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System zur Unterstützung der Kuration der Toxikogenomik in der medizinischen Literatur

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Academic year: 2021

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(1)Published in Swiss medical informatics, 2012, vol.28, p.1 which should be cited to refer to this work. System zur Unterstützung der Kuration der Toxikogenomik in der medizinischen Literatur Dina Vishnyakovaa, b, Emilie Paschea, b , Christian Lovisb und Patrick Rucha, c a. Bibliomics and Text Mining (BiTeM) Group: http://bitem.hesge.ch. b. Medizinische Informatik Abteilung, Universität und Uniklinik Genf. c. Informationswissenschaft Abteilung, HES-SO/Fachhochschule Westschweiz. Diese Arbeit stellt das neuartige Textklassifizierungssystem für Toxikogenomik «ToxiCat» (Toxicogenomic Categorizer) vor. Das Ziel des Systems ist es, die Biokuratoren bei der Priorisierung der Dokumente mit toxikogenomischen Informationen zuunterstützen. Hierbei wird durch die Integration von Chemikalien, Gen-, Protein- und Krankheitsdaten in der biomedizinischen Literatur eine verbesserte Identifikation von Expositions- und Krankheitsbiomarkern ermöglicht. Des Weiteren wird eine Verbesserung durch Mechanismen in chemischen Reaktionen und von komplexen Ätiologien in chronischen Krankheiten erreicht. ToxiCat beschleunigt die Kuration der komparativen Toxikogenomik-Datenbank (Comparative Toxicogenomics Database, CTD) durch die Klassifikation und Priorisierung von biomedizinischen Dokumenten. Vereinfacht kann das Problem als eine binäre Klassifikation beschrieben werden, deren resultierende Relevanzwerte zur Sortierung der ausgewählten Artikel verwendet werden. Der entwickelte SVM-Klassifikator besteht aus drei Hauptkomponenten: einer Informationssuchmaschine für MEDLINE (EAGLi), einer biomedizinischen Eigennamenerkennung. Swiss Medical Informatics · PDF of the online version · www.medical-informatics.ch. basierend auf terminologischen Quellen und einem Gennormalisierungsservice (NormaGene), der für eine frühere BioCreative-Kampagne entwickelt wurde und einem Adhoc-Schlüsselwortdetektor für Krankheiten und Chemikalien. Der Schlüsselwortdetektor basiert auf den kontrollierten Vokabeln von Chemikalien- und Krankheitsbezeichnungen unterstützt durch CTD. Zusätzlich zur Hauptaufgabe bietet unser System dem Nutzer die Möglichkeit, durch automatische Generierung von Fragen für das Question-answering-System EAGLi mehr über detektierte Objekte zu erfahren. ToxiCat, dessen Evaluierung mittels dem Task-I des BioCreative 2012 sehr gute Ergebnisse (MAP = 0.83) erzielte, ist im Internet durch ein benutzerfreundliches Interface zugänglich: http://pingu.unige.ch:8080/Toxicat. Dina Vishnyakova SIMED Hôpitaux Universitaires de Genève 4, rue Gabrielle-Perret-Gentil CH-1211 Geneva 14 dina.vishnyakova[at]hcuge.ch. Page 1 of 1.

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