Les phanères de porc ont-ils un rôle dans la régulation de la chaleur chez celui-ci ?

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(1)Les phanères de porc ont-ils un rôle dans la régulation de la chaleur chez celui-ci ? Marie Caroline Renaux. To cite this version: Marie Caroline Renaux. Les phanères de porc ont-ils un rôle dans la régulation de la chaleur chez celui-ci ?. Sciences du Vivant [q-bio]. 2015. �hal-02792894�. HAL Id: hal-02792894 https://hal.inrae.fr/hal-02792894 Submitted on 5 Jun 2020. HAL is a multi-disciplinary open access archive for the deposit and dissemination of scientific research documents, whether they are published or not. The documents may come from teaching and research institutions in France or abroad, or from public or private research centers.. L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est destinée au dépôt et à la diffusion de documents scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, émanant des établissements d’enseignement et de recherche français ou étrangers, des laboratoires publics ou privés..

(2) RENAUX Marie-Caroline Licence Professionnelle Génétique et Développement de l’Élevage. Rapport de Stage. Adaptation des porcs à la chaleur par la voie génétique Les phanères de porc ont-ils un rôle dans la régulation de la chaleur chez celui-ci ?. Poils de porc Créole x Large White . Porc Créole x Large White. Tuteur : VERGONZANNE Gilles. . Maître de stage : GILBERT Hélène. Session : 2015. Page 1 sur 45.

(3) Rapport de Stage LICENCE PROFESSIONNELLE Génétique et Développement de l’Élevage Session 2015. Auteur :. Date du stage : RENAUX Marie-Caroline. Du 30 mars au 26 juin 2015. Lieu de stage : INRA (Institut National de la Recherche Agronomique) de Toulouse, à Castanet Tolosan (31326). Maître de stage : Hélène GILBERT. Enseignant tuteur : Gilles VERGONZANNE. Titre de l’étude :. Adaptation des porcs à la chaleur par la voie génétique Les phanères de porc ont-ils un rôle dans la régulation de la chaleur chez celui-ci ?. Mots clés de l’étude : porc, phanères, variabilité génétique, thermorégulation, stress thermique, frisure, finesse. Page 2 sur 45.

(4) Remerciements. Je remercie l’ensemble des personnes qui m’ont aidée à réaliser ce dossier :. •. L’organisme d’accueil INRA de Toulouse, pour m’avoir accueillie au sein de l’unité GenPhySE pour ce stage de trois mois.. •. Mon maître de stage de l’organisme INRA de Toulouse, GILBERT Hélène pour m’avoir accueilli dans l’unité MODGEN durant ce stage et de m’avoir fourni les données nécessaires à la réalisation de ce rapport, de me les avoir expliquées, de m’avoir suivi tout au long de sa réalisation et d’avoir répondu à mes diverses questions.. Page 3 sur 45.

(5) Liste des abréviations. ADN : Acide DésoxyriboNucléique. ANOVA : ANalyse Of Variance (Analyse de la variance). ARN : Acide RiboNucléique. CV : Coefficient de variation. ELD : Epaisseur de lard dorsal. ET : Ecart-type. GMQ : Gain moyen Quotidien, c’est le poids pris par l’animal chaque jour dont l’unité est en gramme par jour. INRA : Institut National de la Recherche Agronomique. LW : Large White. OFDA : Optical-based Fibre Diameter Analyser. Page 4 sur 45.

(6) Sommaire. Introduction ................................................................................................................................ 6 I. L’organisme INRA .............................................................................................................. 8 II. Caractérisation des phanères .............................................................................................. 9 a) Descriptions des phanères ............................................................................................... 9 b) Caractéristiques ............................................................................................................ 10 III. Matériels et méthodes ..................................................................................................... 12 a) Deux races de porcs contrastées pour la réponse à la chaleur ...................................... 12 b) Protocole expérimental ................................................................................................. 14 1) Le croisement effectué............................................................................................... 14 2) Les mesures réalisées pendant l’étude ....................................................................... 14 3) Appareil de mesures des caractéristiques des poils ................................................... 16 c) Analyses des données ................................................................................................... 17 1) Analyses descriptives ................................................................................................. 17 2) Analyses statistiques ................................................................................................... 20 IV. Résultats ......................................................................................................................... 21 a) Caractéristiques élémentaires des distributions des courbures et des diamètres .......... 21 b) Corrélations entre les caractéristiques des poils et les caractères de production et de thermorégulation ............................................................................................................... 27 c) Analyse des effets de l’environnement et de la génétique ............................................ 32 d) Impact sur les caractères zootechniques ....................................................................... 35 Conclusion................................................................................................................................ 38 Références bibliographiques .................................................................................................... 39 ANNEXES ............................................................................................................................... 40. Page 5 sur 45.

(7) Introduction La production mondiale de viande de porc ne cesse d’augmenter c’est pourquoi la sélection des porcs en France est axée vers une productivité élevée, dans un environnement optimal qui permet de maximiser les performances en réduisant les effets de l’environnement. L’environnement climatique est une contrainte pour la production de porcs, puisque le porc ne tolère pas les variations de température ambiante trop élevées. Cela a un impact économique non négligeable dans les régions tempérées lors de vagues de chaleur, mais aussi tout le temps dans les régions aux climats tropicaux. Cela induit des pertes économiques d’environ 300 milliards de dollars par an aux Etats-Unis (ST-PIERRE et al, 2003). Il est donc important de trouver des solutions qui permettent de limiter les impacts de la hausse de la température. Dès lors que l’on élève ces mêmes porcs dans des régions au climat tropical, ou sub-tropical, ou encore lorsqu’ils subissent des vagues de chaleurs, on observe une diminution de l’ingestion alimentaire. Cela induit des diminutions de performances au niveau de la reproduction, de la lactation, et de la croissance, c’est-à-dire à tous les stades physiologiques que ce soit la truie en lactation ou en gestation, le porc en croissance ou encore le verrat. Une étude est actuellement menée sur ce sujet pour permettre de diminuer les effets néfastes de la chaleur sur les porcs en production par la voie génétique, dans le centre de recherche de l’Institut National de Recherche Agronomique, INRA, de Toulouse en Haute-Garonne (31). Il y est effectué des recherches en génétique sur les porcs et la chaleur sur une étude qui comprend deux élevages : un en climat tempéré (Magneraud) et un autre en climat tropical aux Antilles (Guadeloupe). Parmi les caractères qui sont étudiés on a les caractères de production chez le porc en croissance : le GMQ, la composition corporelle et l’ingestion et aussi des indicateurs liés à la capacité de thermorégulation : la température rectale et cutanée, ainsi que des caractères morphologiques : la surface corporelle, la structure de la peau et les caractéristiques des poils.. Figure 1 : Conséquences de l’augmentation de la température ambiante sur les mécanismes impliqués dans la thermorégulation des porcs (QUINIOU, 2000) Le porc est un animal homéotherme c’est-à-dire qu’il est capable de maintenir sa température corporelle constante malgré des variations de la température extérieure. Ceci est dû au fait qu’il régule la répartition de chaleur entre sa production de chaleur (thermogénèse) et ses pertes de chaleur (thermolyse).. Page 6 sur 45.

(8) Comme on peut le voir sur la figure 1, quand la température augmente on a une diminution de la thermogenèse et une augmentation de la thermolyse. On a également une diminution de l’ingestion, ce qui conduit à des nutriments moins disponibles et ce qui entraine une baisse des performances. La thermogenèse est la production d’énergie associée à : o l’énergie métabolisable, qui est l’énergie ingérée et évacuée sous forme de chaleur. o la production telle que la croissance, la lactation, la reproduction. o l’activité physique. La thermolyse concerne les pertes de chaleur entre l’animal et l’environnement extérieur. Il y a deux voies : • Voie évaporatrice ou latente : Ces pertes par évaporation interviennent quand la température extérieure dépasse la température critique d’évaporation, c’est-à-dire que l’on sort de la zone de confort thermique. Cela s’effectue par la peau avec la sudation, mais étant donné que le porc a peu de glandes sudoripares on a une action des poumons par la polypnée. • Voie non évaporatrice ou sensible : Ces pertes sont basées sur les phénomènes physiques d’échanges de chaleur. Ces pertes dépendent de la conductivité thermique de l’animal en fonction de son isolation corporelle, sa pilosité, sa structure de peau (RENAUDEAU, 2004). C’est ainsi que l’étude des phanères peut contribuer à la compréhension de la régulation corporelle de la température du porc. Il a été montré dans d’autres espèces que les caractéristiques du poil contribuent à la régulation thermique des animaux (ALLAIN, 1993). On cherche à avoir des animaux sélectionnés pour être tolérants à la chaleur et productifs en même temps, pour que leurs performances ne décroissent pas avec la hausse de la température ambiante. C’est pour cela que l’on s’intéresse aux phanères des porcs. Auparavant les poils de porc n’ont jamais été sélectionnés. Ils n’ont pas de qualité pour être ensuite bien valorisés. Les soies, nom des poils des porcs, sont transformées pour la fabrication de coproduits. C’est pourquoi la problématique de ce stage est : Les phanères de porc ont-ils un rôle dans la régulation de la chaleur chez celui-ci ? L’hypothèse est que les phanères ne sont pas identiques suivant les porcs, et que selon les races, le milieu (tempéré, tropical), les porcs n’ont pas les mêmes caractéristiques, ni les mêmes phanères. On se demande donc s’il y aurait un rapport entre les phanères et la thermorégulation des porcs exposés à des températures élevées. Ce stage vise à obtenir pour la première fois une caractérisation des poils de porc en conditions thermiques neutre et tropicale, et à évaluer si ces caractéristiques sont liées à la capacité des animaux à répondre à la chaleur. Pour conclure, le sujet démontre bien l’utilité de la génétique qui peut aider à l’adaptation des animaux à un climat différent alors qu’au départ il a des effets négatifs sur ses performances. Pour répondre à la question, dans une première partie sera présenté l’organisme INRA, dans une seconde partie les caractéristiques des phanères, dans une troisième partie les matériels et méthodes, puis en quatrième partie les résultats et pour finir la conclusion.. Page 7 sur 45.

(9) I. L’organisme INRA L’Institut National de la Recherche Agronomique produit des connaissances scientifiques et accompagne l’innovation économique et sociale dans les domaines de l’alimentation, de l’agriculture et de l’environnement. Il a été fondé en 1946, c’est un établissement public à caractères scientifique et technologique, son siège se situe à Paris. Mais il y a des centres de recherche sur tout le territoire français. L’INRA est le premier institut de recherche public européen et le deuxième dans le monde pour ses publications en sciences agricoles et animales. Son but est, dans une perspective mondiale, de contribuer à assurer une alimentation saine et de qualité, une agriculture compétitive et durable ainsi qu’un environnement préservé et valorisé. Il y a quatre chantiers de recherches prioritaires : o Améliorer toutes les composantes de l’agriculture o Assurer des systèmes alimentaires sains et durables o Valoriser la biomasse o Atténuer le réchauffement climatique et s’y adapter Le centre INRA de Toulouse a 7 axes scientifiques de recherche : o Méthodes et plateformes pour la biologie intégrative animale, végétale et microbienne o Biotechnologies industrielles o Biologie intégrative des interactions plantes-environnement o Agro–écologie des territoires agricoles et forestiers o Economie de l’environnement et des marchés o Nutrition et prévention : toxicologie, biomarqueurs o Génétique et biologie animale intégrative ; Santé animale et systèmes d’élevages durables Il a 13 unités de recherches qui sont : o Laboratoire interactions Plantes-Microorganismes (LIPM) o Génomique et biotechnologie des fruits (GBF) o Génétique, Physiologie et Systèmes d’Elevage (GenPhySE) o Interactions hôtes-agents pathogènes (IHAP) o Toxicologie alimentaire (TOXALIM) o Laboratoire d’Ingénierie des systèmes biologiques et des procédés (LISBP) o Laboratoire de chimie agro industrielle (LCA) o Mathématiques et informatique appliquées Toulouse (MIAT) o Agrosystèmes et développement territorial (AGIR) o Dynamique et écologie des paysages agroforestiers (DYNAFOR) o Comportement et Ecologie de la faune sauvage (CEFS) o Laboratoire d’Economie des ressources naturelles (LERNA) o Groupe de recherche en économie Mathématiques et quantitative (GREMAQ) Il a quatre unités expérimentales : une avec les cultures de céréales et oléagineux, le pôle expérimental Cunicole Toulousain, le domaine de Langlade en Haute-Garonne sur les ovins et le domaine de la Fage en Aveyron également sur les ovins. Le stage s’est déroulé dans l’axe scientifique : Génétique et biologie animale intégrative ; Santé animales et systèmes d’élevages qui a pour objectif de proposer de nouveaux modes de Page 8 sur 45.

(10) pilotages, grâce aux outils de la génétique et à des pratiques agricoles adaptées, pour répondre aux enjeux des systèmes d’élevages avec l’efficacité alimentaire, la reproduction, la résistance aux maladies, la durabilité des systèmes de production et de la santé animale. J’ai été dans l’unité de recherche GenPhySE (Génétique, Physiologie et Système d’Elevage), qui a été fondée en 2014 avec la fusion de trois unités : o Laboratoire de Génétique Cellulaire o Station d’Amélioration Génétique des Animaux o Tissus Animaux, Nutrition, Digestion, Ecosystème et Métabolisme GenPhySE concentre des compétences sur les filières : petit ruminants, porcs, lapins et palmipèdes gras, et 10 équipes de recherche dont l’équipe Modélisation Génétique et amélioration des monogastriques (MODGEN) dans laquelle j’ai réalisé mon stage. Il y a environ 130 permanents au sein de GenPhySE, il y a 8 scientifiques et deux personnes chargées de l’appui technique, plus deux thésards, un CDD ingénieur et un étudiant en M2 dans l’équipe MODGEN durant mon stage. L’équipe MODGEN est animée par Hélène GILBERT, c’est une équipe récente, elle regroupe des généticiens quantitatifs issus de plusieurs équipes dont le projet scientifique repose sur deux axes principaux : o Développement de modélisations génétiques o Analyses génétiques des caractères d’intérêt pour les productions de porcs, lapins et canards axés sur les caractères d’adaptation et de robustesse. II. Caractérisation des phanères Les poils des porcs n’ont pas fait l’objet de recherches puisqu’ils ne servent pas ensuite, ils sont juste triés et les soies (nom pour définir les poils épais ayant plus de 0,20 mm de diamètre) sont utilisées pour la fabrication de coproduits (balais, brosses, pinceaux). Dans cette partie introductive sur les phanères, leurs caractéristiques seront décrites de façon générale, en s’appuyant essentiellement sur la littérature existant dans les espèces sélectionnées pour leurs phanères, beaucoup plus abondante.. a) Descriptions des phanères Le pelage des mammifères est l’organe de protection contre le milieu, il assure une protection physique et thermique (ALLAIN,1993). Cette protection résulte d'une organisation bien précise du pelage qui se met en place au cours de la phase embryonnaire et des premiers jours de la vie. Les follicules pileux composant le pelage sont organisés en groupes folliculaires composés chacun de deux types de follicules pileux. Chaque follicule pileux produit un type de poil bien précis, d'où la présence de deux à trois types de poils dans le pelage sauvage. Les propriétés mécaniques, physiques et chimiques des différents types de poils constituent un rôle important pour la protection de l’animal. Ces follicules pileux ont un fonctionnement périodique, la durée d’éclairement est un principal facteur de l’environnement qui contrôle le fonctionnement des follicules pileux, avec des périodes de mues et de croissance des poils qui alternent avec des phases de repos. Cette activité cyclique des follicules pileux permet de renouveler et d'adapter le pelage en fonction des saisons avec une modification de la dimension des fibres et de la population de follicules pileux en activité produisant des poils. Les follicules pileux sont sous la dépendance de l’axe hypothalamohypophysaire et de la glande pinéale par l’intermédiaire de la mélatonine (ROUGEOT et al, 1984 ; ALLAIN et al, 1986 ; LINCOLN, 1990). Le poil est constitué de kératine, donc une Page 9 sur 45.

(11) protéine et lorsque l’animal est soit mal nourri ou s’il diminue son ingestion alimentaire en réponse à une augmentation de la chaleur ou plus généralement à un stress, on observe une réduction locale du diamètre du poil à un certain moment lorsque l’on regarde le poil. Le génotype, la nutrition, l’environnement et le stade physiologique de l’animal, déterminent la qualité et les propriétés physiques des fibres. D’abord la race et le génotype de l’animal détermine la propriété de ses fibres, qui subissent ensuite des modifications selon des facteurs externes comme l’alimentation, l’environnement (MOHAN et al, 2014). Le système pileux est décomposé en plusieurs parties, comme on peut le voir sur la figure 2. Par une coupe longitudinale de la peau au niveau d'un groupe folliculaire (THEBAULT et DE ROCHAMBEAU, 1989), on trouve : - un follicule pileux primaire central produisant un poil long, raide et grossier nommé tylotriche. - les follicules autour de lui produisent les jarres (poils raides, longs, grossiers) ou les barbes (poils ayant une tête raide et grossière mais un corp fin et ondulé). Ces poils grossiers constituent le pelage externe qui joue un rôle de protection physique. - les follicules pileux qui se développent ensuite sont les follicules secondaires qui produisent le duvet, plus court, sans tête et ondulé, qui assure la protection thermique.. Figure 2 : Le pelage chez le lapin ( ALLAIN, 2013). On dénombre 3 grands types morphologiques : - poils recteurs : jarres et tylotriches, doté de muscles horripilateur. - poils tecteurs : barbes, qui constituent le voile protecteur glissant du pelage. - duvets : isolation thermique.. Etant donné que les phanères des porcs ne sont pas décrites, j’ai pris un schéma sur le lapin, pour vous décrire comment sont composées les phanères en général chez les animaux.. b) Caractéristiques Les critères pris en compte pour l’analyse des phanères, sont : • Diamètre • Longueur • Courbure (Figure 3) Page 10 sur 45.

(12) •. Variations de diamètre le long du poil. Pour la courbure, l’angle des phanères est mesuré en °/mm. Poils courbé 1 mm. Angle en degré. Poils peu courbé. Angle en degré. 1 mm. Plus l’angle est grand, plus la courbure est importante.. Plus l’angle sera petit, plus la courbure sera petite.. Figure 3 : Schéma de caractérisation de la courbure par mesure de l’angle des phanères Chez le porc on a un poil qui n’est pas très courbé par rapport à différent animaux où l’on cherche à augmenter la courbure ou frisure. En effet c’est intéressant pour constituer les fils, car la courbure élevée permet qu’ils s’accrochent bien. Les chiffres que l’on cherche à obtenir en courbure de poils dans les différentes espèces pour le tissage et la laine sont : • Chèvre angora : de 20 à 25 °/mm. • Lapin : de 30 à 35 ° /mm. • Mouton : 50°/mm. Le diamètre de la fibre représente la largeur du poil, cela est mesuré en µm. Chez le porc (MOHAN et al, 2014), la seule étude disponible, chez des animaux adultes, rapporte des diamètres variant de 190 à 330 µm en fonction des races étudiées (Hampshire, Duroc, Ghungroo, Niang Megha) et selon la zone du corps c’est-à-dire au niveau du dos et du cou, en étant recueillis entre 12 et 18 mois. Les chiffres que l’on recherche en diamètre de poils dans les différentes espèces sont : (ALLAIN, 1992) • Chèvre angora : de 25 à 30 µm pour le mohair, et 13 à 19 µm pour le cachemire. • Lapin : de 12 à 15 µm pour le duvet, et de 30 à 60 µm pour les jarres. • Mouton : c’est hétérogène selon les races, 18 à 30 µm pour l’Ile de France et le Mérinos ; 30 à 40 µm pour le Texel ; moins de 18 µm pour les laines mérinos ultra fines. Ces deux paramètres (diamètre et courbure) peuvent être mesurés automatiquement selon la méthodologie OFDA avec un OFDA 2000, qui fournit les résultats individuels pour chaque poil d’un échantillon de quelques milliers de poils par animal. . Une étude (MOHAN et al, 2014) chez des porcs adultes rapporte des longueurs variant de 56 à 127 mm en fonction des races étudiées (Hampshire, Duroc, Ghungroo, Niang Megha) et selon l’endroit de prélèvement (dos et cou) de poils recueillis entre 12 et 18 mois. Cependant, la longueur a été peu utilisée car on ne sait pas comment la mesurer automatiquement. Cette notion est donc pour l’instant mise de côté pour le stage. Les chiffres que l’on cherche à obtenir en longueur de poils dans les autres espèces sont (ALLAIN, 1992) : • Chèvre angora : 8 à 12 cm, après 6 mois de pousse. Page 11 sur 45.

(13) •. Lapin angora : 10 cm pour les jarres, 6,5 cm pour le duvet, après 14 semaines de pousse.. Pour la variation du diamètre le long du poil, on ne l’a pas prise en compte dans l’étude. Lorsque l’animal subit une restriction alimentaire liée à diverses raisons, dans l’étude à cause de la chaleur, on peut observer le long du poil des restrictions, puis lorqu’il se réalimente le poil continue a grandir normalement. Ces données sont disponibles pour notre étude mais non analysées pendant le stage.. III. Matériels et méthodes a) Deux races de porcs contrastées pour la réponse à la chaleur Large White :. Figure 4 : Porc Large White (Agroparistech). Le Large White est originaire d’Angleterre, et a été introduit en France en 1920 (Agroparistech). Il a de bonnes qualités maternelles et de reproduction, longévité, et des performances de croissance et des carcasses correctes. Mais il ne supporte pas le stress thermique. Il a une robe claire, un corps allongé et des oreilles relevées. Il a été sélectionné en climat tempéré, afin d’être très productif dans des conditions optimales qui lui permettent de maximiser ces performances.. Créole : Les porcs d’origine locale dans les zones de la Caraïbe, d’Amérique Centrale et du Sud sont souvent nommés « Créoles », mais leur origine génétique est différente suivant l’endroit (LAUVERGNE et CANOPE, 2000). Le porc Créole de Guadeloupe résulte du croisement entre des porcs ibériques (noirs) introduits au XVIème siècle et des porcs français. Ces porcs ont ensuite été croisés au fil du Figure 5 : Porc Créole (INRA) temps avec diverses races importées. Il a une robe de couleur noire, grise ou encore rousse. Le porc Créole n’est pas un animal d’élevage, il est utilisé localement chez les particuliers, c’est une population non homogène et donc on n’a pas de standard de race bien défini, ni d’information sur les performances de la race. Ce porc est assez dévalorisé à cause de sa productivité et son gain de poids moins bon qu’un porc sélectionné. Il a tout de même une bonne qualité de viande et de carcasse pour des marchés spécialisés vers des productions de qualité (proportion de gras élevée). Page 12 sur 45.

(14) Les races locales sont moins exigeantes au niveau de la nourriture et sont capables de bien valoriser les rations déséquilibrées. Une étude a été menée à l’INRA (CANOPE et RAYNAUD, 1981 ; RENAUDEAU, 2003) où en améliorant le système alimentaire de ces animaux, ils atteignent des performances assez comparables avec le porc Large White en reproduction comme le montre le tableau 1. Son gain de poids, son indice de consommation et les proportions de muscles restent de moindre niveau que le Large White. Tableau 1 : Performances des porcs Créoles et des porcs Large White élevés en station expérimentale tropicale (INRA-PTEA) dans des conditions alimentaires non restrictives à base d’aliment industriel concentré (GOURDINE et RENAUDEAU, 2011) Porc CREOLE Porc LARGE WHITE Poids vif adulte des truies, kg1 200 320 Nombre de porcelets sevrés/truie 18,4 19,8 productive/an1 Nombre de porcelets sevrés par 7,6 8,4 portée1 Gain de poids, g/j2 580 850 Indice de consommation2 3,2 2,6 Rendement de carcasse, %3 81 83 Taux de muscle, %3 43,2 54,8 1 Performances moyennes observées sur 47 truies Créoles et 207 truies Large White (Gourdine, 2006) 2 Performances de croissance observées sur 32 porcs Créoles entre 32 et 63kg et sur 31 porcs Large White entre 45 et 94kg (Renaudeau et al, 2003) 3 Performances de carcasse observées sur 32 porcs Créoles et sur 31 porcs Large White (Renaudeau et al, 2005). Ce porc est connu pour sa tolérance à la chaleur, liée à son seuil de sensibilité qui est plus élevé et aussi a une capacité à continuer à consommer l’aliment au cours des périodes les plus chaudes de la journée. Le porc Créole a comme particularité d’avoir parfois des pendeloques, ou encore barbions, ce sont des morceaux de peaux qui pendent sous le cou de certains animaux (Figure 6). On connait l’existence de ces pendeloques dans d’autres espèces comme notamment en chèvres ou encore en mouton, où ces pendeloques sont portées par un gène autosomal dominant. La structure de ces pendeloques est composée de beaucoup de tissu sous cutané avec un cartilage allongé en son milieu et sont innervées et irriguées par des vaisseaux sanguins. Aujourd’hui on ne connait pas leur fonction chez l’animal. Ces pendeloques sont présentes dès la naissance, avec une fréquence variable Figure 6 : Porc Créole X Large White, dans les différentes races et l’on ne sait pas porteur de pendeloques (INRA) dire si c’est la présence ou l’absence de pendeloques qui constitue le caractère normal ou sauvage (RICORDEAU et al, 1967). Page 13 sur 45.

(15) b) Protocole expérimental 1) Le croisement effectué Créole. Large White. ♀5 X 5♂ F0 5 ♂ F1 Populations analysées. X. Large White. Large White. ♀ 10 X 3 ♂. ♀ 11 X 10 ♂. ♀9 X 9♂. 10 ♀. ♂ 17. 10 ♂. X. 20 ♀. 130 ♀ 658 Magneraud / 671 Guadeloupe (♂ castrés et ♀ compris). Figure 7 : Croisement entre porcs Créole et Large White Les animaux issus d’un croisement Créole x Large White (Figure 7) sont la population qui a été analysée pour l’étude. Le but de ce croisement était d’exacerber les différences entre les descendants croisés et la variabilité des caractères pour pouvoir les enregistrer et pour au final trouver plus facilement les régions du génome qui sont impliquées dans cette variabilité et identifier les corrélations entre ces caractères. L’étude est réalisée dans deux élevages différents. Il y a un élevage en Guadeloupe en climat tropical et un autre au Magneraud en climat tempéré. Cela permet d’étudier plusieurs situations de stress thermique, telles que : le stress chronique en milieu tropical avec la chaleur et l’humidité, et le stress aigu comme les vagues de chaleur en milieu tempéré.. 2) Les mesures réalisées pendant l’étude. Figure 8 : Protocole de mesures (GILBERT, 2014) Durant l’étude il y a un contrôle de l’environnement qui est réalisé. On enregistre les températures et l’humidité relative ambiante horaires pendant la durée de l’expérimentation. Pour les 10 bandes de porcs testées dans chaque élevage, la température moyenne à la Guadeloupe était de 26,2°C et au Magneraud de 25,2°C on a donc un degré de différence Page 14 sur 45.

(16) entre les deux élevages. Pour l’hygrométrie elle était de 84,5% à la Guadeloupe et au Magneraud de 61,3%, il y a 23% d’humidité en plus à la Guadeloupe. Les enregistrements effectués durant l’étude sont : o Au niveau des caractères de production : •. Poids des animaux aux différents stades physiologiques : naissance, sevrage, post sevrage, engraissement toutes les deux semaines entre 11 et 23 semaines.. •. ELD (épaisseur de lard dorsal) : 6 mesures sont réalisées sur l’animal aux niveaux des épaules, du dos et des reins, de part et d’autre de la colonne vertébrale à 19 et 23 semaines. o Au niveau de la thermorégulation :. •. Températures cutanées à 19 et 23 semaines et températures rectales à 19, 21 et 23 semaines, plus 24 et 26 semaines pour les animaux du Magneraud. o Au niveau de la morphologie :. •. Pendeloques à la naissance.. •. Photos de l’animal entier (pour déterminer sa surface d’échange).. Des échantillons sont prélevés : •. Queue : à la caudectomie, pour l’ADN.. •. Sang : pour analyse transcriptomique, c’est-à-dire la caractérisation du transcriptome, qui est l’ensemble des ARN (messagers, ribosomiques, de transfert). La caractérisation du tanscriptome dans un tissu et des conditions donnés permet d’identifier les gènes actifs, de déterminer les mécanismes de régulation d’expression des gènes.. •. Plasma : pour analyse métabolomique, c’est-à-dire l’ensemble des métabolites (sucres, acides gras, etc.) présents dans une cellule, organe, organisme.. •. Fécès : pour analyse du microbiote intestinal. C’est un procédé qui vise à étudier le contenu génétique d’un échantillon issu d’un environnement complexe trouvé dans la nature et non cultivé en laboratoire. Par le méthode de séquençage de l’ADN, cela permet d’avoir une description génomique du contenu de l’échantillon.. •. Peau : par biopsies cutanées, pour analyser la structure de la peau.. •. Poils : la collecte des échantillons de poils est réalisée sur les animaux à 147 jours (semaine 21), le prélèvement consiste à tondre l’animal sur le milieu du dos après les épaules à l’aide d’une tondeuse, et à prélever deux échantillons :. Page 15 sur 45.

(17) o Une première bande est prélevée au milieu, pour l’évaluation de la longueur des poils (non disponible au moment du stage). o Deux bandes sont prélevées sur les côtés latéraux, pour l’évaluation du diamètre et de la courbure des poils. Ces poils récoltés sont ensuite envoyés au laboratoire d’analyse, et passés en machine pour être analysés. Le prélèvement sur le dos a été Figure 9 : Zone de prélèvement pour effectué car c’est l’endroit où le échantillon de poils (GILBERT, 2014) porc a le plus de poils. Lors de ces prélèvement aucune documentation n’était disponible sur le poil de porc. Toutes ces étapes étaient réalisées avant mon arrivée en stage. Le choix du prélèvement à 21 semaines a été fait pour que les animaux soient assez matures, car lorqu’il est jeune le porc a des poils assez fins alors qu’entre les semaines 19 à 23 il a le temps d’acquérir son poils normal, puis à ce stade la semaine 21 a été choisie pour une meilleure gestion du planning d’enregistrement des données dans les deux élevages.. 3) Appareil de mesures des caractéristiques des poils OFDA signifie Optical-based Diameter Analyser (OFDA.com).. Figure 10 : OFDA 2000. Fibre. L’OFDA 2000 est un appareil dédié pour mesurer la finesse et la frisure de la laine en suint (laine brute, non débarrasser de sa matière grasse), et le profil du diamètre le long de la base. Il a une très bonne précision et vitesse d’analyse, pour un cycle complet de mesure sur un échantillon propre conditionné cela prend moins de deux minutes. Il s’agit d’un microscope équipé d’une platine motorisé et d’une vidéo placé audessus piloté par ordinateur qui balaie une plaque de verre où l’on dépose un échantillon de fibres. Il agrandit et capture les images des fibres individuelles à l’aide d’une caméra vidéo, puis il identifie et mesure chacune des fibres.. Chaque diamètre de fibre est mesuré à la résolution de 1 micron (µm). Page 16 sur 45.

(18) Avant d’effectuer l’analyse les poils recueillis sont normalement lavés pour éliminer les saletés liés à la sueur, la graisse. Pour les poils de porc, ils ne sont pas lavés car le porc n’a pas de glande sudoripare, ni de glande sébacé, ces poils n’ont donc pas besoin d’une étape de lavage. Pour effectuer l’analyse on doit tout d’abord procéder par une étape qui consiste à couper les poils, pour cela on place une coupelle en dessous d’une guillotine et on coupe les poils. Ces poils tronçonnés (2 mm longueur) dans la coupelle sont placés dans un appareil répartisseur de poils avec en dessous de cette machine une lame de verre qui est ensuite fermée lorsque les poils sont uniformément répartis dessus, et placée dans la machine OFDA 2000, que l’on peut voir sur la photo ci-dessus (Figure 10). On lance la mesure sur l’ordinateur pour réaliser les mesures et enregistrer les données. La longueur du poil n’est pas disponible car le poil est coupé. Une vidéo est disponible sur le site de l’OFDA, dans Natural Fibres, OFDA2000, qui montre la préparation et la réalisation de l’analyse des poils. Il est possible de la visualiser à l’adresse suivante : http://www.ofda.com/Natural_fibres/Ofda2000.html.. c) Analyses des données 1) Analyses descriptives Durant l’étude il a été recueilli 1329 échantillons répertoriés dans des fichiers excel différents pour chaque élevage et chaque bande de porcs (10 bandes de 60 porcs par élevage). Des fichiers contenant les mesures de finesse et les mesures de la courbure des poils des sous échantillons étaient aussi disponibles (2 à 5 sous échantillons par animal). Chaque fichier sous échantillon contient les mesures individuelles de tous les poils mesurés avec l’identifiant de l’animal plus une lettre (a,b,c,e) qui est l’identifiant de sous échantillons pour chaque animal, la classe de diamètre des poils mesurés en µm, le nombre de poils mesurés dans chaque classe de diamètre de poils. Et le même type de fichier est disponible pour la courbure avec la classe de courbure des poils mesurés en °/mm et le nombre de poils mesurés dans chaque classe de courbure du poils. L’objectif était de mesurer au moins 3000 poils sur chaque échantillon d’un animal pour le diamètre, ce qui me permet d’avoir une distribution par porc pour chaque critère, que j’ai caractérisée ensuite. Voici des exemples de distributions pour six animaux, avec 3 animaux par élevage pour pouvoir observer les différentes distributions. Pour la courbure : Sur la Figure 11 la distribution de la courbure s’arrête à 50°/mm. La courbe a été tronquée pour pouvoir bien montrer la distribution des poils de 0 à 50°/mm, puisque c’est ici que sont concentrés les principaux poils. Il y a très peu de poils très courbés, ayant une courbure comprise entre 50°/mm et 380°/mm. On observe plusieurs pics, de 0 à 5°/mm, 5 à 9°/mm, 9 à 13°/mm, 13 à 17°/mm, 17 à 22°mm et ce quel que soit l’animal, pour ceux de la Guadeloupe et ceux du Magneraud.. Page 17 sur 45.

(19) On peut voir des différences entre les animaux des deux élevages et même entre les animaux d’un même élevage, comme le montre la figure 11 où l’effectif de poils pour chaque courbure varie en fonction des animaux, parfois du simple au double.. Figure 11 : Distribution des effectifs de poils pour la courbure, pour trois animaux pris dans chaque élevage. Pour le diamètre : On observe au moins deux sousdistributions et également des différences entre les animaux des deux élevages et aussi dans le même élevage, où la distribution n’est pas la même, pour les quatres animaux, une de 0 à environ 70 µm et l’autre de 70 à 300 µm (Figure 12). Chez la chèvre on sait que les deux sousdistributions sont dues à la présence de jarrres et de duvet. Figure 12 : Distribution de l’effectif de poils pour le diamètre, pour deux animaux pris dans chaque élevage Le tableau 2 présente les nombres de poils qui ont été analysés pour chaque animal dans chacun des élevages pour la courbure et le diamètre. Tableau 2 : Nombre de poils mesurés par animal dans chacun des élevages, pour le calcul de la courbure et du diamètre Guadeloupe. Curv6 7. Diam. Magneraud. Nb1. ET2. CV3. Min4. Max5. Nb1. ET2. CV3. Min4. Max5. 1727. 621. 0,35. 528. 5403. 1602. 456. 0.28. 629. 3513. 4866 1317 0,27 1452 10813 4868 990 0,20 1953 8338 Nb1=Nombre de poils mesurés ; ET2=Ecart Type ; CV3=Coefficients de variations ; Min4=Minimum ; Max5=Maximum ; Curv6=Courbure ; Diam7=Diamètre. Page 18 sur 45.

(20) On n’a pas le même effectif de poils pour la courbure et le diamètre, car la machine qui analyse les poils identifie les diamètres sur chaque poil (elle n’a besoin que d’un point pour calculer la finesse). Pour la courbure il faut qu’elle détecte deux points sur le poil et suivant la position de la fibre elle peut ne pas trouver deux points pour effectuer sa mesure, ce qui explique le fait qu’il y ait moins de courbure de poils mesurée. J’ai durant le stage transformé les fichiers en bases de données contenant les caractéristiques de tous les animaux, afin de pouvoir ensuite les analyser et les mettre en relation avec les performances zootechniques. J’ai travaillé pour analyser les données avec Excel et le logiciel R. Sur Excel j’ai traité un petit nombre d’animaux pour pouvoir ensuite le faire sur R et voir si ça correspondait, puis je l’appliquais à tous les animaux avec le logiciel R. Le logiciel R est un système d’analyse statistique et graphique. Les caractères analysés sont la courbure en °/mm et le diamètre en µm du poil. Pour chaque animal, poids, GMQ, variations de températures cutanées et rectales, ELD, gain de poid et de lard relatif durant la vague de chaleur étaient disponibles pour les analyses durant le stage (Annexe 1, Tableau 1). Les critères que j’ai étudiés sont pour les deux élevages quelques soient les caractères analysés (courbure et diamètre) : Pour les distributions par animal •. La moyenne :. Moy = ∑. = ∑. . ̅ . •. L’écart type :. •. Le CV, c’est-à-dire le coefficient de variation, c’est une mesure de dispersion relative : = . •. Skewness ou moment d’ordre 3 :. . $% − $̅ ' "# &. − 1 − 2 Le coefficient de dissymétrie caractérise le degré d’asymétrie d’une distribution autour de sa moyenne. Si l’asymétrie est positive cela indique une distribution avec une queue s’étendant vers des valeurs positives, alors que si l’asymétrie est négative cela indique que la distribution de l’asymétrie a une queue s’étendant vers des valeurs négatives. =. •. Kurtosis ou moment d’ordre 4 :. *+. ()% = + , ' ∑ -. ̅ .. 0. ' + . / − , '. Le coefficient d’aplatissement caractérise l’aplatissement relatif d’une distribution par rapport à la distribution normale. Si l’aplatissement est positif cela indique une distribution relativement pointue, alors que si l’aplatissement est négatif cela indique une distribution relativement plate. Pourcentages de poils inférieurs ou supérieurs à un seuil. Selon qu’ils soient supérieur ou inférieur à tels ou tels diamètre ou courbure, le pourcentage de poils a été calculé pour évaluer si l’on a le même nombre selon une classe définie au préalable dans les deux élevages. J’ai calculé la somme de l’effectif pour lequel la valeur est supérieure ou inférieure, à un critère donné, et j’ai divisée par l’effectif total de poils de cet animal, puis j’ai multiplié le tout par 100, pour obtenir le pourcentages de poils désirés.. Page 19 sur 45.

(21) Calcul du nombre de sous-distributions de l’effectif de poils dans les deux élevages pour la courbure et le diamètre. J’ai estimé à l’aide d’une fonction de R (mclust), le nombre de distributions des effectifs de poils pour chaque animal. J’applique ces formules à tous les animaux un par un, puis pour chacun de ces critères je calcule les valeurs de moyenne, écart type, coefficient de variation sur la population, son minimum et son maximum. Calcul de la courbe de distribution moyenne pour le diamètre et la courbure par élevage : J’effectue la moyenne de l’effectif pour chaque courbure ou diamètre possible. Puis je calcule la moyenne, l’écart type, le CV, le minimum et le maximum de toutes ces distributions. Corrélation entre les différents caractères : J’ai estimé entre plusieurs variables aléatoires l’intensité de la liaison qui existe entre ces variables. J’ai utilisé : la moyenne, le coefficient de variation, l’écart type des diamètres et des courbures, le pourcentage de poils avec une courbure ou un diamètre respectant le seuil indiqué, la skewness, le kurtosis, le gain de poids et de lard durants les semaines 11 à 23, le Gain Moyen Quotidien, le gain de lard et de poids durant la vague de chaleur (uniquement au Magneraud), les températures cutanées et rectales, les épaisseurs de lard dorsal et les poids à différentes semaines. Le coefficient de corrélation linéaire est compris entre -1 et 1. Il est obtenu de la façon suivante : 1% $, = 3 $ ∗ − 3 $ ∗ 3 55%% 6 é8% 8%é% $, =. 1% $, é $ ∗ é . 2) Analyses statistiques J’ai effectué des tests statistiques avec l’analyse de la variance (ANOVA). Elle a pour objectif de tester les différences entre les moyennes de plusieurs catégories d’un effet. Pour évaluer la sensibilité des moyennes de diamètre et de courbure aux conditions d’élevage et autres caractéristiques des animaux, j’ai utilisé le modèle suivant : 9 ~ μ $ + é81= + >6 ∗ é81= + $ ∗ é81= + è + è ∗ é81= + @ où y = moyenne, écart type, coefficient de variation, pourcentage de poils ayant une courbure ou un diamètre correspondant à un seuil, skewness et kurtosis pour la courbure et le diamètre. Pour évaluer les covariations entre caractéristiques du poil et les autres performances, j’ai appliqué le modèle suivant : 9 ~ μ $ + é81= + >6 ∗ é81= + $ ∗ é81= + 3 + 3 ∗ é81= + è + è ∗ é81= + @ où y = température rectales et cutanées ; poids à différentes semaines ; ELD à différentes semaines, GMQ ; gain de lard et de poids pendant la vague de chaleur, et moyenne = moyenne des courbures ou moyenne des diamètres.. Page 20 sur 45.

(22) Les effets sont significatifs quand P < 0,05. L’effet élevage signicatif signifie que l’environnement influence le caractère, l’effet père significatif signifie que la génétique influence le caractère.. IV. Résultats a) Caractéristiques élémentaires des distributions des courbures et des diamètres Description de la courbure La courbure a été mesurée sur les phanères en °/mm, pour au moins 500 poils pour chaque animal des deux élevages. Pour le Magneraud les courbures enregistrées vont de 0 à 486°/mm et pour la Guadeloupe de 0 à 500°/mm. On peut voir qu’entre les deux élevages la courbure moyenne diffère de 0,1°/mm pour un écart type 1°/mm environ. Au niveau de la moyenne des écarts type par animal on a une différence de 0,50°/mm à la Guadeloupe, avec un écart type de 2,5°/mm environ pour les deux élevages. Tableau 3 : Caractéristique des distributions des courbures des poils par animal à la Guadeloupe et au Magneraud Moy1 6,7 10,3. Guadeloupe ET2 CV3 Min4 1,1 0,17 3,9 2,7 0,26 5,0. Max5 10,3 21,8. Moy1 6,8 9,8. Magneraud ET2 CV3 Min4 1,0 0,15 4,3 2,2 0,23 4,8. Max5 10,1 19,5. Courbure moyenne (°/mm) ET2 par animal (°/mm) CV3 par animal 1,54 0,33 0,21 1,03 3,12 1,43 0,25 0,18 1,00 2,63 (°/mm) %6 <7 °/mm (%) 66,1 5,9 0,09 49,0 81,9 65,4 5,2 0,08 52,1 79,4 %6 > 5 °/mm (%) 40,9 5,9 0,15 24,4 56,3 41,5 5,1 0,12 27,8 55,8 %6 > 7 °/mm (%) 27,9 5,8 0,21 13,2 46,2 28,7 5,1 0,18 15,4 42,5 %6 > 9 °/mm (%) 21,0 5,3 0,25 8,1 37,2 21,9 4,7 0,21 9,7 34,6 %6 > 12 °/mm (%) 13,5 4,2 0,31 3,4 26,9 14,5 3,9 0,27 4,6 25,9 %6> 13 °/mm (%) 11,5 3,9 0,34 2,5 23,0 12,4 3,6 0,2 3,5 23,4 %6> 16 °/mm (%) 7,9 3,0 0,38 1,3 17,1 8,7 2,8 0,33 1,9 18,7 %6 > 17 °/mm (%) 6,9 2,7 0,39 1,1 16,0 7,7 2,6 0,34 1,6 17,6 %6 > 22 °/mm (%) 4,0 1,8 0,45 0,5 9,6 4,4 1,7 0,39 0,8 12,9 %6 >50 °/mm (%) 0,64 0,37 0,58 0,05 2,19 0,60 0,32 0,54 0 2,52 % 6>100 °/mm (%) 0,15 0,13 0,83 0,00 0,76 0,12 0,12 0,97 0 1,14 Skewness 7,86 0,53 0,06 6,46 9,56 7,73 0,44 0,05 6,31 8,80 Kurtosis 66,4 9,1 0,13 44,0 98,7 64,3 7,4 0,11 41,3 84,1 Nombre de sous-distributions7 3,86 0,62 0,16 2 6 3,88 0,56 0,14 3 5 Moy1=moyenne ; ET2=écart type ; CV3=Coefficient de variation ; Min4=Minimum ; Max5= Maximum ; %6=pourcentage de poils avec une courbure respectant le seuil indiqué ; Nombre de sous-distributions 7=Nombre de sous-distributions estimées pour chaque animal à partir de la distribution globale des courbures de poils. Au niveau du pourcentage de poils supérieur ou inférieur à un seuil, pour la courbure : • On a 0,7% de différence entre les moyennes de pourcentages de poils inférieurs à 7°/mm en faveur de la Guadeloupe. • On a 1,4% de plus pour le Magneraud de poils de courbure supérieure à 5°/mm par rapport à la Guadeloupe. • Pour les poils de courbure supérieure à 13°/mm jusqu’à 22°/mm on a de 0,5 % à 1% de plus pour le Magneraud que pour le Guadeloupe.. Page 21 sur 45.

(23) Pour les poils de courbure supérieure à 50°/mm, on a 0,04% de plus pour la Guadeloupe, et pour les poils supérieurs à 100°/mm, on a 0,03% de plus pour la Guadeloupe, ce qui signifie qu’il y a plus de poils plus courbés en Guadeloupe. Des exemples de distributions de ces pourcentages dans les deux élevages sont donnés Figure 13 et 14. Dans la suite du rapport, seuls les % > 9 et 17 °/mm (plus grande différence entre élevages relativement à l’écart type de la mesure) seront présentés.. Figure 13 : Exemple de distributions de pourcentages de poils de courbure supérieure entre 5 à 22°/mm au Magneraud. Figure 14 : Exemple de distributions de pourcentages de poils de courbure supérieure entre 5 à 22°/mm à la Guadeloupe. Pour les deux élevages la skewness, degré de l’asymétrie des distributions autour de leurs moyennes, est positive, cela indique que l’on a une distribution asymétrique avec une queue s’étendant vers des valeurs positives. L’asymétrie est plus élevée de 0,12 points pour la Guadeloupe, correspondant à des dysymétries plus accentuées. Le CV faible (5 à 6%) indique une variation limitée de ce critère entre les individus. Le coefficient d’aplatissement, ou kurtosis, est positif pour les 2 élevages, cela indique que l’on a une distribution plus pointue qu’une distribution normale : l’aplatissement est plus élevé de 2 points pour la Guadeloupe, indiquant des distributions plus aplaties.. Nombre d'animaux. Pour la Guadeloupe, on a de deux à six sous-distributions pour l’effectif de poils en fonction de la courbure, et pour le Magneraud on a de trois à cinq distributions (Figure 15). La distribution est plus étalée à la Guadeloupe, mais les moyennes sont très similaires (Tableau 3). 600 400 200. Magneraud. 0. Guadeloupe 2. 3. 4. 5. 6. Nombre de sous-distributions. Figure 15 : Distribution des effectifs d’animaux en fonction du nombre de distributions estimées pour la courbure La figure 16 donne un exemple de répartition des effectifs dans les sous-distributions sur la courbe de distribution globale pour un animal avec 4 sous-distributions à la Guadeloupe.. Page 22 sur 45.

(24) Les ronds sont colorés en fonction de la probabilité de chaque classe d’appartenir à une ou l’autre distribution.. Figure 16 : Nombre de sous-distributions de l’effectif de poils pour la courbure pour un animal à la Guadeloupe Description des diamètres L’étendue des diamètres enregistrés par la machine va de 4 à 300 µm, on a donc 297 diamètres possibles. On peut voir sur la moyenne des diamètres moyens de la Guadeloupe est plus petite de 9µm par rapport aux poils du Magneraud. Les poils fins sont associés au duvet dans les quatres espèces. Ce sont ceux qui assure la protection thermique. Des analyses de poils ont été faites sur des races différentes (Hampshire, Duroc, Ghungroo et Niang Magha), où longueur, diamètre, couleur, poids, densité, vitesse de croissance des poils préalablement recueillies sur le dos et également dans le cou, entre l’âge de 12 et 18 mois ont été analysés (Mohan et al, 2014). Les résultats concernant le diamètre moyen dans ces différentes races sont : • • • •. Hampshire : 190,6 µm Duroc : 264,7 µm Ghungroo : 204,6 µm Niang Megha : 185,7 µm. Ces résultats sont plus élevés que sur les porcs des deux élevages de l’étude, porc Large White x Créole. Cette différence de résultats peut être due à l’âge des animaux à la collecte et à leurs conditions d’élevage. Je ne peut donc pas les comparer avec mes résultats puisqu’ils ont été prélevés à 5 mois d’âge environ sachant qu’il existe un effet âge important sur le diamètre des fibres dans différentes espèces.. Page 23 sur 45.

(25) Tableau 4 : Diamètre de la fibre pour l’élevage de Guadeloupe et du Magneraud. Moy1 138 44,5 0,32 10,7 9,7 8,8 8,0 7,2 88,9 1,05 -0,004. ET2 13 5,8 0,03 4,5 3,9 3,5 3,1 2,8 4,6 0,27 0,73. Guadeloupe CV3 0,09 0,13 0,12 0,42 0,41 0,39 0,39 0,38 0,05 0,26 -163,30. Min4 76 23,5 0,21 2,7 2,5 2,2 1,9 1,6 37,8 0,36 -1,31. Max5 175 63,1 0,46 60,8 52,7 44,1 34,4 24,7 97,1 2,18 3,63. Moy1 147 48,5 0,33 10,8 9,9 9,2 8,4 7,6 88,9 0,92 -0,28. ET2 11 5,8 0,04 3,6 3,3 3,1 2,9 2,6 3,6 0,24 0,50. Magneraud CV3 Min4 0,08 113 0,12 30,7 0,12 0,22 0,34 3,2 0,34 3,1 0,34 2,9 0,34 2,7 0,35 2,5 0,04 71,5 0,26 0,11 -1,79 -1,29. Max5 189 67,6 0,47 27,9 25,3 22,7 20,1 18,5 96,7 1,82 2,13. Diamètre moyen (µm) ET2 par animal (µm) CV3 par animal (µm) %6<80 µm (%) %6<75 µm (%) %6<70 µm (%) %6<65 µm (%) %6<60 µm (%) %6>80 µm (%) Skewness Kurtosis Nombre de sous4,9 1,5 0,32 2 9 4,6 1,5 0,34 2 9 distributions7 1 2 3 4 5 Moy=moyenne ; ET=écart type ; CV =Coefficient de variation ; Min =Minimum ; Max = Maximum ; %6=pourcentage de poils avec une courbure respectant le seuil indiqué ; Nombre de sous-distributions 7=Nombre de sous-distributions estimées pour chaque animal à partir de la distribution globale des courbures de poils. Pour la moyenne des écarts type par animal le Magneraud a 4 µm de plus que la Guadeloupe. On observe que les écarts type par animal sont variables, dans chaque élevage, pour la Guadeloupe entre le maximum et le minimum j’ai 39 µm d’écart et pour le Magneraud j’ai entre les deux 36 µm d’écart.. Figure 18 : Exemple de distributions de pourcentages de poils de diamètres inférieurs entre 60 à 80 µm à la Guadeloupe Pour la moyenne des poils en pourcentage avec un diamètre supérieur à 80 µm les deux élevages ont des moyennes identiques. Pour le pourcentage de poils avec un diamètre inférieur à 80 µm, 75 µm, 70 µm, 65 µm, 60 µm on a presque les mêmes valeurs avec 0,4 % en plus au Magneraud. Figure 17 : Exemple de distributions de pourcentages de poils de diamètres inférieurs entre 60 à 80 µm au Magneraud. Page 24 sur 45.

(26) On observe que ces pourcentages sont assez proches entre les deux élevages (exemples de distributions Figure 17 et Figure 18). Dans la suite de ce rapport seul le pourcentage de poils de diamètres inférieur à 70 µm sera retenu pour éviter les redondances. Pour les deux élevages l’asymétrie est positive, cela indique que l’on a une distribution asymétrique avec une queue s’étendant vers des valeurs positives. Elle est plus élevée de 0,13 pour la Guadeloupe. Pour les deux élevages l’aplatissement est négatif, cela indique que l’on a une distribution relativement plate. Il est plus élevé de 0,27 pour le Magneraud. Pour la Guadeloupe et le Magneraud, on a de deux à neuf sous-distributions de l’effectif de poils en fonction des diamètres (Figure 19). Le nombre de sous-distributions détectées est légèrement supérieur à la Guadeloupe par rapport au Magneraud (Tableau 4).. Nombre d'animaux. 200 150 100. Magneraud. 50. Guadeloupe. 0 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. Nombre de sous-distributions. Figure 19 : Nombre de distributions de l’effectif de poils en fonction des diamètres La figure 20 donne un exemple de répartition des distributions des effectifs de poils pour le diamètre sur la courbe de distribution globale pour un animal avec 5 sous-distributions à la Guadeloupe. Les ronds sont colorés en fonction de la probabilité de chaque classe d’appartenir à une ou l’autre distribution.. Figure 20 : Nombre de sous-distributions de l’effectif de poils pour le diamètre pour un animal à la Guadeloupe. Distributions moyennes des courbures et des diamètres par élevage Des distributions moyennes des courbures et diamètres ont été calculées par élevage. La Figure 21 présente les résultats pour la courbure. Page 25 sur 45.

(27) Figure 21 : Distributions moyennes de l’effectif des poils en fonction de la courbure pour chaque élevage. J’ai redimensionné le graphique pour qu’il montre juste les valeurs de 0 à 50 °/mm de courbure. Au-delà de 30 °/mm, les valeurs sont proches de 0 dans les deux élevages. Cela permet de voir que l’on a tout de même des poils courbés avec une fréquence différente de 0. De plus, il est difficile d’interprêter une courbure dépassant 380° : ce sont des poils très courbés qui tournent sur eux-même, cette proportion de poils est très infime chez le porc, je ne sait pas comment l’appareil de mesure des poils peut le calculer. Il n’y a pas beaucoup de différence entre les distributions de l’effectif des poils pour ces deux élevages.. On observe que la moyenne de la courbe moyenne des courbures est presque la même pour les deux élevages (Tableau 5), avec une différence de 0,7°/mm en plus pour le Magneraud. Ils ont le même écart type et environ le même coefficient de variation. Tableau 5 : Distribution moyenne de l’effectif pour chaque élevage pour la courbure et le diamètre Guadeloupe Magneraud Moy1 ET2 CV3 Moy1 ET2 CV3 Distribution moyenne des courbures 6,0 10 1,59 6,7 10 1,48 Distribution moyenne des diamètres 136 46 0,34 146 49 0,33 1 Moy=moyenne ; 2 ET=écart type ; CV3=Coefficient de variation. On observe entre les maxima des courbes de distribution moyenne des diamètres une différence de 17µm entre les élevages (Figure 22), le diamètre de la fibre est plus élevé au Magneraud qu’à la Guadeloupe : on a plus de poils fins à la Guadeloupe. Cela correspond aux différences de diamètres moyens par animal observés plus haut. De ce fait, on observe deux distributions distinctes. La moyenne de la Guadeloupe pour le diamètre est plus fin de 9µm qu’au Magneraud. Figure 22 : Distribution moyennes de l’effectif des poils en fonction du diamètre pour chaque élevage La moyenne de cette courbe moyenne des diamètres est de 10µm en plus au Magneraud, on a une légère différence au niveau des écarts type et du coefficient de variation (Tableau 5).. Page 26 sur 45.

(28) b) Corrélations entre les caractéristiques des poils et les caractères de production et de thermorégulation La corrélation entre la moyenne de courbure et de diamètre pour la Guadeloupe est de 0,0039, et pour le Magneraud elle est de -0,0710. Ces valeurs sont très faibles, indiquant des caractéristiques assez indépendantes. La corrélation entre la courbure et le diamètre pour chaque élevage est très faible dans les deux élevages. Il n’y a donc pas vraiment de corrélation entre la moyenne des courbures et celle des diamètres. Pourtant on sait que les poils fins, le duvet est plus courbé, alors qu’un poils de jarre est plus grossiers et raide, donc un diamètre plus élevé et très peu courbé. Dans mes résultats je ne le retrouve pas. Pour la Guadeloupe, on observe (Tableau 6) entre caractéristiques pour les courbures et performances, que l’on a : o une corrélation positive faible (<0,11) entre la moyenne et les poids aux différentes semaines ainsi que pour les ELD. o une corrélation négative faible (<0,13) entre la moyenne et les températures aux différentes semaines, sauf pour la température cutanée à 19 semaines (19S) (-0,18). o une corrélation positive forte entre la moyenne et l’écart type. o une corrélation négative très faible entre la moyenne et le CV. o une corrélation positive très forte pour le pourcentage de poils de courbure supérieure à 9 et 17 (>0,95), c’est-à-dire qu’ils évoluent dans le même sens. o la skewness et le kurtosis sont très corrélés négativement à la moyenne (<-0,80), et très faiblement avec le nombre de sous-distributions. o Pour le nombre de sous-distributions et la skewness ou le kurtosis on a une corrélation de 0,09, positive faible. Pour le Magneraud, on observe sur le tableau 7 que l’on a : o une corrélation positive modérée entre la moyenne et le poids suivant les semaines ainsi que pour les ELD (> 0,21). o une corrélation négative faible entre la moyenne et les températures cutanées et rectales (<0,09 en valeur absolue). o les corrélations entre moyenne et variations de poids et d’ELD pendant le challenge thermique sont faibles. o une corrélation positive forte entre la moyenne et l’écart type. o une corrélation négative très faible entre la moyenne et le CV. o une corrélation positive forte entre la moyenne et les pourcentages de poils de courbure supérieure à 7, 17 °/mm (>0,96). o une corrélation négative forte entre la moyenne et skewness et également pour la moyenne et kurtosis (0,79), et légèrement négative avec le nombre de distributions (0,19). o Pour le nombre de sous-distributions et la skewness ou le kurtosis on a une corrélation de <0,08, positive faible. Les corrélations entre la moyenne de courbure et les caractères de production sont assez faibles, ainsi que pour les caractères de thermorégulation. Mais pour les caractéristiques des poils on a une bonne corrélation entre les différents critères. Le critère courbure moyenne résume donc assez bien les caractéristiques des autres critères. Page 27 sur 45.

(29) Tableau 6 : Corrélations pour la Guadeloupe entre les paramètres de distribution des courbures et les performances des animaux Moy1 moy1 pds211 pds219 pds221 pds223 ELD319 ELD323 Trec419 Trec421 Trec423 Tcut519 Tcut523 GMQ6 ET7 CV8 Sup99 sup917 Skewn10 Kurt11 N distrib12. Pds2 Pds2 Pds2 11 19 21 0,11 0,07 0,08 0,77 0,74 0,97. Pds2 23 0,08 0,67 0,93 0,96. ELD3 19 0,09 0,42 0,61 0,61 0,59. ELD3 23 0,08 0,3 0,55 0,56 0,58 0,74. Trec4 19 -0,02 -0,05 -0,01 -0,05 -0,04 0,03 0. Trec4 21 -0,01 -0,04 0 -0,04 -0,05 -0,02 0 0,26. Trec4 23 -0,02 -0,01 0,04 0,02 0,02 0 0,01 0,29 0,31. Tcut5 19 -0,18 -0,02 0,01 -0,01 -0,01 -0,06 -0,03 0,42 0,14 0,21. Tcut5 Sup9 GMQ6 ET7 CV8 23 9 -0,13 0,1 0,59 -0,09 0,95 -0,12 0,41 0,14 0,07 0,07 -0,09 0,77 0,16 0,14 0,01 -0,11 0,78 0,14 0,11 0,03 -0,08 0,82 0,13 0,09 0,04 -0,21 0,47 0,07 0,02 0,07 -0,1 0,47 0,07 0,03 0,05 0,09 0 0,03 0,05 -0,03 0,12 0 -0,01 0 0 0,28 -0,01 0,05 0,08 -0,04 0,25 -0,01 -0,01 0,13 -0,22 -0,09 -0,03 0,08 -0,16 0,11 0,05 0,07 0,74 0,38 -0,3. Sup9 Skewn10 1711 0,96 -0,83 0,15 0,04 0,1 0,1 0,11 0,07 0,11 0,05 0,1 0 0,09 0 -0,02 0,03 0 -0,01 -0,03 0,03 -0,19 0,22 -0,13 0,15 0,13 0,02 0,47 -0,25 -0,2 0,36 0,93 -0,9 -0,76. Kurt11 N distrib12 -0,80 0,04 0,11 0,08 0,06 0,01 0,01 0,03 -0,01 0,03 0,21 0,15 0,03 -0,23 0,36 -0,86 -0,72 1. 0,01 0,04 0,18 0,12 0,14 0,11 0,2 0,12 -0,02 0,04 0,15 0,09 0,31 0,1 0,12 -0,04 0 0,09 0,09. Moy1= Moyenne ; Pds2=Poids suivant la semaines indiquer ; ELD3=Epaisseur de lard dorsal suivant la semaines indiquer ; Trec4=Température rectales suivant la semaines indiquer ; Tcut5= Température cutanés suivant la semaines indiquer ; GMQ6= Gain moyen quotidien ; ET7= Ecart Type ; CV8= Coefficient de variation ; Sup9= Pourcentage de poils respectant le seuil indiquer ; Skewn10= Skewness ; Kurt11= Kurtosis; N distrib12= Nombre de sous-distributions de l’effectif de poils. Page 28 sur 45.

(30) Tableau 7 : Corrélations pour le Magneraud entre les paramètres de distribution des courbures et les performances des animaux Moy1 Moy1 Pds211 Pds219 Pds221 Pds223 ELD319 ELD323 Trec419 Trec421 Trec423 Tcut519 Tcut523 gprA6 gprP7 glr8 GMQ9 ET10 CV11 Sup129 Sup1217 Skewn13 Kurt14 N 15. Pds2 Pds2 Pds2 11 19 21 0,21 0,22 0,21 0,75 0,62 0,86. Pds2 ELD3 ELD3 23 19 23 0,21 0,23 0,21 0,54 0,3 0,22 0,83 0,43 0,39 0,88 0,44 0,39 0,38 0,4 0,79. Trec4 Trec4 Trec4 19 21 23 0,02 0,02 0,02 -0,01 0 -0,02 -0,03 0,02 0,05 -0,01 0,04 0,05 -0,06 -0,01 0 0,07 0,08 -0,02 0,12 0,13 0,03 0,15 0,08 0,13. Tcut5 19 -0,01 0,03 0,05 -0,09 -0,02 -0,1 0,09 0,08 0,06 0,07. Tcut5 GprA6 GprP7 23 -0,09 -0,05 -0,05 -0,06 -0,01 -0,15 -0,03 -0,09 -0,19 -0,11 -0,09 -0,2 -0,05 -0,29 -0,36 -0,07 -0,09 -0,14 0,06 -0,08 -0,15 0,02 0,04 0,03 0,07 0,1 0,08 0,18 -0,01 0,04 0,37 0,09 0,07 -0,07 -0,05 0,66. Glr8 GMQ9 ET10 CV11 0,08 -0,13 -0,11 0,05 0 -0,07 -0,31 -0,04 0 -0,1 -0,27 -0,23 0,07 0,12. 0,14 0,14 0,61 0,73 0,91 0,3 0,36 -0,08 -0,03 0,01 -0,04 -0,01 -0,33 -0,35 0,06. 0,63 0,15 0,13 0,14 0,14 0,16 0,1 0,01 -0,01 0 -0,05 -0,04 -0,07 -0,05 0,05 0,08. -0,02 0,02 -0,01 0,01 0 0,01 -0,06 0 -0,03 -0,01 -0,07 0,04 -0,04 -0,01 0,01 -0,01 0,75. Sup12 9 0,96 0,19 0,21 0,19 0,19 0,22 0,21 0,01 0,02 0,02 0,02 -0,09 -0,03 -0,03 0,07 0,12 0,45 -0,22. Sup12 Skewn13 17 0,97 -0,82 0,22 -0,1 0,23 -0,13 0,22 -0,12 0,22 -0,11 0,25 -0,12 0,21 -0,15 -0,01 -0,02 0 -0,04 0,02 -0,04 -0,03 -0,05 -0,1 0,05 -0,05 0 -0,05 0 0,09 -0,07 0,15 -0,07 0,52 -0,31 -0,12 0,28 0,94 -0,88 -0,76. Kurt14 -0,79 -0,08 -0,11 -0,11 -0,09 -0,1 -0,13 -0,02 -0,04 -0,04 -0,05 0,04 -0,01 0 -0,08 -0,06 -0,28 0,28 -0,85 -0,72 0,99. Moy1= Moyenne ; Pds2=Poids suivant la semaines indiquer ; ELD3=Epaisseur de lard dorsal suivant la semaines indiquer ; Trec4=Température rectales suivant la semaines indiquer ; Tcut5= Température cutanés suivant la semaines indiquer ; GprA6= Gain de poids relatif en début de vague de chaleur ; GprP7= Gain de poids relatif durant la vague de chaleur ; Glr8= Gain de lards durant la vague de chaleur ; GMQ9= Gain moyen quotidien ; ET10= Ecart Type ; CV11= Coefficient de variation ; Sup12= Pourcentage de poils respectant le seuil indiquer ; 13 Skewn = Skewness ; Kurt14= Kurtosis ; N distrib15= Nombre de sous-distributions de l’effectif de poils. Page 29 sur 45. N distrib15 -0,19 -0,13 -0,12 -0,07 0,01 -0,06 -0,04 -0,02 0,08 0,01 -0,09 -0,02 -0,04 0,07 -0,07 0,07 0,04 0,21 -0,25 -0,17 0,29 0,28.

(31) Tableau 8 : Corrélations pour la Guadeloupe entre caractéristiques de diamètre et performances Moy1 Moy1 Pds211 Pds219 pds221 pds223 ELD319 ELD323 Trec419 Trec421 Trec423 Tcut519 Tcut523 GMQ6 ET7 CV8 Inf709 Skew10 Kurt11 N distrib12. Pds2 Pds2 Pds2 11 19 21 0,4 0,4 0,38 0,77 0,74 0,97. Pds2 ELD3 23 19 0,33 0,37 0,67 0,42 0,93 0,61 0,96 0,61 0,59. ELD3 23 0,26 0,3 0,55 0,56 0,58 0,74. Trec4 19 -0,14 -0,05 -0,01 -0,05 -0,04 0,03 0. Trec4 21 -0,11 -0,04 0 -0,04 -0,05 -0,02 0 0,26. Trec4 23 -0,15 -0,01 0,04 0,02 0,02 0 0,01 0,29 0,31. Tcut5 19 -0,04 -0,02 0,01 -0,01 -0,01 -0,06 -0,03 0,42 0,14 0,21. Tcut5 GMQ6 23 -0,09 0,24 -0,12 0,41 -0,09 0,77 -0,11 0,78 -0,08 0,82 -0,21 0,47 -0,1 0,47 0,09 0 0,12 0 0,28 -0,01 0,25 -0,01 -0,09. ET7. CV8. 0,44 0,36 0,38 0,35 0,32 0,26 0,25 -0,03 0 -0,07 -0,03 -0,04 0,28. -0,33 0,05 0,08 0,06 0,07 -0,03 0,05 0,08 0,09 0,04 0,01 0,04 0,09 0,69. Inf9 Skew10 70 -0,51 -0,3 0 -0,05 0,01 -0,21 -0,01 -0,2 0,01 -0,2 -0,11 -0,19 -0,06 -0,27 0,11 -0,01 0,14 0,05 0,13 0,13 0,03 0,04 0,07 0,13 0,03 -0,2 0,39 -0,62 0,84 -0,43 -0,14. Kurt11 -0,32 -0,01 -0,19 -0,18 -0,18 -0,19 -0,26 -0,01 0,07 0,13 0,01 0,13 -0,17 -0,4 -0,18 0,05 0,93. N distrib12 0,01 0,06 0,18 0,11 0,12 0,04 0,2 0,13 0,01 0,08 0,28 0,18 0,25 0,01 0,01 0,01 -0,04 -0,06. Moy1= Moyenne ; Pds2=Poids suivant la semaines indiquer ; ELD3=Epaisseur de lard dorsal suivant la semaines indiquer ; Trec4=Température rectales suivant la semaines indiquer ; Tcut5= Température cutanés suivant la semaines indiquer ; GMQ6= Gain moyen quotidien ; ET7= Ecart Type ; CV8= Coefficient de variation ; 9 Inf = Pourcentage de poils respectant le seuil indiquer ; Skewn10= Skewness ; Kurt11= Kurtosis ; N distrib12= Nombre de sous-distributions de l’effectif de poils. Page 30 sur 45.