HAL Id: inria-00000101
https://hal.inria.fr/inria-00000101
Submitted on 6 Jun 2005
HAL is a multi-disciplinary open access archive for the deposit and dissemination of sci- entific research documents, whether they are pub- lished or not. The documents may come from teaching and research institutions in France or abroad, or from public or private research centers.
L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est destinée au dépôt et à la diffusion de documents scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, émanant des établissements d’enseignement et de recherche français ou étrangers, des laboratoires publics ou privés.
Treillis de concepts et ontologies pour l’interrogation d’un annuaire de sources de données biologiques
(BioRegistry)
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Amedeo Napoli
To cite this version:
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Amedeo Napoli. Treillis de con- cepts et ontologies pour l’interrogation d’un annuaire de sources de données biologiques (BioRegistry).
Actes du XXIIIème congrès Informatique des Organisations et Systèmes d’information et de décision
- INFORSID 2005, May 2005, Grenoble/France. �inria-00000101�
! "# $
! " #$%
&' ( ( ) *+, (' , ( - ./ , + (%0 123 3 *45 5 666%, + (%057 ( * 5 + * ( , ,
89 8
+ + : ;( +, +)( 7 (*+ ( ;, , 6 ; + 3' , 3 ( *, 3 2:3 :+) % <3 ( , ( 3 ( + +*3 ( ' , + : ( 3 = + < 2 ( , * 3
3 ( , ( 3 +'*:3 >, 0 +( (0 + ' 3 ( 7 3 ;( +, +)( 0( 3 ' 7 + ' 33 ( + 3 ( 0 0 ( , 3 : < (3 3 ( + , + + : % ? 0( 3 , + 3 + 3 3 + 3 + @ A*, +( 3 :% + * : 3 + ( ( ** + 2
; : , < , ! + *3 0 + ' , *+ + ) ( 3 2 2 + + :
;( +, +)( 7 * 3 ( 3 *+ 7 B3 + : % 3 ( , + (3 > + 3 ( 3 ( , , ( + *3 >* 3 ( ':3@ + : + ( : A + % + *3 + 3 ( 3>* 3 (
< 7 B3 + : 3 , + (3 :) : 3 ( , , (% :*+ >, 7 B3 3 ( 3 0 + (
* , <A3 3 ( + + + : ** 3 3 A A3 ( + + *3 ; ' 3 , + *3 7 B3 , 3 ( , , (% + ( ( 3 + : * 3B3 3( : , + , < + *: ( 0 ( ( 3 : + *3 , 3 ( , , (% * + : 0 0 ( ' 3 7 B3
; : + 3 +, +)( +' ( * ' 3 <':, ( + , ** ,* ): : , ( 3 ( + + *
*: (, ( 3 ( +
9C #C
% ( +(0 + ' 3 ( 3 + ( ,;, + 3 2 6 ; ' , 3 ( *, 2 3 +) + % C2 , -+0 + ' 33 ( + 3 2 ( 0 0 ( , 3 ! +0(3 3 ( + 6( 3 23 2 3 + 7 (
+'* 3 ( ;+3 2 (0 + ' 3 ( ;( +, +)( ,0 (, 0 + +*3 ( ' , +0 + + 3 3 3 2 3 ' ( 3 2 A*, +( 3 % 3 2( * * 6 * 3 ** + 2; + 0 + ' , + *3 , ! ( 3 + , ( 0 ! 2 , 3;( +(0 + ' 3 ( 3 + 0 + )( 7 !% 3 + (3 ( ; ( ,() 3 2 + *3,3 3 ( 0+' 3 2 ;( ! ,3 ( + ; 3 6
;( +(0 + ' 3 ( 3 + 3 2 ( + (3 ' 3 3% C2 + *3; ( , 30+' )(
7 ! ( 3 2 ' ) (3 +3 2 + *3,3 3 ( % C2 , 3( )( ;! 3 2 A3 3 ( + +03 2 3+0 + ; , + )() 3 + 3 2 A3 3 +03 2 7 ! + *3 ; ' ( 3 2 , 3 () + *3 ,3 3 ( % C2 + -() ( )( ;! 3 2 + *3 * ( 0 ( ( 3 ! + ( 3 2 + *3,3 3 ( % ( '* + ' 3+03 2 ** + 2 + (3 ( 3 +' 3 ( 7 ! 0 ( ' 33 2 - 3 + +' ( + 3 +, +)( % C6+0 + ' +0 0 ( ' 3 *+ ( ;, ;! ) , ( 3 ( + ;! * (, ( 3 ( + %
C9@# 89
':3@ + : ;( +(0 + ' 3 ( 7 3 ( , , ( + *3 + 3 +, +)( + + : %
D$EF ?9
4' 3 3 ;( +(0 + ' 3 ( + *3,3 3 ( + 3 +, +)( 3 + %
% &
!
"
! # " $ % &'
%! ()))** % + ,- ,!. %/0
())1** % +2.- 34 %& ())5** 6
# " 2.- 34 ,- ,!. 7
6 # "
" $
!
" 8
4 %48 0 + ' 3 ( + 3( , *
$ 9
$
# % "+ ' ,#+ *3 , ! (
:6.* ;
# !
7
< " (
:6. 48 "
1 3 8 #
" ; :6.
=
> '
?
' ( ' %
%48* "
# %@ 5AB(* ,
%& 5AA>*
%
* % *
'
%6 ()))* !
%& 5AA>* %6 ()))*
'
% * 6
%6 ()))*
! $
%C ())(* % ())5*
' '
%6 ())(*
:6.
%6 ())) C
())) ())=* ! "
! "
! " $
% " 3 8 #* 6
"
' )
"
'
D %/ E ())(*
C
%& 5AA> 6 5AA?* 6 "
"
,
% *
"
F !
G 3 8 # F
) * +
) %
!
%& ())>* !
" "
6 ; %F H F*
! # "
$
# "
F F %I
())=* C
C +JG ,
+ 3, ) 2 +'+ +' H 2 ' ( 7 ( + 3 A* ( ': * :0 : 3 (, ,' 3
, IJ 3 +) *2( <A* ( +
K
#
"
"
!36.2 %! ()))* 6
=))
% * !
F
- #& 3 - #% ())= @
())1* F
6 F
.
3 8 #
7 #
) '
, 5AA> "
F + ? ;, ( #+
3 3 ( 3 (3 ( !6- 4%! HH ())1* 6
E + 3 ( 3 , 3 + ;= 3
( *3 ( + * ;, (2 3 !* , ) ) ( )23 + ) 5* 3 (, ) 5 3'*+ , ( 3 ( 0 ( ,3 ( + 0 + ' 3 35 3 35 '+ ( 0 (
" !6- 4 "
. :&!6 5
"
" 3 8 # +
L 4 + !6- 4
% 3 ( 3 , * ;, (2 35 '+ ( 0 ( + ) 5 3'*+ , *
5 + M M FFF M M
L 2 " + ;= 3 !6- 4
%
+ K +' ? + *
L N + !6- 4
% ) + 3 ( ) *
L ! +
"
" %
O *
< !6- 4
# " %
@ 16!2:* #
.
% *
- D < - ( P% *
<634 & 3 H
,- 3 6 "
5 "
% " E * %
* Q ,
Q
Q Q
% *
, % 3 +, +)( + ) (' ( 3 L:0 (( *+ ( + )(3!M
( + M M FFF M M
. #I
K
6 I .
, # .
.
& C
: 6
8 @
3 H #
: #
, #
- #
8 - E 2 4
K
<
: #
D - 6 H
K '
3
-
' " 3 8 #
% * "
3 8 #
; # "
< " 3 8 #
R- ! R-
"
F 3 8 # 1
) )
' " 3 8 #
3 8 # <
3 8 #
. :6.
3 8 # % *
% * 3 8 #
C :6. "
3 8 #
% *
<
3 8 #%
* ,
% >(*
- .
- % !
! :6.
3 8 # ! #
%& 5AAA*
1 + M M M - M M 3 #M 3 #M F
! 3 8 #
S %K * 9 K %
F 8 * % ' , (( +
2 ' + ) (' * K
+ K %) '* % ) '* 9) ' ) K '
) " ' '
5
( %
# * K
. S T - U ) ) 'V ! 7
< S T) K U ' ) 'V '
3 8 #
4 % * 9
K < S S P A3 ( +
(3 ( +
W- < C .I . K D - - 8
5 ) 5 5 ) ) ) ) 5
( 5 5 5 ) ) ) ) 5
1 5 ) ) ) ) 5 ) )
= ) 5 5 ) ) ) ) 5
> 5 5 ) ) ) 5 ) )
? 5 ) ) 5 ) ) ) )
X ) 5 ) ) ) ) 5 )
B ) 5 ) ) 5 ) ) )
% A '*, + 3A3 0 + ' , ( + )(3! L N LK MM
< #
F 5
8 (
24&8 D&4 1
&C68!3 =
D'&, >
,< ,- 3 ?
- & !3 X
K & 3 F B
- . 6
< <
C C
. # .I I
. . I
K K I
D D I
- - I
- - 8 N #
' +' #+'*,3 + + : ;( +, +)( 7 3 , ':3@
+ :
I #OS % O O * # S %
* #O # % #O # * O 7
O % * %@ 5AB=*
I % * % *
( % *
3 8 # 5
'
3 8 # 6
6
& %& 5AA>*
%/ E ())(* ! ( 1
6
>
, ' 3 ( , , ( + *3 % * + *+ 3 + 3A3 0 + ' ,
- ' ! "
" 3 8 #
M
; :6.
C
# 9 ;= 3 % 1 (*
9 9 ;= 3 '
9 ;= 3 3 8 #
T 5 ( 1 = > ? X BV TV
TV
T.I . D - 8 - < C K V
T 5 ( = > X BV TC V T ( 1 > ?V
T< V T 1 >V TD < V
T 5 ( =V T.I - 8 C V T ( >V
T< C V T >V
TD < C V
T (V T.I - 8 < C V
T BV TC K V
T XV T- C V T ?V
T. < V
!
'
3 8 # ) ('
P '
'
/ &
/ %
' % *
! 7 %& 5AA>*
%6 ()))* G S %G G * 9G S
TG !V %
* G
6
# ,(
9 7 P ' , (( + ,
( G S %TG !V T 9P V*
' G % *
& %& 5AA>*
% G * 9 % G*
! % G *
% G* % G*
1 6
4 % G*
% G* G !
% * % G * G % *
%TG ! V G *
C G
% G*
! ,:4 <4 24 I< Y '
, ) 3 ( , , ( + *3 % G*
6 ,
%6 ()))* ,
6
G %
1*
G % * !
4
,
4
% * ,
G % G*
% *
% 5* G % G*
%
( * ! 7
Z
% 9 [ * % G*
T 5 ( 1 = > ? X B #V TV
TV
T.I . D - 8 - < C K V T ( 1 > ? #V
T< V
T 5 ( = #V
T- 8V
T 5 ( = > X BV TC V T 1 > #V
TD < V
T ( #V
T- 8 < V
T 5 ( =V T.I - 8 C V T ( >V
T< C V
T #V
TD - 8 < V
T >V TD < C V
T (V T.I - 8 < C V
T BV TC K V
T XV T- C V T ?V
T. < V
%=*
G
%5*
%( * %(*
%1 * %1 *