Analyse du transcriptome de la folliculogénèse chez la truie
Louise BASCHET Présentation pour le cours MTH6301
7 décembre 2005
Plan
¡ A. Problématique
¡ B. Les biopuces
¡ C. Expérience
¡ D. Première étude des données
¡ E. Démarche choisie
¡ F. Résultats
A. La problématique
o Mesure de l’expression de gènes sur 3 types de cellules folliculaires
o Quels sont les gènes qui permettent de séparer les follicules par leur taille ?
B. Les biopuces
Un peu de biologie génétique :
B. Les biopuces
B. Les biopuces
B. Les biopuces
C. Plan d’expérience
¡ Matériel :
l 8 biopuces simples
l 8 biopuces triples
¡ Pour le nettoyage des données
l Sur toutes les puces hybridation de gènes connus témoins
l Sur les biopuces triples spots vides (analyse du bruit de fond)
l 2 biopuces triples seulement pour nettoyage (sondes complexes)
¡ Pour l’analyse nous utilisons les résultats des 1140 gènes (d’intérêt) pour 7
follicules différents sur 52 puces
C. Plan d’expérience
DATE biopuce
taille follicule expérience
3 9
G GFS2170 26
16 8
P PFS2165 25
11 8
P PFS2165 24
4 8
G GFS2166 23
3 8
G GFS2166 22
16 7
M MFS2163 21
11 7
M MFS2163 20
4 7
P PFS2165 19
3 7
P PFS2165 18
16 6
G GFS2172 17
11 6
G GFS2172 16
16 5
P PFS2174 15
11 5
P PFS2174 14
4 5
G GFS2176 13
3 5
G GFS2176 12
3 5
G GFS2176 11
16 4
G GFS2176 10
11 4
G GFS2176 9
4 4
M MFS2163 8
3 4
M MFS2163 7
16 3
G GFS2172 6
11 3
G GFS2172 5
16 2
G GFS2170 4
11 2
G GFS2170 3
4 2
P PFS2174 2
3 2
P PFS2174 1
16 17
M MFS2163 52
11 17
M MFS2163 51
4 17
G GFS2176 50
16 16
G GFS2166 49
11 16
G GFS2166 48
4 16
P PFS2165 47
3 16
P PFS2165 46
16 15
P PFS2174 45
11 15
P PFS2174 44
4 15
G GFS2170 43
3 15
G GFS2170 42
16 14
G GFS2170 41
11 14
G GFS2170 40
4 14
G GFS2166 39
3 14
G GFS2166 38
16 13
G GFS2176 37
11 13
G GFS2176 36
4 13
P PFS2174 35
3 13
P PFS2174 34
16 12
P PFS2165 33
11 12
P PFS2165 32
4 12
M MFS2163 31
3 12
M MFS2163 30
16 9
G GFS2166 29
11 9
G GFS2166 28
4 9
G GFS2170 27
DATE biopuce
taille follicule expérience
