• Aucun résultat trouvé

Bioinformatic analysis of the apple genome and epigenome

N/A
N/A
Protected

Academic year: 2021

Partager "Bioinformatic analysis of the apple genome and epigenome"

Copied!
172
0
0

Texte intégral

(1)

HAL Id: tel-02129746

https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02129746

Submitted on 15 May 2019

HAL is a multi-disciplinary open access archive for the deposit and dissemination of sci- entific research documents, whether they are pub- lished or not. The documents may come from teaching and research institutions in France or abroad, or from public or private research centers.

L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est destinée au dépôt et à la diffusion de documents scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, émanant des établissements d’enseignement et de recherche français ou étrangers, des laboratoires publics ou privés.

Bioinformatic analysis of the apple genome and epigenome

Nicolas Daccord

To cite this version:

Nicolas Daccord. Bioinformatic analysis of the apple genome and epigenome. Agricultural sciences.

Université d’Angers, 2018. English. �NNT : 2018ANGE0034�. �tel-02129746�

(2)

Par

« Nicolas DACCORD » (4)

« Analyse bioinformatique du génome et de l’épigénome du pommier » (5)

Thèse présentée et soutenue à « Angers », le « date » (6) Unité de recherche : IRHS – INRA Angers(7)

Thèse N° : (8)

Thèse de doctorat de

L 'UNIVERSITE D'ANGERS (1)

Comue Université Bretagne Loire

E cole Doctorale n° 600

Ecole doctorale Ecologie, Géosciences, Agronomie et Alimentation Spécialité : « (voir liste des spécialités) » (3)

Rapporteurs avant soutenance :

Thierry Lagrange DR1 Laboratoire Génome et Développement des plantes - CNRS

Hélène Chiapello IR – Unité Mathématiques et Informatiques appliquées du Génome à l'Environnement (MaIAGE)

Composition du Jury :

Attention, en cas d’absence d’un des membres du Jury le jour de la soutenance, la composition du jury doit être revue pour s’assurer qu’elle est conforme et devra être répercutée sur la couverture de thèse

Président : Prénom Nom Fonction et établissement d’exercice (9)(à préciser après la soutenance) Examinateurs : Clémentine Vitte Chercheur – Génétique quantitative et évlolution – Le Moulon

Stéphanie Sidibe-Bocs Chercheur – CIRAD - Montpellier

Dir. de thèse : Etienne Bucher Directeur de recherches – IRHS INRA Angers Co-dir. de thèse : Claudine Landès Enseignant-chercheur – IRHS INRA Angers

Invité(s)

Prénom Nom Fonction et établissement d’exercice

COUVERTURE TEMPORAIRE

(3)

�������������

�� �������� ���� ������� ��������� ��� ��������� �� ����� ������� ������ ���� �� ������������� �� ���

����������� ���� �� ���� ��� ����� ������ �� �� ������ ��� ��������� �� ��� �������� �������� ������ ��

���������� ��������� �� ������� ��� ��������� ��� ���� �������� �� �������� ��������� �� ������������� �����

���� ������ ���� ��� �������� �� ��������������� �� ���� ��� �� ������� ��� ������ ����� ������

����� ����� �������� ��� ��� �������� ���� �� ���������� �� ������������ �������� �� �� ������ ������� ��

��� �������� ���� ����� ������������ �� �������� ��������� ��������� ������ ����� ��� ������ ���� �������

��������� ���� ����� �������

�� �������� ��������� ��� ������ ��������� �� �� ������� �������� ���� ����� ������� �� ��������� ��

������� �� ������ ��������� � ��� ������������� ��� ���������� ����� �� ��� ��������� ����������� ���

��� ������� ������ ��������������

��������� ��� ������������� � ��������� ������ ���� ��� ���� ���������� ��������� �� �������� ��� ����

������� ����������� ����� ���� ������ �������� ������������ ��� �� ����������� ���� �������� �����������

���� �� ������ �� �������� ������ ����������� ��� ������ ��� ���� ��������� ������ �� ������ �� ��������

��������� ��������� ��������� ������� ���� ��� ���� �� ��� ��������� ��� ��� ��������� ����� ������ ��

�������� ��� ��������� ��������� ���� �� ��������� ���� ����� �� ������ �������� �� ������������� �����������

����� ��������� � �������� ������ ���� ��� �������� ��� ������������� �� �������� ������� �������� ���� ���

���� ��������� �� �� ������������� ��� ������ ��� ������������� � ��� �������� �� �������� ��������� �� �����

�� �������� ������� ���� ���� ������� �� ��� �������� ��� ���� �� ����� ���� ����

�� ����� � ��������� ��� ���� �������������� ��� �� ������� ����� ��� �� ����� �� �������� ���������� ��

�������� ��������� ���������� ��� ��������� ���� ���������� ���� ����������

���� ���������������� �� �������� ������ ��������� ��������� ��������� ����� ���� ���� ����� ������� ��

�������� ��������� ��� ������� ���� ����� ��������� �� ���� ��������� ����������� ����� �� �������� ��������

���� ��� ���������������

(4)

��������

� ����� �� ��� ��� ��

��� ������ ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ����� ����������� �� ���������� ������������ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ���� ���������� � ���� ����� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ������ �������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ����� �� �������� ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ���������� �� ���������� ���������� �������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� �������� ��� ���� ����� ����� �� ���� ����� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� �������� ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ����� �� ��������� ������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ����� ������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� �������� ������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ��� ����� ������ ���������� ������ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ������ ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ����������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ��� ����������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ����������� ������� ���� ��� � �������� ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ����������� ����������� �������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ������ ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

� ������ �������� ��� ���������� ��

��� ������������ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ���������� ����� �� �������������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ������ �������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

(5)

����� ������ ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ������ ������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ������ ���� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ������ ���� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

� ��� ����������� �� ����� ��� ���� ��

��� ������������ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ��� ����� ��������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ��� ����������� ��� ����� ����������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ������������ ������� ����������� ��� ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ��� ����� ��������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ��� ����������� ��� ����� ����������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ������������ ������� ����������� ��� ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

� ������������� ���������� ������� ��������� �������� ��

��� ������������ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ����������� �������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� �������� ������ ����������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� �������� ����� ������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ������ ���������� ���������� ��� ����������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ���� ��������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ���� �������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ����������� ����������� ����������� �� ������ ������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ���� ������� ������� �� ����� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

(6)

����� ���������� ���������� �� ���� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ������� ���� ��� ���������� ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ��������� �� ��� ������� �� ������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ���� ������ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

� ���� �������� ��

��� ����������� ����� ������ �������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ������������ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ���������� ��� ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ������������� �� ��� ���� ������ ���������� ������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ������������ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ���������� ��� ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

(7)

���� �� �������

��� ��������� �� ��� ���������� ������������ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ��������� �� ������ ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ������������ �� �� ������ ����������� �������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ������������ �� �� ������������������������ �������� ��������� � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ������������ �� ������ ��������� ����� ����� ��� ���� ����� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ������ ����� ����� ���� ������������ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ������������ �� ������� ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ������� ������� ������������ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ��������� �� ��� ������ �� ��������� ������� ���� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

���� ������� �� �������� ��������� ��� �������� ����� ������������ � � � � � � � � � � � � � � � � ��

���� ������������ ������� �� ��� ���������� ����� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

���� ��� ����������� ������ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

���� ��������� �������� �� �������� ������� ��� ����������� ������� � � � � � � � � � � � � � � � � ��

���� ����������� ������� ������� ������������ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

���� ���� �������� ��������� ��� ������ �� ���� �� ���� �������� �� ������� ������� ���

������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� �������� ��� ���������� �� ��� ������ ��������������� ����� ������ � � � � � � � � � � � � ��

��� ������� ��� ������������ �� ������� ��� ���������� �������� �� ��� ����� ������ � � � � � � � ��

��� ����������� �� � ���� ������� �� ������� �������� ������ �� ������ ���� � � � � � � � � � � ��

��� ������� �� ��� �������� ������ �� ����� ��������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ���������� �� � ���� ���������� ����� ����� ���������� �� ������ ���� � � � � � � � � � � � � � ��

��� ��� ����������� ��������� �� ��� ������ ������ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ������������� ���������� ������� ������� ����� ���� ������ ��� ����� ������ � � � � � � � � � � ��

��� ������� �� ������� ����������� �������� �� ���� ��������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

(8)

��� ������� �� ��� ����������� �������� �������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ������ ������ �� ��� �������� ���������� �������� �������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ������ �� ��� ���� ������������� ������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ����������� �� ��� ���������� ���������� ������� ������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ����������� ������ ������������ ������������ �� ����������� ���� α ���������� ��� ����������

���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ����� ��� ��� ������� �� ��� ����������� ����� ������ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ������������ �� ��� ������� �� ��� ������� �� ���� �� ������� ������� ������������� � � � � � � � � ��

��� ��������� �������������� �� ��� ���� ������ ���������������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

�� ������ ��������� ������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

�� ���������� �� ��� ������� ��� �������� ������ �������� �� ��� ��� ������� �� ��� ����������

������� ��� �� ��� ��� ������ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

�� ���������� �� ��� ������� ��� �������� ������ �������� �� ��� ��� ������� �� ��� ����������

������� ��� �� ��� ����� ������ ��������� �� ���� ������ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

�� ��������� ������� ��� ������ �� ������ ����� �� ��� ��� �� ��� �� ����������� �� �����

��� ������������ �������� �� ��� ������ ������ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

�� ������� ��� ����������� ������� �� ������ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

(9)

���� �� ������

��� ������� �� ��������� �������� ������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ���� �� ������ ������� �� ������ ������������� ���������� ���� �� ������� � � � � � � � � � � � � ��

��� ������� �� ��� �������� ����� ��������� ��� ��� ������ ������ �������� � � � � � � � � � � � ��

��� ���������� �� ��� ������ ������ ���� ���������� ��������� ���������� �� ��� ����� ������ ��

��� ���������� ������� ��� ��� ������� ������� ���������� �� ������ ���� ��� ������ ���� ��

��� ����������� �� ������ ���������� �� ��� �������� ����� �� ��� ���� ���������� ���������� ���

������������� ������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��� ������ �� ���� ����� ��� ���� ���������� ������� �������� ����� ������� � � � � � � � � � � ��

�� ������� �� ��� ������ �������� �������� ��� ����������� �� ��� ����� ������ ������ � � ��

�� ���� �� ��� �������� �� ����� � ������� ������� ������� ������ ��� ������ ��� ����� � ��

�� ������������� ���������� ����� �� ��� ���������� ������� ������ ��� ������ � � � � � � ��

(10)

���� �� �������������

��� ��� �� � ���������� ���������� ���������

������ � ������ ��������� ������� ������� ����

��� � �� ������ �����

��� � ������������������������

���� � ��������������� ���� ����

�� � ����������

�� � ���������

�� � ���� ����

�� � ������������ �������

�� � ������� ��������������

�� � ����� ��������� ��������� ����� �������� �� ���� �����

��� � ����� ������ ����������

�� � ���� ��������

���� � ����� ������ �������� ����������

��� � ������������� ���������� ������

��� � ������������� ���������� ��������

����� � ���������� ����

��� � ��� ����� �����������

[ − 100 : 100] � � ������� ������ �������� ��� �� ������ ��� �������� ������� ��� ������ ��� �� �����

��������

��� � ���� �� ��� ������������ �������� �� � ��� �� ���������� �������� ���� �� ������ ��� ������� �� �

������ ��������

��� � ������ �� ��� ������� ��������� �� � ������ �������� ��������� �� ������ ��� �� ��� �������� ������

������� � � ��� �� ��������� ��������� ���� � ������ ��������

������� � � �������� ��������� ���� ��� ������� �� ��� �� ���� ������� �� ���� �� ����� ������

��� � � ���������� ����� �� �� � ��� ������ ����

(11)

������������

����������� ������ �� ��������������� ������� �������� ������������� �� ��� ����������� �� ��� ���

��������� ������� ���������� ����� ����� ��� ��� �� ��� ���� �������� ������� �� ��� ������������ �����

������ �� ��� �������� ������� �� � ������ ����� �� � �������� ����� ��� ����������� ��� ���� ����� �� ��

�������� �� ���� ���������� ������������ ���������� ���� ��� ������� ��������� ��� ������� �� ���� ��������

�� ����� � ������ ������������� �� ���� ���������� ����� ���� �� ������� ��� ������� ���� ����������

������� ���� �� ��� ������� �� ������ ��� ���� ������������ ������� ����� �� ������� �� �� ������� ����� �������

��������� �� ����� ����� �� �� ����������� ����� �� ����� ����������� ������� �� ��� ������� �� � ����������

������ ��� ����� ������������� ��� ��������� � ��� �� �������� ������ ����� ����� ���� �������� �������

�������� ������ ���� ����������� �������

��� ������������ ����� ������ ���������� �� ��� �� ��� ���� ���������� ��� �������� ����� ����� �����

�� �������� ���� �� ����� ��� �������� ���� ���� �� ��� ������ �� ������� ����� ������� ���� �� ����� ����

�������� �� ����� ����� ������ �� �� ��� ��� ���� �� ����� ����������� ��������� ���������� ������� ������

���� �� ���� � ������ ����� �� ��������� ���� ��������� ��� ����������� ��� ���� �������� �� ���� ������ �����

��������� ���������� ��������� ��������� ������ ���� ����� ������ ����� ������ ��� ���������� �� ��� �������� ��

����� ����� ����� ��� ����������

�� ����� �� ����� ��� ����� ���������� �� �������� ��������� ������ �� ������� � ���� ������� �� ��� �����

������ ��� ��������� �� ���� �������� �� ���� ������ �������� ��� �� ��� ������� ���������� ������������

��������� �� ��� ����� ��� ������ �������� ��� ������ ���������� ����� ��� � �������� ������ �� ���

������� �� ��� ���� ����������� �� ���� �� ��� ��� ����� ����� ������� ������� ���� �������� �� ���� ����������

���������� �� ������� �� ������� � ��� ����� ��������� ������ ����� ��� ������ ���������� ������������

�������� ��������� ��� ������ ������� �� ���� ���������� ��������� ��� ������ �������� ��� ��� ����

���������� ���������� �� ��������� �� �������� �� ����� ��������� ���� ���� � ��� �� ����� ��� ���� ��

�� ��� �������� ��� �������� ���� �� ���������������� ����� ��������� ��� �� ����������� �� ������ �����

��������������� ������ ������� ��������� ��� �� ������ ����������� �� ��������� ������ ������� ������

(12)

������ ���� ���������� ���������� �������� � ����� ������ �� ���� ������ ����� ��������� ��� �����������

�� � ���� ����������� �� ������

����� ����� ������ �������� ���������� ��� ���� �������� �� � ��������� ��������� �� ��������� ������ ����

���������� ��� ��� �������� ����� �� ������ ������ ������ ��� ������� ����� ��� ��� ������� ����� �����

���� ������� ������ �� �������� ������ �� ��������� ����� ����������� ������� �� �������� ��� �������������

���������� ������� ������ ���� ����� ������� ��� ����� ���� ��������� �� �������� ���� ����������� ��

����� ������� ���� ���������� �� � ���� �� ��������� ����� ���� ����� ����������� �� �������� �� �����������

����� ����� ��������� �� ����� ������� ������������ ������� ����������� �� ��� ���� �������� ��������� ���

���� ��� ���� ����������� ����� ������� ��� ��������� �� ��� ����� ������� �� ���� �����������

����� ��� ������� ������ ����������� ������ ���� ��������� �� ��� �������������� ���� �� ���� ����� ��

������� �� ������� � �������� ��� ����������� �������� �� ������� ���� ����� � ��� ������ �� ����������

����������� �� �������� � ���� ����� ��� ������� ���� �� � ��� ������ ��������� �� ��� ������ ��

���������� ��� ��� ���� �� ��� ��������� ������� ��� ������ ������������� ������� �� ����� �� ����������

����� ��� ��������� ����� ����� ���� ���� �� ��������� �� ��� ������ ������� �� ���� �����������

�������� ��� ���� ������� ��������� ��� ��� ���� �������� ���� ���� ��������� �� �������� �� ��� ���� ���� ��

���� ��� ������� �� ��������� ��� ������ �������� �� �� ����� ��� �������� ��� ������� ������ � ��� ��

��� �� ��� � ����� �������� ���� �� �� ��� �� ���� ������������ �� ��� ���� ����� �� ��� ������ ��������

�� ��� ���� ��� ���������� ������� ���������� ��� ������ ��������� ��� ��������� �� � ������� ���� ��

�������� ��� �� ��� �������� �� � ���������������� ������������ ��� � ����������� �� �����

(13)

������� �

����� �� ��� ���

��� ������ ����������

���������� � ������ �� ������� �� ������� ���������� ��� ������� �������� �� �� ��������� ���� ����

���� ���� �������� ��� ��������� �� ������ ���������� ��� ������� ��� ������������ ���� ���� ���� ���

����������� ������� � ���� ����� �� ��� ����� �� ��������� ������� �� ��������� ���� ������� ������� ��

������ ����� �� ��� ���� �������� �� �������� �� ���� �����������

����� ����� ����������� �� ���������� ������������

������ ����������

��� ������ ����������� ���������� �� ���� ������� �� ���� ����� ��� ��� ���� ���������� ����������

������������� �� ���� � ��� ������� � ��� ����������� � ��������� ��������� ���������������� ��� ���

����������������� ������������������� ����� ��� ��� ������ ���������� ���� ���� �� ��� ���������������

�� ����� ��� ���� ����� �� ������������������� ����������� ��� ������ ������ �� ��������� ��� ���� ����������

�� ��� �������� ������� ��������� �� ���� ���� �������������� ��� �������� ��������� ���� �������� �����

������� ���� � �������� ���� �������� ��� ������ ������ ��� ���� ������ �������� ���������� ������������

�������� �������� ����� �� �������� ���������� ��������� ���� ������� ���������� �� ����������� ��� �����

������ ���� �������� ���� ���������� �� ����� ������������� ���� �� ����� ���������� �������� ��� ��� ���������

�������������� ��� ������

���� ��������� ��� ��������� ���� ���� ������ �� ��� ���������� ���� �� ��� ������ �� ���� ����� ���

��������� �� ��� ���������� �� ��� ������ ���������� ����������� ��� �� ��� ���� ������������ ���� ����

(14)

������ ��� � ��������� �� ��� ���������� ������������� ���� ����� ������� �� ������ �����������

���������� �� ��� �������������� ��������� ����� ����� �������� �� ������������ ��� ������������� ������

�� � ��� �������� ��� ��������� ��� �������� �� ��� ��� ���������� ����� � ���������������� �������

���� ��� ���� �� �������� ����� ����� �� ���� ���� ��� ����������� ����������� ��� �������� ������ �������

���������� �� ���� ���������� �� ��� ��������������� ���������� ��������� ����� �� ����� ���������������� ���

����� �� �������� ������ ��� ��� ��� ���� ������� ��� ���������� ���� �������� ����� ���������� �����

����� ���� ���� �� ���� ��� �������� ��� ���������� ������� ���� ��� ����������� �� ��� ����������� ��

������ ��� ��� ���� ���������� �� ��������� ����� ����� ���� ���� ���� �� ����� ���� ���� �� ���� �������

���� ���������� �� ����� ���� �� ���� ������� �� ��� ���� �������� ��� ��� ���� ��� ��� ���� ������ �������

�������� ���� ���������� ���� ���������

����� ���� ���������� � ���� �����

��� ���� ���������� �� ���������� ������������ �������� ���� ��� ������ ���� �� ���� ����� ��� �������� ������� �� ����

�������������

������ ���� ��� ��������� �� ������ �������� ���� ���� ������ ���������� ����� ����� � ������ ��������

�� ��� �� ���� �� ��� ������ �� � ����� ���� ���� �� ���������� �� �������� �� � ���������� ���� ���� ���

��� ���������� ���� � ���������� �� ���������� ��� ������������� �������� �� ��� ���� ��� ���������

��� ��� ��� ��� ���� ���������� ��� ���������� �� ���� ������ ��� ��� ����� ����������� ����� �� ��������

��� ����������� ���� � ���� ������ ��� ���������� ������������ �������� �� ��������� �������� ����������

�������� �� ������� ��� ��������� ������� ����� ���������� ��������� ���� ������� ���� �� ���������� ��

��������� ��� ������� ������� ������ �� �������� ����� ������� ������� ��� ���������

��� ����� �������� �� ��� ������ ��� �������� ������������ ���� ��� ��������������� �������� �� �����

������������ ������ ������ ���� ���� � ���� ����� ���� �� ������ ���� ������� �������� ��������� ����

���������� �� ����� �� ������ ���� ������������� ��� ���� �� ��������� ����� �� ���� ����������� �������

(15)

������ ��� � ��������� �� ������ ����������� ��� ��� ��� �������� �� ���� �� ��� ������ �� ��� ����� ���

��������� �� ���������� ������������� ��� ����������� ��������� ��� ��� ������������� �� ��� ����������

���������� ����� ������������ ������ ���������� ���� ���� �� ���� ������

����� ����� ��� ������� ������ � ���� ���� �� ������ �� �� ��������� �� ��� �������� ���� �������� �����

���������� ������ ������ �������� ����� ���� ���� ����� ��������� �� ������ � ������������ �������

��� ������ ��������

��� ���������� ������������ ������� ���� ����� ������ ����� �� ���������� �� ��� ����� �� ��������

�� �������� ���� ������ � ������ �� ����������� ��������� ��� ������ ���� �������� ����� �� ���������� ���

��� �� ������ �������� ��������� �� �� ����������� ��� �������� ������ ���� ����� ����� ���������� ����

����� ��� ��������� ���� ���� �� �� ��������� ���� ������ ��������� ������ ��������� �� ����� �� �������

����� ������ ��������� �� ������� ���� ���������� ��� ������� �������� �������� �������� ��������� ����

���������� ��� ���� ������� ��� ��� �������� ����� �� ���������� ������� �� ���� ���� �� ������ �������

����� ��� �������� ����������� ������ ��� ������ �������� ���� ���� ��� ���� �� �� ����������� �� ������

���������������� �������� ����� ��� ��� ���� ���������� � ������ �� �� ������ ������� �� ����� �� ���������

����� ���� ����� ����� �� ���

����� ����� �� �������� ����������

��� ��� �� �������� ���������� �� �� ����� ����������� ����� �� ����� �� ����� ��������� �� ���� ��

��������� ���� ������� �� ��������� �� ���������������� ���� ����� ��� �� ����� ���� ���������� �������

��� ��������� �� ������� ��� ���������� ������ ��� ��������� ������ �� ��� ������� �������� �������� ������

�������� ���������� ��� ������� �� ��� ���������� � �� ������ ����� ����� ���������� ����� ���� �� � ��

��� ����� �� ��� ������ ������ ������� ������ ��� ������������������������ ����� ���������� �����

��������� �� ������� ����� ����� �������� ���������� �� ��� ������

(16)

�� ������ ����� ����������

��������� ��������� �� �������� �������� � ����� �� �� ����������� ���������� �� � ������ �� ����� ������

�� ������ ���� ��� �� ������ ����� ����� �������� �������� �� ���� ������ � ����� ���� �� ������ ����� ��

��� ��������� ��� ��� ����� �� ���� ���� ����� �� ��� ����� ��� ����������� �� ����� �� ��� ����� ����� �����

����� ��������� �� � ���� ���� ���� ��� ������������� ������ ��� ����� �� �� �������� �� �����������

�� ��� ������ ��������� �� ��� ���������� ���������� ��� ��������� �������� �� ���� ����� �������� ���

�������� ����� �� ��� ���� ����������� ������

������ ��� � ������������ �� �� ������ ����������� ��������� ������ ���������� ���� ������� �� ���� ������

��� ��� ���� ����������� �� ��� ������� ����� �� ��� ����� ������� �� ��� �������� �������� ���������������

�� �������� ���������� ��� ������ ���� ����� � ��� ���������� ��������� ���� ������ �� ������ ���

�������� ���� ������ ���� ���������������� ����������� �������� ��� ����� ���� �� ������� �� ��� ��

�������� ��� ������� ����� ��� �� ������������� ������� ����� ����� ���������� ����� ������� ��� �������

������� �� ���� ����� ����� ��� ������ �� ����� �� ������� ���������� ��������� ��� �� ���� ������ ���������

��� ���� ���������� �� ���� ����� ������� �� ����� ��� ������ ������� �������� ����� ������������� �� �

���� ����� ��� ������� ��� �� ���������� �������

Références

Documents relatifs

Strong epistatic and additive effects of linked candidate SNPs for Drosophila pigmentation have implications for analysis of genome-wide association studies results... It is not

Whole- genome in-silico subtractive hybridization (WISH) - using massive sequencing for the identification of unique and repetitive sex-specific sequences: the example of

In conclusion, despite some early indications that resistance to MLs may be due to specific polymorphisms in the drug target receptors, there are not yet any mutations identified that

For each mutation, information is provided at several levels: at the gene level (exon and codon number, wild type and mutant codon, mutational event, mutation name), at the

This occurred seven times for the Morris (2000) method and three times for the Al- gina and Keselman (2003) method. In all these scenarios, the correlation was 0.7 or 0.9. We

In our experiment, a significant proportion of the phenotypic variance not captured by the SNP cofactors could be explained by relatedness accounting for polygenic effects (15–58%

The UPGMA dendrogram separated Oriental accessions from those cultivated in Occiden- tal countries. Breeding accessions were also clearly separated from those cultivated locally.

In the present study, the clustering of four of these transcription factors (MdTTG1, bHLH33, MYB110a and MYB110b) with regions grouping many QTLs detected for several phenolic