CIRAD ATP 96/21
SÉMINAIRE GESTION RAISONNÉE DES RÉSISTANCES DES PLANTES AUX PATHOGÈNES
ETUDE DE LA DIVERSITE GENETIQUE DE
PHYTOPHTHORA MEGAKARYA
PAR
ISOZYMES ET RAPD
Nyassé1, S., Risterucci2, A.M., Grivet2, L., Blaha3, G., Berry2, D., Lanaud2, C., et Despréaux2, D.
2
3
IRAD, BP. 2067 Yaoundé - CAMEROUN.
CIRAD, BP. 5035, Av. Agropolis 34032 Montpellier Cedex 01 -FRANCE.
CIRADCP, c/o C.C.R.1., Keravat, BP. 1846 Rabaul/Kokopo -PAPUA NEW GUINEA.
Lieux: Afrique (prospections) Montpellier (Laboratoire)
La maladie: La pourriture brune des fruits (cabosses)
La plus répandue à travers le monde
Pertes sur la production mondiale: 20%
Dans certains pays d'Afrique: >50°/o
Maladie cryptogamique: tache brune--> Spores du parasite
P. palmivora ---> Parties végétatives (tiges, feuilles, troncs)
P. megakarya ---> spécialisé sur fruits
Le pathogène: Phytophthora spp.
* Rappel taxonomique sur les Phytophthora du cacaoyer
Classe: Siphomycètes (Oomycètes)
Ordre: Péronosporales
Famille: Pythiacées
~Avant1976
Pourriture brune des fruits du cacaoyer: P. palmivora (Butl. )Butl.
~ A partir de 1979 (Brasier et Griffin)
4 espèces resp,onsables de la maladie:
111* P. megakarya (provoque le plus de dégâts au champ)
111* P. palmivora
111* P. capsici
11' * P. citrophthora
Hétérothallisme des Phytophthora du cacaoyer
- - - - -·
OBJECTIFS DE L'ETUDE
Mise àu point de la lutte intégrée
La lutte génétique---> Contribution
La lutte chimique
Les mesures prophylactiques
,
?
Diversité du pathogène
---->
Gestion des sources de résistance* lsozymes et RAPD
* Sexualité (complément)
Localisation africaine
P. megakarya { Plus agressive au champ
Extension en Afrique en AO
Collection d'isolats en étude (Prospections)
Pays Nombre d'isolats Prospection
Cameroun 72 (Nyassé, 1989/90 et 1994/95)
Nigéria 50 (Nyassé, 1995)
Sao Tomé 14 (Blaha, 1994/95)
Gabon 11 (Blaha, 1982)
Ghana 10 (Sackey, 1993/94)
Togo 4 (Djiekpor, 1988 et 1991)
Total 161
NB. Quelques prospections (20 isolats) de Côte d'Ivoire = P. palmivora
COTE D'IVOIRE 200 km 1 1
•
AS TOGO • Jeu \,() NIGERIA e IOU ID e•
ON e UH•
113E SAO TOME MA•
Nf\MB HS 1\1) • • e MM MFMEF\M ~N e NK • • e e e eNs FK OC NT••
RESULTATS
* SEXUALITE (Confrontation avec références A 1 et A2)
6 isolats A2: Cameroun (1) et Nigeria (5)
Le reste= A 1 ---> Confirmation de sa prédominance
* 13 SYSTEMES ISOENZVMATIQUES (10 polymorphes: 28 profils)
Tampons Electrodes et Systèmes lsoenzymatiques
TC8
H6
TP7,4
'
ICD (2) PGI HK (2) MDH1 (3) MPI (2) FUM (3) MDH2 (4) PGM PGD G6PDH (3) ADA (3) PEP1: L-T (3) PEP2: G-L (3)* 9 AMORCES (33 bandes polymorphes)
OPR04(5) OPR05(4) OPR06(3) OPR11(4) OPR14(1)
OPM04(6) OPM06(2) OPM07(5) OPM17 (3)
ISOZYMES
et
RAPD111• Codage en présence/absence (1/0) de profil (lsozymes)
111• Codage en présence/absence (1/0) de bande (RAPD)
111• 36 génotypes ISOZYME et 44 génotypes RAPD
111-..AFC
111• CAH (UPGMA), Simple matching similarity index
11i-.. CORRELATION (Test de Mantel)
a b ,u m m
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I l l f "' JI
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,.,, Jt11 ~o uuu .,, .,, ,.,, ,.,, axis 1 (29%) axis 1 (29%)a
b
0.4 0.6 0.8 1.0 0.50 Il 110 18 111 133 137 115 119 135 14 132 C.rî 12.. 12 15 136 131ff·C
13 17 uo Ul 112 117 19 !14 !18 130 113 116 U2 123 7 0 ~ U4A.
o
125 U9 126",,,,j
U1 U8 134 ~\S
o
Z.
'/ N
6
---~
~~D_
-,2 Grands groupes
* Afrique de l'Ouest (faible diversité): AO * Afrique Centrale (grande diversité): AC
1 groupe intermédiaire: hybrides putatifs (5 isolats du Cameroun)
AO: faible diversité, sauf à lbule (Nigéria) où sur 6 isolats, 5 sont A2
1
T
Reproduction sexuée à lbule? (source de variabilité)
AC: grande diversité---> 3 sous-groupes (CMR*, GB, ST) * grande diversité à Bafia
* quelques génotypes du GB et de ST se retrouvent au CMR
Corrélation entre les deux matrices (lsozyme et RAPD): 0,82**
DISCUSSION
et
PERSPECTIVES2 grands groupes = 2 sous-espèces ?
Origine africaine de l'espèce ?
Extension de P. megakarya en Afrique de l'Ouest = Danger?
Diversité génétique liée
à
la Pathogénie ?
Tests de pathogénie (nature des interactions hôte/parasite)
1
..
Choix des souches à utiliser pour cribler la résistance
* Travaux réalisés grâce au financement de la Coopération Française
