HAL Id: hal-02796611
https://hal.inrae.fr/hal-02796611
Submitted on 5 Jun 2020HAL is a multi-disciplinary open access
archive for the deposit and dissemination of sci-entific research documents, whether they are pub-lished or not. The documents may come from teaching and research institutions in France or abroad, or from public or private research centers.
L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est destinée au dépôt et à la diffusion de documents scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, émanant des établissements d’enseignement et de recherche français ou étrangers, des laboratoires publics ou privés.
Recherche des bases génétiques de caractères de
croissance et de réponse au stress hydrique d’une core
collection de pommiers, par génétique d’association
Victor Debernardi
To cite this version:
Victor Debernardi. Recherche des bases génétiques de caractères de croissance et de réponse au stress hydrique d’une core collection de pommiers, par génétique d’association. Sciences du Vivant [q-bio]. 2016. �hal-02796611�
x
x
Diplôme / Mention : Master 2 Sciences Technologie Santé Mention Biologie Agronomie Santé
Spécialité : Production et Technologie du Végétal (ProTeV)
Parcours II. Sélection, Production et Valorisation des Végétaux (SPVV) Option : Innovation variétale
Responsable d’option : Maria Manzanares-Dauleux
Auteur : Victor Debernardi Organisme d’accueil : CIRAD UMR AGAP Date de naissance : 03/10/1991 Adresse : CIRAD complexe Lavalette Nb de pages : 19 Annexes : 6 avenue agropolis
Année de soutenance : 2016 34090 Monrpellier cedex Maître de stage : Evelyne Costes
Recherche des bases génétiques de caractères de croissance et de réponse au stress hydrique d’une core-collection de pommiers, par génétique d’association.
Le pommier (Malus domestica) est l’arbre fruitier le plus cultivé des régions tempérées. La recherche de génotype plus tolérant à la sécheresse est dans le contexte actuel du réchauffement global une priorité en amélioration variétal afin de maintenir une bonne production dans les années à venir.
Le but de cette étude est de rechercher au sein d’une core collection de pommier français des gènes impliqué dans la tolérance à la sécheresse. La puce à ADN 487K (487K SNPs Affymetrix Axiom®) a été utilisée dans le cadre d’une étude de génétique d’association sur génome entier. Deux modèles linéaires mixtes ont été utilisés, l’un prenant structure et apparentement en compte, l’autre ne prenant en compte que l’apparentement. A l’issu des associations trouvés, une approche gène candidat a été réalisé et plusieurs gènes d’intérêts impliqués dans la tolérance à la sécheresse ont été révélés. Une étude transcriptomique sur les gènes candidats permettra par la suite d’en savoir plus sur l’importance de ces gènes vis-à-vis du stress hydrique.
Mots-clés: Malus domestica, stress hydrique, core collection, analyse d’association, SNP
Searching the genetics basis of growth traits and response to water stress in an apple core-collection, by association genetics
The apple tree (Malus domestica) is the most cultivated fruit tree in temperate regions. The search for more tolerant genotype to drought is, in the context of global warming, a priority in varietal improvement in order to maintain a good production in the coming years.
The goal of this study is to search for genes involved in drought within a french apple core collection The 487K SNPs Affymetrix Axiom® was used as part of a genome wide association study. Two linear mixed models were used, one taking in account the structure and the kinship, the other only taking in account the kinship. When all the association were found, a candidate gene approach was conducted and several genes of interest were revealed. A transcriptomic study on candidate genes will allow us to know more about the importance of those genes regarding water stress.
