HAL Id: inria-00353476
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Gestion de connaissances et de données dans l’aide à la conception de Tissue Microarrays.
Julie Bourbeillon, Catherine Garbay, Françoise Giroud
To cite this version:
Julie Bourbeillon, Catherine Garbay, Françoise Giroud. Gestion de connaissances et de données dans l’aide à la conception de Tissue Microarrays.. Revue des Nouvelles Technologies de l’Information, Editions RNTI, 2005, RNTI E5 (Extraction des connaissances : Etat et perspectives. Rédacteurs invités : Florence Cloppet, J-Marc P). �inria-00353476�
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— les données à manipuler : cette génération implique l'agrégation d'un ensemble d'objets de nature complexe. Ces données peuvent être hétérogènes dans leur type : textes, images, données brutes... Certaines peuvent être pérennes et d'autres à validité limitée dans le temps ou l'espace. Certaines peuvent être quantitatives et d'autres qualitatives. De plus, les points de vue sur ces données dépendent de l'utilisateur ou de l'objectif qu'il veut atteindre. Enfin, la difficulté peut être accrue par la combinatoire importante associée.
— le but de la requête : la requête n'est pas limitée à des critères d'inclusion / exclusion comme en Recherche d'Information et sa finalité est différente, puisqu'elle vise à proposer une collection qui servira de support à une analyse statistique.
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Il faut aussi représenter comment manipuler les objets et concepts inclus dans l'ontologie de domaine afin de permettre l'adaptation du document TMA à la question de l'utilisateur. Il s'agit d'une ontologie de tâche qui comprend en premier lieu une ontologie de la requête. Un exemple de question posée par l'anatomopathologiste, exprimée en langage naturel, pourrait être : « Étude de l'évolution du cancer du côlon chez les hommes par une lame TMA virtuelle en utilisant le marqueur Ki67 ». Cette requête se formalise sous la forme présentée Tableau 1.
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Étant donnée la collection complète des critères, générer le document TMA va consister à sélectionner et ordonner un groupe de critères pertinents puis de les spécialiser en fonction de la requête et des préférences utilisateur afin de proposer un plan d'adaptation. Mais la manipulation d'une telle collection de critères est un problème complexe, du fait de sa taille et de possibles contradictions. Une analyse de différents plans d'adaptation suggère qu'il existe des familles de requêtes et qu'il est possible de construire des modèles d'adaptation pour résoudre le problème. Un modèle d'adaptation consiste en un ensemble de critères plus spécialisé extrait de la collection complète.
Afin d'adapter le document TMA à la requête utilisateur, ces modèles d'adaptation doivent être spécialisés avec des données extraites de la requête. En conséquence les modèles d'adaptation constituent un niveau de représentation dépendant du but de l'étude. Ce niveau est intermédiaire entre les niveaux domaine et requête. Son utilisation facilite la génération du plan d'adaptation et sa spécialisation pour une requête spécifique.
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— Niveau Factuel : il correspond à l'étape de sélection,66
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— 56 84&692B6833569E8FEF48B6882963E6,E*433565695-2;F56E264=5E26OA'5 F4,C
— La spécialisation du Modèle d'Adaptation en fonction de la requête, qui est construite en suivant un Modèle de Requête spécifique du domaineC6E264=5E26M5-2;F5C
3 6 9E+4F 6 5B24F5 6 9EE8F59 6 35 6 8 2*5BF 6 6 2 6 3E 6 95-2;F57 6 39E8834 EF48B 6 2 6 83EB 9EE8FEF48B689! !5**5BF6+!B!9!6E2&6F9846B4=5E2&656 8*884F48B6826!FE8565639EE8FEF48B 859*5F656 9!5963568 2*5BF689888!626392F434EF529676
— FFE85656!35 F48B676E264=5E26E F253C62B6898 52656 8*884F48B6,E F25365F62F434!
88296!35 F48BB5962B65B5*A356568 2*5BF6859F4B5BF695+9828!6E2654B692B6?8 2*5BF T49F2536O945BF!6D8335 F48BC
— Étape d'Organisation Spatiale: au Niveau Logique, un processus de composition logique permet d'agencer spatialement la liste précédente en un Document Virtuel Orienté Tâche, en suivant un Modèle Logique de Document,
M666
)528$39B212913E3A82193EF4E4242B8D
— Étape de Présentation : au Niveau de Présentation, un processus de composition de présentation sert à préparer l'affichage du Document de Synthèse final, en suivant un Modèle de Présentation de Document.
1 267AD3567
?EB6 5F6E9F4 35C6B826E=8B689888!62B56E9 4F5 F2956882962B6*8F52969EE8FEF48B6!4!62 39E4FEB 56263E6 8B 58F48B6 5F626395&8384FEF48B656(6D5FF56E9 4F5 F29569588562962B5 4!9E9 456 8BF924F56538B652&6E&57
— Spécialisation : l'adaptation à plusieurs niveaux de spécialisation6 8B4F5 6 5B 6 2B 9E,,4B5*5BF6898+954,6563E6898 !29569EE8FEF48B6=5962B6 E68E9F4 23459(6?26884BF656=25 4B+!B4529C6 53E6,E 434F563E6898 !29569E -244F48B65F6569589!5BFEF48B656 8BBE4EB 5(6?2 884BF656=2562F434EF529C6 53E6859*5F62B56,89*23EF48B65F695,89*23EF48B6,35&4A356563E695-2;F5C
N 6D8*884F48B 6 7 6 39EE8FEF48B 6 2 6 8324529 6 B4=5E2& 6 5 6 8*884F48B 6 8B4F5 6 5B 6 2B5 8BF92 F48B6898+954=56268 2*5BF656BF356,4BE365B6!FE8562 54=5(6?26884BF65
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