SI-DEP
*Un outil numérique innovant, agile et efficace au service de la Santé…
…ou comment prévenir et limiter la transmission de la COVID sur le territoire national
D. Laurent TRELUYER
Directeur des Systèmes d’Information de l’AP-HP Equipe SI-DEP
Dr. Bruno GAUTHIER Trésorier de la SFIL Equipe SI-DEP
*SI-DEP = Système d‘Information national de DEpistage Populationnel
1 v.2.0
Pourquoi SI-DEP – Mise en contexte (crise sanitaire )
• Depuis le début de l’année 2020, la France est touchée par la COVID-19, ou SARS-CoV-2, un nouveau coronavirus, identifié en Chine dès janvier 2020
• Le 11 mars 2020, l’OMS qualifie l’épidémie devenue mondiale de pandémie
• Dans un souci de répondre aux besoins de contact-tracing, de surveillance de la dynamique de l’épidémie, d’anticiper l’évolution, de prévenir et limiter la transmission du virus sur le territoire national, la Direction Générale de la Santé retient l’AP-HP en avril 2020 comme maître d‘œuvre d’un Système d’Information national de DÉpistage Populationnel le SIDEP est né pour
accompagner le déploiement des tests virologiques de dépistage du Covid19, transmettre les résultats au plus vite pour mettre en œuvre les mesures de prévention adaptées, rompre
efficacement les chaines de contamination
Le SI-DEP est un outil national sécurisé visant à informatiser le processus de dépistage des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2
• informatisation pré-analytique - enregistrement des patients au moment du prélèvement, avec un portail web accessible depuis tous types de terminaux, en organisant une descente des données de prélèvement dans les logiciels des laboratoires concernés
• informatisation post-analytique - une remontée des données de résultats par les logiciels de chaque laboratoire, privé ou public
vers SI-DEP avec une concentration dans un serveur de résultats national.
Qu’est-ce que SI-DEP ?
• Le Système d’Information de dépistage populationnel est une Plateforme autonome sécurisée du SIH AP-HP CyberLab V10 appelé CyberCOVID
• 2 automates MGI d’une capacité globale de 4 000 tests par jour
• Plateforme basée sur l’architecture du serveur de résultats national Belge
• Ce système de gestion de laboratoire est connecté avec l’outil Cyberlab afin de répondre à des besoins de dépistage
populationnel et de serveur de résultats pour les patients et prescripteurs sur l’ensemble du territoire.
• SI-DEP est aussi en charge de fournir aux Patients le moyen de se déclarer dans « Tous Anti-COVID »
Objectifs du SI-DEP
• Organiser et mettre en œuvre un dépistage du COVID- 19, afin d’envoyer les résultats aux patients, pour qu’ils puissent appliquer au plus vite les mesures de prévention
• Déclencher le contact-tracing le plus rapidement possible, en transmettant les résultats avec des données de
contact et de priorisation pour rompre les chaines de contamination
• 1erniveau - aux médecins traitants
• 2ème niveau - à l’Assurance Maladie
• 3ème niveau - aux cellules des ARS et de Santé Publique France en région
• Transmettre les résultats pseudonymisés à Santé publique France et à la DREES pour la production en temps réel d’indicateurs de suivi épidémiologique
• Adapter les politiques de lutte contre l’épidémie
• Publier de nombreux indicateurs territoriaux : taux d’incidence, taux de positivité, taux de dépistage,…
• Permettre une réutilisation des données pseudonymisées pour la recherche sur le virus et les mécanismes de propagation
• Envoyer aux patients dont les tests virologiques sont positifs un document d’information avec les dernières consignes sanitaires
• Outiller les professionnels de santé avec un portail
permettant la saisie des données des patients et de leurs résultats de test de dépistage, et leur permettre d’éditer un document récapitulatif de la saisie qui peut-être remis au patient
Concentrateur Cyberlab national
SI-DEP
Suivi épidémiologique Enquêtes sanitaires de
3èmeniveau
Recherche
Patient Médecin
Enquêtes sanitaires de 2èmeniveau
Résultats individuels
(pour les patients Covid-Positifs et pour les patients dont les tests sont
réalisés dans les CHU équipés de prescription connectée)
Tous les patients testés : identification, coordonnées, situation
(soignant, hospitalité, résident, EPHAD etc.), résultat de test, médecin traitant/prescripteur, laboratoire
Pseudonymisation des données transmises
Enquêtes sanitaires de 1erniveau
Utilisation de Contact Covid (AmeliPro) et d’outils métiers complémentaires pour le contact tracing
Pseudonymisation des données transmises
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Chronologie de SI-DEP
15 octobre 2020 Lancement SI-DEP IV Adaptation à l’arrivée des
tests antigéniques 25 août 2020
Lancement SI-DEP III Doublement des capacités quotidiennes 28 mai 2020
Lancement SI-DEP II Collecte des résultats de
sérologie Covid-19
26 juin 2020
Mise en production de SI-DEP II
9 novembre 2020
Mise en production de SI-DEP III
13 mai 2020
Déploiement officiel de SI-DEP I
28 avril 2020
Premier test RT-PCR de la Plateforme Broussais
09 avril 2020
Lancement la Plateforme Broussais Plateforme autonome du
SIH mise en place pour l’hôpital AP-HP Broussais
11 mai 2020
Déconfinement progressif
25 janvier 2021 Lancement de la
remontée des Variants
De SI-DEP I à SI-DEP IV
SI-DEP I SI-DEP II SI-DEP III SI-DEP IV
• Ouverture de la plateforme SI-DEP aux tests rapides antigéniques remontés par les professionnels de santé de ville, dont 22 000
pharmacies, 30 000 médecins et 30 000 infirmiers libéraux
• Volumétries TA
• 870 000 / Jour
• 2 000 000 TA par semaine en plafond sur les mois suivants
• Lancement 16/11/2020 pour prise en compte de contraintes
juridiques
• SIDEP IV+ :Variants (fin janvier : 25/01/2021)
Salivaires et dépistage massif dans les écoles (pilote le 11 février avec annonce du Ministre.
Déploiement massif depuis)
• Mise en place d’un dossier d’interopérabilité incluant 2
nouveaux codes d’analyses – tests rapides de diagnostic TRD,
salivaires et autres virus d’infection respiratoire aigüe
• Introduction de nouveaux champs – FINESS géographique du LBM, Code du pays de l’adresse courante, Informations relatives à un lieu de résidence temporaire…
• Capacité de gérer plusieurs analyses dans un même dossier
• Amélioration des performance du système et de sa supervision
• Passage de 200 000 tests/jour à 500 000 tests/jour
• Lancement 09/11/2020
• Ouverture de la plateforme SI-DEP aux flux des examens sérologiques Covid des laboratoires déjà
connectés à SI-DEP et d’environ 220 nouveaux laboratoires
• Lancement 21/06/2020
• Ouverture de la plateforme SI-DEP au niveau national sur le périmètre des tests virologiques RT-PCR après l’annonce du déconfinement progressif
• Exploitation des données issues de SI-DEP par SPF afin d’alimenter les représentations
cartographiques des données en santé publique
• 18 laboratoires RT-CPR de l’AP- HP
• Lancement officiel 13/05/2020
Un projet collectif mené à bien dans un planning contraint qui répond aux besoins identifiés lors de sa conception
SI-DEP Virologie SI-DEP Sérologie SI-DEP étendu SI-DEP pour les P.S.
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Comment fonctionne SI-DEP au quotidien ?
La Plateforme SI-DEP est le maillon indispensable dans la lutte du Covid, elle contient des données de natures différentes de façon sécurisée
1. Données concernant la personne dépistée
• Nom de naissance, nom usuel, prénom - Sexe
• Date de naissance
• Téléphone mobile
• Adresse e-mail, adresse postale (lieu de résidence à date)
• Matricule Identifiant National de Santé (INS)
2. Données concernant le prélèvement et son origine
• N° RPPS du médecin prescripteur et du médecin traitant
• Code de campagne de dépistage N° de dossier ou de prélèvement
• Date et heure du prélèvement
• Identifiant national (RPPS ou ADELI pour les infirmiers en attendant la bascule au RPPS prévue en 2021)
3. Données concernant le résultat du test
• Code de l’analyse réalisée
• Résultat de l’analyse : P (Positif) - N (Négatif) - I (Ininterprétable) - X (Prélèvement non conforme)
Données recueillies auprès du patient, générées automatiquement ou au travers d’appel à des services externes (télé-service INS de recherche, annuaire santé) Données conservées dans le traitement pendant une durée maximale de trois mois à compter de leur collecte
PF SI-DEP
Les données colligées sontversées dans Health Data Hub. Préalablement, elles sont monitorées, chaque jour, par l’AP-HP. Ce flux continu fait l’objet d’un contrôle qualité et d’une vérification mais également d’une analyse sept jour sur sept par Santé publique France.
SI-DEP, le Projet fédérateur pour prévenir et lutter contre la COVID
SI-DEP, le Projet agile pour rompre
efficacement les chaines de contamination
La cinématique de SI-DEP
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Le SI-DEP, la sécurité IT et la protection des données
Outre l’avis de la CNIL sur les textes créant le traitement, la mise en œuvre opérationnelle du traitement s’effectue dans le respect des principes posés par le RGPD et la loi informatique et libertés, conjointement par le ministère chargé de la santé et l’AP-HP.
Les garanties suivantes entourent le traitement :
Homologation RGS
(Référentiel Général de Sécurité)
Certification HDS
(Hébergeur de Données de Santé)
Analyse d’impact relative à la protection des données
Conformément à la nouvelle procédure décrite à l’article L. 1111-8 du code de la santé publique, l’AP-HP dispose de la certification HDS (Hébergeur de Données de Santé).
Cette analyse (AIPD) s’appuie sur une description détaillée du traitement de données mis en œuvre par la solution, évalue les risques qu’il représente pour la vie privée des personnes et précise les mesures prises pour les limiter.
Démarche d’analyse de risques et de tests de sécurité sur la solution, qui implique
l’intégralité des acteurs mobilisés dans le programme (Direction générale de la santé, Haut fonctionnaire de défense et de sécurité des ministères sociaux, AP-HP, ANSSI).
Ce dispositif est encadré par l’arrêté du 16 octobre 2020 modifiant l'arrêté du 10 juillet 2020 prescrivant les mesures générales
nécessaires pour faire face à l'épidémie de covid-19 dans les territoires sortis de l'état d'urgence sanitaire et dans ceux où il a été prorogé ainsi que, pour les questions de facturation, par l’arrêté du 26 octobre 2020 modifiant l’arrêté du 10 juillet 2020 prescrivant les mesures d’organisation et de fonctionnement du système de santé nécessaires pour faire face à l’épidémie de covid-19 dans le cadre de l’état d’urgence sanitaire
La volumétrie des données
(structurées et non structurées) médicales AP-HP utilisées : 60 Po Puissance de la PF
6 serveurs – 4 serveurs 200K et 2 serveurs 500K
Les serveurs SI-DEP relais & de médiation sont supervisés 7 jours / 7 en heures ouvrées :
• Supervision technique - Charge des
processeurs, mémoire, base de données et machines virtuelles, avec des alarmes déclenchées à partir de 80 %
• Supervision métier - capacité à supprimer ou à écrire des fichiers, des arrêts de service, de l’inactivité des services (à partir de 30 minutes) pour assurer le bon transfert des résultats vers SI-DEP
Le SI-DEP au niveau national
# de sites inclus dans le périmètre
Connectés SI-DEP
Opérationnels SI-DEP
# de sites inclus dans le périmètre
Connectés SI-DEP
Opérationnels SI-DEP
# de sites inclus dans le périmètre
Connectés SI-DEP
Opérationnels SI-DEP
Auvergne-Rhône-Alpes 2 100% 50% 44 100% 30% 411 100% 66%
Bourgogne-Franche-Comté 1 100% 0% 19 100% 53% 140 100% 84%
Bretagne 1 100% 0% 15 100% 27% 144 100% 88%
Centre-Val de Loire 2 100% 0% 11 100% 18% 131 100% 68%
Corse 0 3 100% 100% 25 100% 36%
Grand Est 2 100% 0% 27 100% 26% 354 100% 81%
Hauts-de-France 2 100% 0% 33 100% 33% 286 100% 58%
Île-de-France 66 100% 29% 779 100% 67%
Normandie 1 100% 0% 24 100% 42% 149 100% 46%
Nouvelle-Aquitaine 2 100% 0% 35 100% 29% 340 100% 49%
Occitanie 2 100% 50% 27 100% 44% 395 100% 51%
Provence-Alpes-Côte d'Azur 1 100% 0% 27 100% 19% 583 100% 60%
Pays de la Loire 1 100% 0% 11 100% 27% 170 100% 68%
Guyane 0 2 100% 50% 7 100% 14%
La Réunion 0 3 100% 33% 59 100% 85%
Martinique 0 1 100% 100% 33 100% 97%
Guadeloupe 0 3 100% 0% 30 100% 87%
Mayotte 0 1 100% 0% 2 100% 0%
Total 17 100% 12% 352 100% 32% 4 038 100% 64%
LBM MGI LBM hors MGI LBM privés
Mettre à jour – données du 26/10
Nombre de tests réalisés depuis le lancement de SI-DEP I Nombre de tests positifs
• Les données recueillies puis conservées dans SI-DEP sont remontées par 4 500 laboratoires d’analyse dits
« MGI », les laboratoires publics et privés et les professionnels de santé de ville, sur +3.000 laboratoires.
• Les données issues de SI-DEP publics et privés, quel que soit leur système informatique permettent de mieux contrôler l’épidémie en débouchant sur le contact tracing systématique et l’isolement de tous les cas confirmés sur l’ensemble du territoire
• Nous réalisons actuellement 2 100 000 millions de tests chaque semaine sur l’ensemble du territoire
0 50000 100000 150000 200000 250000 300000 350000 400000
0 100000 200000 300000 400000 500000 600000 700000 800000
Nbr tests Nbr Patients Positifs
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Les données de SI-DEP – Utilisations au niveau national
• Les indicateurs de surveillance virologique sont issus du système d’information de dépistage SI-DEP, dont l’objectif est de remonter les données de tests (RT-PCR) à l'échelle EPCI, commune et IRIS
• La production des indicateurs épidémiologiques aide significativement à la détection des clusters
• SI-DEP contient des données anonymisées concernant le patient ayant passé le test (âge, sexe, lieu de résidence) et le test (date de prélèvement, résultat). Ces données permettent de calculer les indicateurs de surveillance de l’évolution de la pandémie en France, qui sont restitués dans Géodes
• Taux d’incidence
: le nombre de personnes positives ramené à la population, pour 100 000 habitants (nationale, régionale ou départementale)• Taux de positivité
: le nombre de personnes positives parmi le nombre de personnes testées dont le résultat est positif ou négatif• Taux de dépistage
: le nombre de tests dont le résultat est exploitable, le positif ou négatif, rapporté à la population, pour 100 000 habitants (nationale, régionale ou départementale) corrigé des dépistages réalisés dans les aéroports à l’arrivée des vols internationaux• Les données peuvent être déclinées à un niveau régional ou départemental, pour une période de temps précise (quotidienne, hebdomadaire, semaine
Suivi de l’épidém ie
Évolutions SI-DEP
Vers de nouveaux challenges…
• Intégrer dans les données SI-DEP, les résultats des tests sérologiques
• Ajouter deux nouveaux codes d'analyse avec l'arrivée des tests antigéniques
• Intégrer les futurs outils potentiels de dépistage avec de nouveaux codes de codage ajoutés au fil de l'eau, sous l'égide de la Direction générale de la santé
• Test rapide de diagnostic -TRD
• Examen virologique avec prélèvement salivaire
• Examen virologique avec prélèvements oropharynghés
• Détection d'antigènes et de protéines virales
• Pérenniser la solution en l’étendant à d’autres pathogènes (HPV)
• Tests salivaires : Lancement des campagnes massives de dépistages dans les écoles (février 2021)
SI-DEP est la pierre angulaire de la stratégie de test TAP* COVID
1
code RT-PCR, test
virologique par prélèvements nasopharyngés
3
codes tests sérologiques
2
codes test antigéniques
+ +
Actuellement
*TAP – Tester, Alerter, Protéger 11
ACCOMPAGNEMENT
Les partenaires, un projet collaboratif d’ampleur national…
…dans un contexte hors norme.
Réalisation Portage et pilotage
Maitrise d’ouvrage Maitrise d’œuvre
ÉTABLISSEMENTS PUBLICS ÉDITEURS
Porteur de la solution Cyberlab, concentrateur et portail de
prélèvement
Solution d’interopérabilité et de sécurité des données
PROFESSIONNELS DE SANTÉ
Pharmaciens
d’officine Médecins
de ville
Infirmiers libéraux
ORDRES PROFESSIONNELS
interopérabilitéavec le Dossier Patient Informatisé de l’AP-HP
(ORBIS) 18 Agences
Régionales de Santé
SI-DEP, le Projet fédérateur pour prévenir et lutter contre la COVID
Plateforme informatique très innovante construite pour répondre à tout moment aux décisions du Gouvernement et du Ministère de la Santé
La DSI de l’AP-HP s’est mobilisée pour lutter avec le Ministère de la Santé sur
La Prévention,
La Détection,
La Lutte contre le Coronavirus
Mise en œuvre en un temps record lors de la 1
èrevague la réhabilitation d’un hôpital de l’AP-HP (Hôpital Broussais) pour en faire le centre informatique de dépistage de la Covid
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