage

Les protéines de fusion EWS/Fli-1 et TLS/ERG EWS et TLS appartiennent à une même famille de protéines pré- sentant de grandes similitudes. Toutes deux, capables d’inter- agir avec l’ARN polymérase II, sont des activateurs transcrip- tionnels. Mais elles interagissent également avec la protéine YB-1, se liant à la polymérase II, pour régler la sélection des sites d’épissage du prémessager E1A adénoviral ; elles sont aussi copurifiées avec les facteurs d’épissage hnRNPA1, hnRNPC1/C2 ou PSF; enfin, EWS se lie aux composants essentiels de la machinerie d’épissage SF1 et U1C, et TLS interagit avec des facteurs d‘épissage membres de la famille des protéines SR [7- 9] . EWS et TLS semblent donc capables de régler la transcription comme l’épissage.
En savoir plus

6 En savoir plus

Importance de la surveillance des ARN dans les mitochondries d’Arabidopsis thaliana

Importance de la surveillance des ARN dans les mitochondries d’Arabidopsis thaliana

brins d’ADN est transcrit à partir d’une seule région promotrice, donnant lieu à deux transcrits polycistroniques, qui sont ensuite clivés de part et d’autre des ARN de transfert pour libérer les ARN ribo- somiques et messagers. Chez la plante, l’analyse des unités transcriptionnel- les est complexe du fait de l’existence de promoteurs multiples ou alternatifs, de nombreux sites de maturation des transcrits précurseurs, de la présence d’introns, de cas de trans-épissage et de l’absence de sites connus de termi- naison de la transcription [3]. L’image que l’on peut avoir de la transcription mitochondriale chez la plante est celle d’un processus pour le moins permissif, sans réel contrôle ou régulation. Ce n’est qu’ensuite, par des événements post- transcriptionnels tels que maturation et contrôle de la stabilité des ARN, que s’opère la régulation de l’expression des gènes.
En savoir plus

2 En savoir plus

Guider et intégrer pour un épissage diversifié

Guider et intégrer pour un épissage diversifié

Un défi actuel considérable consiste à comprendre comment le complexe au site d’épissage 5’ trouve celui qui est assemblé au site d’épissage 3’ en aval. En effet, comme la taille des introns humains peut atteindre plusieurs milliers de nucléotides [6], on peut être intrigué par les mécanismes qui permettent de jumeler les jonctions d’épissage authentiques tout en évitant l’utilisation de pseudo-sites que l’on retrouve immanquablement dans les grands introns. Un méca- nisme proposé par notre équipe met en cause la protéine hnRNP A1 liée à des séquences introniques près des jonctions d’épissage [7]. Une interaction entre protéines A1 liées favoriserait le rapprochement de complexes d’épissage distants tout en inhibant les sites d’épissage situés entre les séquences de liaison pour A1 (Figure 2C). Ce type d’interactions ne serait pas limité à hnRNP A1 car hnRNP H [8] et Nova2 [9] pourraient également promouvoir des changements dans la conformation du pré-ARNm afin de contribuer à identifier les partenai- res d’épissage. Une fois les extrémités de l’intron jumelées, l’assem- blage complet du splicéosome par l’ajout de snRNP et d’autres protéi- nes aboutirait aux deux réactions successives de trans- estérification menant à la ligation des deux exons et à l’excision de l’intron [10]. Bien que l’utilisation des sites d’épissage alternatifs soit soumise aux mêmes règles énoncées plus haut pour l’épissage générique, au moins deux propriétés supplémentaires contribuent à empêcher que ces sites d’épissage ne soient utilisés de façon systématique. Premièrement, leurs séquences n’adhèrent que faiblement aux consensus définissant des sites d’épissage efficaces. Deuxièmement, des régions introniques et/ou exoniques vont souvent mener au recrutement de facteurs qui inhiberont l’utilisation de ces sites. Ainsi, la liaison de protéines SR à certaines régions introniques peut avoir un effet négatif. C’est le cas pour ASF/SF2 et SRp30c qui inhibent la disponibilité de certains sites
En savoir plus

6 En savoir plus

L'impérialisme des micro-ARN s'étend maintenant au cancer

L'impérialisme des micro-ARN s'étend maintenant au cancer

Au total, le tableau se confirme d’un niveau supplémentaire de régulation de l’expression du génome au cours du développement, de la différencia- tion et de la cancérogenèse. Tous les regards étaient tournés depuis des décennies vers la structure de la chro- matine, les modifications covalentes post-synthétiques des histones et de l’ADN, et les facteurs de transcription. Il apparaît aujourd’hui qu’un réseau de régulation relayé par des micro- ARN joue aussi un rôle essentiel. Ce dernier pourrait même se révéler être d’un ordre hiérarchique supérieur aux deux autres puisque des micro-ARN peuvent contrôler à la fois la struc- ture de la chromatine, la méthylation et l’expression des gènes codants des facteurs de transcription… Décidé- ment, l’histoire n’est pas finie, en par- ticulier celle du décryptage des méca- nismes de l’expression du génome. ◊
En savoir plus

4 En savoir plus

Expertises floristiques de sites ENS et de sites conventionnés en Essonne

Expertises floristiques de sites ENS et de sites conventionnés en Essonne

Les autres végétations présentent sur le site n’ont pas d’intérêt patrimonial : des friches rudérales à Tanaisie et Armoise commune, une bambouseraie (Figure 30.A.), des roseli[r]

67 En savoir plus

La mitochondrie : Un nouvel acteur de la régulation par ARN interférence

La mitochondrie : Un nouvel acteur de la régulation par ARN interférence

> Les mitochondries assurent deux fonctions vitales de la cellule : la pro- duction d’énergie sous forme d’ATP par la voie aérobie et le déclenchement de l’apoptose en cas de dysfonctionne- ment grave de la cellule. Ces fonctions mitochondriales doivent être modulées avec l’ensemble de la machinerie cellu- laire selon un mode de communication concertée. De récentes publications, réalisées indépendamment par trois équipes françaises [1-3] , indiquent un rôle probable de la mitochondrie dans la régulation des gènes par ARN interférence. Cette nouvelle fonction mitochondriale découverte dans des cellules humaines semble être un pro- cessus général, avec des spécificités liées au tissu et à l’état cellulaire. Elle
En savoir plus

5 En savoir plus

Les virus géants et l’origine des ARN polymérases des eucaryotes

Les virus géants et l’origine des ARN polymérases des eucaryotes

DNA viruses) [3] . Ces virus sont tous de grande taille, les plus petits correspon- dant à la famille du virus de la variole, dont le génome est « seulement » dix fois plus petit que celui des géants. Les différentes familles de NCLDV infectent les eucaryotes les plus divers (animaux, algues, protistes), ce qui suggère une origine très ancienne dans l’évolution des espèces. Nous avons récemment pu le confirmer en réalisant des analyses phylogénétiques approfondies de ces virus [4] . De plus, en analysant leurs ARN polymérases (ARN Pol) et les ARN Pol cellulaires, notre étude a montré que deux des trois ARN Pol des eucaryotes,
En savoir plus

5 En savoir plus

Les sites remarquables

Les sites remarquables

Quelques biographies Denise Brice ................................................................................................ 49 LE contExtE géoLogIqUE ..................................................................................................... 59 Cadre géographique et structural du Givétien Francis Meilliez ............................................................... 61 Les sites stratotypiques Denise Brice, Sébastien Maillet, Daniel Vachard ............................................................ 66

2 En savoir plus

ETUDE THEORIQUE DES PROPRIETES SPECTROSCOPIQUES DES BASES DE L’ADN ET/OU ARN

ETUDE THEORIQUE DES PROPRIETES SPECTROSCOPIQUES DES BASES DE L’ADN ET/OU ARN

11 L’uracile est l’un des composés du matériel génétique (ARN) [1,2], il joue un rôle fondamental dans les processus biologiques [1]. Son existence sous plusieurs formes tautomères, semble être cruciale pour expliquer la mutation qui se déroule durant la duplication de l’ADN [3,4]. Il a été montré que plusieurs facteurs sont responsables de l’équilibre entre les différentes formes tautomères, selon un processus de transfert de proton à travers la liaison hydrogène des bases de l’ADN/ARN. L’un de ces facteurs est la radiation solaire, en particulier, le rayonnement UV [5]. Cette radiation UV peut aussi arracher un électron de la base menant à un cation radicalaire [6,7,8], qui peut être introduit dans un processus de transfert de charge à travers les bases empilées, générant un trou mobile dans les brins de l’ADN/ARN [9], ce qui justifie l’importance pratique et fondamentale des recherches menées en dynamique de collision photon-molécule et électron-molécule[10].
En savoir plus

115 En savoir plus

Empreinte génomique parentale et petits ARN non-codants

Empreinte génomique parentale et petits ARN non-codants

Lorsqu’un plasmide portant la s´equence d’une IES est introduit dans le macronoyau parental, cette IES n’est pas excis´ee du macronoyau en d´eveloppement (Duharcourt et al., 1995 ; Chal- ker et Yao, 1996), et r´eciproquement, la d´el´etion dans le macronoyau parental d’une s´equence habituellement retenue dans le macronoyau provoque son ´elimination dans le macronoyau en d´eveloppement (Forney et al., 1996). Il s’´etablit donc une communication entre l’ancien ma- cronoyau et le macronoyau en d´eveloppement, qui influence le choix des s´equences ´elimin´ees de mani`ere sp´ecifique. Une telle sp´ecificit´e de s´equence fait probablement intervenir des appa- riements entre acides nucl´eiques : il avait donc ´et´e propos´e que des ARN pourraient diffuser entre l’ancien macronoyau et le macronoyau en d´eveloppement, et participer `a la s´election des s´equences ´elimin´ees en comparant les s´equences des deux macronoyaux (Duharcourt et al., 1995 ; Meyer et al., 1997 ; Meyer et Garnier, 2002). Effectivement, de petits ARN (d’environ 28 nt) ho- mologues de s´equences sp´ecifiquement micronucl´eaires sont d´etect´es au cours du d´eveloppement macronucl´eaire chez le Cili´e Tetrahymena ; leur accumulation d´epend d’une prot´eine de la famille PPD (cette famille doit son nom aux domaines PAZ et Piwi ; ses membres sont impliqu´es dans le RNAi dans une grande vari´et´e d’esp`eces), appel´ee Twi1p (Mochizuki et al., 2002). Lorsque le g`ene Twi1 est d´el´et´e, Tetrahymena n’´elimine pas les IES du macronoyau en d´eveloppement, et fragmente peu les chromosomes du futur macronoyau ; les petits ARN ne sont pas d´etect´es dans le mutant Twi1. Ces observations, associ´ees `a celle du comportement de la prot´eine Twi1p au cours du d´eveloppement macronucl´eaire (cytoplasmique au d´ebut du processus, elle com- mence par se localiser dans l’ancien macronoyau, puis dans le macronoyau en d´eveloppement), sugg`erent que Twi1p et les petits ARN participent, ensemble, `a une comparaison
En savoir plus

253 En savoir plus

Détruisez ce message (ARN) après l’avoir lu !

Détruisez ce message (ARN) après l’avoir lu !

Sites de dégradation De nombreuses études récentes ont mis en évidence dans le cyto- plasme des cellules de nombreux organismes (mammifères, drosophile, levure) des sites (ou foci) d’accumulation de protéines impliquées dans le métabolisme des ARNm (Figure 2) [17, 18] . Ces sites qui portent les noms divers de P-bodies (processing bodies), Dcp-bodies (decapping bodies)… contiennent en particulier des acteurs de la voie de dégradation 5’—>3’ (Dcp2, Dcp1, Xrn1…). Ces structures dynami- ques contiennent également des régulateurs de la traduction, des ARNm non traduits, des composants de la machinerie d’interférence ARN et du NMD (voir plus loin [19] ).
En savoir plus

7 En savoir plus

Les virus géants et l’origine des ARN polymérases des eucaryotes

Les virus géants et l’origine des ARN polymérases des eucaryotes

Deux des trois ARN polymérases des eucaryotes auraient une origine virale En plus de ces gènes impliqués dans la formation des virions, tous les NCLDV partagent un petit groupe de protéines impliquées dans la réplication et la transcription de leurs génomes qui ont évolué en parallèle de façon verticale (c’est-à-dire héritées), ce qui nous a permis d’établir la phylogénie de la Figure 1 [4]. En particulier, la plupart des génomes des NCLDV codent leur propre ARN Pol, qui est homologue des ARN Pol cellulaires, ce qui permet de produire des arbres phylogénétiques comprenant à la fois ces virus, les archées, les bactéries, et les eucaryotes. Une telle analyse n’en est pas moins délicate : alors qu’une première étude des ARN Pol avait situé les NCLDV dans un groupe monophylétique séparé des domaines cellulaires, et conduisant à la de l’intérieur en cellules virales pouvant
En savoir plus

4 En savoir plus

Étude du mécanisme de rétrotransposition des ARN hY dans les cellules humaines

Étude du mécanisme de rétrotransposition des ARN hY dans les cellules humaines

Des évidences suggéraient un niveau de rétrotransposition plus élevé dans les cellules HeLa pour les ARN hY5 avec la méthode conventionnelle (Kroutter et al., 2009). Pour cett[r]

111 En savoir plus

Micro-ARN (miARN) et cancer : le cas des tumeurs hépatocellulaires

Micro-ARN (miARN) et cancer : le cas des tumeurs hépatocellulaires

> Les micro-ARN (miARN) sont des petits ARN régulateurs de l’expression génique. De nombreux travaux ont montré leur implication dans des fonctions physiologiques cellulaires essentielles et en particulier dans les tumeurs. Les altérations d’expression de plusieurs miARN pourraient être directement impliquées dans les mécanismes de carcinogenèse, les miARN pouvant agir comme de véritables oncogènes ou gènes suppresseurs de tumeurs. Par ailleurs, les dérégulations d’ex- pression de certains miARN semblent spécifiques de types ou sous-types particuliers de tumeurs suggérant que ces molécules pourraient être uti- lisées comme de véritables biomarqueurs tumo- raux. Cet article fait le point sur les travaux récents concernant le rôle de la dérégulation d’expression des miARN dans les mécanismes de tumorigenèse hépatocellulaire, ainsi que leur possible utilisation en tant qu’outils diagnosti- ques ou prédictifs du pronostic de ces tumeurs. <
En savoir plus

6 En savoir plus

Les micro-ARN - Nouveaux acteurs du contrôle hypothalamique de la fertilité

Les micro-ARN - Nouveaux acteurs du contrôle hypothalamique de la fertilité

Taille du génome (pb, Log 10 ) Non-codant Codant Figure 2. Évolution de la complexité biologique des organismes et de la composi- tion de leur génome, et réseaux génétiques impliquant micro-ARN et facteurs de transcription. (A) Relation entre le nombre de gènes codant pour une protéine (en rouge) et gènes non-codant (en bleu) dans des organismes de complexité biologique croissante. Le nombre de gènes ne codant pas pour une protéine croît de manière exponentielle avec le nombre de types cellulaires distincts dans un organisme alors que le nombre de gènes codant pour une protéine atteint une asymptote (adapté de [5]). (B) Exemples de réseaux génétiques impliquant les miARN et les facteurs de transcription (FT) dans la régulation de l’expression de gènes codant pour une protéine. Les traits rouges se terminant par un arrondi figurent une action inhibitrice sur l’expression de la cible ; les flèches vertes traduisent une action activatrice sur l’expression de la cible.
En savoir plus

6 En savoir plus

La biogenèse des ARN courts non codants chez les animaux

La biogenèse des ARN courts non codants chez les animaux

Les ARN courts non codants, aussi appelés micromanagers, ont un puissant potentiel de répression et sont très conservés au cours de l’évolution, suggérant un rôle important dans la cellule. Ils sont impli- qués dans de nombreux processus biologiques tels que le développe- ment, l’apoptose, la différenciation et la prolifération cellulaires, la spermatogenèse, la ségrégation des chromosomes et la défense contre des « envahisseurs » du génome. Ceci fait donc de ces petits ARN des molécules essentielles au bon fonctionnement de la cellule. Ce nou- veau domaine de recherche suscite beaucoup d’intérêts ; toutefois, il reste encore de nombreux aspects de la biologie des ARN courts non codants à étudier et comprendre afin d’éclairer la biologie du vivant. ‡ SUMMARY
En savoir plus

8 En savoir plus

Cliver les ARN du soi donne du punch à la réponse innée antivirale

Cliver les ARN du soi donne du punch à la réponse innée antivirale

famille des TLR (Toll-like receptors), de localisation extracellulaire et endo- somale [3, 4]. La reconnaissance des acides nucléiques viraux par TLR3 (ARN double brin, db), TLR7 et 8 (ARN simple brin, sb), TLR9 (ADN) conduit à la pro- duction d’IFN de type I. Récemment, une autre famille de PRR capable de reconnaître les ARN viraux a été iden- tifiée, la famille des RLH (RIG-1-like

3 En savoir plus

Show all 1007 documents...