Quelle autonomie pour la recherche ? Analyse épistémologique des conditions de la gouvernance des sciences.

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épistémologique des conditions de la gouvernance des

sciences.

Baptiste Bedessem

To cite this version:

Baptiste Bedessem. Quelle autonomie pour la recherche ? Analyse épistémologique des conditions de la gouvernance des sciences.. Philosophie. Université Grenoble Alpes; Université du Québec à Montréal, 2018. Français. �NNT : 2018GREAP003�. �tel-03191935�

Pour obtenir le grade de

DOCTEUR DE LA COMMUNAUTE UNIVERSITE

GRENOBLE ALPES

préparée dans le cadre d’une cotutelle entre la

Communauté Université Grenoble Alpes et

l’Université du Québec à Montréal

Spécialité : Philosophie

Arrêté ministériel : le 6 janvier 2005 – 25 mai 2016

Présentée par

Baptiste Bedessem

Thèse dirigée par Stéphanie Ruphy et Vincent Guillin

préparée au sein du laboratoire PPL (Université Grenoble Alpes) et du CIRST (UQAM)

et au sein de l’École Doctorale Histoire, Représentation,

Création

Quelle autonomie pour la

recherche ? Analyse

épistémologique des conditions

de la gouvernance des sciences

Thèse soutenue publiquement le 13 décembre 2018 devant le jury composé de :

Mme Anouk BARBEROUSSE

Professeur des universités, Sorbonne Université, Rapporteur

M. François CLAVEAU

Professeur adjoint, Université de Sherbrooke, Rapporteur

M. Marc BILLAUD

Directeur de recherche CNRS, Centre de recherche en cancérologie de Lyon, Examinateur

M. Frédéric BOUCHARD

Professeur agrégé, Université de Montréal, Examinateur

M. Martin CARRIER

Professeur des universités, Universität Bielefeld , Examinateur

M. Christophe MALATERRE

Professeur agrégé, Université du Québec à Montréal, Examinateur

M. Vincent GUILLIN

Professeur agrégé, Université du Québec à Montréal, Directeur de thèse

Mme Stéphanie RUPHY

Professeur des université, Université Lyon 3, Directrice de thèse

Les listes de remerciements ont ceci de gˆenant que le temps restreint qu’on alloue `a leur ´ecriture paye souvent bien mal toute l’´etendue des dettes qu’on y expose. Ces quelques lignes n’´echappent pas `a la r`egle : la pr´ecipitation avec laquelle je les r´edige refl`ete peu tout ce que je dois `a celles et ceux qui m’ont accompagn´e ces trois ann´ees durant.

Je pense en premier lieu `a ma directrice de th`ese, St´ephanie Ruphy, et `a mon directeur, Vincent Guillin. Leur compl´ementarit´e intellectuelle s’est r´ev´el´ee pr´ecieuse pour orienter mon travail, et je n’aurais pu rˆever meilleur tandem pour m’aider `a le mener `a bien. Pour leur investissement sans faille tant sur le fond que sur la forme de cette th`ese, je les remercie infiniment. Leur double relecture de l’ensemble du manuscrit t´emoigne d’un courage et d’un sens du devoir qui m´eritent un hommage appuy´e. Pour leur soutien p´ecuniaire ´egalement, je leur exprime toute ma gratitude : St´ephanie, pour avoir financ´e les conf´erences auxquelles j’ai eu la chance de participer ; Vincent, pour m’avoir guid´e dans le labyrinthe des bourses ´etudiantes qu´ebecoises. Puisque me voil`a engag´e dans des consid´erations bassement mat´erialistes, j’adresse ´egalement mes remerciements `a l’agence nationale de la recherche, et aux fonds de recherche du Qu´ebec – Soci´et´e et culture pour leur soutien substantiel.

Dans un tout autre registre, je tiens `a remercier chaleureusement Anouk Barberousse et Fran¸cois Claveau pour avoir accept´e d’ˆetre rapporteurs de cette th`ese, ainsi que Christophe Malaterre, Fr´e-d´eric Bouchard, Marc Billaud, et Martin Carrier pour avoir bien voulu en ˆetre les examinateurs. Je remercie tr`es sinc`erement les employ´es des d´epartements de philosophie de l’UQAM, du labora-toire Philosophie, Pratiques et Langages de l’UGA, et de l’Institut de Recherches Philosophiques de Lyon. Un grand merci, en particulier, `a Val´erie Perret, dont la gentillesse et la disponibilit´e m’ont permis de traverser ces trois ann´ees sans heurt administratif majeur. Je remercie ´egalement Chris-tophe Malaterre pour m’avoir inclus dans sa Chaire de recherche, et pour m’avoir fait b´en´eficier ainsi d’un environnement de travail plus qu’enviable `a l’UQAM.

Ma th`ese a ´et´e plac´ee sous le sceau du nomadisme : trois ann´ees et trois lieux, de nombreux vieux amis quitt´es puis retrouv´es, et bien des nouvelles tˆetes peuplant mon horizon. Pour mes ann´ees parisiennes, je remercie la bande de Jussieu et leur souhaite de parvenir un jour `a d´ecoller des bars

de la rue Linn´e. Erwan, Pauline, Julien, Marianne, Lorella et les autres, croyez-moi, Paris continue sur la rive droite. Je remercie ´egalement Benoit, Landry et surtout Loup d’avoir bien voulu faire honneur `a nos ann´ees lyc´ee en recr´eant un festif noyau corr´ezien sous le ciel de Paris. Pour mes quelques mois pass´es rue Marx Dormoy, je remercie Adrien et Lucie, voisins de qualit´e. Merci `a Adrien (l’autre) et aux Kacecodes de m’avoir quelque fois pouss´e de l’autre cˆot´e de la Seine. `A ´El´ea, merci et bravo d’ˆetre rest´ee une amie fid`ele et rafraˆıchissante malgr´e tes semaines de dur labeur. Et une pens´ee ´emue pour Ana¨ıs, ma colocatrice impr´evue ; je dois bien avouer un l´eger pincement au cœur `a l’id´ee d’ˆetre bientˆot d´ebarrass´e d’elle.

Pour mon ann´ee qu´ebecoise, je remercie chaudement Emmanuel, compagnon des longues soir´ees d’hiver o`u la neige et le verglas rendaient toute sortie inadapt´ee `a ma frilosit´e. Pour m’avoir accept´e dans leur quotidien malgr´e tous mes d´efauts de fran¸cais exil´e au Canada, et en souvenir de cette soir´ee new-yorkaise o`u le monde a bascul´e, je remercie `Eve pour sa distinction toute helv´etique, Sara pour ses activit´es plastiques impromptues, Timoth´e pour son amour de la griffon rousse en pichet et du bourbon dix ans d’ˆage. J’adresse ´egalement mes plus amicales pens´ees `a ´Eric, `a V´eronique et `

a Marc-Antoine pour m’avoir d´emontr´e qu’il existait aussi des ´etudiants sains d’esprit `a l’UQAM. Merci aussi `a mes compatriotes du Plateau-Mont Royal et d’ailleurs : merci `a Lucie et Maxime qui aiment tant recevoir et qui m’ont si bien re¸cu, merci `a Camille qui a si gentiment support´e mon incurie au toc et autres incompr´ehensibles jeux de cartes. Merci `a S´eb pour sa belle ´energie, `a Mika pour ses croissants, et `a Doudou pour son sourire. Et un grand merci `a Lucette pour avoir ´et´e l`a et pour continuer `a l’ˆetre, tout simplement.

Du cˆot´e de Grenoble, je remercie Renaud, Isma¨el et Haris pour nos discussions skype et pour notre sympathique symposium nantais. Merci `a Haris ´egalement pour ses corrections attentives de mon anglais d´efaillant. J’adresse bien sˆur une pens´ee ´emue aux anciens : merci `a Gildas, Mag, Gwen, Gabie, Sammy, Albane, Rachel, Christophe, Antoine, Florent, Amine, Pauline, Sol`ene et Anahid pour nos innombrables soir´ees grenobloises pass´ees et `a venir, et nos inoubliables parties de campagne. Toute ma gratitude `a Sammy et Albane pour m’avoir offert une parenth`ese ensoleill´ee dans mon hiver qu´ebecois.

Et puis, entre les larmes du d´epart et les embrassades de bienvenue, il y a ceux qui sont toujours l`a. Ma formidable famille d’abord, qui m’a appris pour le meilleur et pour le pire `a fuir sans cesse la solitude et `a rechercher toujours la compagnie d’ˆames joyeuses et bienveillantes. Merci `a mes parents, merci `a mes bien-aim´ees petites sœurs sur lesquelles je veille comme sur un tr´esor, merci `

Patricia, Jean-Marie, Marion et Rose d’avoir rejoint ma tribu ou de m’avoir accept´e dans la leur. Et merci au petit dernier, mon petit Louis, d’avoir embelli cette derni`ere ann´ee de ses gazouillis et de son rire cristallin.

Et puis, parce que c’est lui et parce que c’est moi, merci `a Simon, l’irrempla¸cable ami que tout homme rˆeve d’avoir.

`

A C´ecile, enfin, toi qui te tiens depuis tant d’ann´ees au centre de tout cet ´edifice, et bien que ces quelques mots me semblent ˆetre une mani`ere bien trop formelle de te t´emoigner ma reconnaissance : merci de m’accompagner, de me supporter, de me guider, de m’´eclairer, et de me rendre meilleur, ici et ailleurs.

Ce travail de th`ese reprend certains ´el´ements d’articles publi´es ou `a paraˆıtre dans des revues in-ternationales `a comit´e de lecture : Bedessem, 2015 ; Bedessem, 2017 ; Bedessem, 2018b ; Bedessem et Ruphy, 2018, ajout´e en annexe (« Scientific Autonomy and the Unpredictability of Scientific Inquiry: the Unexpected Might not be Where you Would Expect »), Bedessem, 2018a, ajout´e en annexe (« The Division of Cognitive Labor: Two Missing Dimensions of the Debate »). Nous signa-lons, au fil du texte, les chapitres ou sections qui leur correspondent.

La probl´ematique qui est la nˆotre reprend en partie celle portant le projet ANR-14-CE31-0003 « DE-MOCRASCI: epistemological foundations and principles for the democratization of the governance of science » (octobre 2014-octobre 2017) coordonn´e par S´ephanie Ruphy.

AVANT-PROPOS . . . vi

LISTE DES FIGURES . . . xiv

R´ESUM´E . . . xv

ABSTRACT . . . xvii

INTRODUCTION . . . 1

PARTIE 1 . . L’AUTONOMIE DE LA SCIENCE EN D´EBAT . . . 17

CHAPITRE I . . DEUX TH`ESES AUTONOMISTES . . . 19

I.1 Comment ´etudier les discours sur l’autonomie scientifique ? . . . 19

I.2 Une proposition de typologie . . . 22

I.2.1 Autonomie individuelle et cr´eativit´e . . . 23

I.2.2 Auto-gouvernance du champ scientifique . . . 32

I.2.3 La science n´eo-lib´erale . . . 59

I.3 Bilan . . . 64

I.4 Deux th`eses pro-autonomie . . . 65

I.4.1 La th`ese lib´erale . . . 65

I.4.2 La th`ese anti-utilitariste . . . 68

I.4.3 Enjeux ´epist´emologiques . . . 69

I.4.4 Ind´ependance des deux th`eses . . . 70

I.5 Conclusion . . . 71

CHAPITRE II . . UNE PROPOSITION DE CLARIFICATION . . . 72

II.1 Introduction . . . 72

II.2 La science en contexte d’application . . . 73

II.2.2 La science en Mode 2 . . . 83

II.3 Le mythe du « mythe de la science pure » . . . 96

II.4 Les apories du principe de libre enquˆete . . . 110

II.4.1 La critique de l’´evaluation par les pairs . . . 110

II.4.2 Libert´e de recherche et (n´eo)lib´eralisme . . . 113

II.4.3 L’opposition entre libert´e et objectifs . . . 120

II.4.4 La notion de diversit´e ´epist´emique . . . 124

II.5 La dimension ontologique de la question de l’autonomie scientifique . . . 125

II.6 Conclusion . . . 131

PARTIE 2 . . «EXPLORER L’INCONNU » ? UNE PERSPECTIVE PRAGMATISTE SUR LE CONSERVATISME EN SCIENCE . . . 133

CHAPITRE III . . DE LA QUESTION DE LA DIVISION DU TRAVAIL COGNITIF `A LA CONCEPTION PRAGMATISTE DE LA RECHERCHE . . . 137

III.1 La division du travail cognitif et « l’´etat de nature scientifique » . . . 137

III.1.1 La division du travail cognitif : ´etat de l’art . . . 138

III.1.2 La question du « conservatisme » . . . 145

III.1.3 Division du travail cognitif et dynamique de la science . . . 149

III.2 La th´eorie deweyienne de l’enquˆete : quelques ´el´ements . . . 152

III.2.1 Pr´esentation g´en´erale . . . 154

III.2.2 La curiosit´e dans la th´eorie deweyienne de l’enquˆete . . . 161

III.2.3 Avery et le ph´enom`ene de transformation bact´erienne . . . 164

III.2.4 Quelles diff´erences avec les mod`eles classiques du d´eveloppement scienti-fique ? . . . 172

III.3 Conclusion . . . 180

CHAPITRE IV . . PRATIQUES SCIENTIFIQUES ET SITUATIONS . . . 184

IV.1 Introduction . . . 184

IV.2 Qu’est-ce qu’une « pratique scientifique » ? Les apports du practical turn . . . 185

IV.2.1 La « m´etaphysique inform´ee par la pratique » : br`eve pr´esentation . . . . 186

IV.2.2 Bilan et critiques . . . 193

IV.2.3 Une lecture pragmatiste de la « m´etaphysique inform´ee par la pratique » 196 IV.3 R´eseaux de pratiques et authenticit´e . . . 199

IV.3.1 Etat de l’art : les apports du practical turn . . . 200´

IV.3.2 Quel moteur pour l’enquˆete ? Un retour `a Dewey . . . 205

IV.3.3 La notion de f´econdit´e ´epist´emique : approche pragmatiste . . . 208

IV.4 Situation et conservatisme pratique . . . 209

IV.4.1 La situation comme syst`eme de pratiques . . . 209

IV.4.2 Les trois niveaux de la pratique scientifique . . . 211

IV.4.3 Le conservatisme comme r´esultat de la fermeture des pratiques . . . 214

CHAPITRE V . . L’IMPR´EVISIBILIT´E DE LA SCIENCE : UN ARGUMENT POUR LA LIBERT´E DE RECHERCHE ? . . . 217

V.1 L’argument d’impr´evisibilit´e : formulations . . . 217

V.2 Impr´evisibilit´e de quoi ? . . . 221

V.3 Impr´evisibilit´e au sens fort : gen`ese et gestion de l’inattendu . . . 225

V.4 La question de la gestion de l’inattendu : une formulation classique de la th`ese I . 227 V.5 Autonomie scientifique et gen`ese de l’inattendu . . . 228

V.6 La d´ecouverte des ARNi comme ´etude de cas . . . 228

V.6.1 Bases biologiques . . . 229

V.6.2 Contexte de la d´ecouverte . . . 230

V.7 Trois crit`eres influant sur l’´emergence de l’inattendu . . . 237

V.7.1 Stabilisation des pratiques exp´erimentales . . . 237

V.7.2 Plasticit´e de l’arri`ere-plan ´epist´emique . . . 238

V.7.3 Diversit´e des voies de recherche . . . 239

V.8 Probl`emes exog`enes et occurrence de l’inattendu . . . 240

V.8.1 Relations causales contextuelles . . . 240

V.8.2 Exp´eriences r´eelles vs. exp´eriences de laboratoire . . . 244

V.9 Bilan : une r´eponse `a l’argument d’impr´evisibilit´e . . . 245

PARTIE 3 . . PROBL`EMES ENDOG`ENES ET EXOG`ENES DANS LA DYNAMIQUE DE LA RECHERCHE . . . 248

CHAPITRE VI . . SCIENCE FONDAMENTALE ET APPLIQU´EE : RETOUR SUR UNE DICHOTOMIE . . 251

VI.1 Introduction . . . 251

VI.2.1 Les donn´ees de la s´emantique historique . . . 253

VI.2.2 Une lecture pragmatiste . . . 257

VI.3 La science fondamentale comme lieu d’identification des probl`emes endog`enes . . . 270

CHAPITRE VII . . PROBL`EMES ENDOG`ENES ET EXOG`ENES DANS LES D´EVELOPPEMENTS HISTORIQUES DE LA BIOLOGIE MOL´ECULAIRE . . . 275

VII.1 Introduction . . . 275

VII.1.1 G´en´etique, biochimie et biologie mol´eculaire comme ´etudes de cas . . . . 277

VII.1.2 Aux racines de la biologie mol´eculaire : g´en´etique mend´elienne et biochimie, entre int´erˆets pratiques et cognitifs . . . 278

VII.1.3 La fondation Rockfeller et le virage « r´eductionniste » en biologie . . . . 296

VII.1.4 Maturation et expansion de la biologie mol´eculaire . . . 302

VII.2 Probl`emes exog`enes, endog`enes et dynamique de la science : retour sur la finaliza-tion thesis . . . 314

VII.3 Conclusion : probl`emes exog`enes et production des connaissances . . . 320

CHAPITRE VIII . . COMPLEXIT´E ET INTERACTIONS ENTRE PROBL`EMES ENDOG`ENES ET EXOG`ENES : DEUX ´ETUDES DE CAS . . . 323

VIII.1 Introduction . . . 323

VIII.2 Biologie et biom´edecine . . . 328

VIII.3 Lutte contre le cancer et savoirs biologiques . . . 331

VIII.3.1 De la chirurgie aux rayons X . . . 331

VIII.3.2 Conclusion interm´ediaire . . . 336

VIII.3.3 Vers une « m´edecine scientifique » : la naissance de la radiobiologie . . . 340

VIII.3.4 Des d´ebuts de la chimioth´erapie `a la th´eorie g´en´etique du cancer . . . 341

VIII.3.5 Th´erapie cibl´ee et r´eseaux de r´egulation . . . 346

VIII.4 Psychiatrie et neurobiologie . . . 349

VIII.5 Bilan : complexit´e et interactions entre probl`emes endog`enes et exog`enes . . . 357

CHAPITRE IX . . L’ANTI-R´EDUCTIONNISME SP´ECULATIF. CRITIQUE ´EPIST´EMOLOGIQUE ET IMPLICATIONS POUR LES POLITIQUES SCIENTIFIQUES . . . 365

IX.1 Introduction . . . 365

IX.2 Le pluralisme radical de Longino . . . 366

IX.3 Le « pluralisme int´egratif » de S. Mitchell : formulation et enjeux pour les politiques scientifiques . . . 373

IX.4 L’anti-r´eductionnisme sp´eculatif : caract´erisation ´epist´emologique . . . 381

IX.4.1 L’anti-r´eductionnisme m´etaphysique . . . 381

IX.4.2 Le d´ebat sur le r´eductionnisme chez Longino et Mitchell . . . 383

IX.4.3 La notion d’anti-r´eductionnisme sp´eculatif . . . 389

IX.5 La pratique du r´eductionnisme en psychiatrie . . . 392

IX.5.1 L’approche m´ecaniste . . . 392

IX.5.2 Le cas du RDoC . . . 396

IX.5.3 Le d´ebat Bickle vs. Kendler . . . 400

IX.5.4 Conclusion : faut-il avoir peur du r´eductionnisme en psychiatrie ? . . . 403

IX.6 Le cas des controverses autour des th´eories du cancer . . . 408

IX.6.1 De la Somatic Mutation Theory (SMT) `a la Tissue Organization Field Theory (TOFT) . . . 408

IX.6.2 TOFT comme th´eorie explicative non r´eductible ? . . . 412

IX.7 Du pluralisme pragmatique au pluralisme pragmatiste : quelle gestion pratique du pluralisme ? . . . 419

IX.7.1 Bilan de nos ´etudes de cas . . . 419

IX.7.2 Retour sur les pluralismes de Longino et Mitchell . . . 421

IX.7.3 Quelle gestion de la pluralit´e ? . . . 425

PARTIE 4 . . VERS UN MOD`ELE ALTERNATIF DU PILOTAGE DE LA RECHERCHE . . . 430

CHAPITRE X . . PILOTAGE ET MODES DE DISTRIBUTION DES RESSOURCES . . . 436

X.1 Trois dimensions du pilotage . . . 436

X.2 Formes actuelles du pilotage : quelques tendances majeures . . . 437

X.2.1 Le pilotage comme orientation . . . 440

X.2.2 Le pilotage comme centralisation . . . 452

X.2.3 Le pilotage comme externalisation . . . 456

X.2.4 Conclusion interm´ediaire . . . 471

X.3 Une solution de compromis : l’´equilibre « horizontal » entre autonomie et pilotage 473 X.3.1 Equilibre horizontal : d´efinition et manifestations institutionnelles . . . . 475´

X.3.2 Equilibre horizontal et solutions de financement alternatives : financer la´ recherche par loterie . . . 477

X.4 Conclusion . . . 482

TROIS CONDITIONS TH´EORIQUES DU PILOTAGE DE LA RECHERCHE . . . 484

XI.1 Introduction : f´econdit´e et productivit´e ´epist´emique . . . 484

XI.2 Evolution des syst`emes de pratiques et f´econdit´e ´epist´emique . . . 488´

XI.2.1 Authenticit´e ou signification ? Retour critique sur le mod`ele de « science bien ordonn´ee » de Kitcher . . . 489

XI.2.2 L’exp´erience des ind´eterminations comme moteur de l’´evolution des pra-tiques . . . 492

XI.2.3 Probl`emes exog`enes et f´econdit´e ´epist´emique . . . 494

XI.3 Condition 1 : un ´equilibre vertical entre libert´e et pilotage . . . 496

XI.4 Condition 2 : reconnaissance de la diversit´e et de l’interconnexion des pratiques . . 501

XI.5 Condition 3 : participation des publics au pilotage . . . 502

XI.6 Quelques cons´equences imm´ediates . . . 505

XI.6.1 Politiques de publication . . . 505

XI.6.2 Pour un « ralentissement » de la science ? . . . 509

XI.7 Conclusion . . . 514

CHAPITRE XII . . UN MOD`ELE ALTERNATIF POUR LE PILOTAGE DE LA RECHERCHE . . . 516

XII.1 Introduction : quelle mise en commun ? . . . 516

XII.2 ´Etude de cas : le pilotage du d´efi « Gestion sobre des ressources et adaptation au changement climatique » par l’ANR . . . 521

XII.2.1 Modalit´es pratiques du pilotage . . . 521

XII.2.2 Quel niveau de pilotage ? . . . 525

XII.2.3 Premi`eres recommandations . . . 530

XII.3 D´efaut de pilotage et ´equilibre horizontal . . . 533

XII.4 Pour un mod`ele alternatif de pilotage de la recherche : principes g´en´eraux . . . 534

XII.4.1 R´eponses `a quelques interrogations . . . 536

XII.4.2 Retour sur les conditions de pilotage et sch´ema interm´ediaire . . . 546

XII.5 ´El´ements de mise en œuvre pratique . . . 548

XII.5.1 Un syst`eme de plateformes collaboratives . . . 549

XII.5.2 Sch´ema bilan . . . 554

XII.6 Conclusion . . . 556

ANNEXE A . . THE DIVISION OF COGNITIVE LABOR: TWO MISSING DIMENSIONS OF THE DEBATE . . . 563

ANNEXE B . .

SCIENTIFIC AUTONOMY AND THE UNPREDICTABILITY OF SCIENTIFIC

INQUIRY: THE UNEXPECTED MIGHT NOT BE WHERE YOU WOULD EXPECT . . . 581 INDEX NOMINUM . . . 597 BIBLIOGRAPHIE . . . 601

XII.1 Sch´ema alternatif de pilotage (1) : repr´esentation d’ensemble . . . 547 XII.2 Sch´ema alternatif de pilotage (2) : rˆole des plateformes collaboratives . . . 555

L’autonomie du champ scientifique, comprise comme sa capacit´e `a fixer par lui-mˆeme sa compo-sition interne, ses normes et ses objets, r´esulte d’ajustements et de compromis entre deux forces antagonistes : d’un cˆot´e, l’inscription du d´eveloppement scientifique et technique dans un certain contexte social dont il tire ses ressources et qui tend `a le mettre sous la d´ependance d’objectifs et d’enjeux qui d´epassent la seule communaut´e des chercheurs ; de l’autre, une d´efense inlassable de l’autonomie scientifique comme n´ecessit´e politique et ´epist´emologique, provenant souvent des chercheurs eux-mˆemes. L’´emergence d’un besoin de contrˆole des avanc´ees de la science, ainsi que la mont´ee en puissance d’une recherche ins´er´ee dans une logique de march´e, semble conditionner aujourd’hui un relatif mouvement de recul de cette autonomie.

Les modifications contemporaines des modes de gouvernance de la recherche scientifique posent dans ce cadre des questions proprement ´epist´emologiques : quel type et quel degr´e d’autonomie faut-il accorder au champ scientifique d’une part, et aux chercheurs individuels d’autre part, pour optimiser la production des connaissances ? Comment organiser, institutionnaliser l’effort de re-cherche de mani`ere `a ce que la limitation de l’autonomie qui en r´esulte soit positive sur le plan ´epist´emologique ? Notre th`ese adopte ainsi une perspective philosophique sur des questions souvent r´eserv´ees aux ´economistes et autres sp´ecialistes du management de la recherche ; en particulier, celle des sch´emas d’attribution des ressources aux diff´erentes disciplines, communaut´es ou individus constitutifs du champ scientifique. Nous proc´edons en deux temps. Premi`erement, nous tentons de lier les contraintes propres du processus de recherche aux conditions souhaitables de sa gouvernance. Nous interrogeons ainsi la port´ee et les limites des principes d’autonomie du champ scientifique d’une part, et de libert´e de recherche d’autre part, comme moteurs de la productivit´e ´epist´emique des activit´es de recherche. Deuxi`emement, nous sugg´erons un sch´ema possible de financement de la recherche qui satisfasse les conditions ´epist´emologiques pr´ec´edemment mises au jour. Nos analyses dessinent alors le cheminement suivant.

Tout d’abord, nous proposons une recension des argumentaires ´elabor´es pour d´efendre l’autono-mie de la science et la libert´e de recherche comme une n´ecessit´e ´epist´emologique. Nous reconstrui-sons sur cette base deux th`eses pro-autonomie qui doivent ˆetre prises au s´erieux, car leurs critiques classiques ´echouent `a les disqualifier de mani`ere convaincante. La th`ese « lib´erale » pose que la libert´e individuelle des chercheurs favorise la productivit´e ´epist´emique, en motivant la cr´eativit´e, l’anticonformisme, la diversification des probl`emes, questions et objets de recherche. La th`ese « anti-utilitariste » distingue une science fondamentale d’une science appliqu´ee en fonction des questions ou des objets ´etudi´es et affirme la sup´eriorit´e ´epist´emique d’une recherche d´edi´ee `a des probl`emes exclusivement cognitifs.

Nous menons ensuite l’analyse critique de ces deux th`eses. Nous abordons en un premier temps la th`ese lib´erale `a travers une mise en cause du mod`ele de la dynamique de la recherche qui la sous-tend. Contre la mise en valeur de la science comme activit´e exploratoire, nous proposons, justifions et renouvelons la perspective pragmatiste sur l’enquˆete sur la base d’´etudes de cas et des travaux contemporains li´es au practical turn. Nous sugg´erons l’existence d’une forme de conservatisme inh´e-rente au processus de recherche, que nous qualifions de conservatisme pratique par contraste avec

le conservatisme repr´esentationnel souvent mis en avant comme principe r´egulateur du changement dans les sciences. Nous en d´eduisons qu’un principe de laissez-faire n’optimise pas la f´econdit´e ´epis-t´emique de l’enquˆete. Nous critiquons ´egalement, sur cette base, les directions prises actuellement par l’´epist´emologie sociale lorsqu’elle s’attache `a d´ecrire la dynamique de division du travail cognitif au sein du champ scientifique.

Nous revenons dans un second temps sur la th`ese anti-utilitariste, en critiquant tout d’abord la distinction entre science fondamentale et science appliqu´ee comme introduisant artificiellement une rupture entre les types de pratiques en fonction des objectifs qu’elles s’assignent. Nous proposons de d´eplacer cette opposition en ´elaborant une distinction entre des probl`emes que nous qualifions d’endog`enes, ´emergeant dans le cours des pratiques scientifiques, et des probl`emes exog`enes identifi´es `

a l’ext´erieur du champ scientifique. Nous tentons alors de pr´eciser les m´ecanismes des interactions entre ces probl`emes endog`enes et exog`enes. En prenant l’histoire de la biologie mol´eculaire comme illustration, nous montrons la perm´eabilit´e constitutive du processus de recherche aux probl`emes exog`enes, nous d´etaillons certains m´ecanismes de ces interactions dans le cas des objets complexes, et nous montrons en quoi cette perm´eabilit´e est ´epist´emologiquement positive. Le cas des d´evelop-pements historiques de la canc´erologie et de la psychiatrie nous permettent de pr´eciser ce point. Ils nous am`enent ´egalement `a caract´eriser un anti-r´eductionnisme sp´eculatif qui d´efend la n´ecessit´e de valoriser le pluralisme par un mode de pilotage de la science favorisant activement la diversit´e disciplinaire. Nous illustrons cette notion d’anti-r´eductionnisme sp´eculatif en nous appuyant sur l’analyse des controverses r´ecentes autour des th´eories explicatives du cancer.

Enfin, dans un dernier temps, nous prolongeons ces analyses ´epist´emologiques sur le plan pra-tique, en tentant d’en d´eduire des conditions de financement qui satisfassent les propri´et´es de la dynamique de la recherche pr´ec´edemment d´egag´ees. Nous commen¸cons par montrer que les prin-cipes guidant les modes actuels de pilotage de la recherche publique ne sont pas conformes aux contraintes ´epist´emiques que nous proposons de prendre en compte. Contre la s´election trop centra-lis´ee des projets sur la base de l’´evaluation par les pairs, d’une part, et la diff´erentiation des sources de financement en fonction des objets ou de types de recherche, nous proposons un sch´ema de fi-nancement d´ecentralis´e et participatif refl´etant la diversit´e des pratiques et la convergence locale des int´erˆets.

MOTS-CL´ES : autonomie scientifique ; libert´e de recherche ; gouvernance de la recherche ; prag-matisme ; changement scientifique ; philosophie de la biologie.

The autonomy of the scientific field, understood as its ability to set itself its internal composition, its norms and its objects, is the result of compromises between two antagonistic forces: on the one hand, the inscription of scientific and technical development in a certain social context that provides it with the resources it needs and that tends to put it under the dependence of objectives foreign to the scientific community; on the other hand, a defense of scientific autonomy as a political and epistemological necessity. The emergence of a need for the control of scientific progress, and the raise of the dependence of research to market economy, seems to result in the relative downturn of this call for autonomy.

In that context, the current modifications in the way scientific research is governed raise episte-mological questions: which degree of autonomy should we grant the scientific field, and individual researchers, in order to optimize the knowledge production? How should we organize scientific re-search so that the limitations of its autonomy have positive epistemological effects? In this thesis, we adopt a properly philosophical perspective on issues often studied by economists and specialists of science policy management, most notably that of the best ways of funding scientific disciplines, communities, or individual researchers. We first try to figure out the links existing between the internal constraints of the research process and the desirable conditions of its governance. It leads us to question the reasons and limitations of scientific autonomy conceived as an engine of the epis-temic productivity of research activities. Second, we propose a possible way of funding research that would satisfy the epistemic conditions previously identified. Our analyses then proceed as follow.

First, we carry out an analysis of the arguments elaborated to defend scientific autonomy and freedom of research as an epistemological requirement. We then rebuild on this basis two pro-autonomy theses that should be taken seriously into account, for the criticisms generally leveled against them are not sound. The “liberal thesis” claims that individual freedom promotes epistemic productivity by motivating creativity, anticonformism, and the diversification of the problems, ques-tions and objects under study. The “anti-utilitarian” thesis distinguishes between fundamental and applied science and argues for the epistemological superiority of a research exclusively dedicated to cognitive problems.

We then propose a critical analysis of these two theses. We first deal with the liberal thesis by questioning the model of the dynamics of scientific research on which it is based. Against the promotion of science as an exploratory activity, we propose, justify and renew the pragmatist pers-pective on inquiry, drawing on case studies and contemporaneous works linked to the practical turn. We suggest that there exists a form of conservatism of the research process that we call practical conservatism, in contrast to the representational conservatism that is often seen as regulating scien-tific change. We conclude that a laissez-faire principle does not optimize epistemic fecundity. We also criticize, on this basis, the current directions taken by social epistemology when it studies the dynamics of division of cognitive labor within the scientific field.

We then deal with the anti-utilitarian thesis. We first criticize the distinction between funda-mental and applied science as introducing a gap among scientific practices according to the goals they pursue. We propose to forgo this opposition in favor of a different one, between endogenous

problems (emerging in the course of scientific practices), and exogenous problems (identified outside the scientific field). By considering the history of molecular biology, we show the constitutive per-meability of the research process to exogenous problems, we give some details about the mechanisms of these interactions in the case of complex objects, and we show how this permeability is positive. The cases of the historical development of cancerology and psychiatry give us the opportunity to clarify this point. They also lead us to define and characterize a speculative anti-reductionism that defends the need to promote pluralism through a mode of piloting actively favoring the diversity of disciplines. We illustrate this notion of speculative anti-reductionism by drawing on the case of the recent controversies about two competitive theories of cancer.

Finally, we give these epistemological analysis a practical turn, by trying to infer from them some conditions that would fit with the properties of the research process we previously identified. We begin by showing that the principles guiding current scheme of governance of public research do not satisfy the epistemic constraints we propose to take into account. Against the excessively centralized selection of projects by way of peer-review processes, on the one hand, and in opposition to the differentiation of the funding sources between objects or types of research on the other hand, we propose a decentralized and participative funding scheme, reflecting the diversity of practices and the local convergence of interests.

KEY-WORDS : autonomy of science; research freedom; governance of research; pragmatism; scien-tific change; philosophy of biology.

Le g´enie veut ˆetre libre, toute servitude le fl´etrit, et souvent on le voit porter en-core, lorsqu’il est dans toute sa force, l’empreinte des fers qu’on lui avait donn´es au moment o`u son premier germe se d´eveloppait dans les exercices de l’enfance (Pierre-Marie de Condorcet, Rapport et projet de d´ecret sur l’organisation g´en´erale de l’instruction publique, Paris : Imprimerie Nationale, 1792, p. 14).

Le progr`es scientifique r´esulte du jeu libre d’esprits libres, travaillant sur des sujets de leur choix, guid´es par leur curiosit´e pour l’exploration de l’inconnu. La libert´e de recherche doit ˆetre pr´eserv´ee dans tous les plans de financement gouvernemental de la science (Vannevar Bush, Science, the Endless Frontier, Washington, D. C: United States Government Printing Office, 1945, p. 13).

`

A pr`es de deux si`ecles d’´ecart, ces quelques lignes se nourrissent d’une mˆeme certitude, vieille comme la philosophie elle-mˆeme : l’homme poss`ede un app´etit naturel pour le savoir, motiv´ee par la disposition qu’`a l’esprit `a s’´etonner du monde qui l’entoure. Cette disposition `a l’´etonnement, se traduisant par une mise en question permanente des ph´enom`enes et des concepts, doit ˆetre culti-v´ee en lui garantissant un espace o`u elle puisse s’´epanouir librement. Imposer des contraintes aux voies que trace la curiosit´e naturelle, c’est intenter `a cette libert´e de l’esprit, freiner l’exploration de l’inconnu, et donc nuire `a l’acquisition de savoirs nouveaux. En cons´equence, dans un contexte mo-derne, toute organisation institutionnelle de l’effort de recherche devrait prot´eger son autonomie : la connaissance doit pouvoir se d´eterminer elle-mˆeme, pour elle-mˆeme.

Or, historiquement, l’autonomie du champ scientifique1

, comprise comme sa capacit´e `a fixer par

1

Nous entendons ici la notion de champ scientifique au sens que lui donne Bourdieu dans sa perspective n´eo-diff´erentiationniste, comme « espace o`u les chercheurs s’accordent sur les terrains de d´esaccord et sur les instruments avec lesquels ils sont en mesure de r´esoudre ces d´esaccords, et sur rien d’autre » (Bourdieu, 1992, p. 152). Le champ scientifique se caract´erise ainsi de mani`ere minimale par des m´ecanismes d’« acceptation ou [d’]´elimination de nouveaux entrants », de « concurrence entre les diff´erents producteurs » d´eterminant «l’apparition de ces produits sociaux relativement ind´ependants de leurs conditions sociales de production que sont les v´erit´es scientifiques » (Bourdieu, 1976, p. 88). Poser cette ind´ependance relative des savoirs scien-tifiques vis-`a-vis du contexte de leur production revient `a accepter, ce que nous faisons d’embl´ee, l’existence d’un certain degr´e d’autonomie axiologique de la science (concernant ses normes, ses m´ethodes et ses r`egles), s’exprimant sous la forme d’un ensemble de pratiques et de valeurs sp´ecifiques qui ne sont pas solubles dans

lui-mˆeme sa composition interne, ses normes et ses objets, est une r´ealit´e mouvante et historique-ment situ´ee. Elle r´esulte d’ajustehistorique-ments et de compromis entre des forces antagonistes : d’un cˆot´e, l’inscription du d´eveloppement scientifique et technique dans un certain contexte social dont il tire ses ressources et qui tend `a le mettre sous la d´ependance d’objectifs et d’enjeux qui d´epassent la seule communaut´e des chercheurs ; de l’autre, une d´efense inlassable de l’autonomie scientifique, provenant souvent de ces mˆemes chercheurs (Ruphy, 2017). Cette d´efense s’appuie sur une croyance, profon-d´ement enracin´ee, en l’autonomie de fait (l’existence de normes et valeurs sp´ecifiques qui assurent le lien privil´egi´e de l’entreprise scientifique `a la r´ealit´e) et de droit (les conditions institutionnelles doivent favoriser et prot´eger cette autonomie) des activit´es scientifiques. Cette manifestation de la «philosophie spontan´ee des savants », pour reprendre la formule d’Althusser, est souvent justifi´ee aussi bien sur le plan politique – en insistant sur la valeur, en d´emocratie, d’une source autonome de savoirs et d’expertise – que sur le plan ´epist´emologique – en soutenant que l’autonomie du champ scientifique dans son ensemble et la libert´e de recherche `a l’´echelle individuelle sont les moteurs de la productivit´e des activit´es de recherche. La science doit ˆetre autonome pour produire des connais-sances nombreuses, innovantes et de bonne qualit´e, qui pourront ensuite ˆetre ou non utilis´ees par la soci´et´e `a laquelle elles sont d´elivr´ees. Bien ´evidemment, il est tentant de voir avant tout dans ces discours les revendications partisanes d’une communaut´e scientifique craignant de voir ses privi-l`eges s’amenuiser au gr´e des ´evolutions contemporaines des modes de gouvernance de la recherche. Car l’autonomie est en premier lieu une question politique, touchant `a l’organisation collective de notre monde commun ; elle est toujours un mouvement, une lutte pour l’´emancipation, pour l’auto-d´etermination, pour l’auto-gouvernance d’un espace vis-`a-vis de ce qui lui est ext´erieur. Celui qui l’accorde comme celui qui en jouit s’inscrivent dans une relation de pouvoir dont la l´egitimit´e est susceptible de se voir discut´ee ou remise en cause.

L’´emergence d’un besoin de contrˆole, ´eventuellement d´emocratique, des avanc´ees de la science, ainsi que la mont´ee en puissance d’une recherche ins´er´ee dans une logique de march´e, semblent conditionner aujourd’hui un tel mouvement de recul de l’autonomie scientifique. En outre, la mise en ´evidence d’une certaine perm´eabilit´e de la science aux valeurs non ´epist´emiques port´ees par la soci´et´e dans laquelle elle s’ins`ere interroge la pertinence empirique de ce concept. L’autonomie scientifique, sous ses formes les plus radicales, serait alors « un legs d’un autre ˆage » (Kitcher, 2004,

p. 57), qu’il conviendrait au minimum de « reconsid´erer » afin de « repenser le contrat social de la science » (Douglas, 2009, p. 8), voire de liquider totalement : comme certains l’affirment de mani`ere quelque peu radicale (Gibbons et al., 1994), le chercheur devrait alors accepter de prendre place dans une agora m´etiss´ee aux cˆot´es des entrepreneurs, d´ecideurs, citoyens, et accepter de perdre la maˆıtrise pleine et enti`ere des probl`emes qu’il r´esout.

Il nous semble cependant que les d´ebats autour de l’autonomie scientifique rec`elent autre chose qu’un simple conflit d’int´erˆets et peuvent ˆetre pris au s´erieux comme un probl`eme ´epist´emologique : quel type et quel degr´e d’autonomie faut-il accorder au champ scientifique d’une part, et aux cher-cheurs individuels d’autre part, pour optimiser la production des connaissances ? Ou, pour formuler autrement cette probl´ematique, comment organiser, institutionnaliser l’effort de recherche de ma-ni`ere `a ce que la limitation de l’autonomie qui en r´esulte soit positive sur le plan ´epist´emologique ? Notons d`es `a pr´esent que cette notion d’optimisation peut ˆetre ici comprise de diverses mani`eres, en fonction des objectifs que l’on assigne aux activit´es scientifiques : doivent-elles servir les int´erˆets imm´ediats des populations ? Soutenir la croissance ´economique en favorisant l’innovation ? ´Elaborer des connaissances sur le monde naturel et social ? Comme nous aurons l’occasion de le justifier plus en d´etail, l’enjeu principal de notre probl´ematique concerne le troisi`eme de ces termes ; il pose alors la question de savoir comment assurer une gestion institutionnelle de la recherche qui soit ´epist´emi-quement ad´equate, c’est-`a-dire qui joue positivement sur la production des savoirs.

D’un point de vue politique, ces questions ´epist´emologiques ont un int´erˆet pour penser les condi-tions de la gouvernance2

des sciences, et en particulier les m´ecanismes de leur financement. La mise en œuvre d’un mode de distribution des ressources qui optimise (en terme de connaissances et/ou d’applications) l’effort de recherche consenti par les pouvoirs publics et les acteurs ´economiques est un d´efi majeur pour nos d´emocraties lib´erales. Or, il nous semble que l’identification des limites acceptables, voire souhaitables, `a imposer `a l’autonomie du champ scientifique est une ´etape n´eces-saire afin de mettre au jour certaines conditions ´epist´emologiques `a prendre en compte pour penser

2

Nous avons conscience de la port´ee potentiellement pol´emique du terme de « gouvernance », souvent oppos´e `a celui de « gouvernement » comme marqueur d’une `ere o`u la politique authentique aurait c´ed´e la place `a la gestion entrepreneuriale de la vie publique (Canet, 2004). Nous ne rentrerons pas ici dans ces consid´erations, et nous utilisons le terme de gouvernance dans le sens (large) que lui donne Pitseys (2010), comme regroupant l’ensemble des « technique[s] de gestion sociale visant `a produire des r`egles collectives » (p. 208). Dans ce sens, interroger les conditions de la gouvernance des sciences revient `a penser les sch´emas de gestion ou de management des ressources humaines, temporelles et financi`eres allou´ees `a l’effort de recherche.

la gestion collective du progr`es scientifique. Notre parti-pris consiste alors `a reconnaˆıtre que la gou-vernance des sciences soul`eve une s´erie de questions sp´ecifiques ne pouvant ˆetre r´esolues sans une analyse des propri´et´es intrins`eques du processus de recherche, propri´et´es qui devraient contraindre les formes de contrˆole susceptibles de s’exercer sur lui.

La sp´ecificit´e de la d´emarche que nous nous proposons de mener r´eside donc en l’adoption d’une perspective proprement philosophique sur des questions souvent r´eserv´ees, `a l’heure actuelle, aux ´economistes et autres sp´ecialistes du management de la recherche. L’importance prise, depuis les ann´ees 1990, par une « ´economie de la science » (Callon et Foray, 1997) s’appliquant `a conseiller les politiques scientifiques des ´Etats comme des entreprises va en effet de pair avec un int´erˆet croissant pour l’analyse descriptive de la production des connaissances `a petite ´echelle, s’appuyant notam-ment sur le d´eveloppenotam-ment de nombreux indices scientom´etriques. Ces derniers ont pour partie vocation, comme le notait en 2010 un avis du comit´e d’´ethique du CNRS portant sur les modalit´es de financement de la recherche3

, `a fournir des outils d’´evaluation de la rentabilit´e et de la perfor-mance des investissements publics de recherche et d´eveloppement. Il est ainsi courant de noter que la r´eflexion sur les conditions de la recherche et de l’innovation se manifeste surtout aujourd’hui en tant que branche particuli`ere des sciences de la gestion ou du management des politiques publiques, elles-mˆemes de plus en plus impr´egn´ees des concepts et des strat´egies issus du monde de l’entreprise (Vilkas, 2009).

Suivant ce mouvement, il existe aujourd’hui une litt´erature sp´ecialis´ee relativement foisonnante, qui tente de caract´eriser les effets, sur la production des connaissances, des modifications actuelles des politiques de financement de la recherche par les ´Etats. Outre le d´eveloppement d’une logique manag´eriale dans l’´evaluation et le suivi de la recherche publique, mettant en valeur la performance et la comp´etitivit´e des acteurs (Bruno, 2008), l’importance prise par l’allocation des ressources sur projet et son influence sur la dynamique de la recherche est ainsi au centre de nombreuses ´etudes de terrain, en sociologie, en ´economie et en sciences de la gestion (Hubert et al., 2012 ; Franssen et al., 2018). Ces derni`eres s’int´eressent par exemple au rˆole nouveau des agences de financement comme organisations interm´ediaires entre l’´Etat et les scientifiques (Guston, 1996 ; Edler et al., 2014) ; aux pratiques acad´emiques de r´edaction des demandes de bourses et `a l’impact de ce mode

3

Avis sur les « Aspects ´ethiques du financement public de la recherche sur projet », rendu le 28 juin 2010. Disponible sur http ://www.cnrs.fr/comets/IMG/pdf/05-avisincitation-2.pdf (consult´e le 2 septembre 2018).

de financement sur le comportement des chercheurs (M¨oller et al., 2016 ; Velarde, 2018) ; aux strat´e-gies d´evelopp´ees par les scientifiques en r´eponse `a la diversification des types de ressources (Murray, 2010 ; Luukkonen, 2014 ; Krimsky, 2013) ; aux formes prises par l’´evaluation de la recherche par les universit´es et les agences gouvernementales (Coccia, 2009 ; Hicks, 2012 ; Musselin, 2014) ; ou encore `

a l’impact du financement sur projets sur le travail de recherche (Hubert, 2012).

Dans un num´ero r´ecent de la revue Minerva, paru en mars 2018 (volume 56) et consacr´e `a la question des modifications contemporaines des conditions institutionnelles du pilotage des sciences, le sociologue Jochen Gl¨aser souligne cependant les difficult´es inh´erentes `a ces travaux : malgr´e leur richesse, ils ne permettraient pas d’´etablir « des relations causales bien identifi´ees entre les m´eca-nismes de financement et le contenu et la conduite de la recherche » (Gl¨aser et Velarde, 2018, p. 4). La complexit´e et la vari´et´e des environnements de financement semblent rendre difficile l’´eta-blissement de conclusions g´en´erales fiables, empiriquement fond´ees, ´evaluant l’influence des modes d’allocation des ressources sur l’activit´e de recherche. La diversit´e des types de programmes, d’une part, et des contextes disciplinaires, d’autre part, sont ainsi cit´ees comme une forte limite de ces approches descriptives. Autrement dit, pour int´eressante qu’elle soit par bien des aspects, l’analyse de l’organisation et de la dynamique de la science avec les outils de l’´economie et du management semble ´echouer `a fournir une perspective normative satisfaisante sur la gestion du d´eveloppement scientifique et technique.

Or, ce probl`eme est d’autant plus pressant que ces derni`eres ann´ees ont vu se multiplier les propositions (plus ou moins approfondies) de r´eformes des modes de gouvernance de la recherche, en particulier de la recherche publique. Celles-ci portent tout d’abord sur les m´ecanismes de son financement : doit-on laisser les chercheurs r´epartir eux-mˆemes les fonds (Bollen et al., 2014) ? Doit-on mettre en comp´etitiDoit-on des projets, ou r´epartir ´equitablement les ressources entre les individus (Cou´ee, 2013 ; Vaesen et Katzav, 2017) ? Doit-on faire confiance `a l’´evaluation par les pairs, ou opter pour une distribution al´eatoire du financement (Fang et Casadevall, 2016 ; Avin, 2018) ? Ces r´eflexions interrogent ´egalement la place `a allouer `a la sph`ere ´economique et `a ses imp´eratifs de ren-tabilit´e et de comp´etitivit´e, ainsi que les possibilit´es du contrˆole collectif des activit´es scientifiques. La notion de recherche et innovation « responsables », largement mise en valeur `a l’´echelle

euro-p´eenne au sein du programme Horizon 20204

, tente ainsi de penser les contraintes `a leur imposer de mani`ere `a les rendre conformes `a diff´erentes exigences ´ethiques et politiques (Owen et al., 2012 ; Rip, 2016).

Les divergences d’opinion et d’int´erˆet qui se r´ev`elent dans ces prises de position rendent n´eces-saires l’adoption d’un point de vue ´epist´emologiquement inform´e sur les conditions du financement de la recherche. Comme le notent encore Gl¨aser et Velarde (2018), il manque en effet `a la litt´erature actuelle une analyse des « pratiques de production des connaissances et [de] leurs conditions ´epist´e-miques, [qui] jouent un rˆole crucial dans la d´etermination des effets du financement sur les individus et les organisations » (p. 8). Ainsi que le remarque ´egalement Vilkas (2009), l’apparition d’experts de la gestion de la recherche « fournissant rapports et ouvrages (...) aux d´ecideurs » (p. 69) ne s’est malheureusement pas accompagn´ee d’une r´eflexion d’ordre ´epist´emologique, la philosophie et l’histoire des sciences se tenant souvent « `a l’´ecart des travaux `a vis´ee prescriptive » (Id.) portant sur les m´ecanismes de l’allocation des ressources et du pilotage de la recherche.

En effet, une grande partie de l’effort r´ealis´e par les philosophes pour renouveler l’´epist´emologie en l’ouvrant `a l’´etude de l’orientation sociale des sciences a consist´e `a repenser `a nouveaux frais des notions cl´es comme celles d’objectivit´e ou de neutralit´e, passant par exemple par une valorisation de la diversit´e des points de vue, des perspectives, voire des « ´epist´emologies locales » (Longino, 1997). Pour n´ecessaires qu’ils soient, il est frappant de constater que la plupart de ces travaux restent `

a un haut niveau de g´en´eralit´e conceptuelle ; on trouve notamment peu de propositions formul´ees pour ˆetre applicables sur le plan politique. Des propositions de sch´ema de pilotage pour la recherche comme celle de Kitcher (2010) [2001] s’articulent ainsi explicitement comme des id´eaux n’ayant pas vocation `a guider r´eellement l’´etablissement d’un syst`eme de financement cr´edible, mais `a juger de l’ad´equation des situations concr`etes `a un ensemble de principes ´ethiques et politiques – dans le cas de Kitcher, la « science bien ordonn´ee ». Un certain nombre de travaux d´ecrivent la production des connaissances dans un contexte d’interactions entre le champ scientifique, la politique, la sph`ere ´economique et les citoyens dans des situations de controverses scientifico-socio-techniques particu-li`eres, li´ees par exemple aux nanotechnologies, au nucl´eaire, ou aux questions environnementales (Bourg et Whiteside, 2010 ; Mielke et al., 2017). De mani`ere g´en´erale, la question des sch´emas

4

Programme de recherche et d’innovation finan¸cant, `a l’´echelle europ´eenne, des projets scientifiques sur la p´eriode 2014-2020, pour un budget total de 80 milliards d’euros.

d’attribution des ressources aux diff´erentes disciplines, communaut´es ou individus constitutifs du champ scientifique reste cependant peu abord´ee sur le plan ´epist´emologique. C’est pr´ecis´ement `a ce manquement que la pr´esente th`ese se propose de contribuer `a rem´edier. Il s’agit ainsi, pour nous, de tenter de lier les contraintes propres au processus de recherche aux conditions souhaitables de sa gouvernance. Cela revient en particulier `a interroger, dans une perspective ´epist´emologique, la port´ee et les limites des principes d’autonomie du champ scientifique d’une part, et de libert´e de recherche d’autre part, comme moteurs de la productivit´e des activit´es de recherche.

Quels enjeux pour la philosophie ?

La question de la gouvernance du d´eveloppement scientifique et technique soul`eve en effet des questions proprement ´epist´emologiques du fait de l’existence d’une tension entre la d´efense de ces principes d’autonomie de la recherche scientifique et les diff´erentes formes de pilotage auquel cette derni`ere est soumise. Qu’entend-on exactement, tout d’abord, par la notion de pilotage de la re-cherche ? En premi`ere instance, il nous semble pertinent de consid´erer trois dimensions distinctes de pilotage, tel qu’il est actuellement pratiqu´e par les grandes agences de financement ´etatiques (telles que l’Agence Nationale de la Recherche en France, les Research Councils au Royaume-Uni et les National Institutes of Health ou la National Science Foundation aux ´Etats-Unis). Nous proposerons de les nommer, au fil de notre travail, pilotage par orientation, par centralisation et par externali-sation. La premi`ere de ces dimensions d´esigne le guidage de la recherche par des objectifs explicites pr´e-d´efinis. Cette notion d’orientation se rapproche, avec des nuances, de celle couramment utilis´ee de finalisation5

. La deuxi`eme renvoie au processus de s´election comp´etitive des projets. La troi-si`eme ´evoque l’existence de pressions ext´erieures au champ scientifique (d´efini au sens de Bourdieu, 2001) ´emanant des sph`eres ´economiques, politiques, sociales et qui influent sur les directions qu’il emprunte. Par exemple, les plans d’action ´elabor´es chaque ann´ee par l’agence nationale de la re-cherche (ANR) afin d’encadrer ses appels `a projets6

constituent un cas de pilotage par orientation. La centralisation est quant `a elle `a l’œuvre dans toute d´emarche d’allocation impliquant la s´election

5

Nous pr´ef´erons ici le terme d’orientation au terme de finalisation, car ce dernier est fortement connot´e comme orientation par des objectifs externes (notamment, le souci de l’utilit´e sociale, politique ou ´econo-mique). Or, comme nous le verrons, la recherche peut tout `a fait ˆetre orient´ee sans s’appuyer sur de tels objectifs externes au champ scientifique.

6

Ces plans d’action sont consultables sur le site de l’ANR : http ://www.agence-nationale-recherche.fr/financer-votre-projet/plan-d-action-2018/ (consult´e le 2 septembre 2018). Nous reviendrons en d´etail sur leur contenu dans la quatri`eme partie de ce travail.

d’un nombre limit´e de projets au sein d’un ensemble de propositions. Enfin, il y a externalisation lorsque la d´efinition des priorit´es de recherche (et donc, le choix des projets) est influenc´ee par des besoins, demandes, probl`emes non formul´es directement par les scientifiques pratiquant la recherche. Ces trois dimensions, bien que souvent mˆel´ees dans la pratique, ne sont pas, en th´eorie, n´ecessai-rement associ´ees. Il est ainsi envisageable d’orienter la recherche sans pour autant l’externaliser – par exemple, si on laisse aux seuls comit´es d’experts scientifiques le choix des objectifs prioritaires. Il est ´egalement possible d’opter pour un pilotage centralis´e et non orient´e, en jugeant exclusive-ment la qualit´e ´epist´emique estim´ee des projets (sans r´ef´erences `a des objectifs pr´e-d´efinis), ou en s´electionnant ces projets financ´es de mani`ere al´eatoire (Fang et Casadevall, 2016 ; Avin, 2018).

Selon ce sch´ema simple, il apparaˆıt que le pilotage tel qu’il est men´e actuellement entre en tension avec l’autonomie du champ scientifique selon deux dimensions. Premi`erement, l’externalisation des d´ecisions, quelles que soient les formes concr`etes qu’elle peut prendre, met en cause l’autonomie du champ scientifique dans son ensemble, comme espace anim´e par les praticiens de la recherche poursuivant des objectifs qu’ils d´efinissent eux-mˆemes en mobilisant des valeurs et normes qui leur sont propres. Deuxi`emement, l’orientation et la centralisation, telles que nous les avons d´efinies, limitent la libert´e des individus (ou des groupes de recherche) dans la d´etermination des directions qu’ils souhaitent suivre : mis en comp´etition pour l’obtention d’un soutien financier et ´eventuellement guid´es par des objectifs d´efinis sans eux, les chercheurs singuliers se voient d´eposs´ed´es d’une partie de leur pouvoir de d´ecision.

En cons´equence, les modifications actuelles des modes de gestion de l’effort de recherche (en particulier, tr`es concr`etement, de la mani`ere dont la science est financ´ee) rendent particuli`erement n´ecessaire une r´eflexion proprement ´epist´emologique analysant la nature des liens entre les diff´e-rentes formes d’autonomie du champ scientifique et la dynamique de production des savoirs.

La question de l’autonomie axiologique de la science se pose tout d’abord comme discussion sur l’existence de normes et de valeurs qui lui sont propres et qui assurent la l´egitimit´e ´epist´emique de ses jugements. C’est cependant une autre dimension du probl`eme, celle touchant `a la mani`ere dont sont pos´ees les questions de recherche `a r´esoudre, qui nous int´eresse ici : quelle libert´e faut-il accorder au champ scientifique dans son ensemble, et aux individus en particulier, dans la d´etermination des objectifs qu’ils se fixent ?

diff´erents niveaux de contrˆole possibles de l’activit´e de recherche. `A l’´echelle des disciplines dans leur ensemble, ou des projets de grande envergure, il est ´evident que l’allocation des ressources implique une multiplicit´e de d´eterminations cognitives, ´economiques, sociales, internes et externes au champ scientifique, et donc une limitation de fait de son autonomie. Le fait que soit favoris´e un voyage sur Mars plutˆot que la construction d’un acc´el´erateur de particules, ou que soient financ´ees les neurosciences plutˆot que la biologie cellulaire, n’est pas du seul ressort des scientifiques engag´es dans la recherche, et ce d’abord pour des raisons pratiques : la chasse au boson de Higgs ou le d´ecryptage du code g´en´etique, pour ne citer que deux exemples marquants, sont d´ependants d’une concentration contextuelle des ressources qui exc`ede les consid´erations strictement cognitives. Si ce point se comprend bien `a un temps t, il est d’autant plus vrai si l’on consid`ere l’histoire des grands projets de recherche : c’est dans cet esprit qu’A. Pickering a pu montrer, par exemple, que l’int´erˆet pour la physique des particules dans la seconde moiti´e du XXe

si`ecle ´etait originellement tr`es li´e au complexe militaro-industriel caract´eristique de l’Am´erique d’apr`es-guerre (Pickering, 1989). De mani`ere g´en´erale, dans le contexte de la Big Science (De Solla Price, 1963), personne ne songerait (ou ne devrait songer) s´erieusement `a pr´etendre que le champ scientifique peut ˆetre seul habilit´e, sur la base de crit`eres purement ´epist´emiques, `a r´epartir les ressources entre les grandes disciplines ou sp´ecialit´es qui le structurent. La d´emonstration de la n´ecessit´e d’une limitation de l’autonomie au travers d’un certain degr´e de centralisation et d’externalisation ne pose donc, `a cette ´echelle, aucun probl`eme particulier, et n’a donc, finalement, qu’un int´erˆet limit´e7

. En ce sens, les arguments tels que celui propos´e par Wilholt (2006b) pour critiquer l’id´eal d’autonomie en mobilisant des ´etudes de cas pr´ecises – l’exemple des recherches spatiales – ne sont pas suffisants. Certes, il est possible de trouver des cas de science fructueuse quoique fortement pilot´ee de mani`ere externe ; cela ne nous indique pas pour autant quelle limitation de l’autonomie, quelles formes et quels degr´es de pilotage sont ´epist´emiquement acceptables, voire souhaitables.

Ainsi pos´e dans toute sa g´en´eralit´e, le probl`eme de l’autonomie est en r´ealit´e, et de l’avis mˆeme de Wilholt, particuli`erement ´epineux :

7

Ce qui ne veut pas dire, ´evidemment, que la question des m´ecanismes institutionnels de ce pilotage `a grande ´echelle de la science soit elle-mˆeme triviale. Une fois accept´ee la pr´esence n´ecessaire d’un pouvoir de d´ecision externe au seul champ scientifique, la question de qui doit d´ecider pose un probl`eme proprement ´ethique et politique. On peut se demander, par exemple, s’il est possible, pratiquement, d’impliquer les popu-lations dans ce processus de d´ecision, afin d’adopter un niveau minimal de d´emocratisation de la gouvernance des sciences (Kitcher, 2010 [2001]).

L’insistance traditionnelle sur l’autonomie scientifique sert diff´erents objectifs. Pour certains, l’autonomie laiss´ee au chercheur individuel dans la d´efinition des direc-tions de son travail (...) est une condition pour g´en´erer des r´esultats cr´eatifs (...). Mˆeme une tr`es l´eg`ere centralisation de la prise de d´ecision quant `a la division du travail cognitif tend alors `a ˆetre d´enonc´ee comme risquant de diminuer l’efficacit´e de l’utilisation des savoirs locaux dispers´es dans la communaut´e. Peut-ˆetre cette perte serait-elle compens´ee par un gain dans la signification du savoir produit. Ce-pendant, cela est loin d’ˆetre ´evident `a d´eterminer. Ainsi, les cons´equences possibles d’une diminution de l’autonomie scientifique au niveau de la division du travail cognitif sont mal connues (Wilholt, 2014, p. 168).

Or, avoir une id´ee des liens entre la (n´ecessaire) limitation de l’autonomie scientifique et la productivit´e ´epist´emique de la science est une ´etape capitale pour penser les sch´emas de financement de l’effort de recherche. La contribution propre de la philosophie `a la question des formes que devrait prendre le pilotage des sciences passe donc par une analyse des fondements ´epist´emologiques des principes d’autonomie et de libert´e de recherche. Cette analyse constitue le premier moment de la th`ese (parties I `a III). La second moment (partie IV) sort du cadre strictement philosophique pour construire un sch´ema possible de financement de la recherche qui satisfasse les conditions ´epist´emologiques pr´ec´edemment mises au jour.

Autonomie scientifique et production des connaissances

Dans son versant ´epist´emologique, notre travail de th`ese s’attache en premier lieu `a prendre au s´erieux les revendications d’autonomie ´emanant des chercheurs eux-mˆemes (partie I). Sans ˆetre dupe des int´erˆets strat´egiques se dissimulant derri`ere la d´efense de l’autonomie scientifique et du principe de libre enquˆete, notre parti-pris est d’appliquer `a ces discours un principe de charit´e per-mettant d’en d´egager la structure intellectuelle sous-jacente. Apr`es avoir propos´e une recension des principales positions pro-autonomie, nous reconstruisons deux th`eses centrales que nous aurons `a consid´erer (chapitre I). La premi`ere (que nous qualifions de th`ese « lib´erale ») soutient que la libert´e individuelle favorise la productivit´e ´epist´emique, en motivant la cr´eativit´e, l’anti-conformisme, la diversit´e des pistes suivies et finalement, « l’exploration de l’inconnu ». La seconde (th`ese « anti-utilitariste ») distingue fermement une science fondamentale d’une science appliqu´ee sur la base de la nature des questions ou des objets ´etudi´es et affirme la sup´eriorit´e ´epist´emique d’une recherche d´e-di´ee `a des probl`emes exclusivement cognitifs. Dans le chapitre II, nous pr´esentons quelques r´eponses imm´ediates `a ces deux th`eses, en nous appuyant sur des travaux classiques en histoire, sociologie et philosophie des sciences qui mettent en ´evidence une certaine perm´eabilit´e de l’entreprise

scienti-fique au contexte : valeurs, contrainte de l’utile, pressions ´economiques ou politiques. Nous montrons cependant que ces r´eponses ne sont pas enti`erement satisfaisantes et ne permettent pas, a fortiori, de r´esoudre v´eritablement la question du lien entre autonomie, libert´e de recherche et dynamique de production des savoirs. En cons´equence, elles ne nous aident pas non plus `a penser les conditions du financement de la recherche. Les deux th`eses pro-autonomie n´ecessitent donc une critique renouvel´ee.

La deuxi`eme partie de notre travail se penche tout d’abord sur la th`ese lib´erale, qu’elle aborde `a travers une mise en cause du mod`ele de la dynamique de la recherche qui sous-tend cette position. La question que nous posons est la suivante : comment seraient pos´es et collectivement s´electionn´es les probl`emes jug´es int´eressants `a r´esoudre dans un champ scientifique id´ealement libre ? Contre la conception particuli`ere de l’activit´e de recherche sous-entend la th`ese lib´erale, nous proposons et justifions sur la base d’´etudes de cas et des travaux contemporains li´es au practical turn une perspective pragmatiste sur l’enquˆete, inspir´ee de la logique de John Dewey (chapitre III et IV). La philosophie pragmatiste est encore relativement peu exploit´ee comme outil de description du processus de recherche lui-mˆeme ; nos analyses sont donc l’occasion de montrer son int´erˆet tant pour la philosophie g´en´erale des sciences que pour le probl`eme de leur gestion institutionnelle. Nous sugg´erons ainsi que la libert´e individuelle ne favorise pas la formulation de probl`emes de recherche radicalement nouveaux : il existe en effet une forme d’inertie inh´erente `a la logique de l’enquˆete contraignant fortement le type de questions susceptibles d’ˆetre formul´ees et jug´ees int´eressantes. Nous montrons que cette inertie induit un conservatisme que nous qualifions de pratique, et qui se distingue d’un conservatisme que nous qualifions de repr´esentationnel et dont nous mettons en ´evidence la centralit´e dans les mod`eles classiques du d´eveloppement scientifique, comme ceux de Kuhn ou Lakatos. Nous en concluons qu’un principe de laissez-faire, correspondant par exemple `a un mode de pilotage favorisant les financements r´ecurrents allou´es aux individus, n’optimise pas la f´econdit´e ´epist´emique de l’enquˆete, d´efinie comme capacit´e `a poser des probl`emes authentiques (au sens de Dewey). Cette analyse fournit des outils pour pr´eciser la port´ee et les limites de ce que nous nommons l’argument d’impr´evisibilit´e, couramment utilis´e en faveur de la th`ese lib´erale (chapitre V).

Comment int´egrer alors, dans ce sch´ema pragmatiste, les questions ou les probl`emes identifi´es `a l’ext´erieur du champ scientifique, d´efini comme le lieu de l’enquˆete ? La troisi`eme partie revient sur la th`ese anti-utilitariste et cherche `a pr´eciser les m´ecanismes des interactions entre probl`emes que nous qualifions d’endog`enes, ´emergeant dans le cours des pratiques scientifiques et ces probl`emes

exog`enes. Apr`es avoir pr´ecis´e la nature de cette distinction endog`ene/exog`ene et montr´e comment elle pouvait ˆetre substitu´ee avec profit `a l’opposition fondamental/appliqu´e (chapitre VI), nous d´e-veloppons une s´erie d’´etudes de cas issus de l’histoire de la biologie mol´eculaire (chapitre VII). Nous montrons comment les progr`es de la biochimie et de la g´en´etique `a partir du d´ebut du XXe

si`ecle permettent de mettre en ´evidence des interactions constitutives entre probl`emes exog`enes et endog`enes `a diff´erents niveaux de la pratique scientifique. Nous revenons alors sur certains sch´e-mas d´ecrivant l’orientation externe des progr`es de la science, notamment celui propos´e `a la fin des ann´ees 70 sous le nom de finalization thesis (B¨ohme et al., 1976 ; B¨ohme et al., 1983). En consta-tant l’existence d’un ´ecart entre nos ´etudes de cas et ces mod`eles ant´erieurs, nous sugg´erons que la complexit´e des ph´enom`enes biologiques peut en partie expliquer les formes particuli`eres prises par les interactions entre probl`emes endog`enes et exog`enes dans les d´eveloppements de cette discipline. Les exemples de l’histoire de la canc´erologie et de la psychiatrie nous permettent de pr´eciser ce point (chapitre VIII). Ces ´etudes de cas nous conduisent enfin `a caract´eriser et `a critiquer ce que nous nommons un anti-r´eductionnisme sp´eculatif, au sens deweyien de d´econnexion vis-`a-vis des syst`emes de pratiques existants, tel qu’il se manifeste notamment dans les propositions de Sandra Mitchell et Helen Longino, qui d´efendent la n´ecessit´e de valoriser la pluralit´e par un mode de pilo-tage de la science favorisant activement la diversit´e disciplinaire (chapitre IX). Malgr´e l’attachement au pragmatisme que ces auteures revendiquent, nous montrons alors que ce type de position plura-liste proc`ede `a une inversion des priorit´es fort peu pragmatiste entre ´epist´emologie et m´etaphysique.

En r´esum´e, le premier moment de ce travail de th`ese nous permet de proposer et de d´efendre les positions ´epist´emologiques suivantes. Premi`erement, contre une certaine tendance contemporaine `

a accoler `a la notion de recherche une multiplicit´e de substantifs cens´es capturer la diversit´e des pratiques scientifiques (de la « recherche et d´eveloppements » `a la « recherche et innovation »), nous d´efendons l’unit´e profonde du processus de recherche, par-del`a la diversit´e de ses objets. Cette dynamique de la recherche, nous en proposons une lecture qui mobilise et renouvelle la perspective pragmatiste et les travaux associ´es au practical turn en histoire et philosophie des sciences.

Deuxi`emement, nous montrons que cette logique de la recherche est caract´eris´ee par ce que nous nommons un conservatisme pratique, par contraste avec un conservatisme que nous qualifions de repr´esentationnel et dont nous attribuons la description `a certains mod`eles classiques du changement scientifique, comme celui de Kuhn.

intro-duit artificiellement une rupture essentielle dans les types de pratiques en fonction des objectifs qu’elles s’assignent, nous introduisons et affinons une distinction qui nous semble plus op´eratoire entre probl`emes endog`enes et exog`enes.

Enfin, nous proposons une critique de certaines positions pluralistes, notamment celles port´ees par Mitchell ou Longino, d´efendant la n´ecessit´e de lutter activement (au niveau des politiques de recherche elles-mˆemes) contre l’h´eg´emonie des m´ethodes et d´emarches qualifi´ees de « r´eduction-nistes » en biologie. Nous montrons que leur anti-r´eductionnisme peut ˆetre qualifi´e de sp´eculatif dans le sens pragmatiste d’une d´econnexion vis-`a-vis des syst`emes de pratique scientifique et des probl`emes r´eellement rencontr´es et trait´es par les chercheurs.

Dans un second temps (partie IV), il s’agit pour nous de mobiliser ces analyses ´epist´emologiques afin de proposer des conditions de pilotage et un m´ecanisme possible de financement de la recherche qui les satisfassent.

Quel sch´ema de pilotage ?

La quatri`eme et derni`ere partie de notre th`ese se veut ˆetre ainsi `a la fois un bilan des r´eflexions pr´ec´edentes et une analyse de leurs cons´equences sur le plan pratique. Un examen du fonctionnement concret de quelques grandes agences de financement met en ´evidence les formes prises par le pilotage, selon ses dimensions d’orientation, de centralisation et d’externalisation. Ces modes de contrˆole de l’activit´e scientifique, ainsi que les argumentaires r´ecents visant `a les refonder, optent pour une forme d’´equilibre horizontal valorisant la co-existence d’une recherche finement pilot´ee et d’une recherche se voulant plus libre (chapitre X). Les conclusions des parties 2 et 3 conduisent `a formuler des conditions th´eoriques de pilotage qui s’opposent sur de nombreux points `a ce fonctionnement actuel ; en particulier, elles l´egitiment plutˆot un type d’´equilibre vertical qui assurerait un pilotage s’´etendant `a l’ensemble des projets men´es, mais qui m´enagerait un espace de libert´e `a petite ´echelle et une ´evaluation plus d´ecentralis´ee des projets, limitant ainsi le rˆole de l’´evaluation par les pairs sous ses formes classiques (chapitre XI). Ces conditions sont appliqu´ees dans le chapitre XII, qui pr´esente un mod`ele prospectif de pilotage bas´e sur deux principes. Le premier propose une s´election d´ecentralis´ee et participative des projets `a financer, associant `a l’´evaluation l’ensemble des individus pratiquant la recherche. Il s’agit ainsi de contourner certains biais imm´ediats du processus classique d’´evaluation par les pairs, tout en rendant possible une estimation fiable de l’int´erˆet objectif des projets propos´es. Le second principe consiste `a impliquer les publics ext´erieurs `a la science `a la fois