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De novo transcriptome

De novo transcriptome assembly from flower buds of dioecious, gynomonoecious and chemically masculinized female Coccinia grandis reveals genes associated with sex expression and modification

De novo transcriptome assembly from flower buds of dioecious, gynomonoecious and chemically masculinized female Coccinia grandis reveals genes associated with sex expression and modification

... de novo transcriptome assembly and annotation using BLAST2GO and Trinotate A total of 306,575,536 paired-end reads (150 bp) were ob- tained after sequencing all the twelve libraries on the Illu- mina ...

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SNP Detection from De Novo Transcriptome Sequencing in the Bivalve Macoma balthica: Marker Development for Evolutionary Studies

SNP Detection from De Novo Transcriptome Sequencing in the Bivalve Macoma balthica: Marker Development for Evolutionary Studies

... Hybrid zones are noteworthy systems for the study of environmental adaptation to fast-changing environments, as they constitute reservoirs of polymorphism and are key to the maintenance of biodiversity. They can move in ...

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De novo transcriptome assembly of the grapevine phylloxera allows identification of genes differentially expressed between leaf- and root-feeding forms

De novo transcriptome assembly of the grapevine phylloxera allows identification of genes differentially expressed between leaf- and root-feeding forms

... assembled transcriptome. Moreover, the average percent- age of “recovery” (length of the target gene that is matched) was 75.6 %: given that a gene is considered as tentatively complete at 80 %, these statistics ...

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De novo genome and transcriptome resources of the Adzuki bean borer Ostrinia scapulalis (Lepidoptera: Crambidae)

<em>De novo</em> genome and transcriptome resources of the Adzuki bean borer <em>Ostrinia scapulalis</em> (Lepidoptera: Crambidae)

... De novo transcriptome In March 2011, diapausing larvae were collected in mugwort stems from Nadarzin (Poland) and then reared in the laboratory to obtain fresh tissues from the following developmental ...

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Étude et décontamination du transcriptome de novo du nématode doré Globodera rostochiensis

Étude et décontamination du transcriptome de novo du nématode doré Globodera rostochiensis

... or transcriptome of the target organism to monitor gene expression, which is very useful for non-model organisms lacking a well-annotated reference genome (Robertson et ...De novo transcriptome ...

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De novo assembly and annotation of the retinal transcriptome for the Nile grass rat (Arvicanthis ansorgei)

De novo assembly and annotation of the retinal transcriptome for the Nile grass rat (Arvicanthis ansorgei)

... out.txt [ 14 ]. Cleaned paired reads were combined across both samples and passed to Trinity for de novo transcriptome assembly with in silico normalization [ 15 ]. Trinity was invoked using the command ...

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FAssem : FPGA based Acceleration of De Novo Genome Assembly

FAssem : FPGA based Acceleration of De Novo Genome Assembly

... II. R ELATED W ORK Several groups have attempted to accelerate NGS short read mapping using FPGAs. Corey B. Olson et al. [2] has shown acceleration of short read mapping on FPGA. The authors compare their results with ...

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Biodisponibilité et mobilité du phosphore des sédiments de la lagune de Porto-Novo

Biodisponibilité et mobilité du phosphore des sédiments de la lagune de Porto-Novo

... solides sont déposés un peu partout dans la ville et le long de la lagune sans aucun contrôle, sans aucune protection. Les eaux de ruissellement drainent donc vers la lagune, sans traitement, les éléments issus de ces ...

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Identification et caractérisation des G-quadruplexes dans le transcriptome humain

Identification et caractérisation des G-quadruplexes dans le transcriptome humain

... du transcriptome humain Plusieurs études bio-informatiques pour l’identification de motifs G4 ont été rapportées dans la littérature à ce ...le transcriptome humain ont été rapportées à ce ...du ...

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Structure, dynamique et évolution du transcriptome chez les conifères

Structure, dynamique et évolution du transcriptome chez les conifères

... du transcriptome reliée à la différentiation tissulaire n’a donc pas été ...du transcriptome par rapport à d’autres facteurs (Ma et ...du transcriptome et d’identifier des gènes candidats selon ...du ...

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Mutations de novo de SYNGAP1 associées à la déficience intellectuelle non syndromique

Mutations de novo de SYNGAP1 associées à la déficience intellectuelle non syndromique

... Haplo-insuffisance de SYNGAP1 à l’origine de déficience intellectuelle L’hypothèse de notre groupe est que des mutations ponctuelles de novo touchant des gènes essentiels pour la plasticité synaptique pourraient ...

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Développement de méthodes d'assemblage de génomes de novo adaptées aux bactéries endosymbiotes

Développement de méthodes d'assemblage de génomes de novo adaptées aux bactéries endosymbiotes

... i Résumé Le but de ce projet était de développer des méthodes d'assemblage de novo dans le but d'assembler de petits génomes, principalement bactériens, à partir de données de séquençage de nouvelle-génération. ...

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Further Insights into Brevetoxin Metabolism by de Novo Radiolabeling,

Further Insights into Brevetoxin Metabolism by de Novo Radiolabeling,

... de novo activities of the dinoflagellate, working in close to “natural” ...de novo production of toxins from acetate started before the end of the log ...

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Um novo olhar sobre sistemas tradicionais de avicultura caipira.

Um novo olhar sobre sistemas tradicionais de avicultura caipira.

... Este trabalho analisa um estudo sobre os sistemas tradicionais de criação de galinhas na agricultura familiar. Utiliza a pesquisa-ação com famílias da região norte do estado do Espírito Santo. Envolve a realização de ...

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Considering transposable element diversification in de novo annotation approaches

Considering transposable element diversification in de novo annotation approaches

... de novo consensuses and ‘‘knowledge-based’’ consensuses, as in Table 1, showed that RECON was systematically the most sensitive method, whereas GROUPER was systematically the most ...de novo consensuses ...

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Approches intégrées du génome et du transcriptome dans les maladies complexes humaines

Approches intégrées du génome et du transcriptome dans les maladies complexes humaines

... dans la compréhension des mécanismes liant ces loci aux maladies complexes. Cette analyse a également permis de mettre en évidence l'existence de contamination par des types cellulaires non désirés dans l'étude GHS. Nous ...

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Évaluation de la cytogénotoxicité des sites de pollution du PONT et d’ACCRON de la lagune de Porto- Novo

Évaluation de la cytogénotoxicité des sites de pollution du PONT et d’ACCRON de la lagune de Porto- Novo

... ABSTRACT Objective: The effects cytogenotoxicity at the sites of PONT and ACCRON of Porto-Novo lagoon were evaluated using root tip cells of Allium cepa. Methodology and results: In this study, root length and ...

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Turnover of ribosome-associated transcripts from de novo ORFs produces gene-like characteristics available for de novo gene emergence in wild yeast populations

Turnover of ribosome-associated transcripts from de novo ORFs produces gene-like characteristics available for de novo gene emergence in wild yeast populations

... de novo from previously noncoding regions (Chen et al. 2013). De novo gene origination is a source of complete inno- vation because genes emerge solely from mutations, not from the modification of ...

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Étude de la variabilité inter-individuelle du transcriptome soumis à un stimulus

Étude de la variabilité inter-individuelle du transcriptome soumis à un stimulus

... L’analyse du transcriptome est un bon exemple de ces évolutions. Avec l’avènement de la technique de PCR (Mullis and Faloona, 1987), les premières analyses se concentraient péniblement sur une dizaine de gènes ...

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No structural Brain differences in 'de novo' Parkinsonian patients

No structural Brain differences in 'de novo' Parkinsonian patients

... Methods: We performed a VBM study of 144 de novo PD patients (age: 61.30y±9.06; sex: 53F) and 66 HC (age: 60.12y±11.39; sex: 23F) from the PPMI database [1] through two different state-of-the-art pipelines: 1) ...

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