mécanismes d'expression des gènes

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Cartographie fonctionnelle des macrophages porcins : expression des gènes et architecture nucléaire lors de l'activation par LPS-IFNg

Cartographie fonctionnelle des macrophages porcins : expression des gènes et architecture nucléaire lors de l'activation par LPS-IFNg

2.2. Les gènes régulés par l’activation LPS-IFNγ Cette co mparaison des macrophages cont rôles et activés a révélé 68 sondes différentiellement exprimées (Figure 36) ciblant 60 gènes avec un taux de faux positifs de 5% (FDR). Dans ces sondes, 45 provenaient de l'ensemble pangénomique (66%) et 23 de l'ensemble SLA-RI (34%). Sept sondes montrent des profils d’expression plus faibles (10%) alors que 61 ont des profils d’ expression plus fort s (90%) lors de l'activatio n LPS-IFN γ. On observe une faible valeur du rapport logarithmique pour ces gènes. Il est i mportant de not er que dans cette sélection, 8 gènes apparaîssant régulés sont ciblés avec les sondes des deux ensembles. Pour ces gènes, des niveaux d'expression concordants ont été obtenus. Il s'agit de l'IL1β et l'IL8 qui sont les principales cy tokines des mécanismes inflammatoires. Le commutateur g énéral du s ystème immunitaire NF-kB est r eprésenté da ns cette lis te par un gène codant pour une protéine régulatrice du facteur nuc léaire kappa (NFKBI A). D’ autres gènes i mpliqués dans le s ystème immunitaire sont différentiellement exprimés sur les deux ensembles de sondes. Par mi ceux-ci, on trouve une protéine impliquée dans la stab ilité des endosomes (SNX10), une thioltranferase impliquée dans le str ess oxydatif (GLRX1), une hélicas e qui régule la répo nse i mmunitaire innée (DHX58) et, une enzy me essentielle à l a défense innée ant ivirale (OAS2). Les 60 gène s différentiellement exprimés sont bien répartis dans le génome porcin et chaque chrom osome, sauf le chromosome 16 (SSC16 pour Sus scrofa domestica 16), porte au m oins un de ces gènes (http://www.ensembl.org/index.html) (Figure 37).
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Caractérisation du rôle et des mécanismes d’action des gènes Hoxa dans l’hématopoïèse adulte

Caractérisation du rôle et des mécanismes d’action des gènes Hoxa dans l’hématopoïèse adulte

regeneration potential of Hoxa deficient HSCs was not completely abrogated, because Hoxa -/- HSCs repopulated a fraction of mice in both myeloid and lymphoid lineages. This data suggests that Hoxa genes are not essential for hematopoiesis. However, the absence of Hoxa -/- HSCs in the BM of primary hosts at 24 weeks post-transplantation strongly indicates some level of compensatory proliferation at progenitor stages that are not sensitive to Hoxa depletion. Thus our data indicate that Hoxa -/- HSCs detected at 4 weeks post-injection could contribute to hematopoietic regeneration, but fail to maintain themselves, indicating that Hoxa - /- have completely lost their potential to self-renew and instead undergo differentiation divisions. This loss of self-renewal is much more severe than observed for the Hoxa9 -/- HSCs [32] indicating that indeed multiple Hoxa genes orchestrate the self-renewal program of HSCs, which cannot be preserved by the expression of remaining Hoxb genes even when elevated. Our data does not identify which members of the Hoxa cluster are required for the maintenance of adult HSCs, but previously reported expansion of HSCs overexpressing Hoxa4 or Hoxa10 suggest that these Hoxa genes contribute to establish self-renewal in addition to Hoxa9 [11, 13], but mutants for these genes have no phenotype (Hoxa10 [32]) or have not been evaluated for hematopoietic anomalies. Furthermore, a strong association of Hoxa10 and Hoxa5 to LT-HSCs emerged from comparative expression studies between LT-HSCs and their immediate descendants [57], suggesting that Hoxa5 might also have a function in self-renewal properties as these characterize HSCs. Overexpression studies of Hoxa genes together with Meis1 showed strongest transformation capacity for Hoxa1, Hoxa4, Hoxa6, Hoxa9 and Hoxa10 [58]. As cells with enhanced self-renewal might be more prone to transformation suggests that these Hoxa genes can drive self-renewal expansion divisions. As Hoxa5 lacks clear transformation potential it would rather promote asymmetrical self-renewal divisions resulting in one HSC and a differentiated cell. Re-introduction of individual Hoxa genes in the Hoxa -/- background will address the question which of the Hoxa genes contributes to HSC self-renewal.
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Impact de l’ozone troposphérique sur le métabolisme antioxydant du peuplier (Populus sp.) : pools d’antioxydants, activités enzymatiques et expression des gènes correspondants

Impact de l’ozone troposphérique sur le métabolisme antioxydant du peuplier (Populus sp.) : pools d’antioxydants, activités enzymatiques et expression des gènes correspondants

D’autres paramètres susceptibles de constituer de bons indicateurs de la capacité de détoxication des plantes pourraient être étudiés : le pouvoir réducteur : NADPH et NADH, fournis en quantité importante par la stimulation des activités PEPc (Phosphoenol pyruvate carboxylase) et G6PDH (Glucose-6-phosphate déhydrogenase) en réponse à l’ozone, pourrait constituer via son importance dans la régénération de l’ascorbate et du glutathion réduit un bon indicateur de la capacité de détoxication (Dizengremel et al., 2007). Le taux d’émission d’isoprène, un composé organique volatil émis par les plantes capable d’éliminer l’ozone avant que celui-ci entre en contact avec les plantes et capable de renforcer les membranes cellulaires pourrait lui aussi être un indicateur de la capacité de détoxication des plantes (Ryan et al., 2009). Enfin, et plutôt dans le but de comprendre les mécanismes à l’origine des variations des pools d’ascorbate que dans le but d’évaluer la capacité de détoxication de l’ozone, on pourrait proposer d’ajouter l’étude des activités Monodéhdroascorbate Réductase et Déshydroascorbate Réductase ; impliquées dans la régénération de l’ascorbate.
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Etude des mécanismes d'activation transcriptionnelle des gènes de virulence et des fonctions d'adaptation in planta chez la bactérie Ralstonia solanacearum

Etude des mécanismes d'activation transcriptionnelle des gènes de virulence et des fonctions d'adaptation in planta chez la bactérie Ralstonia solanacearum

strongly suggest that prhG has an important role in activating the T3SS before contact with host cells, which is the signal triggering the activation of hrpG (1). In the case of hrp gene expression, minimal medium conditions have been proposed to mimic the plant apoplast environment (3, 30, 32), and this probably corresponds to an early phase of the plant-bacterium interaction before the translocation of type III effectors inside plant cells. It is tempting to speculate that minimal medium conditions reproduce the conditions under which the bacteria first perceive some host physicochemical signals necessary to induce the setting up of a functional T3SS before a second, stronger, plant cell wall-specific signal specifically transduced through hrpG would act as a type III effector translocation- triggering signal. Since a prhG mutant is not affected or very slightly affected in pathogenicity on tomato and Arabidopsis plants, this scenario implies that the first step could also be mediated through hrpG. It is possible that prhG requirement may be more important under other conditions such as on other host plants (considering the very wide host range of the bacterium) or respond specifically to some unknown signals in the environment that were absent under the experimental con- ditions of the present study. Further work is necessary to define the mechanistic basis of hrpB regulation by PrhG and obtain a better definition of the environmental signals involved.
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Déficits de la chaîne respiratoire mitochondriale avec instabilité de l’ADN mitochondrial : identification de nouveaux gènes et mécanismes

Déficits de la chaîne respiratoire mitochondriale avec instabilité de l’ADN mitochondrial : identification de nouveaux gènes et mécanismes

increase in mitochondrial DNA damage, a defect in mitochondrial DNA repair and/or a failure to clear mitochondria with damaged DNA (Chen and Chan, 2010). Recently, we have shown that fibroblasts bearing a MFN2 mutation, responsible for optic atrophy ‘plus’ phenotype with mitochondrial DNA multiple deletions, have a lower capacity to repair stress-induced mitochondrial DNA le- sions compared to control cells (Rouzier et al., 2012). It is likely that the defect in mitochondrial DNA repair that we observed is due to defective fusion, which leads to a variability in repair pro- tein content across the mitochondrial population, thus contributing to mitochondrial DNA instability. Mitochondrial DNA instability found in patients carrying the p.Ser59Leu CHCHD10 mutation cannot be explained by a fusion deficiency. However, mammalian cells contain thousands of copies of mitochondrial DNA assembled into hundreds of nucleoids that are closely associated with the inner membrane and often appear to be wrapped around cristae or crista-like inner membrane invaginations (Brown et al., 2011). One cannot exclude that cristae alterations secondary to CHCHD10 S59L expression lead to nucleoid structure disorganiza- tion and contribute to defect of mitochondrial DNA maintenance. In conclusion, our study has provided strong supporting evidence that the CHCHD10 protein plays a role in the maintenance of mito- chondrial cristae morphology and mitochondrial DNA stability.
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Développement d'outils statistiques pour l'analyse de données transcriptomiques par les réseaux de co-expression de gènes

Développement d'outils statistiques pour l'analyse de données transcriptomiques par les réseaux de co-expression de gènes

sont observées sur tout une communauté de gènes). 3.2.2 Ce que l’on connaît des mécanismes de la fibrose hépatique La fibrose hépatique se caractérise par l’apparition de cicatrices fibreuses sur le tissu hépa- tique, en réponse à une agression tissulaire qui laisse des lésions. L’inflammation chronique du foie provoquée, soit par des facteurs intra-hépatique (inflammation, mort cellulaire), soit par des facteurs extra-hépatiques (translocation bactérienne), joue un rôle clé dans l’évolution des NAFLD vers la fibrose notamment. Même si l’obésité et le diabète de type 2 sont des causes reconnues de la fibrose, elles ne sont pas les seules et les mécanismes moléculaires responsables de son apparition sont toujours imparfaitement connus. La constitution d’une fibrose se carac- térise au niveau moléculaire par la rupture de l’équilibre de la matrice extracellulaire (MEC) qui conduit à une accumulation de constituants de la MEC (les collagènes sont les principaux composants de la MEC) : les processus de synthèse et de dépôt des constituants de la MEC l’em- portent sur la dégradation (fibrose extensive). En d’autres termes, le processus de cicatrisation qui se met en place pour réparer la lésion « s’emballe », et la cicatrice qui en résulte s’étend bien au-delà de la lésion. La stéatose (« foie gras ») pourrait être favorisée par l’arrivée massive d’acides gras en provenance du tissu adipeux, ainsi que par une agmentation de la lipogénèse sur le foie, une suite de réaction effectuée à partir du glucose et des acides gras qui conduit à la synthèse des lipides. Les cellules du foie ou hépatocytes chargées de gras deviendrait alors plus vulnérables à différents types d’agression : l’inflammation causée par l’augmentation des cytokines pro-inflammatoires (telles que TNF-α), stress oxydant (stimule l’activation des cellules fibrogéniques), stress du réticulum endoplasmique (déclenche une apoptose des hépatocytes, une mort cellulaire programmée)...
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en
                                                                    fr

en fr Study of the regulation of late Epstein-Barr virus genes expression Étude de la régulation de l'expression des gènes tardifs du virus d'Epstein-Barr

! &'! D) Les Polyomaviridae (Polyomavirus). Les polyomavirus font partis d’une seule et même famille mais sont divisés en de très nombreuses espèces. Ce sont de petits virus non enveloppés, à capside icosaédrique de 40 à 50 nm de diamètre, capables d’infecter un large spectre d’hôtes, dont l’homme. On estime que près de 90% de la population mondiale adulte est infectée de manière persistante par ce type de virus (Knowles et al., 2003). Douze polyomavirus humains ont été caractérisés à ce jour : dans les années 1970 le virus JC (JCV) et le virus BK (BKV), et au cours de années 2000 le KI polyomavirus, WU polyomavirus et polyomavirus des cellules de Merkel entre autres (Feng et al., 2008; van der Meijden et al., 2010; Schowalter et al., 2010; White et al., 2013). Ces virus ont un tropisme large mais infectent majoritairement de manière latente les cellules épithéliales rénales, urinaires (BKV), les lymphocytes du sang périphérique ou encore certaines cellules du système nerveux central (JCV). De manière générale, l’infection par ces virus est asymptomatique. Chez les personnes immunocompétentes, peu de pathologies leurs sont associées. À l’inverse, chez les personnes immunodéprimées (séropositives à HIV et les transplantées), les polyomavirus sont associés à des néphropathies, leuco-encéphalopathies (démyélinisation de neurones), ainsi que différents cancers. Des épisodes de réactivation virale sont observés dans la population, permettant aux virus de se propager un peu partout, y compris dans le système nerveux central (oligodendrocytes et astrocytes pour JCV) et d’être détecté dans les urines (JCV et BKV). Comme la diversité de polyomavirus est très large, nous nous focaliserons sur les trois virus les plus étudiés : chez l’homme JCV et BKV, chez le singe, le best-seller SV40 qui fut massivement étudié au cours des années 1980-1990. Ce dernier a grandement participé à la compréhension des mécanismes de régulation de la transcription (Eash et al., 2006; White et al., 2009).
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Structure, évolution et expression de gènes « chimériques » spécifiques des Primates

Structure, évolution et expression de gènes « chimériques » spécifiques des Primates

Lors du processus d’épissage alternatif, les exons peuvent être rallongés, raccourcis, éliminés ou échangés entre eux. Ces choix des sites d’épissage auront pour conséquence directe la création d’ARN messagers différents, soit au niveau de leur région codante (ORF), soit au niveau de leurs régions non codantes pour une protéine (régions 5’ et 3’ non traduites). Différents profils « alternatifs » permettent de réaliser cet épissage alternatif (Thanaraj and Clark, 2001). L’utilisation de promoteurs alternatifs peut conditionner le site d’initiation de la transcription et ainsi modifier le premier exon et potentiellement la partie N-terminale de l’éventuelle protéine (Figure 3.2.2.1 (a)). Le choix de différentes bornes d’introns sur un même ARN prémessager pour former des ARN messagers différents, permettant ainsi éventuellement la synthèse de plusieurs isoformes protéiques, constitue le second profil d’épissage alternatif. Il peut en résulter la rétention d’un intron, l’élimination d’un exon (dit exon cassette) ou l’exclusion mutuelle de deux exons. Dans d’autres cas, les exons peuvent être tronqués ou rallongés (Modrek et al., 2001) (Figure 3.2.2.1 (b)). Enfin, il existe des mécanismes de polyadénylation alternative susceptibles de modifier le dernier exon (Figure 3.2.2.1 (c)). Les différentes possibilités précédemment énumérées peuvent être associées pour donner des systèmes complexes. L’épissage alternatif a ainsi joué un rôle essentiel dans l’expansion du protéome et la diversification des Métazoaires. 35 à 50% des gènes humains feraient l’objet d’épissages alternatifs (Luchetta et al., 2005; Modrek et al., 2001; Roberts and Smith, 2002).
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Expression stochastique des gènes chez Bacillus subtilis

Expression stochastique des gènes chez Bacillus subtilis

136 Pour rappel, 𝑉𝑎𝑟(𝑋|𝒁) est la variance de X dans une sous-population de cellules réalisant la valeur Z, l’espérance mathématique de cette quantité conduisant au premier terme est calculée sur l’ensemble de sous-populations caractérisées par des valeurs différentes de Z. Le second terme représente la variance de l’espérance conditionnelle de X sachant Z. Dans la méthode des deux rapporteurs et pour une cellule donnée, chaque niveau d’expression des deux gènes rapporteurs peut être interprété comme une réalisation de X dans un environnement commun spécifié par Z. Les approches deux couleurs permettent d’estimer cette décomposition et interprète la partie inexpliquée par Z comme le bruit intrinsèque, et la partie expliquée par Z comme le bruit extrinsèque. Ces interprétations constituent les définitions des bruits intrinsèques et extrinsèques (Swain et al, 2002). Cependant, Hilfinger & Paulsson ont montré mathématiquement que cette décomposition basée sur l’état actuel de l’environnement ne permettait pas de séparer les contributions des sources de bruit intrinsèque et extrinsèque. Ils proposent alors une nouvelle version de la procédure de la décomposition qui ne prend pas en compte uniquement l’état actuel de l’environnement mais aussi son histoire. Ils montrent alors qu’avec ce type de partitionnement, la méthode des deux rapporteurs permet d’estimer de manière séparée les bruits intrinsèques et extrinsèques. Cependant, ce niveau de description des bruits intrinsèques et extrinsèques est phénotypique et ne tient pas compte des mécanismes moléculaires sous-jacents. Ces auteurs se demandent alors si les termes de bruit intrinsèque et extrinsèque peuvent être comparés à des modèles stochastiques de l’expression génique qui ne tiennent compte respectivement que des sources de bruit intrinsèque et extrinsèque. Hilfinger & Paulsson
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Interaction gènes-environnement dans le développement de la prééclampsie

Interaction gènes-environnement dans le développement de la prééclampsie

Programmes de sciences cliniques Thèse présentée à la Faculté de médecine et des sciences de la santé en vue de l’obtention du diplôme de philosophiae doctor (Ph.D.) en sciences cliniques, Faculté de médecine et des sciences de la santé, Université de Sherbrooke, Sherbrooke, Québec, Canada, J1H 5N4 Nous sommes exposés sur une base quotidienne au Bisphénol A (BPA). Des travaux antérieurs ont mis en lumière des effets cytotoxiques sur les cellules placentaires et la possible implication du BPA dans l’apparition de la prééclampsie. À de très faibles concentrations, le BPA induit une augmentation significative de l’apoptose et de la nécrose des cytotrophoblastes ainsi qu’une augmentation de l’expression et de la sécrétion du facteur de nécrose tumorale alpha (TNF-α). Cependant, les mécanismes par lequel le BPA induit l’augmentation de la sécrétion du TNF-α et la cytotoxicité placentaire ne sont pas connus. Il a aussi été avancé que le BPA aurait la capacité, en tant que xénoestrogène, de pouvoir modifier l’expression des récepteurs de l’œstrogène et du récepteur CXCR4, un récepteur influençant la mobilité et la survie cellulaire dont l’expression est modulée par les œstrogènes. De telles modifications au niveau placentaire pourraient être en partie responsables dans le développement physiopathologique de la prééclampsie.
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Épigénétique : nous sommes plus que la séquence de nos gènes

Épigénétique : nous sommes plus que la séquence de nos gènes

Waddington veut ainsi réconcilier le domaine de la génétique et celui de l’embryologie (appelée biologie du développement actuellement). Il s’appuie sur la théorie de l’épigénèse développée par Aristote, qui stipule que l’organisme se construit progressivement au cours du développement embryonnaire. Cette théorie s’oppose fortement au 18 ème siècle à la théorie de la préformation qui propose que les structures adultes sont déjà pré-existantes dans la cellule-oeuf. Ainsi le terme épigénétique de Waddington rassemble les mots épigénèse et génétique pour mettre en lumière le rôle des gènes joué au cours du développement embryonnaire et comment en étant progressivement ‘allumés’ ou ‘éteints’, ces gènes contribuent à la réalisation progressive d’un organisme ayant une organisation bien définie, avec des phénotypes cellulaires distincts. Les mécanismes épigéné- tiques ainsi énoncés concernent donc la différenciation cellulaire au cours du développement embryonnaire et sont conservés à travers les divisions cellulaires (mitoses). Une révolution conceptuelle a lieu au cours des années 1960-1980s. Cette révolution s’appuie sur des données expérimentales montrant que des cellules différenciées en culture engendrent des cellules présentant le meme phénotype après division cellulaire. Les cellules filles héritent donc non seulement de l’ADN de leur cellule- mère, mais aussi de son état d’activité : les gènes actifs le restent et les gènes éteints dans la cellule maternelle sont gardés inactifs dans la cellule-fille. La découverte des acteurs moléculaires non spécifiques de la séquence d’ADN (cf I.2) qui permettent de garder en mémoire l’activité transcriptionnelle de la cellule à travers les divi- sions cellulaires (phase de maintien) ouvre alors sur une deuxième definition plus moléculaire de l’épigénétique introduite par Riggs et Holliday (puis modifiée par d’autres) (Allis and Jenuwein, 2016; Bird, 2007; Cavalli and Heard, 2019; Deichmann, 2016; Holliday, 1986; Morange, 2005; Riggs et al., 1996). L’épigénétique est alors définie comme l’étude des mécanismes molécu- laires qui permettent de changer, de manière héritable, l’expression des gènes sans altérer la séquence d’ADN. Les mécanismes épigénétiques permettent ainsi de stabiliser le programme d’expression des gènes établi au cours du développement et de conserver en mémoire l’identité cellulaire (Allis and Jenuwein, 2016).
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Analyse des données d'expression de gènes

Analyse des données d'expression de gènes

Dans le cadre d’un projet de recherche automatisée de microARN à travers plusieurs organismes, nous avons eu l’idée d’inclure les données d’expressions pour fournir des candidats potenti[r]

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Les gènes du visage - Chroniques génomiques

Les gènes du visage - Chroniques génomiques

priori plus ou moins arbitraire. On pourra dès lors utiliser chacun de ces segments pour effectuer une étude d’association génome entier (GWAS) visant à identifier les gènes influant sur sa forme Reste encore à définir, pour chaque segment, la variable dont on va chercher l’association avec des locus au cours de l’analyse GWAS. On n’a pas ici une variable binaire, comme la distinction « atteint/ indemne » utilisée en recherche médicale, ou une estimation « grand nez/petit nez », comme précédemment indiqué [2] . En fait, et sans entrer dans les détails, les auteurs effectuent pour chaque seg- ment, une analyse de la variation (au sein de l’échantillon) entre les points qui le constituent. Ils l’expriment en termes de composantes principales, et utilisent les composantes majeures comme variables dans l’analyse GWAS. Ils procèdent ainsi à 63 analyses GWAS, portant dans un premier temps sur une cohorte de 2 329 personnes (discovery
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Décodage de l'expression de gènes cryptiques

Décodage de l'expression de gènes cryptiques

Chez les dinoflagellés par exemple, la structure du génome n'a pu être résolue car le séquençage révèle un large assortiment de molécules linéaires, mosaïques composées de gènes entiers et fragmentés dont la logique reste obscure [36]-[38]. Le groupe des euglénozoa dans lequel se trouve Diplonema papillatum, notre espèce d'intérêt, est sans doute celui qui contient les plus étonnantes structures [39]. Dans le groupe des euglénides à la base des euglénozoa, Euglena gracilis a un génome mitochondrial composé d'un ensemble de molécules linéaires de 5 à 8 kb contenant généralement un seul gène fonctionnel, et des fragments de gènes. Les chromosomes sont flanquées de régions répétées qui se ressemblent entre chromosomes et contiennent des séquences palindromiques [40], [41]. Les génomes mitochondriaux les plus étudiés des Euglenozoa sont ceux des parasites humains du groupe des kinétoplastides. Ils doivent leur nom à leur génome mitochondrial réticulé appelé kinetoplaste, lui même nommé ainsi car il forme un organite («-plaste») localisé à la base des flagelles permettant le mouvement («kineto-»). Le kinetoplaste est composé d'un grand chromosome de 20 à 50 kb appelé maxi-cercle, et de milliers de petits chromosomes ou mini-cercles qui peuvent être enchainés les uns aux autres en un complexe et élégant réseau [42]. Le maxi-cercle porte des gènes protéiques et ARNs dont les ARNm nécessitent une intense édition par addition ou délétion d'uridines pour être fonctionnels. Les mini-cercles codent pour des ARNs guides spécifiant la séquence correcte des portions de gènes édités [42]. Le troisième groupe taxonomique, les diplonémides, arbore aussi un génome fragmenté, mais d'une façon encore plus extrême car les gènes sont eux-mêmes en morceaux et portés par des chromosomes différents [43]-[45]. J'en ferai une description plus détaillée dans la dernière section de l'introduction.
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Gènes anciens et gènes nouveaux dans la boîte à outils moléculaire de la cellule souche ancestrale des animaux

Gènes anciens et gènes nouveaux dans la boîte à outils moléculaire de la cellule souche ancestrale des animaux

génétiques mobiles (les transposons) qui perturbent l’intégrité du génome. Or, protéger le génome est fondamental pour les uPriSC puisqu’elles produisent des cellules différenciées tout au long de la vie d’un organisme, mais également la lignée germinale par laquelle les gènes sont transmis aux générations suivantes. Notre travail montre donc que l’acquisi- tion des cellules souches chez un ancêtre des animaux a été rendue possible non seulement par le recrutement de nom- breux régulateurs post-transcriptionnels d’origine ancienne, mais aussi par l’ac- quisition d’une machinerie nouvelle de protection du génome, et que ces carac- téristiques moléculaires ont accompagné l’évolution des cellules souches à travers l’histoire évolutive des animaux. ‡ The ancestral gene repertoire of animal stem cells
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Les « gènes » de la schizophrénie - Chroniques génomiques

Les « gènes » de la schizophrénie - Chroniques génomiques

[8] . Mais il est clair aussi que le nombre de gènes intervenant dans ces affections est élevé, plusieurs centaines sans doute, que l’utilité clinique immédiate (en termes de diagnostic) de ces informations est très douteuse, et que leur intérêt principal est d’aider à formuler des hypothèses sur l’étiologie de l’affection. Voyons donc comment a été réalisée l’étude du PGC et ce qu’elle apporte de ce point de vue.

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Contrôle transcriptionnel des gènes ciliaires

Contrôle transcriptionnel des gènes ciliaires

Recrutement de facteurs de transcription accessoires La formation spécifique d’un type de cil ou d’un autre peut aussi faire appel à des facteurs de transcription accessoires, dont la plupart restent à identifier. Ainsi, il a été montré que les différents gènes requis pour l’assemblage de tous les cils chez C. elegans possèdent dans leur promo- teur, en plus d’un motif de liaison des protéines RFX, un motif conservé appelé boîte C, qui est requis pour l’activation de ces gènes. Le (ou les) facteur qui pourrait contrôler l’expression des gènes ciliaires en utilisant ce motif reste néanmoins inconnu [36] . Toujours chez C. elegans, il a été montré que la protéine RFX (DAF-19) induit l’expression d’un autre facteur de transcription, FKH-2 (forkhead-2), spécifique d’un sous-type de cellule ciliée et qui lui confère son identité [37] . La raison pour laquelle ce facteur est induit uniquement dans un seul type de cil par DAF-19 reste inconnu, mais il est vraisemblable que des facteurs spécifiques de ce type cellulaire, encore à identifier, soient impliqués dans le processus. Chez la souris, quelques données suggèrent que de tels facteurs pourraient également participer aux processus de ciliogenèse. Par exemple, le régulateur trans- criptionnel HNF1 (hepatocyte nuclear factor 1b), qui joue un rôle majeur dans l’homéostasie du rein, régule l’expression des gènes Pkhd1 (polycystic kidney and hepatic disease 1) et Pkd2 (polycystic kidney disease 2), indis- pensables à la détection du flux d’urine par le cil [38] .
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Structure et expression des gènes mitochondriaux de Diplonema papillatum

Structure et expression des gènes mitochondriaux de Diplonema papillatum

Ainsi dans l’introduction, je décrirai les génomes mitochondriaux par rapport à leur structure physique, leur taille et leur contenu en gène avec quelques notions sur le contexte évoluti[r]

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Les gènes Pax et la spécification cellulaire

Les gènes Pax et la spécification cellulaire

Déterminer le mécanisme de spécifica- tion de nouvelles identités cellulaires est essentiel à la compréhension du déve- loppement embryonnaire. Il est fasci- nant de constater que, dans le cas de Pax, plusieurs des membres d’une même famille de gènes partagent cette fonc- tion d’induction de spécification cellu- laire, mais que les réponses sont extrê- mement diverses selon le contexte. On peut penser que certains mécanismes d’action des Pax sont restreints à telle où telle lignée, alors que d’autres sont plus généraux. À titre d’exemple, une des

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Façonnage de la surface de nanoparticules pour la délivrance de gènes

Façonnage de la surface de nanoparticules pour la délivrance de gènes

6.2.3 Discussion La première série d‘injections menée sur 4 souris s‘est soldée par un échec en termes d‘expression de r-protéine. Une dose de PEI insuffisante pour permettre un échappement endosomal significatif des polyplexes est une des causes probables. Un autre facteur à prendre en compte est lors d‘une administration systémique de polyplexes au PEI dans des souris, l‘organe présentant l‘expression transitoire de gènes la plus élevée est le poumon (Goula et al., 1998). Cela est dû à la propension des polyplexes PEI/ADNp à former des agrégats entre eux ainsi qu‘avec les protéines du plasma (opsonisation) et les globules rouges, de sorte que ces amas viennent se bloquer dans les capillaires pulmonaires (Ogris et al., 1999). Nos polyplexes enrobés ayant été spécialement conçus pour abroger à la fois leur agrégation en milieu physiologique, ainsi que l‘opsonisation et l‘agrégation de globules rouges, une efficacité de transfection relativement plus faible était à prévoir dans les poumons. Par ailleurs, la diminution de la capacité brute des polyplexes PEI/ADNp à transfecter lors de l‘adjonction d‘une couronne hydrophile – par PEGylation (Ogris et al., 1999) ou par enrobage électrostatique (voir Section C.1 annexe C) – a certainement participé à rendre la sécrétion de SEAP indétectable dans le plasma des souris.
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