Structure d’un PC

(1)

Fabrice Duprat février 2001 1

INFORMATIQUE

APPLIQUE A LA BIOLOGIE

Fabrice DUPRAT

Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire Valbonne

(2)

Principes de base

d'utilisation des PC

(3)

Structure d’un PC

Microprocesseur

Mémoire vive: RAM (Random Access Memory)

Mémoire morte: ROM (Read Only Memory)

Horloge interne

Imprimante Modem

Ecran

Unité centrale

Souris

Scanner Clavier

Modem

Entrées Sorties

Stockage

Disque dur

CD ROM

Lecteur zip, syquest, ...

Disquette

(4)

Organisation des fichiers

répertoires, sous-répertoires (directory, sub-directory)

Disque dur C: Disque dur D:

system.ini courrier.doc comptes.xls photo.jpg

windows perso

Disquette A:

courrier.doc rapport.doc

c:\windows\system.ini d:\perso\courrier.doc d:\bureau\courrier.doc a:\courrier.doc

courrier.doc bureau

(5)

Extensions

.exe : programme

.com : commande

.ini : systeme

.zip : compresse

.arj : "

.doc : Word

.xls : Excel

.pdf : Acrobat

.ppt : Powerpoint

.htm : hypertexte .html : "

.shtml : "

.bmp : image

.gif : "

.jpg : "

.tif : "

.wmf : "

(6)

Sélections

Copier / Couper / Coller

Copier Ctrl + C Edition/Copier (copy) Couper Ctrl + X Edition/Couper (cut) Coller Ctrl + V Edition/Coller (paste) Sélection unique Surligne

Sélection d'une liste Shift + 2 Click Sélection multiple Ctrl + clicks Tout sélectionner Ctrl + A

(7)

PRINCIPE GENERAL

SOURIS-SOURIS

CLAVIER-CLAVIER

(8)

Copier / Déplacer / Effacer / Renommer un fichier

Copier Ctrl + C Edition/Copier (copy) Couper Ctrl + X Edition/Couper (cut) Coller Ctrl + V Edition/Coller (paste)

Effacer Suppr Fichier/Supprimer

Renommer Double Click Fichier/Renommer

Glisser/Lacher (Drag and drop) Glisser/Lacher + Shift

(9)

Raccourcis (shortcut)

Fichier/Créer un raccourci Glisser/Lacher sur le bureau (desktop)

(10)

Utilisation d'Internet dans les

laboratoires scientifiques

(11)

Que peut on faire avec Internet ?

1

Lire des pages html

3

Transférer des fichiers

2

Envoyer et recevoir du courrier électronique

4

Participer à des forums de discussion

(12)

Principes généraux

Historique Fonctionnement

Vocabulaire

(13)

Un réseau de réseaux américains

Historique:

1969: Arpanet (armée US)

NSF (National Science Foundation) Bitnet, Usenet, …

Passerelles (gateways)

(14)

Internet:

Un réseau de réseaux internationaux

(15)

Réseau de Valrose

Source: CRI

(16)

Connexion par modem

Un point d’entrée dans le réseau global

(17)

Transmission par paquets

Protocole TCP / IP

(Transfer Control Protocol / Internet Protocol)

(18)

Types de réseau

Réseau de type BUS

Réseau en anneau

Réseau de type client serveur

(19)

Adresse IP (Internet Protocol)

Exemple: 134.59.105.10 xeres.unice.fr

gelas.ipmc.cnrs.fr

Nécessité d ’un DNS (Domain Name Server)

serveur.sousdomaine.domaine.pays

(20)

Identificateurs des serveurs Internet

.gov government .edu education .mil military

.com commercial .net network

.org organizations

.at Autriche .au Australie .ca Canada .ch Suisse

.de Allemagne .fr France

.uk Royaume Uni .it Italie

(21)

Structure d ’une URL

(Uniform Resource Locator)

protocole://indicateur.serveur.sousdomaine.domaine.pays/chemin/fichier.htm

Exemple: http://w3.gelas.ipmc.cnrs.fr/equipes/vincent.shtml

Exemple: ftp://ftp.nephi.cri.unice.fr/bibliotheque/theses.htm

ftp = file transfer protocol

http = hyper text transfer protocol

Exemple: jean.dupond@xeres.unice.fr

Email = electronic mail

(22)

1 Lire des pages html

3 Transférer des fichiers

2 Envoyer et recevoir du courrier électronique

4 Participer à des forums de discussion

(23)

Lire une page HTML

Exemple:

http://serv.sorbonne.univ-paris.fr/mmm/film.html Navigateurs:

Navigator, Communicator (Netscape) Internet Explorer (Microsoft)

(Hyper Text Markup Language)

(24)

Contenu d ’une page HTML

(25)

Liens hypertexte

page2.htm

Vers page 1

(page1.htm)

page1.htm Vers page 2

(page2.htm)

Vers Unice

(http://www.unice.fr)

Page d'accueil Unice

Accueil

bla bla bla bla

(26)

Des millions de pages sur l’ensemble des ordinateurs de la planète

page1.htm page2.htm

http://serv.sorbonne.univ-paris.fr/mmm/film.html

http://w3.gelas.ipmc.cnrs.fr/equipes/vincent.shtml

http://www.altavista.com

(27)

Moteurs de recherche

http://fr.altavista.com http://www.nomade.fr http://fr.yahoo.com http://www.francite.com

(28)

Méta moteurs de recherche

COPERNIC INFIND: http://www.infind.com/

(29)

Garder les bonnes adresses

Netscape: signets (bookmarks) Internet Explorer: favoris (favorites)

(30)

ATTENTION

Zone cache (temporary internet files) Serveur proxy

Boutons: Recharger (Reload)

Rafraichir (Refresh)

(31)

APPLICATION: Recherche bibliographique

http://www.sciencedirect.com

(32)

APPLICATION: Recherche bibliographique

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi

Isaac JT, Crair MC, Nicoll RA & Malenka RC (1997)

Silent synapses during development of thalamocortical inputs. Neuron 18(2)

(33)

APPLICATION

Créer sa page en HTML

(34)

(page1.htm)

<HTML>

<BODY>

<H1 ALIGN="CENTER"> Ma premiere page web </H1>

<BR>

<HR>

<H2> Je vous propose aujourd'hui les liens suivants: </H2>

<BR>

<P> <A HREF="http://www.unice.fr"> Universite de Nice </A> </P>

<BR>

<P>

<A HREF="page2.htm"> <IMG SRC="lien.gif"> Deuxieme page </A>

</P>

<BR>

<P ALIGN="RIGHT">Mon nom, fevrier 2001</P>

</BODY>

</HTML>

(35)

(page2.htm)

<HTML>

<BODY>

<H1 ALIGN="CENTER"> Ma deuxieme page web </H1>

<BR>

<HR>

<BR>

<P> <A HREF="page1.htm"> Retour premiere page </A> </P>

<BR>

<P ALIGN="RIGHT"> Mon nom, fevrier 2001 </P>

</BODY>

</HTML>

(36)

1 Lire des pages html

3 Transférer des fichiers

2 Envoyer et recevoir du courrier électronique

4 Participer à des forums de discussion

(37)

Exemple 1:

michel.durand

@maison2 .voltaire .paris .fr

Exemple 2: duprat@ipmc.cnrs.fr

Format d'une adresse IP

(Internet Protocol)

(38)

Envoyer un email

( e lectronic mail )

(39)

Exemple de logiciel de gestion d'email:

Eudora

http://www.eudora.com

(40)

Structure d'un email

Destinataire (obligatoire) Expéditeur

Sujet Copies

Fichier attaché Message

Signature

(41)

Fonctions diverses

Copies

Fichier attaché Signature

Carnet d’adresses

(42)

Créer un compte d’ Email gratuit

http://www.nomade.fr http://www.hotmail.com http://mail.altavista.fr http://fr.yahoo.com

http://www.caramail.com http://www.voila.fr

APPLICATION

(43)

APPLICATION:

Recevoir le sommaire de Cell

Cell, Volume 104, Issue 4,

dated Feb 23 2001, is now available at:

http://www.cell.com/content/vol104/issue4/

A plain-text copy of the table of contents has been appended below.

--- Cell

Current Table of Contents: Feb 23 2001; 104 (4) --- Overview

--- After the Genome: DNA and Human Disease.

Kevin Davies

Cell 2001 104 (4), p. 465

http://www.cell.com/cgi/content/full/104/4/465 --- Minireview

--- HIV-1 Sequence Variation: Drift, Shift, and Attenuation.

Michael H. Malim and Michael Emerman Cell 2001 104 (4), p. 469

http://www.cell.com/cgi/content/full/104/4/469

http://www.cell.com

(44)

APPLICATION:

Recherche bibliographique automatique

http://www.sciencedirect.com

(45)

1 Lire des pages html

3 Transférer des fichiers

2 Envoyer et recevoir du courrier électronique

4 Participer à des forums de discussion

(46)

Transfert de fichiers

FTP: File Transfer Protocol

(47)

Serveurs FTP

Logiciels:

ftp://ftp.calvacom.fr

http://www.shareware.com ftp://ftp.nephi.unice.fr

Biologie:

ftp://biomol.univ-lyon1.fr

Divers:

ftp://ftp.inria.fr ftp://ftp.cnam.fr

LIRE LE FICHIER: readme

(48)

Page HTML pour FTP

(download uniquement)

(49)

Exemple de logiciel: Ws FTP

(download et upload)

(50)

Le système Archie

(51)

APPLICATION:

Journaux électroniques

http://www.unice.fr/BU/sciences/perelec.htm

(52)

APPLICATION:

Rapatrier (download) un article entier

http://www.neuron.org

(53)

APPLICATION:

Le format acrobat (.pdf)

http://www.adobe.com/acrobat

(54)

1 Lire des pages html

3 Transférer des fichiers

2 Envoyer et recevoir du courrier électronique

4 Participer à des forums de discussion

(55)

Serveur de l'Université de Nice:

news.unice.fr

Groupes modérés ou non

Forums de discussion (Newsgroup)

Usenet

(56)

Liste des forums de discussion

(57)

Forum de discussion

(58)

Types de forums de discussion

fr langue française misc miscallenous mag magazines org clubs divers

rec recreational activities sci sciences

soc social etc autres alt autres

.d non modéré

(59)

Smileys

:-) humour :-( tristesse

:-/ mauvaise nouvelle

;-) ironie

;-> sarcasme :-D rire

:-o étonnement :-x secret

etc ...

(60)

Adresses utiles: Informatique

Produits informatiques:

http://www.microsoft.com http://www.netscape.com http://www.eudora.com

http://www.adobe.com/acrobat http://www.copernic.com/fr/

Sites FTP:

ftp://ftp.nephi.unice.fr ftp://ftp.calvacom.fr

http://www.shareware.com ftp://biomol.univ-lyon1.fr ftp://ftp.inria.fr

ftp://ftp.cnam.fr

(61)

Adresses utiles: Internet

Email gratuit:

http://www.nomade.fr http://www.hotmail.com http://mail.altavista.fr http://fr.yahoo.com

http://www.caramail.com http://www.voila.fr

Moteurs de recherche:

http://www.northernlight.com http://www.snap.com

http://www.excite.com http://infoseek.go.com http://www.lycos.fr http://fr.altavista.com http://www.nomade.fr http://fr.yahoo.com

http://www.francite.com

Méta Moteur de recherche:

http://www.infind.com Internet:

http://www.nic.fr http://www.w3.org

(62)

Adresses utiles: Sciences

Journaux avec texte complet (full text):

http://www.unice.fr/BU/sciences/perelec.htm http://www.neuron.org

http://www.nature.com http://www.cellpress.com

Forums de discussion:

news.unice.fr

news.compuserve.com

Bases de données bibliographiques:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi http://www.sciencedirect.com

Organismes:

http://www.inserm.fr http://www.cnrs.fr

(63)

Adresses utiles: Divers

Pages blanches et jaunes http://www.pageszoom.com

Associations

http://www.abg.asso.fr

http://garp.univ-bpclermont.fr/cec/indexbis.html http://garp.univ-bpclermont.fr/guilde/

http://www.unice.fr/AJC06/index.html http://www.apec.asso.fr

(64)

Manipulation d'images à

usage scientifique

(65)

Images en mode point ou bitmap

= un ensemble de points (pixels)

Exemple: image de 20 pixels x 10 pixels

(66)

Image bitmap: agrandissement

(67)

Images vectorielles

= un ensemble de vecteurs

Exemple:

x x

(68)

Image vectorielle: agrandissement

(69)

Caractéristiques d'une image:

Taille

120x50 pixels 10x25 cm

30x50 pouces (inches)

1 inch = 2,7 cm

(70)

Caractéristiques d'une image:

Résolution

Résolution image: pixels par pouces (ppi, pixels per inch) Gamme: 72 à 200 ppi

Exemple: Ecran 800 pixels ~27 cm ~10 inches soit 80 ppi Résolution imprimante: points par pouces (dpi, dots per inch)

Gamme: 300 à 1200 dpi

(71)

Rapport taille / résolution

Image 400x200 pixels

Résolution 100 dpi Résolution 200 dpi

4 inches

2 inches

1 inch

Image 200x200 pixels

2 inches

2 inches 1 inch

1 inch

(72)

Caractéristiques d'une image:

Profondeur de couleur

1 bit = 2 couleurs

8 bits (1 octet) = 256 niveaux de gris

= 256 couleurs

16 octets/bits (2 octets) = 65536 couleurs

24 octets/bits (4 octets) = 16.7 millions couleurs

(73)

Comprendre la couleur

La roue chromatique

Couleurs primaires: rouge, vert , bleu

Couleurs secondaires: jaune , magenta, cyan Addition des couleurs = blanc

Absence de couleur = noir

Teinte = longueur d'onde, vert, bleu, etc...

Saturation (intensité, chroma) = qualité de la lumière en quantité de gris Luminosité (luminance, valeur) = intensité de lumière perçue

Rouge

Jaune

Vert Bleu

Magenta

Cyan

0

43

85

128

170

212

(74)

La lumière

Lumière réfléchie (modèle soustractif)

(75)

La lumière

Lumière émise (modèle additif)

(76)

Définition des couleurs

Méthode RVB (Rouge / Vert / Bleu) Codage du rouge de 0 a 255

Codage du vert de 0 a 255 Codage du bleu de 0 a 255

rouge 150 vert 40 bleu 10

rouge 100 vert 100 bleu 100 Exemples:

(77)

Définition des couleurs

Méthode TSL ( Teinte / Saturation / Luminosité) Codage de la teinte de 0 à 255 (roue chromatique)

Codage de la saturation de 0 (couleur grise) à 255 (couleur pure) Codage de la luminosité de 0 (noir) à 255 (blanc)

Teinte 8

Saturation 223 Luminosité 80

Teinte 50

0 43

85

128

170 212

Exemples:

(78)

Définition des couleurs

Méthode CMJN (Cyan / Magenta / Jaune / Noir)

Utilisé en imprimerie

(79)

Couches chromatiques

Chaque image est composée de couches chromatiques

Exemple: Image RVB

= + +

(80)

FORMATS DES FICHIERS

Images bitmaps:

PICT (Macintosh, 1, 4, 8, 16, 24, 32 bits): .pct BMP (1, 4, 8, 24 bits): .bmp

Images bitmaps compressées:

Tiff (1, 4, 8, 24 bits): .tif

GIF (1, 4, 8 bits) = dessins 256 couleurs: .gif JPEG (1, 4, 8, 24 bits) = photos: .jpg

Images composites et vectoriels:

Windows Meta File: .wmf Enhanced Meta File: .emf

(81)

Impression

Résolution imprimante

300 dpi 600 dpi 1200 dpi

Résolution image conseillée

72 à 120 ppi 125 à 170 dpi 150 à 200 dpi

(82)

Scanner un document

Scan: Entrée 100 dpi ORIGINAL

2,4 inches

1.6 inch

240 pixels

160 pixels

Image scannée

Ecran 800x600 (80 ppi)

Image

2 inches

affichée

3 inches

(83)

Scanner un document

Scan: Entrée 200 dpi ORIGINAL

2,4 inches

1.6 inch

480 pixels

320 pixels

Image scannée

Ecran 800x600 (80 ppi)

Image

4 inches

affichée

6 inches

(84)

Taille du document scanné

Image scannée < 5 Mo

1) Taille de l'original 2) Résolution

Web: maximum 72 ppi

Graphique: maximum 150 ppi

Photo: maximum selon taille fichier 3) Profondeur de couleur:

Exemple: Image de 400x200 pixels = 80 000 pixels

1 bit (2 couleurs) = 80 000 bits = 10 ko

8 bits = 1 octet (256 couleurs ou gris) = 640 000 bits = 80 ko 16 bits = 2 octets (65536 couleurs) = 160 ko

24 bits = 4 octets (16,7 millions couleurs) = 320 ko

Exemple:

Image de 200x200 pixels = 40 000 pixels image de 400x400 pixels = 160 000 pixels

(85)

Filtres et corrections

Correction gamma: 1.8

Ajuster contraste et luminosité

Détramage

(86)

Détramage

Image

Scanner

Effet de moiré

Valeur du détramage:

Journaux 80 lpi

Magazines 120-133 lpi Revues d'art 175-200 lpi

(87)

Détramage

Sans détramage Avec détramage (150 lpi)

(88)

APPLICATION

Scanner une photo

(89)

APPLICATION

Optimiser une photo pour insertion dans un site web

400x427 pixels (121 ko) JPEG 24 bits

1125x1200 pixels (1,4 Mo) JPEG 24 bits

(90)

COURBES DE BEZIERS

(91)

APPLICATION

Créer un schéma de mécanisme biologique

DA G P K C

[Ca2+]

ICl^-

IP 3 I N a⁺

Dépolarisation

A Ch

+

P IP 2 P L C

G q -

+

+ +

(92)

Traitement de texte (Word) dans un laboratoire

scientifique

(93)

Contenu de la fenêtre

Barre de titre Menu

Barres d'outils (ruban)

Règle

Barre d'état Barre d'outil

Document

(94)

Contenu de la fenêtre

Zone de fractionnement

Suivant Barre de défilement

Page

Position curseur

(95)

Scinder la fenêtre document

(96)

Personnaliser les barres d'outils

Outils/Personnaliser/Commandes

(97)

Format caractère Police: Times Arial

T

^A^I

L L E Gras

Italique

Souligné

Expos

^ant

Ind

_ice

(98)

Format paragraphe:

Justification

gauche

centré

droite justifié

Lorsque l'image est insérée dans le document, en cliquant 2 fois dessus il est possible de la

modifier, d'ajouter des dessins, du texte, ...

ceci grâce à MS DRAW. Si c'est un objet d'un type bien défini (équation crée avec l'Editeur d'Equation, un graphique Excel, ...) c'est le programme correspondant qui est lancé et non MS Draw.

Lorsque l'image est insérée dans le document, en cliquant

2 fois dessus il est possible de la modifier, d'ajouter des

dessins, du texte, ...

ceci grâce à MS DRAW. Si c'est un objet d'un type bien défini (équation crée

avec l'Editeur d'Equation, un graphique Excel, ...)

c'est le programme correspondant qui est

lancé et non MS Draw.

Lorsque l'image est insérée dans le document, en cliquant 2 fois dessus il est possible de la modifier, d'ajouter des dessins, du texte, ...

(99)

Format paragraphe:

Styles

Normal (normal.dot)

Titre1

Titre2

Titre3

Mode plan

(100)

Format paragraphe:

Tabulations

|

Alignement à droite (utilisé par défaut) "Salut les gars !"

Centré "Salut les gars !"

Alignement à gauche "Salut les gars !"

Alignement décimal

425,154 74125,58

1,2644 854,254

(101)

Fabrice Duprat février 2001 101

En-tête et Pieds-de-page

(102)

Caractères spéciaux

Insertion/Caractères spéciaux

(103)

Editeur d'équation

[ ] _z

b

x a 1

1

123 ×

∑

^∞

Insertion/Objet/Equation

(104)

Insérer une image

Insertion/Image/A partir du fichier

(105)

Table des matières

(106)

Utilisation d'un tableur

(Excel) dans un laboratoire

scientifique

(107)

Contenu de la fenêtre

Barre de titre Menu

Barres d'outils

Barre de formule

Barre d'état Barre d'outil

Document

(feuille de calcul)

Onglets des différentes feuilles Excel

Zones de partage Tête de

colonne Poignée de recopie

Tout sélectionner

Cellule active

Numéros de ligne

Résultat calcul

(108)

APPLICATION

Importer des données ASCII

Fichier/Ouvrir

(109)

Gestion de la fenêtre

Nouvelle feuille de calcul:

Insertion/Feuille

Partager la feuille de calcul:

Fenêtre/Fractionner ou

Cliquer sur bouton "Zones de partage"

Figer l'affichage de certaines cellules:

Placer le curseur en-dessous et à droite des cellules à figer Fenêtre/Figer les volets

Modifier le zoom:

Affichage/Zoom

(110)

Contenu d'une cellule

Chaque cellule contient: FORMULE VALEUR TEXTE FORMAT

(111)

Saisir les données

Saisir des valeurs ou du texte:

Saisie puis ENTREE

Saisir une série de valeurs:

Saisie des deux premières valeurs de la série Poignée de recopie

Saisir une fraction:

"0" puis " " puis fraction puis ENTREE Annuler la saisie:

ECHAP

(112)

Sauts de ligne

Renvoi à la ligne dans une cellule:

Sélectionner les cellules

Format / Position / renvoi à la ligne automatique

Inclure un saut de ligne ou une tabulation dans une cellule:

Alt + Entrée Ctrl + tab

(113)

Sélection des cellules

Sélectionner une plage de cellules:

Souris ou Fléches

Sélectionner une plage multiple:

Ctrl + Souris

Sélectionner des cellules non vides:

Ctrl + flèches

Sélectionner des lignes ou colonnes entières:

Cliquer sur le numéro de ligne ou la tête de colonne Sélectionner la feuille entière:

Cliquer sur le bouton "Tout Sélectionner"

(114)

Edition

Copier et Coller:

Ctrl+C / Ctrl+V

Edition/Copier Edition/Coller Ctrl + Souris

Copier et Insérer:

Ctrl+C

Edition/Copier Insertion/Cellule copiée Ctrl + Maj + Souris

Déplacer:

Ctrl+X / Ctrl+V

Edition/Couper Edition/Coller Souris

Déplacer et insérer:

Ctrl+X

Edition/Couper Insertion/Cellule copiée Maj + Souris

(115)

Transposition

Ctrl+C ou Ctrl+X (Edition/Copier ou Edition/Couper) Edition/Collage spécial/Transposition

(116)

Formules

Saisir une formule:

"=" puis saisie de la formule ou Insertion/Fonction

Références de cellules:

Plage de cellules A1:A10

Plages multiples A1:A10;C24:R24 Colonne entière A:A

Ligne entière 3:3

Références relatives A3+E6

Références absolues $A$3+$E$6

(117)

Formats des cellules, colonnes et lignes

Largeur des colonnes:

Format/Colonne ou

Cliquer sur la tête de colonne

Double clic sur la tête de colonne Hauteur des lignes:

Format/Lignes ou

Cliquer sur le numéro de ligne

Double clic sur le numéro de ligne

(118)

Créer un graphique

Sélectionner les données

Icône du graphe désiré ou

Assistant graphique

(119)

APPLICATION

Importer des données: traceiv.asc Créer un graphe en Nuage de points