HAL Id: hal-02570809
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Submitted on 12 May 2020
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MetaboHUB-Bordeaux
Stéphane Bernillon, Cecile Cabasson, Cédric Cassan, Grégory da Costa, Catherine Deborde, Amélie Flandin, Laetitia Fouillen, Yves Gibon, Daniel
Jacob, Annick Moing, et al.
To cite this version:
Stéphane Bernillon, Cecile Cabasson, Cédric Cassan, Grégory da Costa, Catherine Deborde, et al.. MetaboHUB-Bordeaux. Journées Scientifiques INRA-BAP, Sep 2019, Hyères, France. 2019,
�10.15454/1.5572412770331912E12�. �hal-02570809�
MetaboHUB-Bordeaux
Département Biologie et Amélioration des Plantes
INRA RD 10
Route de Saint-Cyr
78026 VERSAILLES Cedex
bap@inra.fr
www.bap.inra.fr
OBJECTIFS ET MISSIONS DE LA PLATEFORME
MetaboHUB - Bordeaux
Pierre P ÉTRIACQ
Josep V ALLS , Laetitia F OUILLEN
MÉTABOLOMIQUE Pierre P ÉTRIACQ
LIPIDOMIQUE Laetitia F OUILLEN
PHÉNOTYPAGE
BIOCHIMIQUE HAUT-DÉBIT Yves GIBON
POLYPHÉNOLS Josep V ALLS
Tristan R ICHARD
RMN
LC-MS
20 permanents
(8 INRA, 8 UB, 3 CNRS, 1 CDI)
3 non-permanents
~10 ETP
Expertises complémentaires
3 Unités d’adossement
~ 400 m
2Laboratoires & Bureaux
~ 4.8 M€ Équipement
Formation > 50 personnes
(L & M, doctorants, postdocs, scientifiques invités)
Ouverture > 60%
Budget Fonctionnement 207 k€
54% Instituts
46% Contrats de recherche/
Privés/Prestations 143 Projets (+ de 50 équipes)
200 068 Analyses (phénotypage biochimique, MS, RMN...) 39 Publications, 1 Brevet (WO 2018/229450 Al)
Privé
17%
International
19%
National
56%
Local
8%
LABELLISATION
PF S TRATÉGIQUE N ATIONALE INRA (2008 & 2013), IBiSA (2008), ISC INRA (2018), PF U NIVERSITÉ DE B ORDEAUX (2019),
C ERTIFICATION ISO 9001:2008 (2012-2015)
ACCESSIBILITÉ
- Ouverture à l’ensemble de la communauté scientifique
- Projet de recherche en collaboration ou en prestation de service
- Mise à disposition de services, d’équipements ou d'expertise en métabolomique
RÉSULTATS EMBLÉMATIQUES
Études métabolomiques (qRMN et LC-MS) pour
l’authentification des vins et matrices végétales
d’après leur classement selon l’origine, le
millésime… Gougeon et al., Food Anal Methods (2018)
Authenticité des vins
Prédiction de la performance de plantes d’intérêt agronomique Mise en évidence de mécanismes moléculaires par la modélisation mathématique de données
métabolomiques
Modélisation métabolique Profilages lipidiques
200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 267.25
266.25 239.25
265.25 249.25
341.30
325.30 343.30
248.25 295.30
322.25
247.25 277.30
221.25
285.25 297.25 351.30
207.20 313.30
353.35
257.25 369.30
342.30
20:0 – [RCO-H2O]+ 18:0 – [RCO]+
18:0 – [RCO-H2O]+ 16:0 – [RCO]+
16:0 – [RCO-H2O]+
20:0 – [RCO+74]+ 20:0 – [RCO]+
18:0 – [RCO+74]+
16:0 – [RCO+74]+
Développement d’analyses semi-quantitatives pour les lipides spécifiques
des plantes (GIPC…) par GC- et LC-MS
Lenarčič et al., Science (2017); Delude et al., Plant Physiol (2016)
ANR-11-INBS-0010
B ERNILLON S , C ABASSON C , C ASSAN C , D A C OSTA G , D EBORDE C , F LANDIN A , F OUILLEN L , G IBON Y , J ACOB D , M OING A , M ONGRAND S , P EDROT E , P ÉTRIACQ P , P RIGENT S , R ENOUF E , R ICHARD T , R OLIN D , R OUGER C , V ALLS J , VAN D ELFT P
INRA , CNRS , UNIV. BORDEAUX ; CDI A DERA
C ENTRE INRA DE N OUVELLE AQUITAINE B ORDEAUX , 33 140 V ILLENAVE d'O RNON
C ONTACT : pmfb@bordeaux.inra.fr, OC INRA 022, DOI : 10.15454/1.5572412770331912E12 https://metabolome.cgfb.u-bordeaux.fr/
- Fédérer outils et savoir-faire pour l'étude du métabolome des plantes et de leurs dérivés, et les mettre à disposition de la communauté scientifique académique et industrielle
- Réaliser des développements technologiques innovants et implémenter des outils bioinformatiques dans les domaines du métabolome, lipidome, phénotypage métabolique et fluxome
BILAN 2018
Phénotypage biochimique
Colombié et al., New Phyt (2017);
Lamari et al., Metabolomics (2018); Fernandez et al., Metabolomics (2016)
ANR-11-INBS-0012
GESTION DES DONNÉES
Gestion et Analyse de spectres & données : scripts, logiciels et outils web ouverts, bases de données disponibles ou développées
http://bit.ly/meryb
biostatflow.org
Jacob et al., Metabolomics (2017)
BioStatFlow
nmrprocflow.org pmb-bordeaux.fr/dataexplorer/
services.cbib.u-bordeaux.fr/plato/
PLATO
GC-MS
ODAM
SAVOIR-FAIRE ET MÉTHODOLOGIES DÉVELOPPÉS Développements récents ou en cours :
- Stratégies analytiques haut-débit ciblées et non-ciblées (GC & LC-MS, RMN) pour l’étude du métabolome végétal ( tomate et nombreux autres fruits, blé, maïs, tournesol… )
- Analyses microfluidiques pour l’ Enzymologie Nouvelle Génération - Étude de l’ authenticité ( vin, raisin … ) par RMN
- Application RMN et LC-MS pour le développement de produits de biocontrôle enrichis en polyphénols
- Plateforme redox pour doser les marqueurs du métabolisme oxydatif - Quantifications des sphingolipides végétaux par MS
- Outils bioinformatiques de modélisation et d’aide à l’ annotation RMN et MS, ainsi que de capture de métadonnées ( LINDA ) et de leur gestion ( ODAM )
Metabolome – Metabolic Profiling & Fingerprinting from Metadata to Data integration
1 -5 Metadat a
0. Sample metadata
3. Data pre-treatment
5. Data integration and fusion 2. Targeted or untargeted
chemical analyses 1. Cryogrinding
& Extraction(s)
4. Data visualisation and mining
Volcano plot
Log of the relative difference between factors
