ANNEXES AU CHAPITRE IV

Annexes

ANNEXES AU CHAPITRE IV

Annexe A.1 : Liste des identifiants des gènes transcrits simultanément deux à deux dans les données d’Arbeitman et al. 2002

Annexe A.2 : Profils d’expressions des 17 classes de gènes formées par la méthode SSC

Annexe A.3 : Profils d’expressions des 17 classes de gènes formées par la méthode hiérarchique avec la distance Ω.

Annexe A.4 : Profils d’expression pour les 10 classes de gènes du stade embryonnaire pour les critères de proximité ¹ à ⁴.

Annexe A.8 : Profils d’expression des 10 classes formées par la méthode hiérarchique avec la distance D pour le stade larvaire.

Annexe A.9 : Profils d’expression des 10 classes formées par la méthode hiérarchique avec la distance D pour le stade de pupe.

Annexe A.10 : Profils d’expression des 10 classes formées par la méthode hiérarchique avec la distance D pour le stade adulte.

Annexe A.11 : Profils d’expression des 12 classes formées par la méthode hiérarchique avec la distance D pour la série temporelle complète.

ANNEXES AU CHAPITRE V

Annexe A.12 : Profils d’expression expérimentaux et modélisés de la drosophile pour les 17 classes de gènes en fonction des points de mesure τk.

Annexe A.13 : Profils d’expression expérimental et modélisés, avant et après réduction paramétrique, en fonction des points de mesure τk pour les 17 classes de gènes.

Annexe A.14 : Profils d’expression expérimental et modélisés par le modèle linéaire avec terme d’entrée, avant et après réduction paramétrique, en fonction des points de mesure τk.

Annexe A.15 : Profils d’expression expérimental et modélisés par le modèle linéaire avec translation forcée des profils, avant et après réduction paramétrique, en fonction des points de mesure τk.

Annexe A.16 : Profils d’expression expérimental et modélisés par le modèle linéaire sur les données en concentrations relatives, avant et après réduction paramétrique, en fonction des points de mesure τk.

Annexe A.17 : Liste des identifiants et noms des gènes impliqués dans le développement musculaire de la drosophile et présents dans les données d’Arbeitman et al. 2002.

Annexe A.18 à 21 : Profils expérimental X_c( )_k et estimés X^ˆ_c^{m q,} ( )_k par les modèles non linéaires pour le stade embryonnaire.

Annexe A.22 à 25 : Profils expérimental X_c( )_k et estimés X^ˆ_c^{m q,} ( )_k par les modèles non linéaires pour le stade larvaire.

Annexe A.26 à 29 : Profils expérimental X_c( )_k et estimés X^ˆ_c^{m q,} ( )_k par les modèles non linéaires pour le stade de pupe.

Annexe A.30 à 32 : Profils expérimentaux X_c( )_k et estimés X^ˆ_c^{m q,} ( )_k par les cinq modèles étudiés pour la série temporelle complète.

Annexe A.31 : Profils d’expression des 20 gènes du sous-réseau musculaire.

Annexe A.34 à 37 : Profils expérimentaux X_c( )_k et estimés X^ˆ_c^{m q,} ( )_k par les modèles non linéaires pour le sous-réseau musculaire.

Annexe A.32 : Réseaux de régulation synthétiques après classification pour chaque modèle. (a)m_NN^e (b) m^e_NC (c) m_CN^e .

Annexe A.39 à 44 : Profils expérimentaux X_c( )_k et estimés X^ˆ_c^{m q,} ( )_k par les modèles non linéaires pour les réseaux synthétiques.

A3

Annexes

Annexe A.1 : Liste des identifiants des gènes transcrits simultanément deux à deux dans les données d’Arbeitman et al. 2002. Les deux derniers opérons ( CG5530 - CG5541) et (CG10731 - CG8433) présentent des différences dans les profils d’expression dès gènes qu’ils contiennent. On suppose donc l’existence de processus différents lors de la traduction de ces deux gènes. Ils sont dès lors exclus de la validation des méthodes de classification.

« Opérons » aux profils d’expression similaires : CG14681 (Skeletor) CG14682 (Skeletor)

CG14208 (Tyler) CG14209 (Shawn)

CG10096 CG10097 CG15891 CG15892 CG9130 CG9133 CG4564 CG4571

« Opérons » aux profils d’expression différents CG5530 (ben) CG5541 CG8433 (Ext2) CG10731

Annexe A.2 : Profils d’expressions des 17 classes de gènes formées par la méthode SSC. Courbes noires : profils y_{g c}^F_ ( )_k filtrés de la classe de gènes.

courbe verte : profil moyen x_c( )_k .

A5

Annexes

Annexe A.3 : Profils d’expressions des 17 classes de gènes formées par la méthode hiérarchique avec la distance Ω. Ligne rouge : profil y_c^{F rep}( )_k du gène représentatif de la classe 10 ; lignes noires : profils y_{g c}^F_ ( )_k des gènes de la classe c, translatés verticalement sur y_c^{F rep}( )_k , ligne verte : profil moyen x_c( )_k

de cette classe, défini comme la moyenne des profils y_{g c}^F_ ( )_k .

A7

Annexes

Annexe A.4 : Profils d’expression pour les 10 classes de gènes du stade embryonnaire pour le critère de proximité ¹. Ligne rouge : profil Y_I^rep_1,c( )_k du gène représentatif de la classe c ; lignes noires : profils Y^_{g c}^I_^1( )_k des gènes de la classe 9, translatés verticalement sur Y_I^rep_1,c( )_k , ligne verte : profil moyen X_c^I1( )_k de cette classe, défini comme la moyenne des profils Y^_{g c}^I_^1(_k).

A9

Annexes

Annexe A.5 : Profils d’expression pour les 10 classes de gènes du stade embryonnaire pour le critère de proximité ². Ligne rouge : profil Y_I^rep_1,c( )_k du gène représentatif de la classe c ; lignes noires : profils Y^_{g c}^I_^1( )_k des gènes de la classe 9, translatés verticalement sur Y_I^rep_1,c( )_k , ligne verte : profil moyen X_c^I1( )_k de cette classe, défini comme la moyenne des profils Y^_{g c}^I_^1( )_k .

A11

Annexes

Annexe A.6 : Profils d’expression pour les 10 classes de gènes du stade embryonnaire pour le critère de proximité ³. Ligne rouge : profil Y_I^rep_1,c( )_k du gène représentatif de la classe c ; lignes noires : profils Y^_{g c}^I_^1( )_k des gènes de la classe 9, translatés verticalement sur Y_I^rep_1,c( )_k , ligne verte : profil moyen X_c^I1( )_k de cette classe, défini comme la moyenne des profils Y^_{g c}^I_^1( )_k .

A13

Annexes

Annexe A.7 : Profils d’expression des 10 classes formées par la méthode hiérarchique avec la distance D et le critère de proximité ⁴ pour le stade embryonnaire. Ligne rouge : profil _YI^rep_{1,c( )}_k du gène représentatif de la classe c ; lignes noires : profils Y^_{g c}^I_^1( )_k des gènes de la classe c, translatés verticalement sur

rep 1, ( )

I c k

Y_  , ligne verte : profil moyen X_c^I1(_k) de cette classe, défini comme la moyenne des profils Y^_{g c}^I_^1( )_k .

Annexe A.8 : Profils d’expression des 10 classes formées par la méthode hiérarchique avec la distance D pour le stade larvaire. Ligne rouge : profil

rep 2, ( )

I c k

Y_  du gène représentatif de la classe 9 ; lignes noires : profils Y_{g c}^I^2( )_k des gènes de la classe 9, translatés verticalement sur Y_I^rep_2,c( )_k , ligne verte : profil moyen X_c^I2( )_k de cette classe, défini comme la moyenne des profils _Y^_{g c}^I_^2_{( )}_k .

A15

Annexes

Annexe A.9 : Profils d’expression des 10 classes formées par la méthode hiérarchique avec la distance D pour le stade de pupe. Ligne rouge : profil

rep 3, ( )

I c k

Y_  du gène représentatif de la classe 9 ; lignes noires : profils _Y^_{g c}^I_^3_{( )}_k des gènes de la classe 9, translatés verticalement sur Y_I^rep_3,c( )_k , ligne verte : profil moyen X_c^I3( )_k de cette classe, défini comme la moyenne des profils Y_{g c}^I^3( )_k .

A17

Annexes

Annexe A.10 : Profils d’expression des 10 classes formées par la méthode hiérarchique avec la distance D pour le stade adulte. Ligne rouge : profil Y_I^rep_4,c( )_k du gène représentatif de la classe 1 ; lignes noires : profils Y^_{g c}^I_^4( )_k des gènes de la classe 4, translatés verticalement sur Y_I^rep_4,c( )_k , ligne verte : profil moyen X_c^I4( )_k de cette classe, défini comme la moyenne des profils Y^_{g c}^I_^4( )_k .

A19

Annexes

Annexe A.11 : Profils d’expression des 12 classes formées par la méthode hiérarchique avec la distance D pour la série temporelle complète. Ligne rouge : profil Y_c^rep( )_k du gène représentatif de la classe 9 ; lignes noires : profils Y^_{g c} ( )_k des gènes de la classe c, translatés verticalement sur Y_c^rep( )_k , ligne verte : profil moyen X_c( )_k ,de cette classe, défini comme la moyenne des profils _Y_{g c( )k} .

A21