TD 2 : Alignement de séquences Alignement de séquences : une affaire de distance entre chaîne de caractères

• score d’homologie: la valeur du score diminue avec le nombre de différences observées entre les deux séquences. • score de distance: la valeur du score augmente avec le nombre

Pour des distances évolutives plus grandes, les probabilités de substitution des acides aminés les uns envers les autres sont estimées et non calculées directement en comparant

Alignement multiple progressif : ajout des séquences en fonction de leurs distances dans l’arbre (distance  , on commence par aligner les deux plus proches .  Alignement

• La plus grande valeur V(i,j) est le score du meilleur alignement local.. Alignement

• Alignement local: Plus long chemin entre n’importe quelles arêtes (i,j) et (i’, j’) du graphe d’édition.. • Quelle mesure

global, c'est-à-dire entre les deux séquences sur toute leur longueur local, entre une séquence et une partie d’une autre séquence.. Similarité global

Pour le tracing back (principe de la programmation dynamique, c'est par essence un processus off- line), on part de la case en bas à droite et on remonte le chemin d'alignement

• Procédez à un alignement des deux séquences ADN normale et mutée en visualisant les mutations avec l'outil EMBOSS proposé par EBI-EMBL : par