Inactivation du chromosome X

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Inactivation du chromosome X et pluripotence

Inactivation du chromosome X et pluripotence

blastocyste acquièrent la pluripotence, alors l’Xp inactif est spécifiquement réactivé (flèche verte). Par la suite, les cellules de la MCI se différencient pour former les tissus de l’embryon à proprement parler, et l’inactivation aléatoire se met en place (flèche rouge). Le chromosome X inactif aléatoirement choisi ne sera réactivé (flèche verte) que dans la lignée germinale (LG). Dans l’embryon, l’X inactif est donc réactivé uniquement dans les compartiments pluripotents. In vitro, la différenciation des cellules ES est accompagnée par l’inactivation aléatoire, mise en place après le recouvrement d’un seul X par l’ARN Xist (visualisé ici par la technique d’ARN FISH ; en vert, Xist, en rouge un gène du chromosome X qui s’exprime, dans les cellules différenciées, exclusivement à partir de l’X non recouvert par Xist). Le mécanisme inverse peut être observé lorsqu’une cellule somatique est reprogrammée en cellule pluripotente. Dans les cellules pluripotentes, l’absence d’inactivation est due, au moins en partie, à l’absence d’expression de Xist.
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Inactivation du chromosome X - Comment une cellule sait compter jusqu’à deux X

Inactivation du chromosome X - Comment une cellule sait compter jusqu’à deux X

Si les limites du Xic et les différents éléments fonctionnels qu’il contient n’ont pas encore été totalement défi- nis, il est établi que ce locus est néces- saire et suffisant à la mise en place de l’inactivation (pour revue, voir [3] ). Le Xic contient entre autres le gène clé de l’inactivation, Xist, dont l’ARN non codant recouvre le chromosome X qui lui a donné naissance, et induit son extinction. Dans les cellules de l’em- bryon précoce, comme dans les cellules souches embryonnaires (cellules ES) qui en sont issues, Xist est exprimé à un faible niveau à partir de ses deux allèles. Au cours de la différencia- tion cellulaire, ces deux allèles vont être régulés différemment : l’un, choisi aléatoirement, est surexprimé pour induire l’inactivation du chromosome qui le porte, tandis que l’autre, au niveau du X restant actif, est progres- sivement éteint (Figure 1) .
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Etude du réseau transcriptionnel du gène Xist, acteur principal de l'inactivation du chromosome X

Etude du réseau transcriptionnel du gène Xist, acteur principal de l'inactivation du chromosome X

uniquement au site de transcription, puis au cours de la différenciation, très rapidement, Xist va se propager le long de son chromosome X en cis (notamment grâce à ses séquences répétées comme vu précédemment), ne s’hybridant jamais avec le chromosome X actif (quelque soit sa proximité) (Wutz communication orale et al., 2009). Sachant que seulement environ 2000 molécules de Xist sont présentes dans le noyau de cellules somatiques femelles à un temps donné (Buzin et al., 1994), et ce, afin de réprimer plus de 150Mb, il doit exister une manière efficace d’aider ce transcrit à se propager le long du Xi de manière à recouvrir la quasi-totalité de son domaine chromosomique. Malheureusement, la manière dont se propage Xist le long du chromosome X inactif lors de sa surexpression, notamment ses partenaires protéiques et ADN demeure encore mystérieuse. Cependant, depuis maintenant plus d’une dizaine d’années (Lyon, 1998), la théorie que les LINEs (pour « Long INterspersed Elements ») de type L1, qui sont des retrotransposons, mesurant jusqu’à 6-7kb, soient impliqués dans ce processus persiste. Ceci est notamment dû au fait qu’ils sont particulièrement enrichies sur le chromosome X, par rapport au reste du génome (Boyle et al., 1990, Bailey et al., 2000, Chureau et al., 2002, Nesterova et al., 2001, Mikkelsen et al., 2007, Waterston et al., 2002), à l’exception des gènes échappant à l’inactivation (Allen et al., 2003, Ross et al., 2005). De plus, leur densité semble corréler avec l’efficacité de la propagation de l’état répressif le long des autosomes, que ce soit dans des contextes de transgénèse de Xic ou bien de translocation X;autosome (Lyon, 1998). Mais cela est aussi dû au fait que les LINEs semblent jouer un rôle capital dans la propagation dans la nucléation d’un compartiment nucléaire répressif autour du Xi (Chow et al., 2010).
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Le modèle de l’inactivation du chromosome X chez la souris

Le modèle de l’inactivation du chromosome X chez la souris

4) et Nanog dans les cellules préépiblastiques [30] . Ces facteurs agiraient directement en réprimant Xist par leur liaison sur le premier intron, et indirectement en contrôlant des activateurs de Xist, comme RNF12 ou l’antisens Tsix [31, 32, 35] . Aux jours 4,5-5 de gestation, les deux chromosomes X deviennent actifs. Cependant, dans l’embryon, ce statut est transitoire et ne dure que le temps de un à deux cycles cellulaires [3] . L’inacti- vation aléatoire d’un chromosome X survient immédia- tement après, et représente un mécanisme essentiel à la survie de la souris femelle. Au jour 6,5, toutes les cellules embryonnaires ont inactivé un chromosome X au hasard, ce qui aboutit à l’expression monoallélique de la majorité des gènes qui lui sont liés. L’inactivation mise en place est extrêmement stable dans l’embryon, probablement à cause de la méthylation de l’ADN. Elle est ensuite transmise de façon clonale aux cellules filles au cours du développement, sauf au niveau des cellules germinales primordiales où le chromosome X inactivé est réactivé. Ce processus de réactivation est plus passif et plus lent que celui qui survient dans la masse cellulaire interne du blastocyste. Autant les données sont claires dans l’ovocyte où l’on observe une réactivation du chromosome Xm au cours de l’ovoge- nèse, autant celles dans le spermatozoïde sont plus incertaines : la transmission du Xp dans un état inactif ou non a fait l’objet de nombreuses controverses, même si actuellement la théorie de l’Xp transmis sous une forme préinactive est remise en cause.
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Inactivation du chromosome X chez la souris : les tendances cis et trans pour 2002

Inactivation du chromosome X chez la souris : les tendances cis et trans pour 2002

binding factor) dans ce choix [8] . L’analyse in silico de DXPas34, une région de quelques kilobases en aval du gène Xist et impliquée dans l’étape du choix ayant révélé la présence de mul- tiples sites de fixation de CTCF, les auteurs ont montré la fixation spéci- fique de cette protéine au niveau de certains de ces sites in vitro par gel- retard, et in vivo par ChIP. Sur la base de ces données, et dans la mesure où la délétion de la région contenant les sites CTCF conduit à une inactivation systématique du chromosome délété, les auteurs postulent que CTCF est impliqué dans le choix du chromosome X à inactiver. Selon leur modèle, la fixation de CTCF sur l’un des deux X déterminerait le futur X actif (Xa) en empêchant l’activation
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Inactivation du chromosome X - Quand les facteurs de pluripotence s’en mêlent

Inactivation du chromosome X - Quand les facteurs de pluripotence s’en mêlent

12. Vigneau S, Clerc P. Sans Tsix, les mâles aussi inactivent leur chromosome X. Med Sci (Paris) 2006 ; 22 : 926-8. mesure où Oct3/4 et Sox2 sont égale- ment présents dans ces cellules, il est raisonnable de penser que ces 3 facteurs participent à la reprogrammation de l’inactivation durant la gamétogenèse. Ces facteurs jouent-ils également un rôle essentiel dans le contrôle de l’inactiva- tion de l’X chez l’humain ? Cette question reste encore en suspend, mais l’accès aux cellules souches embryonnaires humaines devrait nous permettre d’y répondre dans un futur proche. Enfin, si l’on comprend mieux maintenant comment l’inactiva- tion du X et la pluripotence sont liées, le pourquoi de ce lien reste toujours mys- térieux : la présence d’un chromosome X inactif est-elle incompatible avec l’état pluripotent ? ‡
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Reprogrammation épigénétique - L’apport de l’inactivation du chromosome X

Reprogrammation épigénétique - L’apport de l’inactivation du chromosome X

Réprimer Xist pour réactiver le Xi lors de l’acquisition de la pluripotence Présent sur le chromosome X, le gène Xist produit un long ARN non codant qui a les propriétés uniques de n’être exprimé qu’à partir du Xi et de former un domaine nucléaire dédié à la répression des gènes du Xi [6] . Dans les cellules pluripotentes, l’expression de Xist est réprimée, alors que leur différenciation induit l’expression monoallélique de Xist à partir d’un seul X aléatoirement choisi, qui devient alors le Xi (Figure 1) . Dif- férentes approches ont montré que, du moins dans les cellules ES, le promoteur de Xist est réfractaire au recrutement de la machinerie basale de transcription, et est enfoui dans une structure chroma- tinienne fermée. En revanche, dans les cellules différenciées où l’inactivation d’un des deux X a eu lieu, le promoteur de l’allèle de Xist présent sur le Xi recrute
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Inactivation du chromosome X chez l’humain - XACT et XIST, à chacun son chromosome

Inactivation du chromosome X chez l’humain - XACT et XIST, à chacun son chromosome

some X est un processus qui se met en place très tôt au cours du développe- ment embryonnaire. L’essentiel de nos connaissances concernant l’inactivation et sa mise en place lors des étapes précoces du développement vient de l’étude du modèle murin et, en particu- lier, des cellules souches embryonnaires de souris [1, 2] (Figure 1) . L’ARN non codant Xist est l’acteur principal de ce processus. Son expression induit le début de l’inactivation et sa propaga- tion sur l’un des chromosomes X chez la femelle. Xist est exprimé à partir du futur X inactif, ce qui entraîne la répres- sion transcriptionnelle du chromosome, puis l’acquisition de marques épigéné-
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Segregation of a totally skewed pattern of X chromosome inactivation in four familial cases of Rett syndrome without MECP2 mutation: implications for the disease

Segregation of a totally skewed pattern of X chromosome inactivation in four familial cases of Rett syndrome without MECP2 mutation: implications for the disease

If the totally skewed XCI pattern is a genetic trait segregating in these four RTT families, it should be possible to localise it by classical link- age analysis. Using 32 polymorphic markers dis- tributed evenly along the human X chromosome for genotyping, we have excluded almost all regions of the X (including Xq28 and Xq13) from being the region in which a locus causing a completely skewed XCI pattern could be located. This shows that the two traits (that is, Rett syndrome and the completely skewed XCI pattern) are not linked, since the Xp11 region is excluded from involvement in the Rett syn- drome phenotype based on allele sharing by a Vected girls in this region of the X chromo- some. It also excludes a mutated allele of XIST as being the cause of this completely skewed XCI pattern. However, a 30 cM region located between markers DXS1068 and DXS1204 sys- tematically segregates with the skewed pattern of inactivation in our families and thus cannot be excluded. This region of approximately 15 Mb is a potential candidate region to contain a gene acting on X chromosome inactivation. Unfortu- nately, the lod score obtained using our data is not significant (Z=1.5 at è=0) and more families need to be studied.
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Evaluation of X Chromosome Inactivation with Respect to HLA Genetic Susceptibility in Rheumatoid Arthritis and Systemic Sclerosis

Evaluation of X Chromosome Inactivation with Respect to HLA Genetic Susceptibility in Rheumatoid Arthritis and Systemic Sclerosis

X chromosome inactivation assay Genotyping of a polymorphic site in the human androgen receptor (AR) gene was performed and quantified based on the use of radioactive α- 33 P-dCTP (NEN, Boston, MA, USA) to assess the XCI patterns as previously described [ 13 , 30 ]. DNA methylation occurs on the inactive X, and prevents a methylation-sensitive HpaII restriction enzyme to cleave on its specific site located on exon 1 of AR gene. When the genomic DNA is cleaved with HpaII prior to PCR, only the methylated AR allele, which represents the inactive X-chromosome, is amplified. A polymorphic CAG repeat located within the amplified region is used to distinguish between the two alleles ( Fig 1 ). For each patient and control the same polymerase chain reactions (PCRs) was performed on two samples, with or without HpaII treatment. Male DNA with veri- fied 46XY karyotype was used as control for complete digestion. Densitometric analysis of the alleles was performed at least twice for each sample using the MultiAnalyst version 1.1 software (Bio-rad, Hercules, California, USA). A corrected ratio was calculated by dividing the ratio of the predigested sample (upper/lower allele) by the ratio of the non-predigested sample for nor- malization of the ratios that were obtained from the densitometric analyses. The use of cor- rected ratio compensates for preferential amplification of the shorter allele when the number of PCR cycles increases [ 31 ]. A skewed population is defined when a cell population represents 80% or higher of one of the AR alleles (mosaicism ratio of  80:20) and extremely skewed when mosaicism is at a ratio  90:10. It is noted that French and American patients with SSc have been tested for XCI with the same methods.
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X chromosome inactivation and active X upregulation in therian mammals: facts, questions, and hypotheses.

X chromosome inactivation and active X upregulation in therian mammals: facts, questions, and hypotheses.

mammalian species confirmed that gene survival was non-random and that the Y became specialized through selection to preserve homologous dosage-sensitive X – Y gene pairs involved in re- gulatory functions ( Bellott et al., 2014 ; Cortez et al., 2014 ). With regard to the X, theoretical studies show that recessive male- beneficial and dominant female-beneficial mutations are more likely to accumulate on it because of its hemizygous state in males and because it spends ‘twice as much time’ in females than in males, respectively ( Rice, 1984 ). Thus, the X chromosome may represent a preferred location for both male- and female- beneficial genes. For example, the X is indeed enriched in genes preferentially expressed in spermatogonia and in the placenta ( Wang et al., 2001 ; Khil et al., 2004 ). A recent analysis showed that the evolution of human and mouse X chromosomes was bimodal: most (94% – 95%) X-linked single-copy genes are shared by humans and mice and are expressed in both sexes. However, only 31% of human and 22% of mouse X-ampliconic genes (i.e. forming multigenic families) had orthologs in the other species and are expressed predominantly in testicular germ cells. Moreover, many of them were independently acquired since the divergence from the common ancestor of humans and mice ( Mueller et al., 2013 ). Another property that can affect X gene content is meiotic sex chromosome inactivation (MSCI), in which the unpaired parts of the X and Y chromosomes (i.e. most
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Random monoallelic expression of genes on autosomes: Parallels with X-chromosome inactivation

Random monoallelic expression of genes on autosomes: Parallels with X-chromosome inactivation

2. Mechanisms underlying establishment and maintenance of monoallelic expression compared to XCI The mechanisms by which RME of autosomal genes is established and those by which it is maintained, both remain open questions. Indeed, even in XCI, the exact mechanism underlying monoallelic upregulation of the Xist gene on only one allele is far from being fully understood despite decades of research on the Xist regulatory network [41]. Several mechanisms, that could act in combination, have been proposed to ensure Xist monoallelic upregulation: these include feedback loops that involve cis- and/or trans-acting regulators; transient pairing and symmetry breaking; the involvement of a pre-existing poised state on one allele; switching between alternate chromatin conformation states at each allele, enabling differential opportunities to allow Xist upregulation [42]; or stochastic monoallelic/biallelic Xist upregulation and secondary selection against cells that make the wrong choice (i.e. no XCI or inactivation of both alleles) (reviewed in [43]). Related mechanisms might account for the regulation of RME genes on autosomes, although so far no loci have been dissected in as much detail as the X-inactivation centre (Xic). Nonetheless, inspired by studies on Xist, various reports have drawn parallels between some RME loci and regulation of the Xic. Likewise, the molecular mechanisms involved in maintenance of the inactive state of the X chromosome [4] could be explored in the context of RME loci ( Figure 2 ). Here we detail some of the common and divergent properties between XCI and autosomal RME.
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Caractérisation de l'inactivation du chromosome X chez l'humain à la naissance : distribution et transmission des ratios d'inactivation

Caractérisation de l'inactivation du chromosome X chez l'humain à la naissance : distribution et transmission des ratios d'inactivation

Le constat intéressant de cette étude demeure le suivant: de la naissance (et probablement depuis l’embryogénèse) à l’âge adulte, le degré de mosaïcisme biaisé augmente dans les deux tis[r]

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Dernières nouvelles du chromosome X - Des principes généraux nuancés

Dernières nouvelles du chromosome X - Des principes généraux nuancés

Locus de XIST 8 Exon 7 6 5 4 3 2 Exon 1 A B Figure 1. XIST et la mise en place de l’inactivation d’un des deux chromosomes X chez la souris. A. Panneau du haut : zoom sur le centre d’inactiva- tion du chromosome X de la souris, où sont représentés les gènes codants (traits pleins) et les gènes non codants (pointillés) dont XIST (en vert). Panel du milieu : zoom sur la structure du gène de XIST chez la souris, avec les exons (de 1 à 8) représentés par les rectangles gris et les introns par une ligne noire. Les éléments répétés annotés de A à F sont représentés en couleurs. Panneau du bas : représentation schématique de l’ARN XIST avec ses partenaires protéiques. B. Représentation schématique, au niveau d’un nucléosome, de la cinétique d’inactivation du chromosome X. Avant l’inactivation, les marques activatrices H3K27ac, H3K9ac, H3K4me3, H4ac ainsi que l’ARN polymérase II (Pol II) sont présentes sur le chromosome X. L’expression de XIST et son interaction avec SPEN conduit à (1) l’expulsion de la Pol II, (2) au recrutement de HDAC3 et à la déacé- tylation des histones 3 et 4, (3) la perte de la marque H3K4me3. (4) L’interaction de XIST avec PRC1 permet l’apposition de la marque répressive H2AK119ub, (5) puis de la marque H3K27me3 par PRC2 ; (6) enfin, DNMT3B catalyse la méthylation de l’ADN. La localisation de XIST au niveau du X inactif se fait par le biais des protéines SAF-A et YY1. Enfin, les protéines SMCHD1 et LBR entraînent, respectivement, une réorganisation topolo- gique du X inactif et sa localisation en périphérie du noyau cellulaire.
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Sans Tsix, les mâles aussi inactivent leur chromosome X

Sans Tsix, les mâles aussi inactivent leur chromosome X

Figure 1. L’inactivation du chromosome X met en jeu les ARN non codants Xist et Tsix. L’expression de Xist et de Tsix est ici visualisée par RNA-FISH dans des cellules souches ES murines. Dans les cellules indifférenciées aussi bien mâles que femelles, les chromosomes X sont actifs (Xa), Tsix est fortement exprimé et Xist est très faiblement exprimé. En cours de différenciation, l’expres- sion de Tsix est perdue et une forte expression de Xist est observée sur l’un des deux chromosomes X dans les cellules femelles (pour revue, voir [2] ).

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Dernières nouvelles du chromosome X : Des principes généraux nuancés

Dernières nouvelles du chromosome X : Des principes généraux nuancés

Locus de XIST 8 Exon 7 6 5 4 3 2 Exon 1 A B Figure 1. XIST et la mise en place de l’inactivation d’un des deux chromosomes X chez la souris. A. Panneau du haut : zoom sur le centre d’inactiva- tion du chromosome X de la souris, où sont représentés les gènes codants (traits pleins) et les gènes non codants (pointillés) dont XIST (en vert). Panel du milieu : zoom sur la structure du gène de XIST chez la souris, avec les exons (de 1 à 8) représentés par les rectangles gris et les introns par une ligne noire. Les éléments répétés annotés de A à F sont représentés en couleurs. Panneau du bas : représentation schématique de l’ARN XIST avec ses partenaires protéiques. B. Représentation schématique, au niveau d’un nucléosome, de la cinétique d’inactivation du chromosome X. Avant l’inactivation, les marques activatrices H3K27ac, H3K9ac, H3K4me3, H4ac ainsi que l’ARN polymérase II (Pol II) sont présentes sur le chromosome X. L’expression de XIST et son interaction avec SPEN conduit à (1) l’expulsion de la Pol II, (2) au recrutement de HDAC3 et à la déacé- tylation des histones 3 et 4, (3) la perte de la marque H3K4me3. (4) L’interaction de XIST avec PRC1 permet l’apposition de la marque répressive H2AK119ub, (5) puis de la marque H3K27me3 par PRC2 ; (6) enfin, DNMT3B catalyse la méthylation de l’ADN. La localisation de XIST au niveau du X inactif se fait par le biais des protéines SAF-A et YY1. Enfin, les protéines SMCHD1 et LBR entraînent, respectivement, une réorganisation topolo- gique du X inactif et sa localisation en périphérie du noyau cellulaire.
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Autosomal random asynchronous replication is analogous to X-chromosome inactivation

Autosomal random asynchronous replication is analogous to X-chromosome inactivation

In addition, genes that are monoallelically expressed in a non-random, imprinted manner are asynchronously replicated in a non- random manner (as the paternal allele is typically ear[r]

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X inactivation in a mammal species with three sex chromosomes

X inactivation in a mammal species with three sex chromosomes

2001 ). Fixation of X-autosome translocations is neverthe- less not that uncommon in mammalian karyotypes, and it has been suggested that the cost of such rearrangement can be overcome by the addition of a large block of heterochro- matin between the X and the autosomal segments that would serve as a boundary to functionally isolate the two components. Support for this hypothesis is found in almost all mammal species known to possess X-autosome translo- cations, in which a large block of heterochromatin is sys- tematically identified between the two chromosomal seg- ments (review in Dobigny et al. ( 2004 )). However, very few studies have actually demonstrated its role as insulation buffer. In the common shrew Sorex araneus and in rodents of the genus Taterillus, replication banding pattern after BrdU treatment showed that a late-replicating segment, supposedly inactive, was limited to the ancestral X com- partment (Pack et al. 1993 ; Dobigny et al. 2004 ), and in the marsupial potoroo Potorous tridactylus, hypomethyla- tion was restricted to one of the X chromosome arms of the X-autosome translocations (Rens et al. 2010 ). Here, with modern technique of immunofluorescence to detect histone modifications, we confirmed that the X inactivation never extents to the translocated autosome in M. minutoides (Fig.
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Live-Cell Chromosome Dynamics and Outcome of X Chromosome Pairing Events during ES Cell Differentiation

Live-Cell Chromosome Dynamics and Outcome of X Chromosome Pairing Events during ES Cell Differentiation

*Correspondence: edith.heard@curie.fr DOI 10.1016/j.cell.2011.03.032 SUMMARY Random X inactivation represents a paradigm for monoallelic gene regulation during early ES cell differentiation. In mice, the choice of X chromosome to inactivate in XX cells is ensured by monoallelic regulation of Xist RNA via its antisense transcription unit Tsix/Xite. Homologous pairing events have been proposed to underlie asymmetric Tsix expres- sion, but direct evidence has been lacking owing to their dynamic and transient nature. Here we investi- gate the live-cell dynamics and outcome of Tsix pair- ing in differentiating mouse ES cells. We find an over- all increase in genome dynamics including the Xics during early differentiation. During pairing, however, Xic loci show markedly reduced movements. Upon separation, Tsix expression becomes transiently monoallelic, providing a window of opportunity for monoallelic Xist upregulation. Our findings reveal the spatiotemporal choreography of the X chromo- somes during early differentiation and indicate a direct role for pairing in facilitating symmetry- breaking and monoallelic regulation of Xist during random X inactivation.
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Deletion of DXZ4 on the human inactive X chromosome alters higher-order genome architecture

Deletion of DXZ4 on the human inactive X chromosome alters higher-order genome architecture

tionally silent and adopts an unusual 3D configuration known as the “Barr body.” Despite the importance of X chromosome inactivation, little is known about this 3D conformation. We recently showed that in humans the Xi chromosome exhibits three structural features, two of which are not shared by other chromosomes. First, like the chro- mosomes of many species, Xi forms compartments. Second, Xi is par- titioned into two huge intervals, called “superdomains,” such that pairs of loci in the same superdomain tend to colocalize. The bound- ary between the superdomains lies near DXZ4, a macrosatellite repeat whose Xi allele extensively binds the protein CCCTC-binding factor. Third, Xi exhibits extremely large loops, up to 77 megabases long, called “superloops.” DXZ4 lies at the anchor of several superloops. Here, we combine 3D mapping, microscopy, and genome editing to study the structure of Xi, focusing on the role of DXZ4. We show that superloops and superdomains are conserved across eutherian mammals. By analyzing ligation events involving three or more loci, we demonstrate that DXZ4 and other superloop anchors tend to colocate simultaneously. Finally, we show that deleting DXZ4 on Xi leads to the disappearance of superdomains and superloops, changes in compartmentalization patterns, and changes in the distribution of chromatin marks. Thus, DXZ4 is essential for proper Xi packaging.
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